inst/doc/GeneGA.R

In GeneGA: Design gene based on both mRNA secondary structure and codon usage bias using Genetic algorithm

### R code from vignette source 'GeneGA.Rnw'

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### code chunk number 1: GeneGA.Rnw:68-82
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library(GeneGA)
seqfile=system.file("sequence", "EGFP.fasta", package="GeneGA")
aa=read.fasta(seqfile)
rscu=uco(unlist(aa), index="rscu")
w_value=rscu # w_value is the w table we need computing
names(w_value)=names(rscu)
names=sapply(names(rscu), function(x) translate(s2c(x)))
amino=hash()
for(i in unique(names)){
	amino[[i]]=max(rscu[which(names==i)])
}
for(i in 1:length(names)){
	w_value[i]=rscu[[names(rscu)[i]]]/amino[[translate(s2c(names(rscu)[i]))]]
}


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### code chunk number 2: GeneGA.Rnw:88-90
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seqfile=system.file("sequence", "EGFP.fasta", package="GeneGA")
seq=unlist(getSequence(read.fasta(seqfile), as.string=TRUE))


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### code chunk number 3: GeneGA.Rnw:93-94
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GeneGA.result=GeneGA(sequence=seq, popSize=40, iters=150, crossoverRate=0.3, mutationChance=0.05, region=c(1,60), organism="ec", showGeneration=FALSE)


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### code chunk number 4: GeneGA.Rnw:97-98
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show(GeneGA.result)


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### code chunk number 5: GeneGA.Rnw:101-102
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plotGeneGA(GeneGA.result, type=1)


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### code chunk number 6: GeneGA.Rnw:107-108
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plotGeneGA(GeneGA.result, type=2)


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### code chunk number 7: GeneGA.Rnw:113-114
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plotGeneGA(GeneGA.result, type=3)