vignette.R
In AGSDest: Estimation in Adaptive Group Sequential Trials

### R code from vignette source 'vignette.Rnw'

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### code chunk number 1: vignette.Rnw:125-128
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library(AGSDest)
GSD<-plan.GST(K=3,SF=4,phi=-4,alpha=0.025,delta=5,pow=0.8,compute.alab=TRUE,compute.als=TRUE)
GSD


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### code chunk number 2: vignette.Rnw:164-166
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GST<-as.GST(GSD=GSD,GSDo=list(T=2, z=1.088))
GST


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### code chunk number 3: vignette.Rnw:170-171
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pvalue(GST,type="r")


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### code chunk number 4: vignette.Rnw:184-185
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pvalue(as.GST(GSD,list(T=2,z=2.63)),type='so')


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### code chunk number 5: vignette.Rnw:201-202
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seqconfint(GST,type='r')


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### code chunk number 6: vignette.Rnw:214-215
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seqconfint(as.GST(GSD,list(T=2,z=2.63)),type='so')


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### code chunk number 7: vignette.Rnw:223-224
###################################################
seqconfint(as.GST(GSD,list(T=2,z=2.63)),type="so",level=0.5)


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### code chunk number 8: vignette.Rnw:231-232
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seqconfint(as.GST(GSD,list(T=2,z=1.088)),type='r',level=0.5)


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### code chunk number 9: vignette.Rnw:257-260
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GSD1<-as.GST(GSD,list(T=2,z=2.63))
GSD1<-summary(GSD1,ctype='so',ptype='so',etype=NULL)
GSD1


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### code chunk number 10: vignette.Rnw:374-376
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pT=GSD
iD=list(T=1, z=0.731)


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### code chunk number 11: vignette.Rnw:380-381
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cer(pT,iD)


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### code chunk number 12: vignette.Rnw:385-386
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swImax=200/(4*20^2)


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### code chunk number 13: vignette.Rnw:390-396
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I2min=2*swImax
I2max=5*swImax

sT=adapt(pT=pT,iD=iD,SF=1,phi=0,cp=0.9,theta=4,I2min=I2min,I2max=I2max,swImax=swImax)
sT
AGSD<-as.AGST(pT,iD,sT)


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### code chunk number 14: vignette.Rnw:438-441
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sTo=list(T=2,z=1.532)
AGSD<-as.AGST(pT,iD,sT,sTo)
pvalue(AGSD,type='r')


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### code chunk number 15: vignette.Rnw:464-466
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AGSD1<-as.AGST(pT,iD,sT,list(T=3,z=2.73))
pvalue(AGSD1,type='so')


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### code chunk number 16: vignette.Rnw:490-491
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seqconfint(AGSD,type='r')


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### code chunk number 17: vignette.Rnw:521-522
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seqconfint(AGSD1,type='so')


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### code chunk number 18: vignette.Rnw:530-531
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seqconfint(AGSD1,type="so",level=0.5)


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### code chunk number 19: vignette.Rnw:537-538
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seqconfint(AGSD,type="r",level=0.5)


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### code chunk number 20: vignette.Rnw:563-565
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AGSD1<-summary(AGSD1,ctype='so',ptype='so',etype=c('ml', 'mu', 'cons'))
AGSD1