ctc.R
In ctc: Cluster and Tree Conversion.

### R code from vignette source 'ctc.Rnw'

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### code chunk number 1: ctc.Rnw:45-48
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data(USArrests)
h = hclust(dist(USArrests))
plot(h)


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### code chunk number 2: ctc.Rnw:51-52
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heatmap(as.matrix(USArrests))


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### code chunk number 3: ctc.Rnw:61-63
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library(ctc)
r2xcluster(USArrests,file='USArrests_xcluster.txt')


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### code chunk number 4: ctc.Rnw:66-67
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r2cluster(USArrests,file='USArrests_xcluster.txt')


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### code chunk number 5: ctc.Rnw:92-94
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hr = hclust(dist(USArrests))
hc = hclust(dist(t(USArrests)))


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### code chunk number 6: ctc.Rnw:101-102
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write(hc2Newick(hr),file='hclust.newick')


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### code chunk number 7: ctc.Rnw:106-109
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r2atr(hc,file="cluster.atr")
r2gtr(hr,file="cluster.gtr")
r2cdt(hr,hc,USArrests ,file="cluster.cdt")


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### code chunk number 8: ctc.Rnw:113-114
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hclust2treeview(USArrests,file="cluster.cdt")