tests/testBasicUniPoisGamma.R

In AntMAN: Anthology of Mixture Analysis Tools

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############### AntMAN Package : Tests and Examples
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### Load the AntMan package
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library("AntMAN")



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### BUILD THE UNIVARIATE POISSON DATA
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set.seed(123)
demo_univariate_poisson <-AM_sample_unipois(n=1000,pro=c(0.2,0.5,0.3),mth=c(5,25,50)) 
y_uvp  <- demo_univariate_poisson$y
ci_uvp <- demo_univariate_poisson$ci

hist(y_uvp,freq=FALSE,nclass=15,col=colors()[4])
plot(1:length(y_uvp),y_uvp,col=ci_uvp+1)



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### PREPARE THE GIBBS for Poisson mixture with poisson gamma priors
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mcmc_params        = AM_mcmc_parameters(niter=2000, burnin=1000, thin=10, verbose=0, output=c("ALL"))
mixture_uvp_params = AM_mix_hyperparams_unipois (alpha0=2, beta0=0.2)
components_prior   = AM_mix_components_prior_pois (init=3,  a=1, b=1) 
weights_prior      = AM_mix_weights_prior_gamma(init=2, a=1, b=1)
init_ci_uvp <- 0:(length(y_uvp)-1);

fit_poisson <- AM_mcmc_fit(
			y = y_uvp, initial_clustering = init_ci_uvp,
                        mix_kernel_hyperparams = mixture_uvp_params,
                        mix_components_prior =components_prior,
                        mix_weight_prior = weights_prior,
                        mcmc_parameters = mcmc_params)


summary (fit_poisson)
plot (fit_poisson)