limmaGUI: GUI for limma package with two color microarrays

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A Graphical User Interface for differential expression analysis of two-color microarray data using the limma package.

Author
James Wettenhall [aut], Gordon Smyth [aut], Keith Satterley [ctb], Yifang Hu [ctb]
Date of publication
None
Maintainer
Yifang Hu <hu@wehi.edu.au>, Gordon Smyth <smyth@wehi.edu.au>, Keith Satterley <keith@wehi.edu.au>
License
GPL (>=2)
Version
1.50.0
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Man pages

LGchangelog
LimmaGUI Change Log
limmaGUI
Graphical User Interface for the limma microarray package

Files in this package

limmaGUI/DESCRIPTION
limmaGUI/NAMESPACE
limmaGUI/R
limmaGUI/R/GetBC.R
limmaGUI/R/PlotOptions.R
limmaGUI/R/htmlReport.R
limmaGUI/R/imageAnalysisFormat.R
limmaGUI/R/import.R
limmaGUI/R/lmFitMethod.R
limmaGUI/R/main.R
limmaGUI/R/normalize.R
limmaGUI/R/plot.R
limmaGUI/R/showGAL.R
limmaGUI/R/utility.R
limmaGUI/R/zzz.R
limmaGUI/build
limmaGUI/build/vignette.rds
limmaGUI/inst
limmaGUI/inst/CITATION
limmaGUI/inst/doc
limmaGUI/inst/doc/ApoAI
limmaGUI/inst/doc/ApoAI/ApoAILinearModelComputed.jpg
limmaGUI/inst/doc/ApoAI/ApoAIScaleBoxPlot.jpg
limmaGUI/inst/doc/ApoAI/ApoAITargets.jpg
limmaGUI/inst/doc/ApoAI/AvgMAPlotFittedMValues.jpg
limmaGUI/inst/doc/ApoAI/ChooseNormalizationMethod.jpg
limmaGUI/inst/doc/ApoAI/ChooseParameter.jpg
limmaGUI/inst/doc/ApoAI/ChooseParameterOrContrast.jpg
limmaGUI/inst/doc/ApoAI/ChooseParameterization.jpg
limmaGUI/inst/doc/ApoAI/ComputeContrastsSelected.jpg
limmaGUI/inst/doc/ApoAI/ComputeLinearModelFitSelected.jpg
limmaGUI/inst/doc/ApoAI/ContrastsComputed.jpg
limmaGUI/inst/doc/ApoAI/ContrastsDropDowns.jpg
limmaGUI/inst/doc/ApoAI/ContrastsParameterizationName.jpg
limmaGUI/inst/doc/ApoAI/CreateNewParameterization.jpg
limmaGUI/inst/doc/ApoAI/DEGeneLabelsOptions.jpg
limmaGUI/inst/doc/ApoAI/LogOddsPlot.jpg
limmaGUI/inst/doc/ApoAI/LogOddsPlotSelected.jpg
limmaGUI/inst/doc/ApoAI/MBoxPlotSelected.jpg
limmaGUI/inst/doc/ApoAI/MainWindowApoAILimmaFileLoaded.jpg
limmaGUI/inst/doc/ApoAI/NormalizeBetweenArraysNo.jpg
limmaGUI/inst/doc/ApoAI/NormalizeWithinArrays.jpg
limmaGUI/inst/doc/ApoAI/NumDEGeneLabels.jpg
limmaGUI/inst/doc/ApoAI/NumberDuplicates.jpg
limmaGUI/inst/doc/ApoAI/OpenSelected.jpg
limmaGUI/inst/doc/ApoAI/OpeningLimmaFile.jpg
limmaGUI/inst/doc/ApoAI/ParameterizationName.jpg
limmaGUI/inst/doc/ApoAI/ParametersDropDowns.jpg
limmaGUI/inst/doc/ApoAI/PlotBoxPlotBySlide.jpg
limmaGUI/inst/doc/ApoAI/SaveAsSelected.jpg
limmaGUI/inst/doc/ApoAI/SavingApoAILimmaFile.jpg
limmaGUI/inst/doc/ApoAI/SpotsIncludedInLinearModel.jpg
limmaGUI/inst/doc/ApoAI/Toptable.jpg
limmaGUI/inst/doc/ApoAI/ToptableContrast.jpg
limmaGUI/inst/doc/ApoAI/ToptableOptions.jpg
limmaGUI/inst/doc/ApoAI/ToptableSelected.jpg
limmaGUI/inst/doc/ApoAI/index.html
limmaGUI/inst/doc/ApoAI/limmaGUImainWindow.jpg
limmaGUI/inst/doc/Bob
limmaGUI/inst/doc/Bob/BobLimmaLoaded.jpg
limmaGUI/inst/doc/Bob/CalculateDupCor.jpg
limmaGUI/inst/doc/Bob/ChooseNormalizationMethod.jpg
limmaGUI/inst/doc/Bob/ChooseParameter.jpg
limmaGUI/inst/doc/Bob/ChooseParameterization.jpg
limmaGUI/inst/doc/Bob/ComputeLinearModelFitSelected.jpg
limmaGUI/inst/doc/Bob/CreateNewParameterizationNo.jpg
limmaGUI/inst/doc/Bob/DupCorBoxPlot.jpg
limmaGUI/inst/doc/Bob/DupCorBoxPlotSelected.jpg
limmaGUI/inst/doc/Bob/DupCorMB.jpg
limmaGUI/inst/doc/Bob/LinearModelComputed.jpg
limmaGUI/inst/doc/Bob/LogOddsPlot.jpg
limmaGUI/inst/doc/Bob/LogOddsPlotSelected.jpg
limmaGUI/inst/doc/Bob/NormalizeBetweenArraysNo.jpg
limmaGUI/inst/doc/Bob/NormalizeWithinArrays.jpg
limmaGUI/inst/doc/Bob/NumberDuplicates.jpg
limmaGUI/inst/doc/Bob/OpenSelected.jpg
limmaGUI/inst/doc/Bob/OpeningBobLimma.jpg
limmaGUI/inst/doc/Bob/ParameterDropDowns.jpg
limmaGUI/inst/doc/Bob/ParameterizationName.jpg
limmaGUI/inst/doc/Bob/RNATargets.jpg
limmaGUI/inst/doc/Bob/SaveAsSelected.jpg
limmaGUI/inst/doc/Bob/SavingBobLinearModelComputed.jpg
limmaGUI/inst/doc/Bob/SpotsIncludedInLinearModel.jpg
limmaGUI/inst/doc/Bob/Toptable.jpg
limmaGUI/inst/doc/Bob/ToptableSelected.jpg
limmaGUI/inst/doc/Bob/ZeroDEgeneLabels.jpg
limmaGUI/inst/doc/Bob/index.html
limmaGUI/inst/doc/Bob/layout.jpg
limmaGUI/inst/doc/CustMenu.html
limmaGUI/inst/doc/InputFiles.html
limmaGUI/inst/doc/LinModIntro.pdf
limmaGUI/inst/doc/LinModIntro.tex
limmaGUI/inst/doc/Swirl
