PopGenome: An Efficient Swiss Army Knife for Population Genomic Analyses

Provides efficient tools for population genomics data analysis, able to process individual loci, large sets of loci, or whole genomes. PopGenome not only implements a wide range of population genetics statistics, but also facilitates the easy implementation of new algorithms by other researchers. PopGenome is optimized for speed via the seamless integration of C code.

AuthorBastian Pfeifer [aut, cre], Ulrich Wittelsbuerger [ctb], Heng Li [ctb], Bob Handsaker [ctb]
Date of publication2015-05-04 23:40:49
MaintainerBastian Pfeifer <Bastian.Pfeifer@uni-duesseldorf.de>
LicenseGPL-3
Version2.1.6
http://popgenome.weebly.com

View on CRAN

Man pages

Achaz.stats: Achaz statistic

BayeScanR: An R implementation of BayeScan (Foll & Gagiotti 2008)

calc.R2-methods: Linkage statistics (R2, P-value, Distance)

codontable: Prints the codon table which is used in the PopGenome...

concatenate.classes: Concatenate GENOME classes

concatenate.regions: Concatenate regions

count.unknowns-methods: Calculate missing nucleotide frequencies

create.PopGenome.method: Integration of own functions into the PopGenome-framework

detail.stats-methods: Several statistics

diversity.stats-methods: Diversities

fasta_file: FASTA file (subdirectory "data")

F_ST.stats.2-methods: Fixation Index (2)

F_ST.stats-methods: Fixation Index

GENOME-class: Class "GENOME"

getBayes-methods: Get values for BayeScanR

get.biallelic.matrix-methods: Get the biallelic matrix

get.codons-methods: Detailed information about the nature of codon changes

get.feature.names: Feature informations and GFF-attributes

get_gff_info: Annotation info

get.individuals-methods: Print the names/IDs of individuals

get.status-methods: State of calculations

gff_file: GFF file (subdirectory "data")

GFF_split_into_scaffolds: Split a GFF file into multiple scaffold-GFFs

introgression.stats: Introgression statistics

jack.knife.transform-methods: Jacknife Transformation

linkage.stats-methods: Linkage Disequilibrium

load.session: Loading a PopGenome session

MKT-methods: McDonald-Kreitman Test (McDonald & Kreitman 1991)

MS: Coalescent simulation with or without selection

MS_getStats: Get the simulated MS/MSMS statistics

mult.linkage.stats: Multilocus linkage statistics

neutrality.stats-methods: Neutrality Statistics

PG_plot.biallelic.matrix: Plot the biallelic matrix

PopGenome: PopGenome

PopGplot: Smoothed line-plot for multiple populations

read.big.fasta: Reading large FASTA alignments

readData: Read alignments and calculate summary data

readHapMap: Read SNP data from the HapMap consortium

readMS: Read output data from MS and MSMS

readSNP: Read data in .SNP format

readVCF: Read SNP data in tabixed VCF format

recomb.stats-methods: Recombination statistics

region.as.fasta: Extract a region and write it to a FASTA file

save.session: Save the '"GENOME"' object of a PopGenome session

set.outgroup-methods: Define an outgroup

set.populations-methods: Define populations

set.ref.positions: Set reference positions for SNP data

set.synnonsyn-methods: Set synonymous positions for SNP data

show.slots-methods: Show Slots of class GENOME

sliding.window.transform-methods: Sliding Window Transformation

snp_file: .SNP file (variant call data from 1001 Arabidopsis Genomes...

split_data_into_GFF_attributes: Split the data into GFF attributes

splitting.data-methods: Split data into subsites

sweeps.stats-methods: Selective Sweeps

test.params-class: Set parameters for coalescent simulations with Hudson's MS...

vcf_file: VCF file (subdirectory "data")

VCF_split_into_scaffolds: Split a VCF file into multiple scaffold-VCFs

Whop_readVCF: Reading tabixed VCF files (an interface to WhopGenome)

