R/parseFuns.R

In nlmixr2/rxode2: Facilities for Simulating from ODE-Based Models

.parseEnv$.parseFuns <- c("gammafn", "lgammafn", "lgamma", "loggamma", "digamma", "trigamma", 
"tetragamma", "pentagamma", "cospi", "sinpi", "tanpi", "log1p", 
"expm1", "factorial", "lfactorial", "lgamma1p", "log10", "log2", 
"log1pexp", "phi", "pnorm", "normcdf", "qnorm", "fabs", "pow", 
"R_pow", "R_pow_di", "Rx_pow_di", "Rx_pow", "lbeta", "abs", "acos", 
"acosh", "asin", "asinh", "atan", "atan2", "atanh", "beta", "cos", 
"cosh", "erf", "erfc", "exp", "gamma", "linCmtA", "linCmtC", 
"linCmtB", "log", "polygamma", "rxTBS", "rxTBSi", "rxTBSd", "rxTBSd2", 
"sin", "sinh", "sqrt", "tan", "tanh", "gammap", "floor", "round", 
"ceil", "trunc", "bessel_i", "bessel_j", "bessel_k", "bessel_y", 
"logspace_add", "logspace_sub", "fmax2", "fmin2", "sign", "fsign", 
"fprec", "fround", "ftrunc", "transit", "gammaq", "gammapDer", 
"gammapInv", "gammapInva", "gammaqInv", "gammaqInva", "lowergamma", 
"uppergamma", "max", "min", "logit", "expit", "probit", "probitInv", 
"tlast", "tlast0", "tfirst", "tfirst0", "lag", "lead", "dose", 
"podo", "dose0", "podo0", "dabs", "dabs2", "abs1", "dabs1", "erfinv", 
"abs0", "dosenum", "first", "last", "diff", "is.nan", "is.na", 
"is.finite", "is.infinite", "llikPois", "llikPoisDlambda", "llikBinom", 
"llikBinomDprob", "llikNbinom", "llikNbinomDprob", "llikNbinomMu", 
"llikNbinomMuDmu", "llikBeta", "llikBetaDshape1", "llikBetaDshape2", 
"llikT", "llikTDdf", "llikTDmean", "llikTDsd", "llikChisq", "llikChisqDdf", 
"llikExp", "llikExpDrate", "llikF", "llikFDdf1", "llikFDdf2", 
"llikGeom", "llikGeomDprob", "llikUnif", "llikUnifDalpha", "llikUnifDbeta", 
"llikWeibull", "llikWeibullDshape", "llikWeibullDscale", "llikGamma", 
"llikGammaDshape", "llikGammaDrate", "llikCauchy", "llikCauchyDlocation", 
"llikCauchyDscale", "llikNorm", "llikNormDmean", "llikNormDsd", 
"llikXPois", "llikXPoisDlambda", "llikXBinom", "llikXBinomDprob", 
"llikXNbinomMu", "llikXNbinomMuDmu", "llikXNbinom", "llikXNbinomDprob", 
"llikXBeta", "llikXBetaDshape1", "llikXBetaDshape2", "llikXT", 
"llikXTDdf", "llikXTDmean", "llikXTDsd", "llikXChisq", "llikXChisqDdf", 
"llikXExp", "llikXExpDrate", "llikXF", "llikXFDdf1", "llikXFDdf2", 
"llikXGeom", "llikXGeomDprob", "llikXUnif", "llikXUnifDalpha", 
"llikXUnifDbeta", "llikXWeibull", "llikXWeibullDshape", "llikXWeibullDscale", 
"llikXGamma", "llikXGammaDshape", "llikXGammaDrate", "llikXCauchy", 
"llikXCauchyDlocation", "llikXCauchyDscale", "llikXNorm", "llikXNormDmean", 
"llikXNormDsd", "ReLU", "dReLU", "GELU", "dGELU", "d2GELU", "d3GELU", 
"d4GELU", "ELU", "dELU", "d2ELU", "d2aELU", "dELUa", "d2ELUa", 
"softplus", "dsoftplus", "d2softplus", "d3softplus", "d4softplus", 
"SELU", "dSELU", "lReLU", "dlReLU", "PReLU", "dPReLU", "d2PReLU", 
"dPReLUa", "dPReLUa1", "Swish", "dSwish", "linCmt", "rnorm", 
"rxnorm", "rxbinom", "rbinom", "rxcauchy", "rcauchy", "rchisq", 
