PopGenome: An Efficient Swiss Army Knife for Population Genomic Analyses

Provides efficient tools for population genomics data analysis, able to process individual loci, large sets of loci, or whole genomes. PopGenome not only implements a wide range of population genetics statistics, but also facilitates the easy implementation of new algorithms by other researchers. PopGenome is optimized for speed via the seamless integration of C code.

AuthorBastian Pfeifer [aut, cre], Ulrich Wittelsbuerger [ctb], Heng Li [ctb], Bob Handsaker [ctb]
Date of publication2017-02-11 10:26:39
MaintainerBastian Pfeifer <Bastian.Pfeifer@uni-duesseldorf.de>
LicenseGPL-3
Version2.2.0
http://popgenome.weebly.com

View on CRAN

Man pages

Achaz.stats: Achaz statistic

BayeScanR: An R implementation of BayeScan (Foll & Gagiotti 2008)

calc.fixed.shared-methods: Fixed and shared polymorphisms

calc.R2-methods: Linkage statistics (R2, P-value, Distance)

codontable: Prints the codon table which is used in the PopGenome...

concatenate.classes: Concatenate GENOME classes

concatenate.regions: Concatenate regions

count.unknowns-methods: Calculate missing nucleotide frequencies

create.PopGenome.method: Integration of own functions into the PopGenome-framework

detail.stats-methods: Several statistics

diversity.stats.between-methods: Diversities

diversity.stats-methods: Diversities

fasta_file: FASTA file (subdirectory "data")

F_ST.stats.2-methods: Fixation Index (2)

F_ST.stats-methods: Fixation Index

GENOME-class: Class "GENOME"

getBayes-methods: Get values for BayeScanR

get.biallelic.matrix-methods: Get the biallelic matrix

get.codons-methods: Detailed information about the nature of codon changes

get.feature.names: Feature informations and GFF-attributes

get_gff_info: Annotation info

get.individuals-methods: Print the names/IDs of individuals

get.status-methods: State of calculations

gff_file: GFF file (subdirectory "data")

GFF_split_into_scaffolds: Split a GFF file into multiple scaffold-GFFs

introgression.stats: Introgression statistics

jack.knife.transform-methods: Jacknife Transformation

linkage.stats-methods: Linkage Disequilibrium

load.session: Loading a PopGenome session

MKT-methods: McDonald-Kreitman Test (McDonald & Kreitman 1991)

MS: Coalescent simulation with or without selection

MS_getStats: Get the simulated MS/MSMS statistics

mult.linkage.stats: Multilocus linkage statistics

neutrality.stats-methods: Neutrality Statistics

PG_plot.biallelic.matrix: Plot the biallelic matrix

PopGenome: PopGenome

PopGplot: Smoothed line-plot for multiple populations

read.big.fasta: Reading large FASTA alignments

readData: Read alignments and calculate summary data

readHapMap: Read SNP data from the HapMap consortium

readMS: Read output data from MS and MSMS

readSNP: Read data in .SNP format

readVCF: Read SNP data in tabixed VCF format

recomb.stats-methods: Recombination statistics

region.as.fasta: Extract a region and write it to a FASTA file

save.session: Save the '"GENOME"' object of a PopGenome session

set.filter-methods: Setting filter to the analysis

set.outgroup-methods: Define an outgroup

set.populations-methods: Define populations

set.ref.positions: Set reference positions for SNP data

set.synnonsyn-methods: Set synonymous positions for SNP data

show.slots-methods: Show Slots of class GENOME

sliding.window.transform-methods: Sliding Window Transformation

snp_file: .SNP file (variant call data from 1001 Arabidopsis Genomes...

split_data_into_GFF_attributes: Split the data into GFF attributes

splitting.data-methods: Split data into subsites

sweeps.stats-methods: Selective Sweeps

test.params-class: Set parameters for coalescent simulations with Hudson's MS...

vcf_file: VCF file (subdirectory "data")

