prepComp: A prepComp Function

In uebvhir/biom:

Description

Prepara los datos de un comparación de m niveles para usar en las funciones prepLearnSets i createClassif.

Usage

prepComp(BD, cond, Y, appLog = FALSE)

Arguments

BD	data.frame donde las filas son las muestras y las columnas los features además de una columna con el grupo o condición experimental
cond	vector de strings que indique las diferentes condiciones experimentales en el orden que se desee. (p.e. c("bb","a"))
Y	nombre de la columna en formato string donde se indica la condición experimental
appLog	valor lógico que indica si se aplica logaritmo en base 2 a los datos.

Value

data.comp: data.frame original, donde las filas son las muestras (de las condiciones experimentales indicadas) y las columnas los "features". IMPORTANTE: no son necesariamente en formato númerico.

X: matriz numérica, donde las filas son las muestras (de las condiciones experimentales indicadas) y las columnas los "features"

Y: vector "factor", donde se indica la condición experimental correspondiente a cada una de las muestras

Author(s)

Miriam Mota [e-mail]

Examples

dat.prov <- data.frame(matrix(rnorm(1000),ncol=20))
colnames(dat.prov) <- paste0("gen",1:dim(dat.prov)[2])
rownames(dat.prov) <- paste0("sample",1:dim(dat.prov)[1])
dim(dat.prov)
dat.prov$condition <- c(rep("at.3",20),rep("b",20),rep("cc.4",10))
BvsA <- prepComp(BD = dat.prov, cond = c("b","a"), Y = "condition")

uebvhir/biom documentation built on May 3, 2019, 2:22 p.m.