Files in this package

PopGenome
PopGenome/inst
PopGenome/inst/CITATION
PopGenome/inst/COPYRIGHTS
PopGenome/inst/doc
PopGenome/inst/doc/Integration_of_new_Methods.Rnw
PopGenome/inst/doc/Whole_genome_analyses_using_VCF_files.Rnw
PopGenome/inst/doc/Whole_genome_analyses_using_VCF_files.pdf
PopGenome/inst/doc/An_introduction_to_the_PopGenome_package.Rnw
PopGenome/inst/doc/Integration_of_new_Methods.pdf
PopGenome/inst/doc/An_introduction_to_the_PopGenome_package.pdf
PopGenome/src
PopGenome/src/combnsum2_C.c
PopGenome/src/Makevars
PopGenome/src/tabix
PopGenome/src/tabix/bam_endian.h
PopGenome/src/tabix/kstring.c
PopGenome/src/tabix/bgzf.c
PopGenome/src/tabix/bgzf.h
PopGenome/src/tabix/ksort.h
PopGenome/src/tabix/knetfile.h
PopGenome/src/tabix/index.c
PopGenome/src/tabix/tabix.h
PopGenome/src/tabix/bedidx.c
PopGenome/src/tabix/kseq.h
PopGenome/src/tabix/khash.h
PopGenome/src/tabix/knetfile.c
PopGenome/src/tabix/kstring.h
PopGenome/src/find_lines.c
PopGenome/src/myReadVCFC.c
PopGenome/src/combnsum_C.c
PopGenome/src/get_gff_info_C.c
PopGenome/src/fittingGFFC++.c
PopGenome/src/VCF_split.cpp
PopGenome/src/whopgenome
PopGenome/src/whopgenome/whop_rsupport.h
PopGenome/src/whopgenome/rdnapp_MEGA.h
PopGenome/src/whopgenome/whopgen_samples.cpp
PopGenome/src/whopgenome/whoptbi_info.cpp
PopGenome/src/whopgenome/whopgen_read.cpp
PopGenome/src/whopgenome/whopgen_codemat.cpp
PopGenome/src/whopgenome/whopgen_common.h
PopGenome/src/whopgenome/whoptbi_region.cpp
PopGenome/src/whopgenome/readdnapp.cpp
PopGenome/src/whopgenome/whopgen_region.cpp
PopGenome/src/whopgenome/whop_tools.h
PopGenome/src/whopgenome/whoptbi_main.cpp
PopGenome/src/whopgenome/rdnapp_Fasta.h
PopGenome/src/whopgenome/whoptbi_Rifc.cpp
PopGenome/src/whopgenome/dynstorage.h
PopGenome/src/whopgenome/whop_tabix.h
PopGenome/src/whopgenome/whopgen_tools.cpp
PopGenome/src/whopgenome/whopgen_vcf.cpp
PopGenome/src/whopgenome/rdnapp_Phylip.h
PopGenome/src/whopgenome/whop_r_dataframe.cpp
PopGenome/src/whopgenome/whop_vcf.h
PopGenome/src/whopgenome/rdnapp_MAF.h
PopGenome/src/whopgenome/whop_tabix_internal.h
PopGenome/src/whopgenome/whopgen_main.cpp
PopGenome/src/whopgenome/whopgen_filtering.cpp
PopGenome/src/whopgenome/whopgen_rsupport.cpp
PopGenome/src/whopgenome/whoptbi_read.cpp
PopGenome/src/dummy.cc
PopGenome/src/R2_C.c
PopGenome/src/makeBial.c
PopGenome/src/verify_ancestral_C.c
PopGenome/src/my_unique_C.c
PopGenome/src/filldiplomatrix.c
PopGenome/src/makeBialMatrix.c
PopGenome/src/get_segsites_C.c
PopGenome/src/CompareVEK.c
PopGenome/src/get_dim_fasta.c
PopGenome/src/find_windowC.c
PopGenome/src/ap_pop_C.c
PopGenome/src/code_nucs.c
PopGenome/src/compute_FREQ_C.c
PopGenome/src/compute_FREQOUT_C.c
PopGenome/src/Makevars.win
PopGenome/src/C_get_sfreqh_C.c
PopGenome/src/my_match_C.c
PopGenome/src/ap_pop_ancestral_C.c
PopGenome/src/get_ind_fasta.c
PopGenome/NAMESPACE
PopGenome/NEWS
PopGenome/data
PopGenome/data/fasta_file.txt.gz
PopGenome/data/vcf_file.txt.gz
PopGenome/data/gff_file.txt.gz
PopGenome/data/snp_file.txt.gz
PopGenome/R
