Nothing
### R code from vignette source 'Oncotree_vignette.Rnw'
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### code chunk number 1: Intro
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options(width=100)
ps.options(colormodel="rgb")
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### code chunk number 2: DataLoad
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library(Oncotree)
data(ov.cgh)
str(ov.cgh)
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### code chunk number 3: TreeFit
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ov.tree <- oncotree.fit(ov.cgh)
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### code chunk number 4: TreePrint
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ov.tree
plot(ov.tree, edge.weights="est")
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### code chunk number 5: TreePrint2
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pstree.oncotree(ov.tree, edge.weights="est", shape="oval")
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### code chunk number 6: TreePlot
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plot(ov.tree, edge.weights="est")
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### code chunk number 7: TreeMarg
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print(obs <- colMeans(ov.tree$data))
print(est <- marginal.distr(ov.tree, with.errors=TRUE))
#plot is in Figure 2
barplot(rbind(obs[-1],est[-1]), beside=T, legend.text=c("Observed","Fitted"),
main="Marginal frequencies of occurrence")
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### code chunk number 8: TreeMargPlot
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barplot(rbind(obs[-1],est[-1]), beside=T, legend.text=c("Observed","Fitted"),
main="Marginal frequencies of occurrence")
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### code chunk number 9: TreeDist
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dd <- distribution.oncotree(ov.tree, with.errors=TRUE)
head(dd)
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### code chunk number 10: Marg2way
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#estimated probabilities of 2 events
print(est2way <- t(data.matrix(dd[2:8])) %*% diag(dd$Prob) %*% data.matrix(dd[2:8]))
#observed probabilities of 2 events
print(obs2way <- t(ov.tree$data[,-1]) %*% ov.tree$data[,-1]/nrow(ov.tree$data))
oe.diff <- obs2way-est2way
oe.diff[lower.tri(oe.diff)] <- NA #clear half of symmetric matrix for plotting
require(lattice) #the plot is in Figure 3
levelplot(oe.diff, xlab="", ylab="", scales=list(x=list(alternating=2), tck=0),
main="Observed - Expected probabilities of co-occurrence of events")
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### code chunk number 11: Marg2wayPlot
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print(levelplot(oe.diff, xlab="", ylab="", scales=list(x=list(alternating=2), tck=0),
main="Observed - Expected probabilities of co-occurrence of events"))
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### code chunk number 12: BootNP
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set.seed(43636)
ov.boot <- bootstrap.oncotree(ov.tree, type="nonparam", R=1000)
ov.boot
opar <- par(mfrow=c(3,2)) #the plot is in Figure 4
plot(ov.boot, minfreq=45)
par(opar)
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### code chunk number 13: BootNPplot
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opar <- par(mfrow=c(3,2)) #the plot is in Figure 4
plot(ov.boot, minfreq=45, cex=1)
par(opar)
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### code chunk number 14: BootFreq
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ov.boot$parent.freq
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