seqTools.R
In seqTools: Analysis of nucleotide, sequence and quality content on fastq files

### R code from vignette source 'seqTools.Rnw'

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### code chunk number 1: seqTools.Rnw:40-41
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options(width=60)


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### code chunk number 2: seqTools.Rnw:99-101
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library(seqTools)
head(phredTable())


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### code chunk number 3: computation
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basedir <- system.file("extdata", package="seqTools")
filenames <- file.path(basedir, c("g4_l101_n100.fq.gz", "g5_l101_n100.fq.gz"))
fq <- fastqq(filenames, k=6, probeLabel=c("g4", "g5"))


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### code chunk number 4: seqTools.Rnw:173-175 (eval = FALSE)
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## filenames <- dir(path="fastqDir", pattern="*.fastq.gz")
## fq <- fastqq(file.path("fastqDir", filenames), k=6)


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### code chunk number 5: seqTools.Rnw:182-183
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fq


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### code chunk number 6: seqTools.Rnw:262-264
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fqm <- meltDownK(fq, newK=2)
kmerCount(fqm)[, 1]


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### code chunk number 7: computation
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files1 <- file.path(basedir, c("sfq1_ctrl.fq.gz", "sfq2_ctrl.fq.gz"))
files2 <- file.path(basedir, c("sfq1_cont.fq.gz", "sfq2_cont.fq.gz"))
fq1 <- fastqq(files1, k=3, probeLabel=c("ctrl1","ctrl2"))
fq2 <- fastqq(files2 , k=3, probeLabel=c("cont1", "cont2"))


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### code chunk number 8: seqTools.Rnw:288-292
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op <- par(mfrow = c(1, 2))
plotKmerCount(fq1, 2, mxey=9, main="Control")
plotKmerCount(fq2, 2, mxey=9, main="Contamination")
par(op)


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### code chunk number 9: seqTools.Rnw:296-298
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mrg <- mergeFastqq(fq1, fq2)
mrg


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### code chunk number 10: seqTools.Rnw:319-320
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plotNucFreq(fq,1)


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### code chunk number 11: seqTools.Rnw:329-330
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plotNucCount(fq)


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### code chunk number 12: seqTools.Rnw:335-336
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plotNucCount(fq, c(2, 3))


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### code chunk number 13: seqTools.Rnw:345-346
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plotGCcontent(fq)


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### code chunk number 14: seqTools.Rnw:354-355
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plotPhredQuant(fq, 1, "Phred quantiles for 1st file")


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### code chunk number 15: seqTools.Rnw:362-363
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plotMergedPhredQuant(fq, main = "Phred quantiles for all files")


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### code chunk number 16: seqTools.Rnw:377-380
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phred<-phredDist(fq, 1)
phred<-phredDist(fq)
head(phred)


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### code chunk number 17: seqTools.Rnw:394-395
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plotPhredDist(fq)


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### code chunk number 18: seqTools.Rnw:408-409
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kMerIndex(c("CCC", "GGG"))


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### code chunk number 19: seqTools.Rnw:417-418
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plotKmerCount(fq, 1)


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### code chunk number 20: seqTools.Rnw:441-443
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mtx <- cbDistMatrix(mrg)
mtx


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### code chunk number 21: seqTools.Rnw:450-455
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hc <- hclust(as.dist(mtx))
hcd <- as.dendrogram(hc, lty=2, lwd=2)
op <- par(mar = c(3, 1, 1, 5))
plot(hcd, horiz=TRUE, las=1, edgePar=list(lwd=2, lty=2, col="blue"))
par(op)


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### code chunk number 22: seqTools.Rnw:465-467
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char2ascii("a")
ascii2char(97:99)


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### code chunk number 23: seqTools.Rnw:471-473 (eval = FALSE)
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## phredTable()
## phredTable(20:30)