PopGenome/R/checkpoppairs.R PopGenome/R/get_data.R PopGenome/R/DsDn.R PopGenome/R/MK.R PopGenome/R/getTable.R PopGenome/R/split.GFF.R PopGenome/R/slim.R PopGenome/R/gtest.R PopGenome/R/concatenate.regions.R PopGenome/R/sweeps.stats.R PopGenome/R/fisherextest.R PopGenome/R/my_math.R PopGenome/R/calc_phi_st.R PopGenome/R/sliding.window.transform.new.R PopGenome/R/DATA.R PopGenome/R/plot_cs.R PopGenome/R/set.synnonsyn.R PopGenome/R/init_coef.R PopGenome/R/readVCFchunkHap.R PopGenome/R/ehh.R PopGenome/R/calc_FS.R PopGenome/R/codontable.R PopGenome/R/calc_diversities.R PopGenome/R/my_rdirichlet.R PopGenome/R/GENOME.R PopGenome/R/APE_read.nexus.data.R PopGenome/R/hudsonkaplan85rm.R PopGenome/R/calc_freqstats.R PopGenome/R/popgen.R PopGenome/R/calcR2.R PopGenome/R/pair_linkdisequ_FAST.R PopGenome/R/PG_plot.biallelic.matrix.R PopGenome/R/my_unique.R PopGenome/R/GEN.R PopGenome/R/testparamsClass.R PopGenome/R/region.as.fasta.R PopGenome/R/fstcalc.R PopGenome/R/BAYESRETURN.R PopGenome/R/deletecodongaps.R PopGenome/R/DsPsDnPn.R PopGenome/R/readSNP.R PopGenome/R/coalsim.R PopGenome/R/parse_HapMap.R PopGenome/R/mktest.R PopGenome/R/split_data_into_GFF_attributes.R PopGenome/R/polymorph.R PopGenome/R/calc_freqstats_FAST.R PopGenome/R/sliding.window.transform.fast.R PopGenome/R/set.outgroup.R PopGenome/R/Ewens_Watt.R PopGenome/R/my_read.nexus.R PopGenome/R/freqtest_achaz.R PopGenome/R/neuttest.R PopGenome/R/VCF_split_into_scaffolds.R PopGenome/R/codonise64.R PopGenome/R/recomb.stats.R PopGenome/R/jack.knife.transform.R PopGenome/R/calc_D.R PopGenome/R/pair_linkdisequ.R PopGenome/R/sortmatrix.R PopGenome/R/PopGenread.R PopGenome/R/linkdisequ_FAST.R PopGenome/R/MS_getStats.R PopGenome/R/progress.R PopGenome/R/slide.snp.sep.R PopGenome/R/check_init_length.R PopGenome/R/site_FST.R PopGenome/R/tn93.R PopGenome/R/create.PopGenome.method.R PopGenome/R/get.individuals.R PopGenome/R/MS.R PopGenome/R/set_gff_info.R PopGenome/R/readVCFchunk.R PopGenome/R/compute_intern_achaz.R PopGenome/R/introgression.stats.R PopGenome/R/myReadVCF.R PopGenome/R/delNULLpop.R PopGenome/R/import_export_slim.R PopGenome/R/parse_gff.R PopGenome/R/readMS.R PopGenome/R/readVCF.R PopGenome/R/Yach.stats.R PopGenome/R/csstatsClass.R PopGenome/R/readHapMap.R PopGenome/R/get.feature.names.R PopGenome/R/linkdisequ.R PopGenome/R/SNPFST.R PopGenome/R/counthaplotype.R PopGenome/R/read.big.ms.output.R PopGenome/R/jointfreqdist.R PopGenome/R/read.ms.output.R PopGenome/R/readData.R PopGenome/R/intern.calc.R2.R PopGenome/R/splitting.data.sep.R PopGenome/R/PsPn.R PopGenome/R/get_segsites.R PopGenome/R/get.biallelic.matrix.R PopGenome/R/genetree.R
PopGenome/R/haplochi2.r
PopGenome/R/Whop_readVCF.R PopGenome/R/concatenate.R PopGenome/R/count.unknowns.R PopGenome/R/getsynnonsyndiff.R PopGenome/R/complike.R PopGenome/R/GFF_split_into_scaffolds.R PopGenome/R/get_gff_info.R PopGenome/R/mult.linkage.stats.R PopGenome/R/calc_miss.R PopGenome/R/fitting_gff.R PopGenome/R/get.sweeps.R PopGenome/R/calc_hwhafsth_FAST.R PopGenome/R/probabilities.R PopGenome/R/update_slim.R PopGenome/R/decodonise64.R PopGenome/R/getsyn.R PopGenome/R/read.big.fasta.R PopGenome/R/wall99bq.R PopGenome/R/diversity.stats.R PopGenome/R/jump.window.transform.R PopGenome/R/set.ref.positions.R PopGenome/R/save_load_GENOME.R PopGenome/R/get.codons.R PopGenome/R/mismatch.R PopGenome/R/permute.R PopGenome/R/splitting.data.R PopGenome/R/calc_hwhafsth.R PopGenome/R/calc.R2.R PopGenome/R/calc_sxsfss.R PopGenome/R/LOAD.R PopGenome/R/APE_write.dna.R PopGenome/R/zzz.R PopGenome/R/concatenate.classes.R PopGenome/R/snn.R PopGenome/R/PopGplot.R PopGenome/R/get.recomb.R PopGenome/R/slidingWindow.R PopGenome/R/locstatsClass.R