VCF_split_into_scaffolds: Split a VCF file into multiple scaffold-VCFs

Whop_readVCF: Reading tabixed VCF files (an interface to WhopGenome)

Functions

Achaz.stats Man page
Achaz.stats,GENOME-method Man page
Achaz.stats-methods Man page
BayeScanR Man page
calc.fixed.shared Man page
calc.fixed.shared,GENOME-method Man page
calc.fixed.shared-methods Man page
calc.R2 Man page
calc.R2,GENOME-method Man page
calc.R2-methods Man page
codontable Man page
concatenate.classes Man page
concatenate.regions Man page
count.unknowns Man page
count.unknowns,GENOME-method Man page
count.unknowns-methods Man page
create.PopGenome.method Man page
detail.stats Man page
detail.stats,GENOME-method Man page
detail.stats-methods Man page
diversity.stats Man page
diversity.stats.between Man page
diversity.stats.between,GENOME-method Man page
diversity.stats.between-methods Man page
diversity.stats,GENOME-method Man page
diversity.stats-methods Man page
fasta_file Man page
F_ST.stats Man page
F_ST.stats.2 Man page
F_ST.stats.2,GENOME-method Man page
F_ST.stats.2-methods Man page
F_ST.stats,GENOME-method Man page
F_ST.stats-methods Man page
GENOME-class Man page
getBayes Man page
getBayes,GENOME-method Man page
getBayes-methods Man page
get.biallelic.matrix Man page
get.biallelic.matrix,GENOME-method Man page
get.biallelic.matrix-methods Man page
get.codons Man page
get.codons,GENOME-method Man page
get.codons-methods Man page
get.detail Man page
get.detail,GENOME-method Man page
get.detail-methods Man page
get.diversity Man page
get.diversity,GENOME-method Man page
get.diversity-methods Man page
get.feature.names Man page
get.F_ST Man page
get.F_ST,GENOME-method Man page
get.F_ST-methods Man page
get_gff_info Man page
get.individuals Man page
get.individuals,GENOME-method Man page
get.individuals-methods Man page
get.linkage Man page
get.linkage,GENOME-method Man page
get.linkage-methods Man page
get.MKT Man page
get.MKT,GENOME-method Man page
get.MKT-methods Man page
getMS,GENOME-method Man page
get.neutrality Man page
get.neutrality,GENOME-method Man page
get.neutrality-methods Man page
get.recomb Man page
get.recomb,GENOME-method Man page
get.recomb-methods Man page
get.status Man page
get.status,GENOME-method Man page
get.status-methods Man page
get.sum.data Man page
get.sum.data,GENOME-method Man page
get.sum.data-methods Man page
get.sweeps Man page
get.sweeps,GENOME-method Man page
get.sweeps-methods Man page
gff_file Man page
GFF_split_into_scaffolds Man page
introgression.stats Man page
introgression.stats,GENOME-method Man page
introgression.stats-methods Man page
jack.knife.transform Man page
jack.knife.transform,GENOME-method Man page
jack.knife.transform-methods Man page
linkage.stats Man page
linkage.stats,GENOME-method Man page
linkage.stats-methods Man page
load.session Man page
MKT Man page
MKT,GENOME-method Man page
MKT-methods Man page
MS Man page
MS_getStats Man page
mult.linkage.stats Man page
mult.linkage.stats,GENOME-method Man page
mult.linkage.stats-methods Man page
neutrality.stats Man page
neutrality.stats,GENOME-method Man page
neutrality.stats-methods Man page
PG_plot.biallelic.matrix Man page
PG_plot.biallelic.matrix,GENOME-method Man page
PG_plot.biallelic.matrix-methods Man page
popFSTN,GENOME-method Man page
PopGenome Man page
PopGenome Man page
PopGplot Man page
read.big.fasta Man page
readData Man page
readHapMap Man page
readMS Man page
readSNP Man page
readVCF Man page
recomb.stats Man page
recomb.stats,GENOME-method Man page
recomb.stats-methods Man page
region.as.fasta Man page
region.as.fasta,GENOME-method Man page
region.as.fasta-methods Man page
save.session Man page
set.filter Man page
set.filter,GENOME-method Man page
set.filter-methods Man page
set.outgroup Man page
set.outgroup,GENOME-method Man page
set.outgroup-methods Man page
set.populations Man page
set.populations,GENOME-method Man page
set.populations-methods Man page
set.ref.positions Man page
set.ref.positions,GENOME-method Man page
set.ref.positions-methods Man page
set.synnonsyn Man page
set.synnonsyn,GENOME-method Man page
set.synnonsyn-methods Man page
show,GENOME-method Man page
show.slots Man page
show.slots,GENOME-method Man page
show.slots-methods Man page
sliding.window.transform Man page
sliding.window.transform,GENOME-method Man page
sliding.window.transform-methods Man page
snp_file Man page
split_data_into_GFF_attributes Man page
splitting.data Man page
splitting.data,GENOME-method Man page
splitting.data-methods Man page
sweeps.stats Man page
sweeps.stats,GENOME-method Man page
sweeps.stats-methods Man page
test.params Man page
test.params-class Man page
usage,GENOME-method Man page
vcf_file Man page
VCF_split_into_scaffolds Man page
Whop_readVCF Man page