limmaGUI/inst/doc/Swirl/ChooseNormalizationMethod.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/ChooseParameter.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/ChooseParameterizationDialog.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/ChooseSwirlWorkingDir.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/ComputeLinearModelFitSelected.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/CreateNewParameterization.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/DEGeneLabelsOptions.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/DataSetNameSwirl.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/EvalRCodeGALexample.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/EvaluateRCodeSelected.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/ExportHTMLReportSelected.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/FileSaveAsSelected.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/GALTargetsandSpotTypesFilesSelected.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/HTMLreportComponentsDialog.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/ImageArrayPlotEnterExpression.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/ImageArrayPlotSelected.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/ImageArrayPlotSlide81.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/ImageProcessingFileType.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/LayoutParameters.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/LogOddsPlot.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/LogOddsPlotSelected.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/MAColorCodedScatterPlotSwirlFileClose.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/MAColorCodedScatterPlotSwirlSlide93.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/MAPlotFittedMValues.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/MAPlotFittedMValuesSelected.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/MAScatterSlide81.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/MBoxPlotByPrintTipGroup.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/MBoxPlotSelectedFromMenu.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/NormalizeBetweenArraysNo.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/NormalizeBetweenArraysYes.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/NormalizeWithinArrays.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/NumDuplicatesDialog.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/OpenGALandTargetsandSpotTypesFiles.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/OpenTargetsFileDialog.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/OpeningFishGAL.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/OpeningWeaverLimmaFile.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/PNGImageParametersForHTML.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/PlotBoxPlotBySlide.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/PlotByPrintTipGroup.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/PlotLabelsDialog.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/PlotPointSymbolsAndColors.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/PlotTitleForImageArrayPlot.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/PrintTipGroupMAPlotSelectedFromMenu.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/PrintTipGroupMAScatterPlotsSlide93.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/QQTplot.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/QQTplotSelected.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/SaveAsSelected.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/SaveLimmaFileDialog.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/SavingSwirlHTML.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/SavingSwirlLimmaFile.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/ScaleBoxPlot.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/SelectingParameterForSwirlLinearModel.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/ShowColorCodedSpotTypesNo.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/ShowTextResults.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/Slide81Selected.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/Slide93Chosen.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/SpotQualityWeighting.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/SpotTypesTable.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/SpotsIncludedInLinearModel.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/SwirlChooseParameterization.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/SwirlColorCodedMAPlotSelectedFromPlotMenu.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/SwirlDesignMatrix.