diag.ess: Donn<c3><a9>es auto<c3><a9>cologiques d'une essence

In jprenaud-02/ecofloRe: Fonctions R pour Ecoflore

Description

Fonction qui importe les donn<c3><a9>es pour afficher le diagramme auto<c3><a9>cologique d'une ou plusieurs essences. Ces donn<c3><a9>es peuvent <c3><aa>tre affich<c3><a9>e gr<c3><a2>ce <c3><a0> la fonction diag.trop.hydr

Usage

diag.ess(ess, Rdata = NULL)

Arguments

ess	vecteur de caract<c3><a8>re contenant les noms des essences <c3><a0> extraire
Rdata	string, emplacement de la base de donn<c3><a9>es ECOFLORE.data <c3><a0> utiliser. Cette base de donn<c3><a9>es doit <c3><aa>tre au format .Rdata et comporter les data.frame suivants : ECOFLORE.liste, ECOFLORE.especes, ECOFLORE.GEI, ECOFLORE.abondance, ECOFLORE.essences. Si Rdata vaut NULL (d<c3><a9>faut), la base est charg<c3><a9>e avec ECOFLORE.data

Value

La fonction retourne un data.frame qui peut <c3><aa>tre afficher gr<c3><a2>ce <c3><a0> la fonction diag.trop.hydr

Ce data.frame contient les champs suivants : "xmin","ymin","xmax","ymax" (emplacement du rectangle); "fill", "alpha", "size", "color", "linetype" (param<c3><a8>tre graphique du rectangle, m<c3><aa>me signification que les param<c3><a8>tres ggplot); "label", "size.txt", "color.txt" : texte <c3><a0> afficher, couleur et taille du texte.

Author(s)

Victor Moinard

References

Bartoli et al 2000, Revue Foresti<c3><a8>re Fran<c3><a7>aise

Bruno et Bartoli 2001, Revue Foresti<c3><a8>re Fran<c3><a7>aise

See Also

Other ecofloRe: ECOFLORE.data, ReleveFloreChaux, ReleveFloreCoisia, diag.trop.hydr, eco.weighted.mean, ecofloRe, et, lireExcel2, lireExcel, view.ess, weighted.var

Examples

# On v<c3><a9>rifie les noms d'esp<c3><a8>ces et on charge les donn<c3><a9>es
view.ess()
essence<-diag.ess(c("C<c3><a8>dre de l'Atlas","PC_Fr<c3><aa>ne"))

##on peut modifier les donn<c3><a9>es d'affichage directement
##ex:
essence$fill[essence$label=="PC_Fr<c3><aa>ne"]<-"red"

# On affiche
vide<-data.frame(X=numeric(0),
                 Y=numeric(0),
                 IC_MIN_X=numeric(0),
                 IC_MAX_X=numeric(0),
                 IC_MIN_Y=numeric(0),
                 IC_MAX_Y=numeric(0),
                 groupe=character(0)
                 )

diag.trop.hydr(resultat=vide,IC=FALSE,type="points",essences = essence)



#SINON

# 1.on charge un relev<c3><a9> floristique

ReleveFloreCoisia
releve<-ReleveFloreCoisia
## on v<c3><a9>rifie les noms de champs
colnames(releve)

# 2.on calcul la position des relev<c3><a9>s dans le diagramme de Rameau

eco<-ecofloRe(releve,catalogue=c("PC"),merge=c("Nom_latin_fff","Nom_fr_fff"))
0
0
0
0
0
0

resultat<-eco$resultat

# 3.On peut grouper les relev<c3><a9>s

releve$groupe<-1

#4. On v<c3><a9>rifie les noms d'esp<c3><a8>ces et on charge les donn<c3><a9>es
view.ess()
essence<-diag.ess(c("C<c3><a8>dre de l'Atlas","PC_Fr<c3><aa>ne"))

# 5.On affiche
diag.trop.hydr(resultat=res$resultat,IC=FALSE,type="points",essences = essence)

jprenaud-02/ecofloRe documentation built on May 3, 2019, 7:06 p.m.