Files

PopGenome
PopGenome/inst
PopGenome/inst/CITATION
PopGenome/inst/COPYRIGHTS
PopGenome/inst/doc
PopGenome/inst/doc/Integration_of_new_Methods.Rnw
PopGenome/inst/doc/Whole_genome_analyses_using_VCF_files.Rnw
PopGenome/inst/doc/Whole_genome_analyses_using_VCF_files.pdf
PopGenome/inst/doc/An_introduction_to_the_PopGenome_package.Rnw
PopGenome/inst/doc/Integration_of_new_Methods.pdf
PopGenome/inst/doc/An_introduction_to_the_PopGenome_package.pdf
PopGenome/src
PopGenome/src/combnsum2_C.c
PopGenome/src/Makevars
PopGenome/src/tabix
PopGenome/src/tabix/bam_endian.h
PopGenome/src/tabix/kstring.c
PopGenome/src/tabix/bgzf.c
PopGenome/src/tabix/bgzf.h
PopGenome/src/tabix/ksort.h
PopGenome/src/tabix/knetfile.h
PopGenome/src/tabix/index.c
PopGenome/src/tabix/tabix.h
PopGenome/src/tabix/bedidx.c
PopGenome/src/tabix/kseq.h
PopGenome/src/tabix/khash.h
PopGenome/src/tabix/knetfile.c
PopGenome/src/tabix/kstring.h
PopGenome/src/find_lines.c
PopGenome/src/myReadVCFC.c
PopGenome/src/combnsum_C.c
PopGenome/src/get_gff_info_C.c
PopGenome/src/fittingGFFC++.c
PopGenome/src/VCF_split.cpp
PopGenome/src/whopgenome
PopGenome/src/whopgenome/whop_rsupport.h
PopGenome/src/whopgenome/rdnapp_MEGA.h
PopGenome/src/whopgenome/whopgen_samples.cpp
PopGenome/src/whopgenome/whoptbi_info.cpp
PopGenome/src/whopgenome/whopgen_read.cpp
PopGenome/src/whopgenome/whopgen_codemat.cpp
PopGenome/src/whopgenome/whopgen_common.h
PopGenome/src/whopgenome/whoptbi_region.cpp
PopGenome/src/whopgenome/readdnapp.cpp
PopGenome/src/whopgenome/whopgen_region.cpp
PopGenome/src/whopgenome/whop_tools.h
PopGenome/src/whopgenome/whoptbi_main.cpp
PopGenome/src/whopgenome/rdnapp_Fasta.h
PopGenome/src/whopgenome/whoptbi_Rifc.cpp
PopGenome/src/whopgenome/dynstorage.h
PopGenome/src/whopgenome/whop_tabix.h
PopGenome/src/whopgenome/whopgen_tools.cpp
PopGenome/src/whopgenome/whopgen_vcf.cpp
PopGenome/src/whopgenome/rdnapp_Phylip.h
PopGenome/src/whopgenome/whop_r_dataframe.cpp
PopGenome/src/whopgenome/whop_vcf.h
PopGenome/src/whopgenome/rdnapp_MAF.h
PopGenome/src/whopgenome/whop_tabix_internal.h
PopGenome/src/whopgenome/whopgen_main.cpp
PopGenome/src/whopgenome/whopgen_filtering.cpp
PopGenome/src/whopgenome/whopgen_rsupport.cpp
PopGenome/src/whopgenome/whoptbi_read.cpp
PopGenome/src/dummy.cc
PopGenome/src/R2_C.c
PopGenome/src/makeBial.c
PopGenome/src/verify_ancestral_C.c
PopGenome/src/my_unique_C.c
PopGenome/src/filldiplomatrix.c
PopGenome/src/makeBialMatrix.c
PopGenome/src/get_segsites_C.c
PopGenome/src/CompareVEK.c
