ngenomeschips.R
In altcdfenvs: alternative CDF environments (aka probeset mappings)

### R code from vignette source 'ngenomeschips.Rnw'

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### code chunk number 1: ngenomeschips.Rnw:35-36
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library(altcdfenvs)


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### code chunk number 2: ngenomeschips.Rnw:39-40
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library(plasmodiumanophelescdf)


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### code chunk number 3: ngenomeschips.Rnw:47-49
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planocdf <- wrapCdfEnvAffy(plasmodiumanophelescdf, 712, 712, "plasmodiumanophelescdf")
print(planocdf)


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### code chunk number 4: ngenomeschips.Rnw:60-62
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ids <- geneNames(planocdf)
ids.pf <- ids[grep("^Pf", ids)]


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### code chunk number 5: ngenomeschips.Rnw:66-69
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## subset the object to only keep probe sets of interest
plcdf <- planocdf[ids.pf]
print(plcdf)


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### code chunk number 6: ngenomeschips.Rnw:77-82
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filename <- system.file("exampleData", "Plasmodium-Probeset-IDs.txt",
                             package="altcdfenvs")
ids.pf <- scan(file = filename, what = "")
plcdf <- planocdf[ids.pf]
print(plcdf)


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### code chunk number 7: ngenomeschips.Rnw:86-88
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plcdf@envName <- "Plasmodium ids only"
print(plcdf)