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Tlamatini: Funciones utiles para biologxs y ecologxs confundidos con los modelos lineales

as_factorALLConvertir a factor todas las variables tipo caracter de un...
auto_mfrowFuncion para auto mfrow tomada de la paqueteria mjcgraphics
boxplot_emmeansBoxplot con pvalues obtenidos con emmeans
charSummaryResumen de las variables caracter o factor de un dataframe
chisq.post.hocContrastes post hoc de una matriz de datos con chi-cuadrada
chisq.post.hoc.filasContrastes post hoc de una matriz de datos con chi-cuadrada
data_removeRemover columnas
data.treeGraficar estructura anidada de los datos
detach_paquetesDesmontar paquetes cargados en el espacio de trabajo
dispfunParametro de dispersion de un modelo poisson, o binomial...
dispfun2Parametro de dispersion de un modelo poisson, o binomial...
escalar_datosEstandarizar las variables de un dataframe
fam_link_merFunción para determinar la familia de distribución y la...
format_p_valuesFormato de valores de p
geom_split_violinSplit violin geom
ggpairs_dfnumggpairs_dfnum Matriz de correlación
gsv_helpergeom_split_violin_HELPER
hist_curvaGrafica un histograma de frecuencias y qqplot de una variable
limpiar_nombresLimpia los nombres de un objeto (normalmente un data.frame).
limpiar_nombres2Limpia un vector de texto, que suele contener los nombres de...
lineplot_emmeansLineplot con pvalues obtenidos con emmeans
man/as_factorALLConvertir a factor todas las variables tipo caracter de un...
man/auto_mfrowFuncion para auto mfrow tomada de la paqueteria mjcgraphics
man/boxplot_emmeansBoxplot con pvalues obtenidos con emmeans
man/charSummaryResumen de las variables caracter o factor de un dataframe
man/chisq.post.hocContrastes post hoc de una matriz de datos con chi-cuadrada
man/chisq.post.hoc.filasContrastes post hoc de una matriz de datos con chi-cuadrada
man/data_removeRemover columnas
man/data.treeGraficar estructura anidada de los datos
man/detach_paquetesDesmontar paquetes cargados en el espacio de trabajo
man/dispfunParametro de dispersion de un modelo poisson, o binomial...
man/dispfun2Parametro de dispersion de un modelo poisson, o binomial...
man/escalar_datosEstandarizar las variables de un dataframe
man/fam_link_merFunción para determinar la familia de distribución y la...
man/format_p_valuesFormato de valores de p
man/geom_split_violinSplit violin geom
man/ggpairs_dfnumggpairs_dfnum Matriz de correlación
man/gsv_helpergeom_split_violin_HELPER
man/hist_curvaGrafica un histograma de frecuencias y qqplot de una variable
man/limpiar_nombresLimpia los nombres de un objeto (normalmente un data.frame).
man/limpiar_nombres2Limpia un vector de texto, que suele contener los nombres de...
man/lineplot_emmeansLineplot con pvalues obtenidos con emmeans
man/mu_to_uConstante para ayudar a cambiar de mu a u
man/NA.ceroSustituir todos los NA por ceros.
man/NA.cualquieraSustituir los NA de un vector por cualquier valor deseado
man/NA.quitarEliminar los NA de una columna o varias columnas a la vez
man/NA.quitarEspecialReemplazar caracteres especiales por NA
man/norm.ad.gruposPrueba de normalidad de Anderson-Darling por grupos.
man/norm.lks.gruposPrueba de normalidad de Lilliefors (Kolmogorov-Smirnov) por...
man/norm.shapiro.gruposPrueba de normalidad de Shapiro-Wilk por grupos.
man/numSummaryResumen de las variables numericas de un dataframe
man/optimizeGLMMProbar optimizadores en modelo glmmTMB
man/optimizeGLMM2Probar optimizadores en modelo glmmTMB
man/outlier.findEncuentra los outliers de un dataframe
man/outlierKDEncuentra y remueve los outliers de una variable
man/outliers.DHARMaEncontrar outliers de un modelo con paqueteria DHARMa
man/outliers.glmEncontrar outliers de un GLM
man/outliers.plotEncontrar los outliers de un LM, GLM
man/outliers.plot2Encontrar los outliers de un LM, GLM
man/outliers.plot3Encontrar los outliers de un LM, LMM, GLM
man/pipePipe
man/plot_blankFuncion complementaria de auto mfrow tomada de la paqueteria...
man/plot_effectsGraficar effectos de un LM, LMM, GLM, GLMM
man/plot_effects2Graficar effectos de un LM, LMM, GLM, GLMM
man/plot_effects3Graficar effectos de un LM, LMM, GLM, GLMM
man/resid_DHARMaGrafico de residuales de un modelo LM, LMM, GLM, GLMM, GAM,...
man/resid_DHARMa2Grafico complementario de residuales de un modelo LM, LMM,...
man/resid_plotGrafica de residuales de un modelo. Version 2
man/sin_cerosDFQuitar todos los ceros de un dataframe, para quedarnos con...
man/table_ANOVA2Extraer tabla de ANOVA Tipo II
man/table_ANOVA3Extraer tabla de ANOVA Tipo III
man/table_ANOVA3FExtraer tabla de ANOVA Tipo III usando el estadistico F
man/table_contrastsExportar tabla de contrastes post hoc
man/table_contrasts2Exportar tabla de contrastes post hoc. Tres variables en...