PopGenome/src/get_dim_fasta.c
PopGenome/src/find_windowC.c
PopGenome/src/ap_pop_C.c
PopGenome/src/code_nucs.c
PopGenome/src/compute_FREQ_C.c
PopGenome/src/compute_FREQOUT_C.c
PopGenome/src/Makevars.win
PopGenome/src/C_get_sfreqh_C.c
PopGenome/src/my_match_C.c
PopGenome/src/ap_pop_ancestral_C.c
PopGenome/src/get_ind_fasta.c
PopGenome/NAMESPACE
PopGenome/NEWS
PopGenome/data
PopGenome/data/fasta_file.txt.gz
PopGenome/data/vcf_file.txt.gz
PopGenome/data/gff_file.txt.gz
PopGenome/data/snp_file.txt.gz
PopGenome/R
PopGenome/R/checkpoppairs.R PopGenome/R/get_data.R PopGenome/R/DsDn.R PopGenome/R/calc_Bd_CLR_table.R PopGenome/R/MK.R PopGenome/R/getTable.R PopGenome/R/split.GFF.R PopGenome/R/calc_Bd_clr.R PopGenome/R/slim.R PopGenome/R/gtest.R PopGenome/R/calc_RNDmin.R PopGenome/R/concatenate.regions.R PopGenome/R/sweeps.stats.R PopGenome/R/fisherextest.R PopGenome/R/my_math.R PopGenome/R/calc_phi_st.R PopGenome/R/sliding.window.transform.new.R PopGenome/R/DATA.R PopGenome/R/plot_cs.R PopGenome/R/set.synnonsyn.R PopGenome/R/init_coef.R PopGenome/R/readVCFchunkHap.R PopGenome/R/ehh.R PopGenome/R/calc_FS.R PopGenome/R/codontable.R PopGenome/R/calc_diversities.R PopGenome/R/my_rdirichlet.R PopGenome/R/GENOME.R PopGenome/R/APE_read.nexus.data.R PopGenome/R/hudsonkaplan85rm.R PopGenome/R/calc_freqstats.R PopGenome/R/popgen.R PopGenome/R/calcR2.R PopGenome/R/pair_linkdisequ_FAST.R PopGenome/R/PG_plot.biallelic.matrix.R PopGenome/R/MS_jointfreqdist.R PopGenome/R/my_unique.R PopGenome/R/GEN.R PopGenome/R/testparamsClass.R PopGenome/R/region.as.fasta.R PopGenome/R/fstcalc.R PopGenome/R/BAYESRETURN.R PopGenome/R/deletecodongaps.R PopGenome/R/DsPsDnPn.R PopGenome/R/readSNP.R PopGenome/R/coalsim.R PopGenome/R/calc_BDF.R PopGenome/R/calc.fixed.shared.R PopGenome/R/parse_HapMap.R PopGenome/R/mktest.R PopGenome/R/split_data_into_GFF_attributes.R PopGenome/R/polymorph.R PopGenome/R/calc_freqstats_FAST.R PopGenome/R/sliding.window.transform.fast.R PopGenome/R/set.outgroup.R PopGenome/R/Ewens_Watt.R PopGenome/R/my_read.nexus.R PopGenome/R/freqtest_achaz.R PopGenome/R/neuttest.R PopGenome/R/VCF_split_into_scaffolds.R PopGenome/R/codonise64.R PopGenome/R/recomb.stats.R PopGenome/R/jack.knife.transform.R PopGenome/R/calc_BD.R PopGenome/R/calc_D.R PopGenome/R/pair_linkdisequ.R PopGenome/R/sortmatrix.R PopGenome/R/PopGenread.R PopGenome/R/linkdisequ_FAST.R PopGenome/R/MS_getStats.R PopGenome/R/progress.R PopGenome/R/slide.snp.sep.R PopGenome/R/check_init_length.R