RpsiXML.R
In RpsiXML: R interface to PSI-MI 2.5 files

### R code from vignette source 'RpsiXML.Rnw'

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### code chunk number 1: loadlibs
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library(RpsiXML)


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### code chunk number 2: sampleFiles
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xmlDir <- system.file("/extdata/psi25files",package="RpsiXML")
gridxml <- file.path(xmlDir, "biogrid_200804_test.xml")


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### code chunk number 3: intactInteractionEX
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intactxml <- file.path(xmlDir, "intact_2008_test.xml")
intactComplexxml <- file.path(xmlDir,"intact_complexSample.xml")


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### code chunk number 4: parseInteraction
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intactSample <- parsePsimi25Interaction(intactxml, INTACT.PSIMI25,verbose=FALSE)
intactComplexSample <- parsePsimi25Complex(intactComplexxml, INTACT.PSIMI25,verbose=FALSE)


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### code chunk number 5: interactionInfo1
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interact <- interactions(intactSample)[1:3]
interact
organismName(intactSample)[1:3]
releaseDate(intactSample)


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### code chunk number 6: interactionInfo2
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lapply(interact, participant)[1:3]
sapply(interact, bait)[1:3]
sapply(interact, prey)[1:3]
sapply(interact, pubmedID)[1:3]


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### code chunk number 7: interactionInfo1
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comp <- complexes(intactComplexSample)[1:2]
sapply(comp, complexName)


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### code chunk number 8: intactGraph
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intactGraph <- psimi25XML2Graph(intactxml, INTACT.PSIMI25, 
                                type="interaction",verbose=FALSE)
nodes(intactGraph)
degree(intactGraph)


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### code chunk number 9: intactHyperGraph
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intactHG <- psimi25XML2Graph(intactxml, INTACT.PSIMI25, type="complex",verbose=FALSE)


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### code chunk number 10: separateXML
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graphs <- separateXMLDataByExpt(xmlFiles = intactxml, psimi25source=INTACT.PSIMI25, 
                                type="indirect", directed=TRUE, abstract=TRUE,
                                verbose=FALSE) 


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### code chunk number 11: showGraph
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graphs
abstract(graphs$`18296487`)


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### code chunk number 12: abst
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getAbstractByPMID(names(graphs))


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### code chunk number 13: translate
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graphs1 <- translateID(graphs[[1]], to="intact")
nodes(graphs1)