plot_ftir_core: PlotFTIR core plot generator
In PlotFTIR: Plot FTIR Spectra

plot_ftir_core

R Documentation

PlotFTIR core plot generator

Description

Plot the FTIR spectra in a journal prepared format. Call [plot_ftir()] for basic (overlaid) plots and [plot_ftir_stacked()] for stacked and offset plots.

Tracez les spectres IRTF dans un format préparé par un journal. Appelez [plot_ftir()] pour les tracés de base (superposés) et [plot_ftir_stacked()] pour les tracés empilés et décalés.

Usage

plot_ftir_core(
  ftir,
  plot_title = "FTIR Spectra",
  legend_title = "Sample ID",
  lang = NA
)

Arguments

`ftir`	A data.frame in long format with columns 'sample_id', 'wavenumber', and 'absorbance'. The 'absorbance' column may be replaced by a 'transmittance' column for transmittance plots. The code determines the correct y axis units and labels the plot/adjusts the margins appropriately. Un data.frame au format long avec les colonnes 'sample_id', 'wavenumber', et 'absorbance'. La colonne 'absorbance' peut être remplacée par une colonne 'transmittance' pour les tracés de transmission. Le code détermine les unités correctes de l'axe y et étiquette le tracé/ajuste les marges de manière appropriée.
`plot_title`	A title for a plot. Defaults to "FTIR Spectra". If a vector length two, the second element will be used for a subtitle. Un titre pour une trace. La valeur par défaut est «FTIR Spectra». Si un vecteur mesure deux, le deuxième élément sera utilisé pour un sous-titre.
`legend_title`	A title for the legend. Defaults to "Sample ID". Un titre pour la légende. La valeur par défaut est «Sample ID».
`lang`	An optional argument for language. If set to one of 'fr', 'french', 'francais', or 'français' the axis and default plot and legend titles will change to french. If non-default legend or plot titles are provided they are used as-is. You can also provide 'en', 'english' or 'anglais', or (the default) 'NA' will use the default language from user options. To set a permanent default, set 'options("PlotFTIR.lang" = "en")' or 'options("PlotFTIR.lang" = "fr")' for English or French, respectively. Un argument optionnel pour la langue. S'il vaut 'Fr', 'French', 'Francais', ou ‘Français', l’axe et les titres par défaut de le tracé et du légende seront en français. Si des titres du légende ou de tracé autres que ceux par défaut sont fournis, ils seront utilisés tels quels. Vous pouvez aussi fournir 'en', 'english' ou 'anglais', ou (le défaut) 'NA' qui utilisera le langue par défaut des options de l'utilisateur. Pour définir une valeur par défaut permanente, mettez 'options("PlotFTIR.lang" = "en")' ou ‘options("PlotFTIR.lang" = "fr")' pour l’anglais ou le français, respectivement.

Value

a ggplot object containing a FTIR spectral plot. The plot and legend titles are as provided, with each sample provided a different default color. Because this is a ggplot object, any other ggplot modifiers, layers, or changes can be applied to the returned object. Further manipulations can be performed by this package. Peut également fournir 'en', 'english' ou 'anglais'.

un objet ggplot contenant un tracé spectral IRTF. Les titres de le tracé et de la légende sont tels que fournis, avec une couleur par défaut différente pour chaque échantillon. Puisqu'il s'agit d'un objet ggplot, tous les autres modificateurs, calques ou changements ggplot peuvent être appliqués à l'objet retourné. D'autres manipulations peuvent être effectuées par ce package.

[zoom_in_on_range()] pour 'zoomer' sur une gamme spécifiée, [compress_low_energy()] pour rendre l'axe x non linéaire (en compression les régions à basse énergie), [add_wavenumber_marker()] pour ajouter des marqueurs afin de mettre en évidence les nombres d'ondes importants, et [move_plot_legend()] pour modifier la position de la légende.

PlotFTIR documentation built on April 13, 2025, 5:11 p.m.