PopGenome/R/site_FST.R PopGenome/R/tn93.R PopGenome/R/create.PopGenome.method.R PopGenome/R/get.individuals.R PopGenome/R/MS.R PopGenome/R/set_gff_info.R PopGenome/R/readVCFchunk.R PopGenome/R/compute_intern_achaz.R PopGenome/R/introgression.stats.R PopGenome/R/myReadVCF.R PopGenome/R/delNULLpop.R PopGenome/R/import_export_slim.R PopGenome/R/parse_gff.R PopGenome/R/readMS.R PopGenome/R/site_diversity_between.R PopGenome/R/readVCF.R PopGenome/R/Yach.stats.R PopGenome/R/csstatsClass.R PopGenome/R/readHapMap.R PopGenome/R/get.feature.names.R PopGenome/R/linkdisequ.R PopGenome/R/SNPFST.R PopGenome/R/counthaplotype.R PopGenome/R/read.big.ms.output.R PopGenome/R/jointfreqdist.R PopGenome/R/read.ms.output.R PopGenome/R/readData.R PopGenome/R/intern.calc.R2.R PopGenome/R/splitting.data.sep.R PopGenome/R/PsPn.R PopGenome/R/get_segsites.R PopGenome/R/get_fixed_shared.R PopGenome/R/get.biallelic.matrix.R PopGenome/R/genetree.R
PopGenome/R/haplochi2.r
PopGenome/R/Whop_readVCF.R PopGenome/R/concatenate.R PopGenome/R/count.unknowns.R PopGenome/R/getsynnonsyndiff.R PopGenome/R/complike.R PopGenome/R/GFF_split_into_scaffolds.R PopGenome/R/diversity.stats.between.R PopGenome/R/D_jacknife.R PopGenome/R/get_gff_info.R PopGenome/R/mult.linkage.stats.R PopGenome/R/set.filter.R PopGenome/R/calc_miss.R PopGenome/R/fitting_gff.R PopGenome/R/get.sweeps.R PopGenome/R/calc_hwhafsth_FAST.R PopGenome/R/probabilities.R PopGenome/R/update_slim.R PopGenome/R/decodonise64.R PopGenome/R/getsyn.R PopGenome/R/read.big.fasta.R PopGenome/R/wall99bq.R PopGenome/R/diversity.stats.R PopGenome/R/jump.window.transform.R PopGenome/R/set.ref.positions.R PopGenome/R/save_load_GENOME.R PopGenome/R/get.codons.R PopGenome/R/mismatch.R PopGenome/R/permute.R PopGenome/R/splitting.data.R PopGenome/R/calc_hwhafsth.R PopGenome/R/calc.R2.R PopGenome/R/calc_sxsfss.R PopGenome/R/LOAD.R PopGenome/R/APE_write.dna.R PopGenome/R/zzz.R PopGenome/R/concatenate.classes.R PopGenome/R/snn.R PopGenome/R/PopGplot.R PopGenome/R/get.recomb.R PopGenome/R/slidingWindow.R PopGenome/R/locstatsClass.R
PopGenome/vignettes
PopGenome/vignettes/XYZ.pdf
PopGenome/vignettes/nucFSTvsAll.pdf
PopGenome/vignettes/XXX.pdf
PopGenome/vignettes/PopGenomeClasses.pdf
PopGenome/vignettes/SFS.pdf
PopGenome/vignettes/GenesTaj.pdf
PopGenome/vignettes/Integration_of_new_Methods.Rnw
PopGenome/vignettes/Whole_genome_analyses_using_VCF_files.Rnw
PopGenome/vignettes/An_introduction_to_the_PopGenome_package.Rnw
