plot_ftir_stacked: Plot FTIR in stacked format

In PlotFTIR: Plot FTIR Spectra

Plot FTIR in stacked format

Description

Plot the FTIR spectra in a journal prepared format. It may be desirable to plot spectra 'stacked and offset' by a certain amount. In this case the y axis becomes non-labelled and each charts baseline (0 for absorbance or 100 for transmittance) is offset by a certain amount.

Tracez les spectres IRTF dans un format préparé par un journal. Il peut être souhaitable de tracer les spectres 'empilés et décalés' d'une certaine quantité. Dans ce cas l'axe y devient non étiqueté et chaque ligne de base du graphique (0 pour absorbance ou 100 pour la transmittance) est décalée d'une certaine quantité.

Usage

plot_ftir_stacked(
  ftir,
  plot_title = "FTIR Spectra",
  legend_title = "Sample ID",
  stack_offset = 10,
  lang = NA
)

Arguments

ftir	A data.frame in long format with columns 'sample_id', 'wavenumber', and 'absorbance'. The 'absorbance' column may be replaced by a 'transmittance' column for transmittance plots. The code determines the correct y axis units and labels the plot/adjusts the margins appropriately. Un data.frame au format long avec les colonnes 'sample_id', 'wavenumber', et 'absorbance'. La colonne 'absorbance' peut être remplacée par une colonne 'transmittance' pour les tracés de transmission. Le code détermine les unités correctes de l'axe y et étiquette le tracé/ajuste les marges de manière appropriée.
plot_title	A title for a plot. Defaults to "FTIR Spectra". If a vector length two, the second element will be used for a subtitle. Un titre pour une trace. La valeur par défaut est «FTIR Spectra». Si un vecteur mesure deux, le deuxième élément sera utilisé pour un sous-titre.
legend_title	A title for the legend. Defaults to "Sample ID". Un titre pour la légende. La valeur par défaut est «Sample ID».
stack_offset	The amount in percentage of stacking offset to use. For transmittance this is directly linked to the units of Y axis, for absorbance this is about 0.2 absorbance units. Le montant en pourcentage de décalage d'empilement à utiliser. Pour transmittance, cette valeur est directement liée aux unités de l'axe y, pour l'absorbance cela représente environ 0,2 unités d'absorbance.
lang	An optional argument for language. If set to one of 'fr', 'french', 'francais', or 'français' the axis and default plot and legend titles will change to french. If non-default legend or plot titles are provided they are used as-is. You can also provide 'en', 'english' or 'anglais', or (the default) 'NA' will use the default language from user options. To set a permanent default, set 'options("PlotFTIR.lang" = "en")' or 'options("PlotFTIR.lang" = "fr")' for English or French, respectively. Un argument optionnel pour la langue. S'il vaut 'Fr', 'French', 'Francais', ou ‘Français', l’axe et les titres par défaut de le tracé et du légende seront en français. Si des titres du légende ou de tracé autres que ceux par défaut sont fournis, ils seront utilisés tels quels. Vous pouvez aussi fournir 'en', 'english' ou 'anglais', ou (le défaut) 'NA' qui utilisera le langue par défaut des options de l'utilisateur. Pour définir une valeur par défaut permanente, mettez 'options("PlotFTIR.lang" = "en")' ou ‘options("PlotFTIR.lang" = "fr")' pour l’anglais ou le français, respectivement.

Value

a ggplot object containing a FTIR spectral plot. The plot and legend titles are as provided, with each sample provided a different default color. Because this is a ggplot object, any other ggplot modifiers, layers, or changes can be applied to the returned object. Further manipulations can be performed by this package. Peut également fournir 'en', 'english' ou 'anglais'.

un objet ggplot contenant un tracé spectral IRTF. Les titres de le tracé et de la légende sont tels que fournis, avec une couleur par défaut différente pour chaque échantillon. Puisqu'il s'agit d'un objet ggplot, tous les autres modificateurs, calques ou changements ggplot peuvent être appliqués à l'objet retourné. D'autres manipulations peuvent être effectuées par ce package.

See Also

[zoom_in_on_range()] to 'zoom' into a specified range, [compress_low_energy()] to make the x axis non-linear (compressing lower energy regions), [add_wavenumber_marker()] to add markers to highlight important wavenumbers, and [move_plot_legend()] to modify the legend position.

[zoom_in_on_range()] pour 'zoomer' sur une gamme spécifiée, [compress_low_energy()] pour rendre l'axe x non linéaire (en compression les régions à basse énergie), [add_wavenumber_marker()] pour ajouter des marqueurs afin de mettre en évidence les nombres d'ondes importants, et [move_plot_legend()] pour modifier la position de la légende.

Examples

if (requireNamespace("ggplot2", quietly = TRUE)) {
  # Plot FTIR spectras stacked showing the differences in the `biodiesel` dataset
  plot_ftir_stacked(biodiesel)
}

PlotFTIR documentation built on April 13, 2025, 5:11 p.m.