inst/doc/PloGO2_with_WGNCA_vignette.R

In PloGO2: Plot Gene Ontology and KEGG pathway Annotation and Abundance

### R code from vignette source 'PloGO2_with_WGNCA_vignette.Rnw'

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### code chunk number 1: wgcnainput
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library(PloGO2)
library(xtable)
path <- system.file("files", package = "PloGO2")
print(xtable(read.csv(file.path(path,"rice.csv"))[1:6,c(1:2,5:7)]))


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### code chunk number 2: wgcnaplots
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source(file.path(system.file("script", package = "PloGO2"), "WGCNA_proteomics.R"))


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### code chunk number 3: wgcnaoutput
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print(xtable(readWorkbook("ResultsWGCNA.xlsx", "red")[1:6,c(1:2,5:7,23:24)]))


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### code chunk number 4: wgcna2plogo2
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annot.folder <- genAnnotationFiles("ResultsWGCNA.xlsx", DB.name = file.path(path, "pathwayDB.csv"))
res <- PloPathway(reference="AllData", filesPath=annot.folder,
	data.file.name = file.path(path, "Abundance_data.csv"),
	datafile.ignore.cols = 1)