'UniteSEGtmp_Illum' <- function(tmp, p_BAF)
{
tmp = UniteSEGtmp_one(tmp)
if (p_BAF>0.05) {
FL = TRUE
while (FL) {
FL = FALSE
for (k in 2:(dim(tmp)[1]-1)) {
if ((tmp[k-1,GAP::.GapEnv$c_chr]==tmp[k+1,GAP::.GapEnv$c_chr])&&(tmp[k-1,GAP::.GapEnv$c_CN]==tmp[k+1,GAP::.GapEnv$c_CN])&&(tmp[k-1,GAP::.GapEnv$c_BA]==tmp[k+1,GAP::.GapEnv$c_BA])&&(tmp[k+1,GAP::.GapEnv$c_BA]!=0)&&(tmp[k,GAP::.GapEnv$c_CN]==tmp[k+1,GAP::.GapEnv$c_CN])&&(tmp[k,GAP::.GapEnv$c_BA]==0)&&(tmp[k,GAP::.GapEnv$c_len]<100)) {
tmp[k,GAP::.GapEnv$c_BA] = tmp[k+1,GAP::.GapEnv$c_BA]
FL = TRUE
}
}
for (k in 2:(dim(tmp)[1]-1)) {
if ((tmp[k,GAP::.GapEnv$c_BA]==0)&&(tmp[k,GAP::.GapEnv$c_len]<100)) {
if ((tmp[k,GAP::.GapEnv$c_chr]==tmp[k+1,GAP::.GapEnv$c_chr])&&(tmp[k,GAP::.GapEnv$c_CN]==tmp[k+1,GAP::.GapEnv$c_CN])&&(tmp[k+1,GAP::.GapEnv$c_BA]!=0)&&((tmp[k-1,GAP::.GapEnv$c_CN]!=tmp[k,GAP::.GapEnv$c_CN])||(tmp[k-1,GAP::.GapEnv$c_chr]!=tmp[k,GAP::.GapEnv$c_chr]))) {
tmp[k,GAP::.GapEnv$c_BA] = tmp[k+1,GAP::.GapEnv$c_BA]
FL = TRUE
}
if ((tmp[k,GAP::.GapEnv$c_chr]==tmp[k-1,GAP::.GapEnv$c_chr])&&(tmp[k,GAP::.GapEnv$c_CN]==tmp[k-1,GAP::.GapEnv$c_CN])&&(tmp[k-1,GAP::.GapEnv$c_BA]!=0)&&((tmp[k+1,GAP::.GapEnv$c_CN]!=tmp[k,GAP::.GapEnv$c_CN])||(tmp[k+1,GAP::.GapEnv$c_chr]!=tmp[k,GAP::.GapEnv$c_chr]))) {
tmp[k,GAP::.GapEnv$c_BA] = tmp[k-1,GAP::.GapEnv$c_BA]
FL = TRUE
}
}
}
if ((tmp[1,GAP::.GapEnv$c_BA]==0)&&(tmp[k,GAP::.GapEnv$c_len]<100)) {
if ((tmp[1,GAP::.GapEnv$c_chr]==tmp[2,GAP::.GapEnv$c_chr])&&(tmp[1,GAP::.GapEnv$c_CN]==tmp[2,GAP::.GapEnv$c_CN])&&(tmp[2,GAP::.GapEnv$c_BA]!=0)) {
tmp[1,GAP::.GapEnv$c_BA] = tmp[2,GAP::.GapEnv$c_BA]
FL = TRUE
}
}
k = dim(tmp)[1]
if ((tmp[k,GAP::.GapEnv$c_BA]==0)&&(tmp[k,GAP::.GapEnv$c_len]<100)) {
if ((tmp[k,GAP::.GapEnv$c_chr]==tmp[k-1,GAP::.GapEnv$c_chr])&&(tmp[k,GAP::.GapEnv$c_CN]==tmp[k-1,GAP::.GapEnv$c_CN])&&(tmp[k-1,GAP::.GapEnv$c_BA]!=0)) {
tmp[k,GAP::.GapEnv$c_BA] = tmp[k-1,GAP::.GapEnv$c_BA]
FL = TRUE
}
}
tmp = UniteSEGtmp_one(tmp)
}
}
return(invisible(tmp))
}
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