R/data.R

In stemangiola/ttBulk: Brings transcriptomics to the tidyverse

#' Cibersort reference
#'
#'
"X_cibersort"

#' Counts with ensembl annotation
#'
#'
"counts_ensembl"

#' Data set
#'
#'
"ensembl_symbol_mapping"

#' flybaseIDs
#'
#'
"flybaseIDs"

#' SummarizedExperiment
#'
#'
"se"

#' SummarizedExperiment mini for vignette
#'
#'
"se_mini"

#' Needed for vignette vignette_manuscript_signature_tsne
#'
#'
"vignette_manuscript_signature_tsne"

#' Needed for vignette vignette_manuscript_signature_boxplot
#'
#'
"vignette_manuscript_signature_boxplot"

#' Needed for vignette vignette_manuscript_signature_tsne2
#'
#'
"vignette_manuscript_signature_tsne2"

#' Needed for vignette breast_tcga_mini_SE
#'
#'
"breast_tcga_mini_SE"

#' Needed for tests tximeta_summarizeToGene_object, It is SummarizedExperiment from tximeta
#'
#'
"tximeta_summarizeToGene_object"