inst/doc/oldHeatplus.R

In Heatplus: Heatmaps with row and/or column covariates and colored clusters

### R code from vignette source 'oldHeatplus.Rnw'

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### code chunk number 1: oldHeatplus.Rnw:44-45
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options(width=65)


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### code chunk number 2: oldHeatplus.Rnw:54-62
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mm = matrix(rnorm(1000, m=1), 100,10)
mm = cbind(mm, matrix(rnorm(2000), 100, 20))
mm = cbind(mm, matrix(rnorm(1500, m=-1), 100, 15))
mm2 = matrix(rnorm(450), 30, 15)
mm2 = cbind(mm2, matrix(rnorm(900,m=1.5), 30,30))
mm=rbind(mm, mm2)
colnames(mm) = paste("Sample", 1:45)
rownames(mm) = paste("Gene", 1:130)


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### code chunk number 3: oldHeatplus.Rnw:67-72
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addvar = data.frame(Var1=rep(c(0,1,0),c(10,20,15)),
                    Var2=rep(c(1,0,0),c(10,20,15)), 
					Var3=rep(c(1,0), c(15,30)), 
					Var4=rep(seq(0,1,length=4), c(10,5,15,15))+rnorm(45,sd=0.5))
addvar[3,3] = addvar[17,2] = addvar[34,1] =NA


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### code chunk number 4: oldHeatplus.Rnw:81-83
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library(Heatplus)
heatmap_2(mm)


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### code chunk number 5: oldHeatplus.Rnw:91-92
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heatmap_2(mm, do.dendro=c(FALSE, TRUE), legend=1, legfrac=12)


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### code chunk number 6: oldHeatplus.Rnw:100-101
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heatmap_plus(mm)


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### code chunk number 7: oldHeatplus.Rnw:109-111
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colnames(mm) = NULL
heatmap_plus(mm, addvar=addvar, cov=4)


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### code chunk number 8: oldHeatplus.Rnw:119-120
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heatmap_plus(mm, addvar=addvar, cov=4, h=20, col=RGBColVec(64))