"rxchisq", "rexp", "rxexp", "rbeta", "rxbeta", "rgeom", "rxgeom", 
"rxpois", "rpois", "rxt", "rt")
.parseEnv$.parseNum <- c(lgamma = 1, abs = 1, acos = 1, acosh = 1, asin = 1, asinh = 1, 
atan = 1, atan2 = 2, atanh = 1, beta = 2, cos = 1, cosh = 1, 
erf = 1, erfc = 1, exp = 1, gamma = 1, linCmtA = 20, linCmtC = 20, 
linCmtB = 21, log = 1, polygamma = 2, rxTBS = 5, rxTBSi = 5, 
rxTBSd = 5, rxTBSd2 = 5, sin = 1, sinh = 1, sqrt = 1, tan = 1, 
tanh = 1, gammap = 2, floor = 1, round = 1, ceil = 1, trunc = 1, 
bessel_i = 3, bessel_j = 2, bessel_k = 3, bessel_y = 2, logspace_add = 2, 
logspace_sub = 2, fmax2 = 2, fmin2 = 2, sign = 1, fsign = 2, 
fprec = 2, fround = 2, ftrunc = 2, transit = NA, gammaq = 2, 
gammapDer = 2, gammapInv = 2, gammapInva = 2, gammaqInv = 2, 
gammaqInva = 2, lowergamma = 2, uppergamma = 2, max = NA, min = NA, 
logit = NA, expit = NA, probit = NA, probitInv = NA, tlast = NA, 
tlast0 = NA, tfirst = NA, tfirst0 = NA, lag = NA, lead = NA, 
dose = NA, podo = NA, dose0 = NA, podo0 = NA, dabs = 1, dabs2 = 1, 
abs1 = 1, dabs1 = 1, erfinv = 1, abs0 = 1, dosenum = 0, first = 1, 
last = 1, diff = 1, is.nan = 1, is.na = 1, is.finite = 1, is.infinite = 1, 
llikPois = 2, llikPoisDlambda = 2, llikBinom = 3, llikBinomDprob = 3, 
llikNbinom = 3, llikNbinomDprob = 3, llikNbinomMu = 3, llikNbinomMuDmu = 3, 
llikBeta = 3, llikBetaDshape1 = 3, llikBetaDshape2 = 3, llikT = 4, 
llikTDdf = 4, llikTDmean = 4, llikTDsd = 4, llikChisq = 2, llikChisqDdf = 2, 
llikExp = 2, llikExpDrate = 2, llikF = 3, llikFDdf1 = 3, llikFDdf2 = 3, 
llikGeom = 2, llikGeomDprob = 2, llikUnif = 3, llikUnifDalpha = 3, 
llikUnifDbeta = 3, llikWeibull = 3, llikWeibullDshape = 3, llikWeibullDscale = 3, 
llikGamma = 3, llikGammaDshape = 3, llikGammaDrate = 3, llikCauchy = 3, 
llikCauchyDlocation = 3, llikCauchyDscale = 3, llikNorm = 3, 
llikNormDmean = 3, llikNormDsd = 3, llikXPois = 3, llikXPoisDlambda = 3, 
llikXBinom = 4, llikXBinomDprob = 4, llikXNbinomMu = 4, llikXNbinomMuDmu = 4, 
llikXNbinom = 4, llikXNbinomDprob = 4, llikXBeta = 4, llikXBetaDshape1 = 4, 
llikXBetaDshape2 = 4, llikXT = 5, llikXTDdf = 5, llikXTDmean = 5, 
llikXTDsd = 5, llikXChisq = 3, llikXChisqDdf = 3, llikXExp = 3, 
llikXExpDrate = 3, llikXF = 4, llikXFDdf1 = 4, llikXFDdf2 = 4, 
llikXGeom = 3, llikXGeomDprob = 3, llikXUnif = 4, llikXUnifDalpha = 4, 
llikXUnifDbeta = 4, llikXWeibull = 4, llikXWeibullDshape = 4, 
llikXWeibullDscale = 4, llikXGamma = 4, llikXGammaDshape = 4, 
llikXGammaDrate = 4, llikXCauchy = 4, llikXCauchyDlocation = 4, 
llikXCauchyDscale = 4, llikXNorm = 4, llikXNormDmean = 4, llikXNormDsd = 4, 
ReLU = 1, dReLU = 1, GELU = 1, dGELU = 1, d2GELU = 1, d3GELU = 1, 
d4GELU = 1, ELU = 2, dELU = 2, d2ELU = 2, d2aELU = 2, dELUa = 2, 
d2ELUa = 2, softplus = 1, dsoftplus = 1, d2softplus = 1, d3softplus = 1, 
d4softplus = 1, SELU = 1, dSELU = 1, lReLU = 1, dlReLU = 1, PReLU = 2, 
dPReLU = 2, d2PReLU = 2, dPReLUa = 2, dPReLUa1 = 2, Swish = 1, 
dSwish = 1)