man/R/table_contrasts2.R

In mariosandovalmx/tlamatini: Tlamatini: Funciones utiles para biologxs y ecologxs confundidos con los modelos lineales

#' Exportar tabla de contrastes post hoc. Tres variables en interacción
#'
#' Extraer los contrastes de un modelo, para generar una tabla en HTML copiable en Word. Esta funcion se usa
#' cuando tenemos contrastes entre tres grupos, por ejemplo la interacción entre tratamiento x tipo x  sexo.
#' Para usar esta función es necesario crear un objeto con los contrastes previamente hechos con la
#' paqueteria emmeans.
#' @param cont.emmeans Contrastes hechos con emmeans de un modelo LM,GLM, GLMM, GAM, LMM, etc.
#'
#' @return Tabla de contrastes.
#' @export
#'
#' @examples
#' #ejemplo, no correr:
#' #cont2 <- emmeans(modelo, pairwise ~ Sexo|tratamiento|tipo, adjust="tukey")$contrasts
#' #table_contrasts2(cont2)
#' @encoding UTF-8
#' @importFrom sjPlot tab_df

table_contrasts2 <- function(cont.emmeans){

  contrastes<- as.data.frame(cont.emmeans)
  contrastes<- contrastes#[,c(1:8)]



  if("ratio" %in% colnames(contrastes))
  { contrastes$ratio <-as.numeric(substr(contrastes$ratio, start = 1, stop = 5));
  } else if("odds.ratio" %in% colnames(contrastes)){
    contrastes$odds.ratio <-as.numeric(substr(contrastes$odds.ratio, start = 1, stop = 5))
  } else {
    contrastes$estimate <-as.numeric(substr(contrastes$estimate, start = 1, stop = 5))
  }
  contrastes$SE<- as.numeric(substr(contrastes$SE, start = 1, stop = 5))

  if("t.ratio" %in% colnames(contrastes))
  { contrastes$t.ratio <- as.numeric(substr(contrastes$t.ratio, start = 1, stop = 5));}
  else{
    contrastes$z.ratio <-as.numeric(substr(contrastes$z.ratio, start = 1, stop = 5))
  }

  contrastes$p.value<-format(contrastes$p.value, scientific = FALSE)
  contrastes$p.value <- as.numeric(substr(contrastes$p.value, start = 1, stop = 5))
  contrastes$p.value[contrastes$p.value <= 0.000] <- "<0.001"

  sjPlot::tab_df(contrastes, digits = 3)
}