PopGenome: An Efficient Swiss Army Knife for Population Genomic Analyses

Share:

Provides efficient tools for population genomics data analysis, able to process individual loci, large sets of loci, or whole genomes. PopGenome not only implements a wide range of population genetics statistics, but also facilitates the easy implementation of new algorithms by other researchers. PopGenome is optimized for speed via the seamless integration of C code.

Author
Bastian Pfeifer [aut, cre], Ulrich Wittelsbuerger [ctb], Heng Li [ctb], Bob Handsaker [ctb]
Date of publication
2015-05-04 23:40:49
Maintainer
Bastian Pfeifer <Bastian.Pfeifer@uni-duesseldorf.de>
License
GPL-3
Version
2.1.6
URLs

View on CRAN

Man pages

Achaz.stats
Achaz statistic
BayeScanR
An R implementation of BayeScan (Foll & Gagiotti 2008)
calc.R2-methods
Linkage statistics (R2, P-value, Distance)
codontable
Prints the codon table which is used in the PopGenome...
concatenate.classes
Concatenate GENOME classes
concatenate.regions
Concatenate regions
count.unknowns-methods
Calculate missing nucleotide frequencies
create.PopGenome.method
Integration of own functions into the PopGenome-framework
detail.stats-methods
Several statistics
diversity.stats-methods
Diversities
fasta_file
FASTA file (subdirectory "data")
F_ST.stats.2-methods
Fixation Index (2)
F_ST.stats-methods
Fixation Index
GENOME-class
Class "GENOME"
getBayes-methods
Get values for BayeScanR
get.biallelic.matrix-methods
Get the biallelic matrix
get.codons-methods
Detailed information about the nature of codon changes
get.feature.names
Feature informations and GFF-attributes
get_gff_info
Annotation info
get.individuals-methods
Print the names/IDs of individuals
get.status-methods
State of calculations
gff_file
GFF file (subdirectory "data")
GFF_split_into_scaffolds
Split a GFF file into multiple scaffold-GFFs
introgression.stats
Introgression statistics
jack.knife.transform-methods
Jacknife Transformation
linkage.stats-methods
Linkage Disequilibrium
load.session
Loading a PopGenome session
MKT-methods
McDonald-Kreitman Test (McDonald & Kreitman 1991)
MS
Coalescent simulation with or without selection
MS_getStats
Get the simulated MS/MSMS statistics
mult.linkage.stats
Multilocus linkage statistics
neutrality.stats-methods
Neutrality Statistics
PG_plot.biallelic.matrix
Plot the biallelic matrix
PopGenome
PopGenome
PopGplot
Smoothed line-plot for multiple populations
read.big.fasta
Reading large FASTA alignments
readData
Read alignments and calculate summary data
readHapMap
Read SNP data from the HapMap consortium
readMS
Read output data from MS and MSMS
readSNP
Read data in .SNP format
readVCF
Read SNP data in tabixed VCF format
recomb.stats-methods
Recombination statistics
region.as.fasta
Extract a region and write it to a FASTA file
save.session
Save the '"GENOME"' object of a PopGenome session
set.outgroup-methods
Define an outgroup
set.populations-methods
Define populations
set.ref.positions
Set reference positions for SNP data
set.synnonsyn-methods
Set synonymous positions for SNP data
show.slots-methods
Show Slots of class GENOME
sliding.window.transform-methods
Sliding Window Transformation
snp_file
.SNP file (variant call data from 1001 Arabidopsis Genomes...
split_data_into_GFF_attributes
Split the data into GFF attributes
splitting.data-methods
Split data into subsites
sweeps.stats-methods
Selective Sweeps
test.params-class
Set parameters for coalescent simulations with Hudson's MS...
vcf_file
VCF file (subdirectory "data")
VCF_split_into_scaffolds
Split a VCF file into multiple scaffold-VCFs
Whop_readVCF
Reading tabixed VCF files (an interface to WhopGenome)

