esApply.R
In Biobase: Biobase: Base functions for Bioconductor

### R code from vignette source 'esApply.Rnw'

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### code chunk number 1: R.hide
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library(Biobase)
data(sample.ExpressionSet)


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### code chunk number 2: R
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print(sample.ExpressionSet)
print(exprs(sample.ExpressionSet)[1,])
print(pData(sample.ExpressionSet)[1:2,1:3])


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### code chunk number 3: R
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print(rbind(exprs(sample.ExpressionSet[1,]),
sex <- t(pData(sample.ExpressionSet))[1,]))


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### code chunk number 4: R
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medContr <- function( y, x ) {
 ys <- split(y,x)
 median(ys[[1]]) - median(ys[[2]])
}


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### code chunk number 5: R
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print(apply(exprs(sample.ExpressionSet[1,,drop=F]), 1,
  medContr, pData(sample.ExpressionSet)[["sex"]]))


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### code chunk number 6: R
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medContr1 <- function(y) {
 ys <- split(y,sex)
 median(ys[[1]]) - median(ys[[2]])
}

print(esApply( sample.ExpressionSet, 1, medContr1)[1])


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### code chunk number 7: esApply.Rnw:126-127
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sessionInfo()