rGADEM.R
In rGADEM: de novo motif discovery

### R code from vignette source 'rGADEM.Rnw'

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### code chunk number 1: loading rGADEM package
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library(rGADEM)


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### code chunk number 2: loading BSgenome package
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library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19)


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### code chunk number 3: loading BSgenome package
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library(rtracklayer)


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### code chunk number 4: BED File
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pwd<-"" #INPUT FILES- BedFiles, FASTA, etc.
path<- system.file("extdata/Test_100.bed",package="rGADEM")
BedFile<-paste(pwd,path,sep="")
Sequences<-import(BedFile)


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### code chunk number 5: Create the RD Files (eval = FALSE)
###################################################
## 
## pwd<-"" #INPUT FILES- BedFiles, FASTA, etc.
## path<- system.file("extdata/Test_100.fasta",package="rGADEM")
## FastaFile<-paste(pwd,path,sep="")
## Sequences <- read.DNAStringSet(FastaFile, "fasta")


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### code chunk number 6: rGADEM analysis
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gadem<-GADEM(Sequences,verbose=1,genome=Hsapiens)


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### code chunk number 7: prepare PWM (eval = FALSE)
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## path<- system.file("extdata/jaspar2009.txt",package="rGADEM")
## seededPwm<-readPWMfile(path)
## grep("STAT1",names(seededPwm))
## STAT1.PWM=seededPwm[103]


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### code chunk number 8: rGADEM seeded analysis (eval = FALSE)
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## gadem<-GADEM(Sequences,verbose=1,genome=Hsapiens,Spwm=STAT1.PWM, fixSeeded=TRUE)


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### code chunk number 9: rGADEM seeded analysis (eval = FALSE)
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## gadem<-GADEM(Sequences,verbose=1,genome=Hsapiens,Spwm=STAT1.PWM)


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### code chunk number 10: pwm
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nOccurrences(gadem)


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### code chunk number 11: pwm
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nOccurrences(gadem)[1]


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### code chunk number 12: consensus
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consensus(gadem)


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### code chunk number 13: consensus
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consensus(gadem)[1]


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### code chunk number 14: position
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startPos(gadem)


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### code chunk number 15: position
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endPos(gadem)


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### code chunk number 16: parameters (eval = FALSE)
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## gadem@parameters