################################################################################
########## Getter ##########
################################################################################
#' @rdname SummarizedPhyloseq-accessors
#' @export
setMethod(
f = "kingdom_table",
signature = "SummarizedPhyloStats",
definition = function(object){
return(object@kingdom_table)
}
)
################################################################################
#' @rdname SummarizedPhyloseq-accessors
#' @export
setMethod(
f = "phylum_table",
signature = "SummarizedPhyloStats",
definition = function(object){
return(object@phylum_table)
}
)
################################################################################
#' @rdname SummarizedPhyloseq-accessors
#' @export
setMethod(
f = "class_table",
signature = "SummarizedPhyloStats",
definition = function(object){
return(object@class_table)
}
)
################################################################################
#' @rdname SummarizedPhyloseq-accessors
#' @export
setMethod(
f = "order_table",
signature = "SummarizedPhyloStats",
definition = function(object){
return(object@order_table)
}
)
################################################################################
#' @rdname SummarizedPhyloseq-accessors
#' @export
setMethod(
f = "family_table",
signature = "SummarizedPhyloStats",
definition = function(object){
return(object@family_table)
}
)
################################################################################
#' @rdname SummarizedPhyloseq-accessors
#' @export
setMethod(
f = "genus_table",
signature = "SummarizedPhyloStats",
definition = function(object){
return(object@genus_table)
}
)
################################################################################
#' @rdname SummarizedPhyloseq-accessors
#' @export
setMethod(
f = "species_table",
signature = "SummarizedPhyloStats",
definition = function(object){
return(object@species_table)
}
)
################################################################################
#' @rdname SummarizedPhyloseq-accessors
#' @export
setMethod(
f = "otu_table",
signature = "SummarizedPhyloStats",
definition = function(object){
return(object@otu_table)
}
)
################################################################################
########## Setter ##########
################################################################################
#' @rdname SummarizedPhyloseq-assign
#' @aliases kingdom_table<-
#' @export
setReplaceMethod(
f = "kingdom_table",
signature = "SummarizedPhyloStats",
definition = function(object, value){
object@kingdom_table <- value
validObject(object)
return(object)
}
)
################################################################################
#' @rdname SummarizedPhyloseq-assign
#' @aliases phylum_table<-
#' @export
setReplaceMethod(
f = "phylum_table",
signature = "SummarizedPhyloStats",
definition = function(object, value){
object@phylum_table <- value
validObject(object)
return(object)
}
)
################################################################################
#' @rdname SummarizedPhyloseq-assign
#' @aliases calss_table<-
#' @export
setReplaceMethod(
f = "class_table",
signature = "SummarizedPhyloStats",
definition = function(object, value){
object@class_table <- value
validObject(object)
return(object)
}
)
################################################################################
#' @rdname SummarizedPhyloseq-assign
#' @aliases order_table<-
#' @export
setReplaceMethod(
f = "order_table",
signature = "SummarizedPhyloStats",
definition = function(object, value){
object@order_table <- value
validObject(object)
return(object)
}
)
################################################################################
#' @rdname SummarizedPhyloseq-assign
#' @aliases family_table<-
#' @export
setReplaceMethod(
f = "family_table",
signature = "SummarizedPhyloStats",
definition = function(object, value){
object@family_table <- value
validObject(object)
return(object)
}
)
################################################################################
#' @rdname SummarizedPhyloseq-assign
#' @aliases genus_table<-
#' @export
setReplaceMethod(
f = "genus_table",
signature = "SummarizedPhyloStats",
definition = function(object, value){
object@genus_table <- value
validObject(object)
return(object)
}
)
################################################################################
#' @rdname SummarizedPhyloseq-assign
#' @aliases species_table<-
#' @export
setReplaceMethod(
f = "species_table",
signature = "SummarizedPhyloStats",
definition = function(object, value){
object@species_table <- value
validObject(object)
return(object)
}
)
################################################################################
#' @rdname SummarizedPhyloseq-assign
#' @export
setReplaceMethod(
f = "otu_table",
signature = "SummarizedPhyloStats",
definition = function(x, value){
x@otu_table <- value
validObject(x)
return(x)
}
)
################################################################################
########## Extract ##########
################################################################################
#' @rdname Extract
#' @aliases [[
#' @export
setMethod(
f = "[[",
signature = "SummarizedPhyloStats",
definition = function(x, i, j, drop){
if(!is.character(i) | ! i %in% slotNames(x))
stop("[ phylox ] Slot not found", call. = FALSE)
slot(x, i)
}
)
#' @rdname Extract
#' @aliases [[<-
#' @export
setReplaceMethod(
"[[", "SummarizedPhyloStats",
function(x, i, j, ..., value){
if(!is.character(i) | ! i %in% slotNames(x))
stop("[ phylox ] Slot not found", call. = FALSE)
slot(x, i) = value
validObject(x)
return(x)
}
)
#' @rdname Extract
#' @aliases $
#' @export
setMethod(
"$", "SummarizedPhyloStats",
function(x, name){
if(! name %in% slotNames(x))
stop("[ phylox ] Slot not found", call. = FALSE)
slot(x, name)
}
)
#' @rdname Extract
#' @aliases $<-
#' @export
setReplaceMethod(
"$", "SummarizedPhyloStats",
function(x, name, value){
if(! name %in% slotNames(name))
stop("[ phylox ] Slot not found", call. = FALSE)
slot(x, name) = value
validObject(x)
return(x)
}
)
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