diag.trop.hydr: Diagramme trophy-hydrique de Rameau
In jprenaud-02/ecofloRe: Fonctions R pour Ecoflore

Description Usage Arguments Details Value Note Author(s) References See Also Examples

Fonction qui prend en entr<c3><a9>e les positions de relev<c3><a9>es floristiques (output de la fonction ecofloRe), et qui les places dans le diagramme troph-hydrique de Rameau

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diag.trop.hydr(resultat, IC = TRUE, type = "points", couleurs = NA,
  alpha = 1, rect.fill = "grey70", rect.linetype = 1, rect.size = 1,
  rect.col = "grey50", essences = data.frame(), legende.titre = "Groupe")

`resultat`	un data.frame issu de la fonction `ecofloRe` qui contient les colonnes X, Y, IC_MIN_X, IC_MAX_X, IC_MIN_Y, IC_MAX_Y, groupe
`IC`	bool<c3><a9>en. Si type= "point", doit-on voire les intervalles de confiance ?
`type`	string designant le type d'affichage. Doit <c3><aa>tre parmis la liste : "points, "labels", "couleurs", "couleurs.IC", "couleurs.large"
`couleurs`	couleurs des points si type = "points" ou "label"
`alpha`	transparence des rectangles si type ="couleurs", "couleurs.IC", "couleurs.large"
`rect.fill`	couleurs de fond les rectangles si type ="couleurs", "couleurs.IC", "couleurs.large"
`rect.linetype`	type de lignes autours des rectangles si type ="couleurs", "couleurs.IC", "couleurs.large"
`rect.size`	taille de lignes autours des rectangles si type ="couleurs", "couleurs.IC", "couleurs.large"
`rect.col`	couleurs de lignes autours des rectangles si type ="couleurs", "couleurs.IC", "couleurs.large"
`essences`	un data.frame issu de la fonction diag.ess avec les essences dont on veut afficher le diagramme. Voir d<c3><a9>tails.
`legende.titre`	string, titre de la l<c3><a9>gende

Les champs du param<c3><a8>tre resultat signifient : "X" = position trophique. "Y" = position hydrique. "IC_MIN_*"=coordonn<c3><a9>es basse de l'intervalle de confiance sur l'axe * . "IC_MAX_*"=idem mais avec la coordonn<c3><a9>es haute. "groupe"=regroupement des relev<c3><a9>s floristiques (ex: "bloc 1"/"bloc 2", ou "site 1"/"site 2")

Les noms des param<c3><a8>tres graphiques sont bas<c3><a9>es sur les noms de param<c3><a8>treq ggplot.

essences doit contenir les champs suivants : "xmin","ymin","xmax","ymax" (emplacement du rectangle); "fill", "alpha", "size", "color", "linetype" (param<c3><a8>tre graphique du rectangle, m<c3><aa>me signification que les param<c3><a8>tres ggplot); "label", "size.txt", "color.txt" : texte <c3><a0> afficher, couleur et taille du texte.

La fonction ecofloRe renvoie un data.frame resultat sans champ "groupe", ce champ doit donc <c3><aa>tre rajout<c3><a9> manuellement

Les types de graphiques. "points" : des croix (avec o<c3><b9> sans intervalles de confiances si IC=TRUE ou IC=FALSE). "label" : noms des relev<c3><a9>s. "couleurs": On colorie la case dans laquelle tombe le point. "couleurs.IC" : rectangle autour de l'intervalle de confiance. "couleurs.large" : on colorie toutes les cases touch<c3><a9>es par l'intervalle de confiance.

un objet ggplot avec le diagramme qui peut-<c3><aa>tre affich<c3><a9> ou modifi<c3><a9>

Le package ggplot est requis.

Victor Moinard (redacteur), bas<c3><a9> sur des scripts de Didier Fran<c3><a7>ois et Jean_Pierre Renaud

Bartoli et al 2000, Revue Foresti<c3><a8>re Fran<c3><a7>aise

Bruno et Bartoli 2001, Revue Foresti<c3><a8>re Fran<c3><a7>aise

Other ecofloRe: ECOFLORE.data, ReleveFloreChaux, ReleveFloreCoisia, diag.ess, eco.weighted.mean, ecofloRe, et, lireExcel2, lireExcel, view.ess, weighted.var

# 1.on charge un relev<c3><a9> floristique
ReleveFloreCoisia
coisia<-ReleveFloreCoisia

ReleveFloreChaux
chaux<-ReleveFloreChaux

# 2.on calcul la position des relev<c3><a9>s dans le diagramme de Rameau

eco1<-ecofloRe(coisia,catalogue=c("PC"),merge=c("Nom_latin_fff","Nom_fr_fff"))
0
0
0
0
0
0

resultatCoisia<-eco1$resultat

eco2<-ecofloRe(chaux,catalogue=c("PC"),noBimodal=TRUE,merge=c("CD_REF"))
0
0
0
0
0
0

resultatChaux<-eco2$resultat

# 3.On peut grouper les relev<c3><a9>s

resultatCoisia$groupe<-1
resultatCoisia$groupe<-c("bloc 1","bloc 1","bloc 2","bloc 1","bloc 2","bloc 1","bloc 1",
                         "bloc 1","bloc 2","bloc 2","bloc 2","bloc 2","ext","bloc 2")

resultatChaux$groupe<-resultatChaux$Releve

# 4.on affiche le diagramme

diag.trop.hydr(resultat=resultatCoisia,IC=FALSE,type="points",legende.titre="Bloc")
diag.trop.hydr(resultat=resultatChaux,IC=FALSE,type="points",legende.titre="Station")
diag.trop.hydr(resultat=resultatCoisia,IC=TRUE,type="points")
diag.trop.hydr(resultat=resultatCoisia,IC=TRUE,type="points",couleurs ="red")
diag.trop.hydr(resultat=resultatCoisia,IC=FALSE,type="couleurs",rect.col="black")
diag.trop.hydr(resultat=resultatCoisia,IC=FALSE,type="couleurs.IC")
diag.trop.hydr(resultat=resultatChaux,IC=FALSE,type="couleurs.IC")
diag.trop.hydr(resultat=resultatCoisia,IC=FALSE,type="couleurs.large",rect.col = "black")
diag.trop.hydr(resultat=resultatCoisia,IC=FALSE,type="couleurs",rect.col="red")
diag.trop.hydr(resultat=resultatCoisia,IC=FALSE,type="couleurs.IC",
               alpha=0.1,rect.fill = "black",rect.linetype=0)
diag.trop.hydr(resultat=resultatCoisia,IC=FALSE,type="couleurs.large",
               alpha=0.1,rect.fill="black",rect.col = "black")
diag.trop.hydr(resultat=resultatCoisia,IC=FALSE,type="couleurs",alpha=0.1,
               rect.fill="black",rect.col = "black")


# 5.on peut rajouter les diagrammes des essences
view.ess()
essence<-diag.ess(c("C<c3><a8>dre de l'Atlas","PC_Fr<c3><aa>ne"))

##on peut modifier les donn<c3><a9>es d'affichage directement
##ex:
essence$fill[essence$label=="PC_Fr<c3><aa>ne"]<-"red"

##on peut rajouter des lignes :
station<-data.frame(xmin=1,
                    xmax=3,
                    ymin=5,
                    ymax=6,
                    fill="green",
                    alpha=0.5,
                    color="black",
                    color.txt="black",
                    size=1,
                    size.txt=3,
                    linetype=1,
                    label="Station XX"
)
essence<-rbind(essence,station)

##on affiche
diag.trop.hydr(resultat=resultatCoisia,IC=FALSE,type="points",essences = essence)