Files in this package

PopGenome
PopGenome/inst
PopGenome/inst/CITATION
PopGenome/inst/COPYRIGHTS
PopGenome/inst/doc
PopGenome/inst/doc/Integration_of_new_Methods.Rnw
PopGenome/inst/doc/Whole_genome_analyses_using_VCF_files.Rnw
PopGenome/inst/doc/Whole_genome_analyses_using_VCF_files.pdf
PopGenome/inst/doc/An_introduction_to_the_PopGenome_package.Rnw
PopGenome/inst/doc/Integration_of_new_Methods.pdf
PopGenome/inst/doc/An_introduction_to_the_PopGenome_package.pdf
PopGenome/src
PopGenome/src/combnsum2_C.c
PopGenome/src/Makevars
PopGenome/src/tabix
PopGenome/src/tabix/bam_endian.h
PopGenome/src/tabix/kstring.c
PopGenome/src/tabix/bgzf.c
PopGenome/src/tabix/bgzf.h
PopGenome/src/tabix/ksort.h
PopGenome/src/tabix/knetfile.h
PopGenome/src/tabix/index.c
PopGenome/src/tabix/tabix.h
PopGenome/src/tabix/bedidx.c
PopGenome/src/tabix/kseq.h
PopGenome/src/tabix/khash.h
PopGenome/src/tabix/knetfile.c
PopGenome/src/tabix/kstring.h
PopGenome/src/find_lines.c
PopGenome/src/myReadVCFC.c
PopGenome/src/combnsum_C.c
PopGenome/src/get_gff_info_C.c
PopGenome/src/fittingGFFC++.c
PopGenome/src/VCF_split.cpp
PopGenome/src/whopgenome
PopGenome/src/whopgenome/whop_rsupport.h
PopGenome/src/whopgenome/rdnapp_MEGA.h
PopGenome/src/whopgenome/whopgen_samples.cpp
PopGenome/src/whopgenome/whoptbi_info.cpp
PopGenome/src/whopgenome/whopgen_read.cpp
PopGenome/src/whopgenome/whopgen_codemat.cpp
PopGenome/src/whopgenome/whopgen_common.h
PopGenome/src/whopgenome/whoptbi_region.cpp
PopGenome/src/whopgenome/readdnapp.cpp
PopGenome/src/whopgenome/whopgen_region.cpp
PopGenome/src/whopgenome/whop_tools.h
PopGenome/src/whopgenome/whoptbi_main.cpp
PopGenome/src/whopgenome/rdnapp_Fasta.h
PopGenome/src/whopgenome/whoptbi_Rifc.cpp
PopGenome/src/whopgenome/dynstorage.h
PopGenome/src/whopgenome/whop_tabix.h
PopGenome/src/whopgenome/whopgen_tools.cpp
PopGenome/src/whopgenome/whopgen_vcf.cpp
PopGenome/src/whopgenome/rdnapp_Phylip.h
PopGenome/src/whopgenome/whop_r_dataframe.cpp
PopGenome/src/whopgenome/whop_vcf.h
PopGenome/src/whopgenome/rdnapp_MAF.h
PopGenome/src/whopgenome/whop_tabix_internal.h
PopGenome/src/whopgenome/whopgen_main.cpp
PopGenome/src/whopgenome/whopgen_filtering.cpp
PopGenome/src/whopgenome/whopgen_rsupport.cpp
PopGenome/src/whopgenome/whoptbi_read.cpp
PopGenome/src/dummy.cc
PopGenome/src/R2_C.c
PopGenome/src/makeBial.c
PopGenome/src/verify_ancestral_C.c
PopGenome/src/my_unique_C.c
PopGenome/src/filldiplomatrix.c
PopGenome/src/makeBialMatrix.c
PopGenome/src/get_segsites_C.c
PopGenome/src/CompareVEK.c
PopGenome/src/get_dim_fasta.c
PopGenome/src/find_windowC.c
PopGenome/src/ap_pop_C.c
PopGenome/src/code_nucs.c
PopGenome/src/compute_FREQ_C.c
PopGenome/src/compute_FREQOUT_C.c
PopGenome/src/Makevars.win
PopGenome/src/C_get_sfreqh_C.c
PopGenome/src/my_match_C.c
PopGenome/src/ap_pop_ancestral_C.c
PopGenome/src/get_ind_fasta.c
PopGenome/NAMESPACE
PopGenome/NEWS
PopGenome/data
PopGenome/data/fasta_file.txt.gz
PopGenome/data/vcf_file.txt.gz
PopGenome/data/gff_file.txt.gz
PopGenome/data/snp_file.txt.gz
PopGenome/R
PopGenome/R/checkpoppairs.R
PopGenome/R/get_data.R
PopGenome/R/DsDn.R
PopGenome/R/MK.R
PopGenome/R/getTable.R
PopGenome/R/split.GFF.R
PopGenome/R/slim.R
PopGenome/R/gtest.R
PopGenome/R/concatenate.regions.R
PopGenome/R/sweeps.stats.R
PopGenome/R/fisherextest.R
PopGenome/R/my_math.R
