normalize_spectra: Normalize FTIR spectra

In PlotFTIR: Plot FTIR Spectra

Normalize FTIR spectra

Description

Normalizing spectra restricts the range of absorbance values from 0 to 1 inclusive. This function shifts and scales spectra to achieve this absorbance range. It can be applied to a whole spectral set or just one sample, and across the entire spectra or by normalizing within a wavenumber region. This function does not operate on transmittance data, it will return an error.

La normalisation des spectres restreint la gamme des valeurs d'absorbance de 0 à 1 inclus. Cette fonction décale et met à l'échelle les spectres pour atteindre cette gamme d'absorbance. Elle peut être appliquée à un ensemble de spectres ou à un seul échantillon, et sur l'ensemble des spectres ou en normalisant dans une région de nombre d'ondes. Cette fonction ne fonctionne pas sur les données de transmittance, elle renverra une erreur.

Usage

normalize_spectra(ftir, sample_ids = NA, wavenumber_range = NA)

Arguments

ftir	A data.frame of FTIR spectral data including spectra to be baseline adjusted. Un data.frame de données spectrales IRTF comprenant les spectres à ajuster à la ligne de base.
sample_ids	A vector of sample IDs to be adjusted. All sample IDs must be present in the ftir data.frame. If adjusting all spectra, provide NA or NULL. Unlisted sample_id from ftir will be left alone. Un vecteur d'ID d'échantillons à ajuster Tous les ID d'échantillons doivent être présents dans la base de données ftir data.frame. Si l'ajustement concerne tous les spectres, fournir NA ou NULL. Les sample_id non listés de ftir seront laissés seuls.
wavenumber_range	If specifying a single point wavenumber; a single numeric value. If specifying a wavenumber range, then a vector of two numeric values. Si l'on spécifie un nombre d'ondes ponctuel, une seule valeur numérique. Si l'on spécifie un nombre d'ondes, alors un vecteur de deux valeurs numériques.

Value

A data.frame containing the adjusted FTIR spectra.

Un data.frame contenant les spectres IRTF ajustee.

Examples

# Normalize all samples in `biodiesel`
normalize_spectra(biodiesel)

# Normalize just `paper` and `isopropanol` spectra from 4000 to 3100 cm^-1^
normalize_spectra(sample_spectra,
  sample_ids = c("paper", "isopropanol"),
  wavenumber_range = c(4000, 3100)
)

PlotFTIR documentation built on April 13, 2025, 5:11 p.m.