csapAIH-package: Pacote csapAIH

In fulvionedel/csapAIH: Classificar Condições Sensíveis à Atenção Primária

Pacote csapAIH

Description

Classifica um vetor com códigos da CID-10 segundo a Lista Brasileira de Condições Sensíveis à Atenção Primária e oferece outras funcionalidades, especialmente para o manejo dos 'arquivos da AIH' (arquivos RD??????.DBC das Bases de Dados do Sistema de Informações Hospitalares do SUS – BD-SIH/SUS).

A principal função do pacote, csapAIH, classifica os códigos da CID-10 segundo a Lista Brasileira de CSAP. descreveCSAP constrói uma tabela com frequências absolutas e relativas dos casos por grupos de causa. desenhaCSAP constrói um gráfico de barras por grupos de causa. idadeSUS calcula a idade do paciente na internação, nos "arquivos da AIH", ou idade do óbito, nos arquivos do Sistema de Informações sobre Mortalidade (SIM).

Details

• v0.0.4

  A função listaBR foi renomeada para listaBRMS e foi criada a função listaBRAlfradique para a classificação das ICSAP em 20 grupos de causa, conforme publicado em Alfradique et al. (2009) – ambas são funções internas invocadas pela função csapAIH. Incluído o argumento lista na função nomesgruposCSAP para adequar-se à lista com 20 grupos. O argumento tipo da função nomesgruposCSAP (e utilizado em desenhaCSAP e tabCSAP) foi renomeado para lang. Criadas as funções fxetar_quinq, para transformar um vetor numérico com a idade em faixas etárias quinquenais, e fxetar3g, para transformar um vetor numérico com a idade ou categórico com faixas etárias quinquenais em três grandes grupos etários: 0 a 14, 15 a 59 e 60 e + anos de idade. Criada a função cid10cap, para classificar códigos da CID-10 segundo seus caítulos. Criadas as funções ler_popbr, para leitura dos dados de população de 2008 a 2012 do DATASUS, armazenados no computador ou importados no site FTP (do DATASUS) e popbr2000_2021, com estimativas populacionais para os municípios brasileiros de 2000 a 2021. Incluído um banco de dados com a população dos municípios brasileiros por sexo e faixa etária, contada no Censo 2010. Criada a função fetchsap, que usa a função fetchdatasus do pacote microdatasus para o download dos arquivos da AIH.

• v0.0.3.3

  Criado o argumento parto.rm em csapAIH, para excluir pelo CID eventuais partos com código de procedimento (PROCREA) não-obstétrico, além de facilitar a exclusão de partos em bases de dados sem a estrutura do SUS. As CSAP agora são classificadas por uma função interna separada, listaBR, invocada por csapAIH. Incluído um banco de dados de exemplo com estrutura diferente da AIH, uma amostra das hospitalizações no Equador, publicada pelo Instituto Nacional de Estadística y Censos (INEC) daquele país. Criada a função ufbr, para a classificação dos municípios por UF. Incluído o argumento tipo na função nomesgruposCSAP, permitindo listar os grupos de causa em português com ou sem acentos, em inglês ou em castelhano. Criada a função tabCSAP, para substituir descreveCSAP, que será descontinuada. descreveCSAP imprime uma tabela pronta para publicação com separação de milhar e decimal no formato latino, mas os valores são transformados em caractere, o que dificulta muito a edição da tabela em pacotes especializados (como knitr, kableExtra, formattable, ...), sobretudo para a apresentação em painéis interativos; tabCSAP, por sua vez, imprime uma tabela sem formatação, em que os valores são da classe numeric, com um argumento para apresentação da tabela já formatada; aceita o argumento tipo de nomesgruposCSAP.

• v0.0.3.2

  Criada a função proc.obst, para a identificação dos procedimentos obstétricos pela tabela do SIH/SUS, com três possíveis resultados: (1) exclusão dos registros de procedimento obstétrico (padrão); (2) criação de nova variável com identificação (sim/não) do caso; e (3) exclusão dos demais registros. A exclusão dos procedimentos obstétricos (argumento procobst.rm = TRUE) na função csapAIH agora é feita invocando a função proc.obst. O argumento parto.rm agora funciona em data frames sem a estrutura do SIH/SUS. Algumas melhoras na documentação do pacote.

• v0.0.3.1

  • a função csapAIH passa a ter um argumento cid = NULL, para identificar colunas com o CID em um data.frame;

  • a função desenhaCSAP recebe os argumentos val.dig = 0, para definir o nº de decimais nas porcentagens apresentadas nas barras do gráfico, e val.size = 2.5, para definir o tamanho das letras dos valores das barras;

  • criado o argumento sis com as opções "SIH" (padrão) e "SIM" em idadeSUS; finalmente a função pode ser utilizada para computar a idade nas bases da Declaração de Óbito no Sistema de Informações sobre Mortalidade

• v0.0.3

  As funções acrescentadas na versão 0.0.2 foram ampliadas: podem ser tabulados vetores sem todos os grupos de causa; grupos com frequência zero são excluídos do gráfico; o gráfico pode ser gerado com funções básicas, por demanda do usuário ou se ggplot2 não estiver instalado no sistema; quando gerado a partir de um banco de dados, o gráfico em ggplot pode ser estratificado segundo categorias de outras variáveis do banco. O cálculo da idade não é mais feito na função csapAIH, mas por uma nova função, idadeSUS, invocada por csapAIH e que também pode ser chamada independentemente sobre um "arquivo da AIH".

• v0.0.2

  Foram acrescentadas três funções ao pacote: descreveCSAP, desenhaCSAP e nomesgruposCSAP, para a realização de tabelas e gráficos com qualidade de impressão para artigos e apresentação de relatórios. Acrescentada dependência do pacote read.dbc para a leitura de arquivos comprimidos do DATASUS, em formato DBC.

• v0.0.1

  O pacote tem apenas uma função, csapAIH(), que permite trabalhar com um objeto no espaço de trabalho ou ler um arquivo com os dados. Se os dados tiverem a estrutura dos "arquivos da AIH" com uma definição mínima de variáveis, a função, com suas opções padrão, além de classificar a internação em CSAP, computa a idade em anos completos e em duas classificações etárias e permite a exclusão das AIHs de "longa permanência" e internações por alguns procedimentos obstétricos definidos.

References

Alfradique, Maria Elmira et al. Internações por condições sensíveis à atenção primária: a construção da lista brasileira como ferramenta para medir o desempenho do sistema de saúde (Projeto ICSAP - Brasil). Cadernos de Saúde Pública. 2009; 25(6): 1337-1349. Disponível em: https://doi.org/10.1590/S0102-311X2009000600016.

Brasil. Ministério da Saúde. Secretaria de Atenção à Saúde. Portaria No. 221, de 17 de abril de 2008. http://bvsms.saude.gov.br/bvs/saudelegis/sas/2008/prt0221_17_04_2008.html

Nedel FB. Pacote csapAIH: a Lista Brasileira de Internações por Condições Sensíveis à Atenção Primária no programa R. Epidemiol. Serv. Saúde. 2019; 28(2):e2019084. Disponível em: https://scielosp.org/article/ress/2019.v28n2/e2019084/pt/#

Nedel FB. csapAIH: uma função para a classificação das condições sensíveis à atenção primária no programa estatístico R. Epidemiol. Serv. Saúde. 2017; 26(1):199-209. Disponível em: http://scielo.iec.gov.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1679-49742017000100199&lng=pt.

See Also

Useful links:

• https://github.com/fulvionedel/csapAIH

fulvionedel/csapAIH documentation built on March 13, 2024, 4:31 p.m.