Mangrove.R
In Mangrove: Risk Prediction on Trees

### R code from vignette source 'Mangrove.Rnw'

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### code chunk number 1: Mangrove.Rnw:33-34
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library(Mangrove)


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### code chunk number 2: Mangrove.Rnw:54-57
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data(exampleORs)
class(exampleORs)
print(exampleORs)


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### code chunk number 3: Mangrove.Rnw:67-69
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summary(exampleORs)
plot(exampleORs)


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### code chunk number 4: Mangrove.Rnw:76-78
###################################################
summary(exampleORs,K=0.02)
plot(exampleORs,K=0.02)


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### code chunk number 5: Mangrove.Rnw:91-93
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data(ccped)
class(ccped)


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### code chunk number 6: Mangrove.Rnw:98-100
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head(ccped)
summary(ccped)


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### code chunk number 7: Mangrove.Rnw:108-110
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ccrisk <- calcORs(ccped,exampleORs)
class(ccrisk)


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### code chunk number 8: Mangrove.Rnw:119-120
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plot(ccrisk)


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### code chunk number 9: Mangrove.Rnw:126-127
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boxplot(log(ccrisk) ~ ccped[,6])


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### code chunk number 10: Mangrove.Rnw:132-135
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ccprob <- applyORs(ccrisk,K=0.02)
summary(ccprob)
boxplot(ccprob ~ ccped[,6])


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### code chunk number 11: Mangrove.Rnw:141-142
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selcases <- names(head(sort(ccrisk[ccped[,6] == 2]),1000))


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### code chunk number 12: Mangrove.Rnw:147-148
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selcontrols <- names(tail(sort(ccrisk[ccped[,6] == 1]),1000))


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### code chunk number 13: Mangrove.Rnw:154-155
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boxplot(list(ctrl=log(ccrisk[selcontrols]),cases=log(ccrisk[selcases])))


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### code chunk number 14: Mangrove.Rnw:167-170
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data(exampleBetas)
class(exampleBetas)
summary(exampleBetas)


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### code chunk number 15: Mangrove.Rnw:175-177
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data(contped)
class(contped)


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### code chunk number 16: Mangrove.Rnw:183-186
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predbetas <- calcBetas(contped,exampleBetas)
contpreds <- applyBetas(predbetas,162,6.4)
summary(contpreds)


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### code chunk number 17: Mangrove.Rnw:193-194
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hist(contped[,6] - contpreds)


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### code chunk number 18: Mangrove.Rnw:204-206
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data(famped)
summary(famped)


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### code chunk number 19: Mangrove.Rnw:216-220
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library(kinship2)
missing <- (apply(famped[,-c(1:6)] == 0,1,sum) == 0)
kinped <- pedigree(famped$ID,famped$Father,famped$Mother,famped$Sex,famped$Phenotype,missid=0)
plot(kinped,col=missing*3 + 1)


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### code chunk number 20: Mangrove.Rnw:229-230
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plotNaivePrev(famped,K=0.02)


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### code chunk number 21: Mangrove.Rnw:236-238
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p <- 1 - pbinom(2,19,0.02)
print(p)


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### code chunk number 22: Mangrove.Rnw:250-255
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tree <- initialiseTree()
class(tree)
tree$addPed(famped,exampleORs)
summary(tree)
print(tree)


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### code chunk number 23: Mangrove.Rnw:260-262
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sam <- tree$getPrevs(exampleORs,K=0.02)
class(sam)


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### code chunk number 24: Mangrove.Rnw:268-269
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plot(sam)


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### code chunk number 25: Mangrove.Rnw:275-276
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summary(sam)


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### code chunk number 26: Mangrove.Rnw:285-287
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famrisk <- calcORs(famped,exampleORs)
print(famrisk[famped[,6] == 2])