#' Splits a MultiAssayExperiment in a list of tables
#'
#' @param multiassayexperiment MultiAssayExperiment
#' @return List of tables
#' @export
getTables_hdf5 <- function(multiassayexperiment, filename){
# Check that the input is a MultiAssayExperiment
if (!class(multiassayexperiment) == "MultiAssayExperiment")
stop("Input must be a 'MultiAssayExperiment' object \n")
## Aquí s'haurà de posar una funció per a convertir de muytiassayExperiment
## cap a taules hdf5 --> Potser només cal utilitzar les funcions de
## crear fitxer i crear matrius ..... amb això potser n'hi hauria prou.....
## però potser caldria repassar les opcions de crear matrius amb dimnames i les opcions
## de restaurar els noms dels dimnames.
##
#..# -- CODI ORIGINAL
#..# tables.list = list()
#..# for (assay in 1:length(multiassayexperiment)) {
#..# matrix.add <- as.matrix(assays(multiassayexperiment)[[assay]])
#..# tables.list[[names(assays(multiassayexperiment)[assay])]] <- t(matrix.add)
#..# }
#..# -- FI CODI ORIGINAL
tables.list <- list()
for (assay in 1:length(multiassayexperiment)) {
if(assay == 1){
Create_HDF5_matrix_file(filename, as.matrix(assays(multiassayexperiment)[[assay]]), "MGCCA_IN", names(assays(multiassayexperiment)[assay]))
tables.list[[assay]] <- names(assays(multiassayexperiment)[assay])
##..## rownames(assays(multiassayexperiment)[[1]])
##..## colnames(assays(multiassayexperiment)[[1]])
} else{
Create_HDF5_matrix(as.matrix(assays(multiassayexperiment)[[assay]]), filename, "MGCCA_IN", names(assays(multiassayexperiment)[assay]));
tables.list[[assay]] <- names(assays(multiassayexperiment)[assay])}
}
#..# class(tables.list) <- "ListMAE"
# Aquí potser estaria bé retornar els noms de les taules creades...
# es a dir els noms dels datasets que s'han creat ??
tables.list
}
print.listMAE <- function(listMAE) {
print(paste("Object of class ", class(listMAE), sep = ""))
print(paste(length(listMAE), " assays in the MultiAssayExperiment list:", sep = ""))
print(names(listMAE))
}
Add the following code to your website.
For more information on customizing the embed code, read Embedding Snippets.