inst/doc/rtPCR-usage.R

In ddCt: The ddCt Algorithm for the Analysis of Quantitative Real-Time PCR (qRT-PCR)

### R code from vignette source 'rtPCR-usage.Rnw'

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### code chunk number 1: setup
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options(width=50)


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### code chunk number 2: exec ddCt inside R (eval = FALSE)
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## scFile <- system.file("scripts/ddCt.R", package="ddCt")
## inputFile <- system.file("extdata/Experiment1.txt", package="ddCt")
## source(scFile)
## ddCtExec(list(inputFile=inputFile, ...))


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### code chunk number 3: load ddct
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source(system.file("scripts", "ddCt.R", package="ddCt"))


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### code chunk number 4: specifyFiles
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params <- list(loadPath = system.file("extdata", package="ddCt"),
               savePath = getwd())  


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### code chunk number 5: The Data
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params$confFile <- system.file("scripts", "ddCt.conf", package="ddCt")
params$inputFile <- c("Experiment1.txt")
params$sampleAnnotationFile = NULL
params$columnForGrouping    = NULL
params$onlyFromAnnotation   = FALSE


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### code chunk number 6: transform
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#params$geneAlias   = c("Gene1"="Gene A",
#                       "Gene4"="Gene B",
#			"Gene5"="Gene C",
#			"Gene2"="HK1",
#			"Gene3"="HK2")
#params$sampleAlias = NULL


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### code chunk number 7: housekeeping
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params$referenceGene <- c("Gene1", "Gene2")
params$referenceSample <- c("Sample1")


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### code chunk number 8: threshold
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params$threshold <- 40


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### code chunk number 9: mode
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params$mode = "median"


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### code chunk number 10: effizienzen synta (eval = FALSE)
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## params$efficiencies       = c("Gene1"=1.9, "Gene2"=2, ...)


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### code chunk number 11: effizienzen
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#params$efficiencies       = c("Gene A"=1.9,"Gene B"=1.8,"HK1"=2,"Gene C"=2,"HK2"=2)
#params$efficienciesError  = c("Gene A"=0.01,"Gene B"=0.1,"HK1"=0.05,"Gene C"=0.01,"HK2"=0.2)


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### code chunk number 12: PlotMode
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params$plotMode = c("level","Ct")


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### code chunk number 13: remaining
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#REMAIN
params$genesRemainInOutput   = NULL
params$samplesRemainInOutput = NULL
#NOT
params$genesNotInOutput   = NULL
params$samplesNotInOutput = NULL


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### code chunk number 14: grouping
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params$groupingBySamples = FALSE


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### code chunk number 15: plot0
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params$plotPerObject = TRUE


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### code chunk number 16: plot1
###################################################
#params$groupingForPlot = NULL
#params$groupingColor   = c("#E41A1C","#377EB8","#4DAF4A","#984EA3","#FF7F00")


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### code chunk number 17: plot2
###################################################
#params$cutoff = NULL


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### code chunk number 18: plot3
###################################################
#params$brewerColor = c("Set3","Set1","Accent","Dark2","Spectral","PuOr","BrBG")


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### code chunk number 19: plot4
###################################################
params$legende  = TRUE


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### code chunk number 20: ttest1
###################################################
params$ttestPerform = FALSE


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### code chunk number 21: ttest
###################################################
#params$ttestCol = NULL


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### code chunk number 22: ttest3
###################################################
#params$pairsCol = NULL


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### code chunk number 23: ttest4
###################################################
#params$samplesRemainInTTest	 = NULL
#params$samplesNotInTTest	 = NULL


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### code chunk number 24: correlation
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#params$samplesRemainInCor = NULL
#params$samplesNotInCor    = NULL


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### code chunk number 25: execute ddct
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ddCtExec(params)


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### code chunk number 26: Sweave (eval = FALSE)
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## Sweave("rtPCR-usage.Rnw")


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### code chunk number 27: End of session
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toLatex(sessionInfo())