tests/testthat/test-mixed-pk-ode.R

In nlmixrdevelopment/nlmixr: Nonlinear Mixed Effects Models in Population PK/PD

nlmixrTest(
  {
    context("mixed pk/ode")
    ## good
    one1 <- function() {
      ini({
        tka <- .5 # Log Ka
        tcl <- -3.2 # Log Cl
        tv <- -1 # Log V
        d0 <- 1
        eta.ka ~ 1
        eta.cl ~ 2
        eta.v ~ 1
        eta.d0 ~ 1
        add.err <- 0.1
      })
      model({
        ka <- exp(tka + eta.ka)
        cl <- exp(tcl + eta.cl)
        v <- exp(tv + eta.v)
        depot(0) <- d0 + eta.d0
        d / dt(depot) <- -ka * depot
        d / dt(center) <- ka * depot - cl / v * center
        cp <- center / v
        cp ~ add(add.err)
      })
    }

    one2 <- function() {
      ini({
        tka <- .5 # Log Ka
        tcl <- -3.2 # Log Cl
        tv <- -1 # Log V
        d0 <- 1
        eta.ka ~ 1
        eta.cl ~ 2
        eta.v ~ 1
        eta.d0 ~ 1
        add.err <- 0.1
      })
      model({
        ka <- exp(tka + eta.ka)
        cl <- exp(tcl + eta.cl)
        v <- exp(tv + eta.v)
        depot(0) <- d0 + eta.d0 + v
        d / dt(depot) <- -ka * depot
        d / dt(center) <- ka * depot - cl / v * center
        cp <- center / v
        cp ~ add(add.err)
      })
    }

    one3 <- function() {
      ini({
        tka <- .5 # Log Ka
        tcl <- -3.2 # Log Cl
        tv <- -1 # Log V
        d0 <- 1
        eta.ka ~ 1
        eta.cl ~ 2
        eta.v ~ 1
        eta.d0 ~ 1
        add.err <- 0.1
      })
      model({
        ka <- exp(tka + eta.ka)
        cl <- exp(tcl + eta.cl)
        v <- exp(tv + eta.v)
        if (t < 10) {
          depot(0) <- d0 + eta.d0 + v
        } else {
          depot(0) <- d0 + v
        }
        d / dt(depot) <- -ka * depot
        d / dt(center) <- ka * depot - cl / v * center
        cp <- center / v
        cp ~ add(add.err)
      })
    }


    one4 <- function() {
      ini({
        tka <- .5 # Log Ka
        tcl <- -3.2 # Log Cl
        tv <- -1 # Log V
        eta.ka ~ 1
        eta.cl ~ 2
        eta.v ~ 1
        add.err <- 0.1
      })
      model({
        ka <- exp(tka + eta.ka)
        cl <- exp(tcl + eta.cl)
        v <- exp(tv + eta.v)
        d / dt(depot) <- -ka * depot
        d / dt(center) <- ka * depot - cl / v * center
        cp <- center / v
        if (t < 10) {
          depot(0) <- v
        } else {
          depot(0) <- v + ka
        }
        cp ~ add(add.err)
      })
    }


    ## Good.
    one5 <- function() {
      ini({
        tka <- .5 # Log Ka
        tcl <- -3.2 # Log Cl
        tv <- -1 # Log V
        eta.ka ~ 1
        eta.cl ~ 2
        eta.v ~ 1
        add.err <- 0.1
      })
      model({
        ka <- exp(tka + eta.ka)
        d / dt(depot) <- -ka * depot
        cl <- exp(tcl + eta.cl)
        v <- exp(tv + eta.v)
        d / dt(center) <- ka * depot - cl / v * center
        cp <- center / v
        cp ~ add(add.err)
      })
    }


    one5 <- function() {
      ini({
        tka <- .5 # Log Ka
        tcl <- -3.2 # Log Cl
        tv <- -1 # Log V
        eta.ka ~ 1
        eta.cl ~ 2
        eta.v ~ 1
        add.err <- 0.1
      })
      model({
        ka <- exp(tka + eta.ka)
        d / dt(depot) <- -ka * depot
        if (depot > 0) {
          cl <- exp(tcl + eta.cl)
        } else {
          cl <- 3
        }
        v <- exp(tv + eta.v)
        d / dt(center) <- ka * depot - cl / v * center
        cp <- center / v
        cp ~ add(add.err)
      })
    }
  },
  test = "cran"
)