Nothing
### R code from vignette source 'rungee.Rnw'
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### code chunk number 1: getd
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library(geeni)
library(nlme)
# from help(groupedData)
Orth.new <- # create a new copy of the groupedData object
groupedData( distance ~ age | Subject,
data = as.data.frame( Orthodont ),
FUN = mean,
outer = ~ Sex,
labels = list( x = "Age",
y = "Distance from pituitary to pterygomaxillary fissure" ),
units = list( x = "(yr)", y = "(mm)") )
dim(Orth.new)
library(ff)
library(geeni)
#targdir = system.file("ffdemo", package="geeni")
#mantargdir = system.file("mgrs", package="geeni")
#pref = paste(targdir, "gdm", sep="/")
#fis = dir(pref, full=TRUE)
#if (length(fis)>0) try(sapply(fis, file.remove))
flatOrth = geeni:::gd2flat(gd=Orth.new, gcol=3, prefix="")# prefix=pref)
flatOrth
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### code chunk number 2: lkg
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getGrp(flatOrth,1)
getGrp(flatOrth,4)
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### code chunk number 3: glminf
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geeni:::getDep
geeni:::getEta
geeni:::getMu
geeni:::getX
geeni:::getY
geeni:::Di
geeni:::Vinv.i
geeni:::ri
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### code chunk number 4: doco
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beta = c(0,0,0)
delb = function(gd, beta, family) {
DD = geeni:::Di(gd,1,beta,family)
val = t(DD) %*% geeni:::Vinv.i(gd,1,beta,family)
val1 = val %*% DD
val2 = val %*% geeni:::ri(gd,1,beta,family)
for (i in 2:length(gd@discrim)) {
DD = geeni:::Di(gd, i, beta, family)
val = t(DD) %*% geeni:::Vinv.i(gd,i,beta,family)
val1 = val1 + val %*% DD
val2 = val2 + val %*% geeni:::ri(gd,i,beta,family)
}
solve(val1)%*%val2
}
delb( flatOrth, beta, gaussian )
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### code chunk number 5: lkg
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library(nlme)
example(groupedData)
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### code chunk number 6: lklm
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lm(distance~age+Sex,data=Orth.new)
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### code chunk number 7: lkf
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geeni:::Gcomps
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### code chunk number 8: accum
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geeni:::combi
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### code chunk number 9: howto
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library(foreach)
library(doParallel)
registerDoParallel(cores=2) # for mac
comps = foreach(i = 1:27, .combine=geeni:::combi) %dopar%
{ geeni:::Gcomps(flatOrth,i,c(0,0,0),gaussian) }
comps
del = solve(comps[[1]])%*%comps[[2]]
beta = beta + del
comps = foreach(i = 1:27, .combine= geeni:::combi) %dopar%
{ geeni:::Gcomps(flatOrth,i,beta,gaussian) }
comps
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### code chunk number 10: dog
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geeni::pargee
pargee( flatOrth, gaussian, c(0,0,0) )
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### code chunk number 11: domore (eval = FALSE)
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## flatOrth@numdat[,"Sex"] = flatOrth@numdat[,"Sex"]-1 # overwrite allowed
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### code chunk number 12: killff
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system("rm -rf .dat.ff")
system("rm -rf .disc.ff")
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### code chunk number 13: lkses
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sessionInfo()
Any scripts or data that you put into this service are public.
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