ecofloRe: Fonctions R pour Ecoflore

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Fonctions qui calcule la position d'un relev<c3><a9> floristique dans le diagramme troph-hydrique de Rameau. Il s'agit d'un cl<c3><b4>ne du logiciel cod<c3><a9> sous VBA par Michel Bartoli.

1 2	ecofloRe(releve, abdo = TRUE, Rdata = NULL, catalogue = c("MON", "PC", "MED"), enregistreChoix = TRUE, noBimodal = FALSE, merge = "CD_REF")

`releve`	un data.frame comportant les donn<c3><a9>es du relev<c3><a9> floristique, poss<c3><a9>dant les champs de types character : "$Releve" (identifiant du releve floristique), les champs character indiqu<c3><a9>s par l'argument `merge` (noms des plantes), et le champ character "$Abondance" si `abdo` est situ<c3><a9> <c3><a0> `TRUE`
`abdo`	bool<c3><a9>en, vaut `TRUE` par d<c3><a9>faut. Si `TRUE`, on prend en compte la pond<c3><a9>ration par le co<c3><a9>fficient d'abondance.
`Rdata`	string, emplacement de la base de donn<c3><a9>es ECOFLORE.data <c3><a0> utiliser. Cette base de donn<c3><a9>es doit <c3><aa>tre au format .Rdata et comporter les data.frame suivants : ECOFLORE.liste, ECOFLORE.especes, ECOFLORE.GEI, ECOFLORE.abondance, ECOFLORE.essences. Si Rdata vaut NULL (d<c3><a9>faut), la base est charg<c3><a9>e avec `ECOFLORE.data`
`catalogue`	vecteur de character pouvant contenir les champs "PC" (Plaines et Collines), "MON" (montagne) et/ou "MED" (m<c3><a9>diterran<c3><a9>e). Indique quel(s) catalogue la fonction doit utiliser.
`enregistreChoix`	bool<c3><a9>en. Si FALSE, la fonction demandera une seul fois <c3><a0> l'utilisateur le groupe de chaque esp<c3><a8>ce de bimodale. Si FALSE, la fonction demandera le groupe d'une esp<c3><a8>ce bimodale pour chaque relev<c3><a9> ou elle apparait.
`noBimodal`	bool<c3><a9>en. Si FALSE, on demande <c3><a0> l'utilisateur de choisir le groupe des plantes bimodales, si TRUE, les plantes bimodales sont retir<c3><a9>es de l'analyse.
`merge`	vecteur de character. Il s'agit du ou des noms de colonnes sur lesquelles la reconnaissance des esp<c3><a8>ces doit se faire. Les diff<c3><a9>rentes valeurs possibles peuvent <c3><aa>tre : "CD_REF", "Nom_fr_fff", Nom_latin_fff", "Nom_valide_mhn", "Nom_epure_mhn", "Nom_latin_mhn", "Nom_vern_mhn" (soit les colonnes de la table ECOFLORE.liste dans la base de donn<c3><a9>es ECOFLORE.data.Rdata)

La fonction ecofloRe attribue un groupe floristique <c3><a0> chaque plante du relev<c3><a9> floristique, <c3><a0> partir de la base de r<c3><a9>f<c3><a9>rence ECOFLORE.data.Rdata. La position de ce relev<c3><a9> dans le diagramme de Rameau est calcul<c3><a9> comme le barycentre pond<c3><a9>r<c3><a9> de ces groupes troph-hydriques.

La pond<c3><a9>ration se fait selon trois param<c3><a8>tres : l'inverse de l'amplitude du groupe (plus le groupe est large, moins il porte d'information), un co<c3><a9>fficient de surpond<c3><a9>ration attribu<c3><a9>e <c3><a0> dire d'expert et pr<c3><a9>sent dans la base de donn<c3><a9>e, et optionnelement une pond<c3><a9>ration selon le co<c3><a9>fficient d'abondance.

L'utilisateur doit rentrer dans la fonction quel groupe doit <c3><aa>tre utilis<c3><a9> pour les plantes bimodales.

une liste compos<c3><a9>e de deux data.frame.

le data.frame "resultat" contient la position de chaque relev<c3><a9> floristique dans le diagramme de Rameau

Les champs du data.frame resultat signifient : "X" = position trophique. "Y" = position hydrique. "IC_MIN_*"=coordonn<c3><a9>es basse de l'intervalle de confiance sur l'axe * . "IC_MAX_*"=idem mais avec la coordonn<c3><a9>es haute. "groupe"=regroupement des relev<c3><a9>s floristiques (ex: "bloc 1"/"bloc 2", ou "site 1"/"site 2")

le data.frame "releve" contient l'information de bioindiction pour chaque esp<c3><a8>ce de plante (<c3><a0> quelle groupe elle appartient, quelle est sa position et son importance, etc)

Le package data.table est requis

Victor Moinard (redacteur), bas<c3><a9> sur des scripts de Didier Fran<c3><a7>ois et Jean_Pierre Renaud

Bartoli et al 2000, Revue Foresti<c3><a8>re Fran<c3><a7>aise

Bruno et Bartoli 2001, Revue Foresti<c3><a8>re Fran<c3><a7>aise

Other ecofloRe: ECOFLORE.data, ReleveFloreChaux, ReleveFloreCoisia, diag.ess, diag.trop.hydr, eco.weighted.mean, et, lireExcel2, lireExcel, view.ess, weighted.var

# 1.on charge un relev<c3><a9> floristique

ReleveFloreCoisia
coisia<-ReleveFloreCoisia

ReleveFloreChaux
chaux<-ReleveFloreChaux

## on v<c3><a9>rifie les noms de champs
colnames(coisia)
colnames(chaux)

# 2.on calcul la position des relev<c3><a9>s dans le diagramme de Rameau,
#   bas<c3><a9> sur le catalogue "Plaine et Collines"

eco1<-ecofloRe(coisia,catalogue=c("PC"),merge=c("Nom_latin_fff","Nom_fr_fff"))
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eco1$resultat
eco1$releve

eco2<-ecofloRe(chaux,catalogue=c("PC"),noBimodal=TRUE,merge=c("CD_REF"))
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