tests/testBasicUniNormNegBin.R

In AntMAN: Anthology of Mixture Analysis Tools

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############### AntMAN Package : Tests and Examples
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### Load the AntMan package
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library("AntMAN")


set.seed(123)



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### BUILD THE UNIVARIATE NORMAL DATA
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demo_univariate_normal <-AM_sample_uninorm(n=1000,pro=c(0.2,0.5,0.3),mmu=c(-2.1,0,2.3),ssd=c(0.5,0.5,0.5))
y_uvn  <- demo_univariate_normal$y
ci_uvn <- demo_univariate_normal$ci

hist(y_uvn,freq=FALSE,nclass=15,col=colors()[4])
plot(1:length(y_uvn),y_uvn,col=ci_uvn+1)



mixture_uvn_params = AM_mix_hyperparams_uninorm  (m0=0,k0=0.1,nu0=1,sig02=1.5)

mcmc_params        = AM_mcmc_parameters(niter=30000, burnin=5000, thin=100, verbose=0, output=c("ALL"))
components_prior   = AM_mix_components_prior_negbin () 
weights_prior      = AM_mix_weights_prior_gamma(init=2, a=1, b=1)

fit <- AM_mcmc_fit(
       			y = y_uvn, init_K=1,
                        mix_kernel_hyperparams = mixture_uvn_params,
                        mix_components_prior =components_prior,
                        mix_weight_prior = weights_prior,
                        mcmc_parameters = mcmc_params)

summary (fit)
plot (fit)