PopGenome/vignettes
PopGenome/vignettes/XYZ.pdf
PopGenome/vignettes/nucFSTvsAll.pdf
PopGenome/vignettes/XXX.pdf
PopGenome/vignettes/PopGenomeClasses.pdf
PopGenome/vignettes/SFS.pdf
PopGenome/vignettes/GenesTaj.pdf
PopGenome/vignettes/Integration_of_new_Methods.Rnw
PopGenome/vignettes/Whole_genome_analyses_using_VCF_files.Rnw
PopGenome/vignettes/An_introduction_to_the_PopGenome_package.Rnw
PopGenome/vignettes/nucFST.pdf
PopGenome/vignettes/2Lslide.pdf
PopGenome/MD5
PopGenome/build
PopGenome/build/vignette.rds
PopGenome/DESCRIPTION
PopGenome/man
PopGenome/man/calc.R2-methods.Rd PopGenome/man/detail.stats-methods.Rd PopGenome/man/set.ref.positions.Rd PopGenome/man/recomb.stats-methods.Rd PopGenome/man/show.slots-methods.Rd PopGenome/man/concatenate.regions.Rd PopGenome/man/get_gff_info.Rd PopGenome/man/readHapMap.Rd PopGenome/man/test.params-class.Rd PopGenome/man/region.as.fasta.Rd PopGenome/man/split_data_into_GFF_attributes.Rd PopGenome/man/PopGenome.Rd PopGenome/man/getBayes-methods.Rd PopGenome/man/GENOME-class.Rd PopGenome/man/load.session.Rd PopGenome/man/Whop_readVCF.Rd PopGenome/man/get.codons-methods.Rd PopGenome/man/read.big.fasta.Rd PopGenome/man/get.individuals-methods.Rd PopGenome/man/mult.linkage.stats.Rd PopGenome/man/VCF_split_into_scaffolds.Rd PopGenome/man/fasta_file.Rd PopGenome/man/readData.Rd PopGenome/man/set.synnonsyn-methods.Rd PopGenome/man/GFF_split_into_scaffolds.Rd PopGenome/man/F_ST.stats-methods.Rd PopGenome/man/set.populations-methods.Rd PopGenome/man/sliding.window.transform-methods.Rd PopGenome/man/diversity.stats-methods.Rd PopGenome/man/create.PopGenome.method.Rd PopGenome/man/F_ST.stats.2-methods.Rd PopGenome/man/jack.knife.transform-methods.Rd PopGenome/man/get.biallelic.matrix-methods.Rd PopGenome/man/get.status-methods.Rd PopGenome/man/count.unknowns-methods.Rd PopGenome/man/sweeps.stats-methods.Rd PopGenome/man/concatenate.classes.Rd PopGenome/man/MS.Rd PopGenome/man/gff_file.Rd PopGenome/man/save.session.Rd PopGenome/man/Achaz.stats.Rd PopGenome/man/readVCF.Rd PopGenome/man/introgression.stats.Rd PopGenome/man/MS_getStats.Rd PopGenome/man/set.outgroup-methods.Rd PopGenome/man/readMS.Rd PopGenome/man/codontable.Rd PopGenome/man/PopGplot.Rd PopGenome/man/MKT-methods.Rd PopGenome/man/BayeScanR.Rd PopGenome/man/linkage.stats-methods.Rd PopGenome/man/PG_plot.biallelic.matrix.Rd PopGenome/man/vcf_file.Rd PopGenome/man/readSNP.Rd PopGenome/man/neutrality.stats-methods.Rd PopGenome/man/snp_file.Rd PopGenome/man/get.feature.names.Rd PopGenome/man/splitting.data-methods.Rd

Questions? Problems? Suggestions? or email at ian@mutexlabs.com.

Please suggest features or report bugs with the GitHub issue tracker.

All documentation is copyright its authors; we didn't write any of that.