man/table_contrasts_lettersExtraer los contrastes post hoc y representar las diferencias...
man/table_meansExportar tabla de medias, SE e intervalos de confianza de un...
man/table.modelsExportar tabla de un modelo
man/tema_articulo#' Tema 1 de ggplot predefinidos por mi para publicaciones
man/tema_articulo2Tema con valores predeterminados minimalistas (en mi opinion)...
man/tema_presentacionTema con valores predeterminados minimalistas (en mi opinion)...
man/trans.01.betaTransformar variable para ajustar regresión beta, util para...
man/trans.arcsineTransformar variable con arcsine, proporciones
man/trans.back.01.betaRe-transformar variable usada en regresión beta, util para...
man/trans.back.arcsineRe-transformar variable con arcsine
man/trans.back.logitRe-transformar variable con transformación logit
man/trans.binomialConvertir en 0 y 1 un vector numerico
man/trans.logitTransformar variable con logit
man/unscale.coefDesescalar coeficientes previamente escalados y centrados.
man/unscale.visreg.xaxisDesescalar coeficientes previamente escalados y centrados,...
man/vacio.as.NAConvierte celdas vacias en NA
man/VIFObtener el VIF de un dataframe solo tomando en cuenta...
man/VIF_modelRevisar la multicolinealidad de las variables del modelo
man/VIF_plotGrafica el Variance Inflation Factor (VIF) de un modelo
man/violinplot_emmeansViolinplot con pvalues obtenidos con emmeans
man/yzeroHacer cero absoulto en eje Y de ggplot
mu_to_uConstante para ayudar a cambiar de mu a u
NA.ceroSustituir todos los NA por ceros.
NA.cualquieraSustituir los NA de un vector por cualquier valor deseado
NA.quitarEliminar los NA de una columna o varias columnas a la vez
NA.quitarEspecialReemplazar caracteres especiales por NA
norm.ad.gruposPrueba de normalidad de Anderson-Darling por grupos.
norm.lks.gruposPrueba de normalidad de Lilliefors (Kolmogorov-Smirnov) por...
norm.shapiro.gruposPrueba de normalidad de Shapiro-Wilk por grupos.
numSummaryResumen de las variables numericas de un dataframe
optimizeGLMMProbar optimizadores en modelo glmmTMB
optimizeGLMM2Probar optimizadores en modelo glmmTMB
outlier.findEncuentra los outliers de un dataframe
outlierKDEncuentra y remueve los outliers de una variable
outliers.DHARMaEncontrar outliers de un modelo con paqueteria DHARMa
outliers.glmEncontrar outliers de un GLM
outliers.plotEncontrar los outliers de un LM, GLM
outliers.plot2Encontrar los outliers de un LM, GLM
outliers.plot3Encontrar los outliers de un LM, LMM, GLM
pipePipe
plot_blankFuncion complementaria de auto mfrow tomada de la paqueteria...
plot_effectsGraficar effectos de un LM, LMM, GLM, GLMM
plot_effects2Graficar effectos de un LM, LMM, GLM, GLMM
plot_effects3Graficar effectos de un LM, LMM, GLM, GLMM
resid_DHARMaGrafico de residuales de un modelo LM, LMM, GLM, GLMM, GAM,...
resid_DHARMa2Grafico complementario de residuales de un modelo LM, LMM,...
resid_plotGrafica de residuales de un modelo. Version 2
sin_cerosDFQuitar todos los ceros de un dataframe, para quedarnos con...
table_ANOVA2Extraer tabla de ANOVA Tipo II
table_ANOVA3Extraer tabla de ANOVA Tipo III
table_ANOVA3FExtraer tabla de ANOVA Tipo III usando el estadistico F
table_contrastsExportar tabla de contrastes post hoc
table_contrasts2Exportar tabla de contrastes post hoc. Tres variables en...
table_contrasts_lettersExtraer los contrastes post hoc y representar las diferencias...
table_meansExportar tabla de medias, SE e intervalos de confianza de un...
table.modelsExportar tabla de un modelo
tema_articulo#' Tema 1 de ggplot predefinidos por mi para publicaciones
tema_articulo2Tema con valores predeterminados minimalistas (en mi opinion)...
tema_presentacionTema con valores predeterminados minimalistas (en mi opinion)...
trans.01.betaTransformar variable para ajustar regresión beta, util para...
trans.arcsineTransformar variable con arcsine, proporciones
trans.back.01.betaRe-transformar variable usada en regresión beta, util para...
trans.back.arcsineRe-transformar variable con arcsine
trans.back.logitRe-transformar variable con transformación logit
trans.binomialConvertir en 0 y 1 un vector numerico
trans.logitTransformar variable con logit
unscale.coefDesescalar coeficientes previamente escalados y centrados.
unscale.visreg.xaxisDesescalar coeficientes previamente escalados y centrados,...
vacio.as.NAConvierte celdas vacias en NA
VIFObtener el VIF de un dataframe solo tomando en cuenta...
VIF_modelRevisar la multicolinealidad de las variables del modelo
VIF_plotGrafica el Variance Inflation Factor (VIF) de un modelo
violinplot_emmeansViolinplot con pvalues obtenidos con emmeans
yzeroHacer cero absoulto en eje Y de ggplot
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