PopGenome/vignettes/nucFST.pdf
PopGenome/vignettes/2Lslide.pdf
PopGenome/MD5
PopGenome/build
PopGenome/build/vignette.rds
PopGenome/DESCRIPTION
PopGenome/man
PopGenome/man/set.filter-methods.Rd PopGenome/man/calc.R2-methods.Rd PopGenome/man/detail.stats-methods.Rd PopGenome/man/set.ref.positions.Rd PopGenome/man/recomb.stats-methods.Rd PopGenome/man/show.slots-methods.Rd PopGenome/man/concatenate.regions.Rd PopGenome/man/get_gff_info.Rd PopGenome/man/readHapMap.Rd PopGenome/man/test.params-class.Rd PopGenome/man/region.as.fasta.Rd PopGenome/man/split_data_into_GFF_attributes.Rd PopGenome/man/PopGenome.Rd PopGenome/man/getBayes-methods.Rd PopGenome/man/GENOME-class.Rd PopGenome/man/load.session.Rd PopGenome/man/Whop_readVCF.Rd PopGenome/man/get.codons-methods.Rd PopGenome/man/read.big.fasta.Rd PopGenome/man/get.individuals-methods.Rd PopGenome/man/mult.linkage.stats.Rd PopGenome/man/VCF_split_into_scaffolds.Rd PopGenome/man/fasta_file.Rd PopGenome/man/readData.Rd PopGenome/man/calc.fixed.shared-methods.Rd PopGenome/man/set.synnonsyn-methods.Rd PopGenome/man/GFF_split_into_scaffolds.Rd PopGenome/man/F_ST.stats-methods.Rd PopGenome/man/set.populations-methods.Rd PopGenome/man/sliding.window.transform-methods.Rd PopGenome/man/diversity.stats-methods.Rd PopGenome/man/create.PopGenome.method.Rd PopGenome/man/F_ST.stats.2-methods.Rd PopGenome/man/jack.knife.transform-methods.Rd PopGenome/man/get.biallelic.matrix-methods.Rd PopGenome/man/get.status-methods.Rd PopGenome/man/count.unknowns-methods.Rd PopGenome/man/sweeps.stats-methods.Rd PopGenome/man/concatenate.classes.Rd PopGenome/man/MS.Rd PopGenome/man/diversity.stats.between-methods.Rd PopGenome/man/gff_file.Rd PopGenome/man/save.session.Rd PopGenome/man/Achaz.stats.Rd PopGenome/man/readVCF.Rd PopGenome/man/introgression.stats.Rd PopGenome/man/MS_getStats.Rd PopGenome/man/set.outgroup-methods.Rd PopGenome/man/readMS.Rd PopGenome/man/codontable.Rd PopGenome/man/PopGplot.Rd PopGenome/man/MKT-methods.Rd PopGenome/man/BayeScanR.Rd PopGenome/man/linkage.stats-methods.Rd PopGenome/man/PG_plot.biallelic.matrix.Rd PopGenome/man/vcf_file.Rd PopGenome/man/readSNP.Rd PopGenome/man/neutrality.stats-methods.Rd PopGenome/man/snp_file.Rd PopGenome/man/get.feature.names.Rd PopGenome/man/splitting.data-methods.Rd

Questions? Problems? Suggestions? or email at ian@mutexlabs.com.

Please suggest features or report bugs with the GitHub issue tracker.

All documentation is copyright its authors; we didn't write any of that.