desenhaCSAP: Grafico das Condicoes Sensiveis a Atencao Primaria

In fulvionedel/csapAIH: Classificar Condições Sensíveis à Atenção Primária

Grafico das Condicoes Sensiveis a Atencao Primaria

Description

Desenha um gráfico de barras das CSAP por grupo de causa segundo a Lista Brasileira de Internações por Condições Sensíveis à Atenção Primária. Permite a lista oficial publicada em Portaria Ministerial, com 19 grupos de causa, ou a lista com 20 grupos, publicada por Alfradique et al.

Usage

desenhaCSAP(
  dados,
  lista = "MS",
  lang = "pt.ca",
  jaetabela = FALSE,
  tipo.graf = "ggplot",
  valores = "porcento",
  ordenar = TRUE,
  colorir = TRUE,
  porcentagens = TRUE,
  val.dig = 0,
  titulo = NULL,
  onde,
  quando = NULL,
  t.hjust = 1,
  t.size = 12,
  x.size = 10,
  y.size = 11,
  val.size = 2.5,
  limsup = NULL,
  ...
)

Arguments

dados	O objeto com as informações a serem desenhadas. Pode ser: (ver descreveCSAP) Um data.frame gerado pela função csapAIH, ou qualquer data.frame com uma variável chamada grupo com os grupos de causa da Lista Brasileira de CSAP, rotulados na mesma forma que os resultantes da função csapAIH, isto é, "g01", "g02", ..., "g19". Um objeto da classe factor) ou character com os grupos de causa CSAP, em ordem crescente de 1 a 19, conforme os grupos da Portaria do MS. nomeados de acordo com o resultado da função csapAIH. Esse vetor não precisa ser gerado pela função csapAIH, mas os grupos também devem ser rotulados da mesma forma que na função, isto é, "g01", "g02", ..., "g19".
lista	Lista de causas a ser considerada (v. detalhes); pode ser "MS" (padrão) para a lista publicada em portaria pelo Ministério da Saúde do Brasil ou "Alfradique" para a lista publicada no artigo de Alfradique et al.
lang	idioma em que se apresentam os nomes dos grupos; pode ser: "pt.ca" (default) para nomes em português com acentos; "pt.sa" para nomes em português sem acentos; "en" para nomes em inglês; ou "es" para nomes em castelhano.
jaetabela	Argumento lógico, cujo padrão é FALSE. TRUE indica que os dados são uma tabela pronta, que deve apenas ser graficada. A tabela pode ser um objeto de qualquer classe representando uma tabela com pelo menos duas colunas, sendo a primeira com uma identificação (não necessariamente o nome) do grupo CSAP conforme a Lista Brasileira e a segunda com o número de casos observado em cada grupo.
tipo.graf	"ggplot" (padrão) cria um gráfico com ggplot2; quando definido como "base", ou quando ggplot2 não está instalado, desenha um gráfico com as funções básicas.
valores	Argumento utilizado nos gráficos com ggplot2; "porcento" (padrão) desenha as barras em porcentagem, "contagem" as desenha em frequência absoluta. Veja em 'detalhes'.
ordenar	Argumento lógico. Se TRUE (padrão), as barras do gráfico serão ordenadas de maior a menor frequência de casos.
colorir	Argumento lógico ou para colorir as barras segundo demanda. TRUE (padrão), colore as barras com a paleta rainbow; FALSE, mantém como NULL os argumentos para a cor das barras nas funções de origem do gráfico, isto é barplot(..., col = NULL, ...) e geom_bar(fill = NULL), colorindo as barras de barplot em cinza e de ggplot em preto; "cinza" colore as barras em quatro tons de cinza de escuro a claro: os cinco grupos mais frequentes, os cinco seguintes, ..., os quatro últimos Aceita um vetor (de comprimento igual ao nº de grupos de causa CSAP (o nº de levels na variável grupos)) com os nomes ou códigos de cores.
porcentagens	Argumento lógico, válido apenas para gráficos com ggplot. Se TRUE (padrão), as barras terão escritas sobre elas a porcentagem do grupo de causa sobre o total de internações (ou o total de internações no estrato, em gráficos com facet_grid ou facet_wrap).
val.dig	Nº de decimais nos valores das barras; padrão é 0.
titulo	Título do gráfico; se NULL (default), não é gerado um título; se "auto", o argumento onde passa a ser obrigatório e a função gera um título para o gráfico a partir da informação de onde e do arquivo de dados ou do informado para o argumento quando. Se o argumento dados for um factor ou character, o argumento quando é obrigatório.
onde	Local, população de origem dos dados do gráfico; obrigatório se titulo = "auto".
quando	Período de referência dos dados; se a fonte de dados for um "arquivo da AIH" (RD??????.dbc), é automaticamente extraído do arquivo.
t.hjust	Valor para definição de ajuste horizontal do título, válido apenas para gráficos com ggplot. Default é 1.
t.size	Valor para definição do tamanho de letra do título, válido apenas para gráficos com ggplot. Default é 12.
x.size	Tamanho da letra do eixo x, válido apenas para gráficos com ggplot. Default é 10.
y.size	Tamanho da letra do eixo y, válido apenas para gráficos com ggplot. Default é 12.
val.size	Tamanho da letra dos valores das barras. Padrão é 2.5.
limsup	Valor para ajuste do espaçamento do eixo de frequências, válido apenas para gráficos com ggplot. Quando o eixo representa porcentagens, deve ser expresso em proporção.
...	Permite o uso de argumentos de plot e barplot

