plotftir_to_chemospec: Convert 'PlotFTIR' data to 'ChemoSpec' format

In PlotFTIR: Plot FTIR Spectra

Convert 'PlotFTIR' data to 'ChemoSpec' format

Description

Converts 'PlotFTIR' data to that ready to use by the 'ChemoSpec' package.

Convertit les données 'PlotFTIR' en données prêtes à être utilisées par le paquet 'ChemoSpec'.

Usage

plotftir_to_chemospec(
  ftir,
  group_crit = NA,
  group_colours = "auto",
  description = "FTIR Study"
)

Arguments

ftir	A data.frame in long format with columns 'sample_id', 'wavenumber', and 'absorbance'. The 'absorbance' column may be replaced by a 'transmittance' column for transmittance plots. The code determines the correct y axis units and labels the plot/adjusts the margins appropriately. Un data.frame au format long avec les colonnes 'sample_id', 'wavenumber', et 'absorbance'. La colonne 'absorbance' peut être remplacée par une colonne 'transmittance' pour les tracés de transmission. Le code détermine les unités correctes de l'axe y et étiquette le tracé/ajuste les marges de manière appropriée.
group_crit	A vector of character strings. Corresponds to [ChemoSpec::files2SpectraObject()] 'gr.crit' parameter. Un vecteur de chaînes de caractères. Correspond au paramètre 'gr.crit' de [ChemoSpec::files2SpectraObject()].
group_colours	Group colours. Corresponds to [ChemoSpec::files2SpectraObject()] 'gr.cols' parameter. Couleurs du groupe. Correspond au paramètre 'gr.cols' de [ChemoSpec::files2SpectraObject()].
description	A description of the experiment. Corresponds to [ChemoSpec::files2SpectraObject()] 'descrip' parameter. Description de l'expérience. Correspond au paramètre 'descrip' de [ChemoSpec::files2SpectraObject()].

Value

A 'ChemoSpec' data object

Un objet de données 'ChemoSpec'

See Also

[ChemoSpec::files2SpectraObject()] for import requirements, and [chemospec_to_plotftir()] for converting to 'PlotFTIR' format.

[ChemoSpec::files2SpectraObject()] pour les conditions d'importation, et [chemospec_to_plotftir()] pour la conversion au format 'PlotFTIR'.

Examples

if (requireNamespace("ChemoSpec", quietly = TRUE) && interactive()) {
  # convert biodiesel to a `chemospec` object
  plotftir_to_chemospec(biodiesel)
}

PlotFTIR documentation built on April 13, 2025, 5:11 p.m.