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/SwirlGAL.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/SwirlGetParameter.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/SwirlLayout.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/SwirlLimmaFileNameInTitleBar.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/SwirlLinearModelComputed.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/SwirlParameterizationAsPairs.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/SwirlParameterizationName.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/SwirlQQTplot.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/SwirlRNATargets.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/SwirlSpotTypes.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/SwirlTargets.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/SwirlTopTable.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/ToptableOptions.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/ToptableSelected.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/UseBackgroundCorrection.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/ViewExistingParameterizationSelected.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/galEvalRCodeResults.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/index.html
limmaGUI/inst/doc/Swirl/limmaGUINewFileSelected.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/limmaGUImainWindow.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/limmaGUImainWindowSwirlArraysLoaded.jpg
limmaGUI/inst/doc/Swirl/mainWindowAfterLinModFit.jpg
limmaGUI/inst/doc/Weaver
limmaGUI/inst/doc/Weaver/ChooseParameterIA.jpg
limmaGUI/inst/doc/Weaver/ChooseParameterizationIA.jpg
limmaGUI/inst/doc/Weaver/ChooseParameterizationMt.jpg
limmaGUI/inst/doc/Weaver/CreateNewParameterizationNo.jpg
limmaGUI/inst/doc/Weaver/CreateNewParameterizationSelected.jpg
limmaGUI/inst/doc/Weaver/DesignIALoaded.jpg
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limmaGUI/inst/doc/Weaver/DesignMatrixMt.jpg
limmaGUI/inst/doc/Weaver/DropDownsAdvancedSelected.jpg
limmaGUI/inst/doc/Weaver/EvaluateSelected.jpg
limmaGUI/inst/doc/Weaver/HeatDiagram.jpg
limmaGUI/inst/doc/Weaver/IAParameterizationName.jpg
limmaGUI/inst/doc/Weaver/IAcreated.jpg
limmaGUI/inst/doc/Weaver/IAtoptable.jpg
limmaGUI/inst/doc/Weaver/MMPlotCutOffValueDialog.jpg
limmaGUI/inst/doc/Weaver/MMPlotSelected.jpg
limmaGUI/inst/doc/Weaver/MMplotMutant11Mutant21.jpg
limmaGUI/inst/doc/Weaver/MtLinearModelComputed.jpg
limmaGUI/inst/doc/Weaver/Mutant11Selected.jpg
limmaGUI/inst/doc/Weaver/Mutant21Selected.jpg
limmaGUI/inst/doc/Weaver/NormalizeBetweenArraysNo.jpg
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limmaGUI/inst/doc/Weaver/NumDuplicatesDialog.jpg
limmaGUI/inst/doc/Weaver/OpenSelected.jpg
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limmaGUI/inst/doc/Weaver/OpeningWeaverLimmaFile.jpg
limmaGUI/inst/doc/Weaver/ParameterizationNameMt.jpg
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limmaGUI/inst/doc/Weaver/RcodeForHeatDiagram.jpg
limmaGUI/inst/doc/Weaver/SavingWeaverIALimma.jpg
limmaGUI/inst/doc/Weaver/ShowGraphicalResultsOnly.jpg
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limmaGUI/inst/doc/Weaver/SpotsIncludedInLinearModel.jpg
limmaGUI/inst/doc/Weaver/ToptableSelectedIA.jpg
limmaGUI/inst/doc/Weaver/WeaverIASaveAs.jpg
limmaGUI/inst/doc/Weaver/WeaverScaleBoxPlot.jpg
limmaGUI/inst/doc/Weaver/WeaverTargets.jpg
limmaGUI/inst/doc/Weaver/index.html
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limmaGUI/inst/doc/about_files
limmaGUI/inst/doc/about_files/BioinfBanner.jpg
limmaGUI/inst/doc/about_files/Mutant11vsMutant21ScatterPlot.jpg
limmaGUI/inst/doc/about_files/SwirlToptable.jpg
limmaGUI/inst/doc/about_files/WeaverMtMMPlotSelected.jpg
limmaGUI/inst/doc/about_files/wehilogo.gif
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limmaGUI/inst/doc/index.html
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limmaGUI/inst/doc/input/SwirlSampleInExcel.png
limmaGUI/inst/doc/lgDevel.html
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limmaGUI/inst/doc/limmaGUI.Rnw
limmaGUI/inst/doc/limmaGUI.pdf
limmaGUI/inst/doc/style.css
limmaGUI/inst/doc/windowsFocus.html
limmaGUI/inst/etc
limmaGUI/inst/etc/hist.R
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limmaGUI/inst/etc/recent-files.txt
limmaGUI/man
limmaGUI/man/LGchangelog.Rd
limmaGUI/man/limmaGUI.Rd
limmaGUI/vignettes
limmaGUI/vignettes/extract.Rnw
limmaGUI/vignettes/extract.Rnw.txt
limmaGUI/vignettes/limmaGUI.Rnw