inst/doc/KEGGprofile.R

In KEGGprofile: An annotation and visualization package for multi-types and multi-groups expression data in KEGG pathway

### R code from vignette source 'KEGGprofile.Rnw'

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### code chunk number 1: load-the-data
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library(KEGGprofile)
data(pro_pho_expr)
data(pho_sites_count)
ls()
colnames(pro_pho_expr)
pro_pho_expr[1:3,1:4]


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### code chunk number 2: convertIdExample
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example(convertId)


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### code chunk number 3: download_needed_files
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download_KEGGfile(pathway_id="04110",species='hsa')


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### code chunk number 4: find-enriched-pathways
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genes<-row.names(pho_sites_count)[which(pho_sites_count>=10)]
pho_KEGGresult<-find_enriched_pathway(genes,species='hsa')
pho_KEGGresult[[1]][,c(1,5)]


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### code chunk number 5: pathways_cprrelation
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plot_pathway_cor(gene_expr=pro_pho_expr,kegg_enriched_pathway=pho_KEGGresult)


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### code chunk number 6: Visualization-bg
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## the phosphoproteome data
pho_expr<-pro_pho_expr[,7:12]
temp<-apply(pho_expr,1,function(x) length(which(is.na(x))))
pho_expr<-pho_expr[which(temp==0),]
## transform the expression difference into specific color
col<-col_by_value(pho_expr,col=colorRampPalette(c('green','black','red'))(1024),range=c(-6,6))
## visualization by method 'bg'
temp<-plot_pathway(pho_expr,type="bg",bg_col=col,text_col="white",magnify=1.2,species='hsa',database_dir=system.file("extdata",package="KEGGprofile"),pathway_id="04110")


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### code chunk number 7: Visualization-lines
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## transform the number of phosphorylation sites into specific color
col<-col_by_value(pho_sites_count,col=colorRampPalette(c('white','khaki2'))(4),breaks=c(0,1,4,10,Inf)) ## visualization by method 'lines'
temp<-plot_pathway(pro_pho_expr,type="lines",bg_col=col,line_col=c("brown1","seagreen3"),groups=c(rep("Proteome",6),rep("Phosphoproteome",6)),magnify=1.2,species='hsa',database_dir=system.file("extdata",package="KEGGprofile"),pathway_id="04110",max_dist=5)