Details

O gráfico é desenhado com ggplot2. Portanto, segue essa filosofia e permite a adição de outros comandos ao objeto devolvido. O vetor grupos não precisa ser gerado com a função csapAIH, mas deve usar os mesmos caracteres de identificação dos grupos CSAP que o resultado da função, v.g. "g01", "g02", ..., "g19".

Value

Na opção padrão e com ggplot2 instalado, devolve um objeto das classes "gg" e "ggplot", com o gráfico.

See Also

csapAIH, descreveCSAP, ggplot, nomesgruposCSAP

Examples

library(csapAIH)
df   <- csapAIH(aih100) # Computar as CSAP, lista MS

#  Graficos com ggplot
# =====================

# Cria o grafico a partir do banco,
# uma vez que a variavel com os grupos se chama "grupo":
# ----------------------------------------------------------
# Com titulo "automatico":
desenhaCSAP(df, titulo = "auto", onde = "Rio Grande do Sul")

# Sem titulo e sem ordenacacao por frequencia:
desenhaCSAP(df, ordenar = FALSE)
#
# Com a lista de Alfradique et al.:
desenhaCSAP(csapAIH(aih100, "Alfradique"),
            lista = "Alfradique",
            titulo = "auto",
            onde = "Rio Grande do Sul")
desenhaCSAP(csapAIH(aih100, "Alfradique"), lista = "Alfradique", lang = "es")

# Cores
#-------
# Sem cores nas barras
desenhaCSAP(df, colorir = FALSE)

# Com as barras em tons de cinza
desenhaCSAP(df, colorir = "cinza")

# Com as barras em outra cor
desenhaCSAP(df, colorir = "yellow")
#
# Usando o banco todo pode-se tirar proveito de facilidades do ggplot2,
# como a reproducao do grafico por estratos de outras variaveis, como no
# exemplo abaixo com o sexo. Para isso temos de descolorir o grafico, que
# pode ser novamente colorido mais tarde. Como a ordenacao dos grupos de
# causa continua sendo feita pela frequencia da distribuicao global, aqui
# ela faz menos sentido.
  desenhaCSAP(df, ordenar = FALSE) +
    ggplot2::facet_wrap(~sexo)

# Cria o grafico a partir de uma variavel:
# ---------------------------------------
fator <- df$grupo
desenhaCSAP(fator)
carater <- as.character(fator)
desenhaCSAP(carater, limsup = 4.4)

# Se \code{titulo = "auto"}, o argumento \code{quando} eh obrigatorio:
## Not run: 
 desenhaCSAP(carater, titulo = "auto", onde = 'RS') # resulta em erro
 
## End(Not run)
 desenhaCSAP(carater, titulo = "auto", onde = "RS", quando = "jan/2012")
 desenhaCSAP(carater, titulo = "Título manual")

# Cria o grafico a partir de uma tabela com a primeira coluna contendo
# os 19 grupos de causa e a segunda coluna contendo o numero de casos:
# --------------------------------------------------------------------
tabela <- descreveCSAP(df)
desenhaCSAP(tabela, jaetabela = TRUE)
## Not run: 
# Resulta em erro, faltou o argumento 'quando'
desenhaCSAP(tabela, jaetabela = TRUE, titulo = "auto", onde = 'RS')

## End(Not run)
desenhaCSAP(tabela, jaetabela = TRUE,
            titulo = "auto", onde = "RS", quando = "jan/2012")
desenhaCSAP(tabela, jaetabela = TRUE, titulo = "Título manual")

#  Graficos com as funcoes basicas
# =================================
desenhaCSAP(df, tipo.graf = "base", titulo = "dados = banco")
desenhaCSAP(df$grupo, tipo.graf = "base", titulo = "dados = fator")
desenhaCSAP(tabela, jaetabela = TRUE, tipo.graf = "base", titulo = "dados = tabela")

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