In oc1lojo/nkbcind: Verktyg för kvalitetsindikatorer och populationskarakteristik från NKBC

knitr::opts_chunk$set(
  warning = FALSE,
  message = FALSE,
  collapse = TRUE,
  comment = "#>"
  # fig.path = "man/figures/README-"
)

nkbcind

Verktyg för beräkning av kvalitetsindikatorer och populationskarakteristik för Nationellt kvalitetsregister från bröstcancer (NKBC).

Detta R-paket är en central plats för definition, implementering och dokumentation av beräkning av kvalitetsindikatorer och populationskarakteristik från NKBC i alla utdata-kanaler.

• Användning på INCA-plattformen tillsammans med R-paketet nkbcgeneral
• Onlinerapporter innanför inloggning på INCA-plattformen med R-paketet rccShiny
  • https://bitbucket.org/cancercentrum/brca-onlinerapporter/ (RCC-internt kodförråd)
• NKBC Koll på läget (KPL), med R-paketet rccKPL
  • https://bitbucket.org/cancercentrum/nkbc-kpl/ (RCC-internt kodförråd)
• NKBC Vården i siffror, med R-paketet incavis
  • https://bitbucket.org/cancercentrum/nkbc-vis/ (RCC-internt kodförråd)
• Användning lokalt på RCC Stockholm-Gotland tillsammans med R-paketet nkbcgeneral
• Framtagande av NKBC Interaktiva Årsrapport med R-paketet rccShiny
  • https://bitbucket.org/cancercentrum/nkbc-arsrapportshiny (publikt kodförråd)

Jfr https://www.cancercentrum.se/samverkan/vara-uppdrag/statistik/kvalitetsregisterstatistik/

Installation

if (!requireNamespace("remotes")) {
  install.packages("remotes")
}

remotes::install_bitbucket("cancercentrum/nkbcind")

Användning

library(dplyr)
library(tidyr)
library(stringr)
library(forcats)
library(lubridate)
library(nkbcgeneral)
library(nkbcind)

Läs in ögonblicksbild av NKBC exporterad från INCA.

load(
  file.path(Sys.getenv("BRCA_DATA_DIR"), "2022-09-02", "nkbc_nat_avid 2022-09-02 07-08-17.RData")
)

Generell förbearbetning av NKBC-data.

df_main <- df %>%
  mutate(across(where(is.factor), as.character)) %>%
  rename_with(
    str_replace, ends_with("_Värde"),
    pattern = "_Värde", replacement = "_Varde"
  ) %>%
  nkbcgeneral::clean_nkbc_data() %>%
  nkbcgeneral::mutate_nkbc_d_vars() %>%
  mutate_nkbcind_d_vars() %>%
  mutate(period = year(a_diag_dat)) %>%
  filter(period %in% 2008:2021)

Jämför med generell förbearbetning i utdata-kanalerna

• NKBC interaktiva årsrapport
  • https://bitbucket.org/cancercentrum/nkbc-arsrapportshiny/src/2020.2/main.R#lines-35
• NKBC onlinerapporter innanför inloggning på INCA
• https://bitbucket.org/cancercentrum/brca-onlinerapporter/src/2022-05-13/d_nkbc_nat_avid.R#lines-29
• NKBC Koll på läget (KPL)
• https://bitbucket.org/cancercentrum/nkbc-kpl/src/2022-05-16/nkbc_kpl_omvkir.R#lines-64
  som använder cashat resultat av sub/basmallen d_nkbc_nat_avid, se ovan
• NKBC Vården i siffror
  • https://bitbucket.org/cancercentrum/nkbc-vis/src/2021-10-19/nkbc_vis_diag_screening_01.R#lines-47
    som använder cashat resultat av sub/basmallen d_nkbc_nat_avid, se ovan

Exempel: Screeningupptäckt bröstcancer

outcomeTitle(nkbc01)
textBeforeSubtitle(nkbc01)

Specifik databearbetning för kvalitetsindikatorn "Screeningupptäckt bröstcancer" (nkbc01).

df_tmp <- df_main %>%
  filter_pop(nkbc01)() %>%
  mutate_outcome(nkbc01)()

Jämför med specifik databearbetning i utdata-kanalerna

• NKBC interaktiva årsrapport
  • https://bitbucket.org/cancercentrum/nkbc-arsrapportshiny/src/2021.2/main.R#lines-141
• NKBC onlinerapporter innanför inloggning på INCA
• https://bitbucket.org/cancercentrum/brca-onlinerapporter/src/2022-05-13/nkbc-rccShiny-generisk-dm.R#lines-117
• NKBC Koll på läget (KPL)
• https://bitbucket.org/cancercentrum/nkbc-kpl/src/2021-09-20/nkbc_kpl_omvkir.R#lines-130
• NKBC Vården i siffror
• https://bitbucket.org/cancercentrum/nkbc-vis/src/2021-10-19/nkbc_vis_diag_screening_01.R#lines-47

Titta på bearbeatad data.

df_tmp %>%
  mutate(across(any_of("KON_VALUE"), as.factor)) %>%
  mutate(across(ends_with("_Varde"), as.factor)) %>%
  select(KON_VALUE, a_pat_alder, a_diag_screening_Varde, outcome) %>%
  summary()

df_tmp %>%
  select(period, outcome) %>%
  table(useNA = "ifany")

Jfr https://statistik.incanet.se/brostcancer/ > Diagnostik > Screeningupptäckt bröstcancer

oc1lojo/nkbcind documentation built on Sept. 30, 2022, 10:06 p.m.