PopGenome/R/calc_phi_st.R
PopGenome/R/sliding.window.transform.new.R
PopGenome/R/DATA.R
PopGenome/R/plot_cs.R
PopGenome/R/set.synnonsyn.R
PopGenome/R/init_coef.R
PopGenome/R/readVCFchunkHap.R
PopGenome/R/ehh.R
PopGenome/R/calc_FS.R
PopGenome/R/codontable.R
PopGenome/R/calc_diversities.R
PopGenome/R/my_rdirichlet.R
PopGenome/R/GENOME.R
PopGenome/R/APE_read.nexus.data.R
PopGenome/R/hudsonkaplan85rm.R
PopGenome/R/calc_freqstats.R
PopGenome/R/popgen.R
PopGenome/R/calcR2.R
PopGenome/R/pair_linkdisequ_FAST.R
PopGenome/R/PG_plot.biallelic.matrix.R
PopGenome/R/my_unique.R
PopGenome/R/GEN.R
PopGenome/R/testparamsClass.R
PopGenome/R/region.as.fasta.R
PopGenome/R/fstcalc.R
PopGenome/R/BAYESRETURN.R
PopGenome/R/deletecodongaps.R
PopGenome/R/DsPsDnPn.R
PopGenome/R/readSNP.R
PopGenome/R/coalsim.R
PopGenome/R/parse_HapMap.R
PopGenome/R/mktest.R
PopGenome/R/split_data_into_GFF_attributes.R
PopGenome/R/polymorph.R
PopGenome/R/calc_freqstats_FAST.R
PopGenome/R/sliding.window.transform.fast.R
PopGenome/R/set.outgroup.R
PopGenome/R/Ewens_Watt.R
PopGenome/R/my_read.nexus.R
PopGenome/R/freqtest_achaz.R
PopGenome/R/neuttest.R
PopGenome/R/VCF_split_into_scaffolds.R
PopGenome/R/codonise64.R
PopGenome/R/recomb.stats.R
PopGenome/R/jack.knife.transform.R
PopGenome/R/calc_D.R
PopGenome/R/pair_linkdisequ.R
PopGenome/R/sortmatrix.R
PopGenome/R/PopGenread.R
PopGenome/R/linkdisequ_FAST.R
PopGenome/R/MS_getStats.R
PopGenome/R/progress.R
PopGenome/R/slide.snp.sep.R
PopGenome/R/check_init_length.R
PopGenome/R/site_FST.R
PopGenome/R/tn93.R
PopGenome/R/create.PopGenome.method.R
PopGenome/R/get.individuals.R
PopGenome/R/MS.R
PopGenome/R/set_gff_info.R
PopGenome/R/readVCFchunk.R
PopGenome/R/compute_intern_achaz.R
PopGenome/R/introgression.stats.R
PopGenome/R/myReadVCF.R
PopGenome/R/delNULLpop.R
PopGenome/R/import_export_slim.R
PopGenome/R/parse_gff.R
PopGenome/R/readMS.R
PopGenome/R/readVCF.R
PopGenome/R/Yach.stats.R
PopGenome/R/csstatsClass.R
PopGenome/R/readHapMap.R
PopGenome/R/get.feature.names.R
PopGenome/R/linkdisequ.R
PopGenome/R/SNPFST.R
PopGenome/R/counthaplotype.R
PopGenome/R/read.big.ms.output.R
PopGenome/R/jointfreqdist.R
PopGenome/R/read.ms.output.R
PopGenome/R/readData.R
PopGenome/R/intern.calc.R2.R
PopGenome/R/splitting.data.sep.R
PopGenome/R/PsPn.R
PopGenome/R/get_segsites.R
PopGenome/R/get.biallelic.matrix.R
PopGenome/R/genetree.R
PopGenome/R/haplochi2.r
PopGenome/R/Whop_readVCF.R
PopGenome/R/concatenate.R
PopGenome/R/count.unknowns.R
PopGenome/R/getsynnonsyndiff.R
PopGenome/R/complike.R
PopGenome/R/GFF_split_into_scaffolds.R
PopGenome/R/get_gff_info.R
PopGenome/R/mult.linkage.stats.R
PopGenome/R/calc_miss.R
PopGenome/R/fitting_gff.R
PopGenome/R/get.sweeps.R
PopGenome/R/calc_hwhafsth_FAST.R
PopGenome/R/probabilities.R
PopGenome/R/update_slim.R
PopGenome/R/decodonise64.R
PopGenome/R/getsyn.R
PopGenome/R/read.big.fasta.R
PopGenome/R/wall99bq.R
PopGenome/R/diversity.stats.R
PopGenome/R/jump.window.transform.R
PopGenome/R/set.ref.positions.R
PopGenome/R/save_load_GENOME.R
PopGenome/R/get.codons.R
PopGenome/R/mismatch.R
PopGenome/R/permute.R
PopGenome/R/splitting.data.R
PopGenome/R/calc_hwhafsth.R
PopGenome/R/calc.R2.R
PopGenome/R/calc_sxsfss.R
PopGenome/R/LOAD.R
PopGenome/R/APE_write.dna.R
PopGenome/R/zzz.R
PopGenome/R/concatenate.classes.R
PopGenome/R/snn.R
PopGenome/R/PopGplot.R
PopGenome/R/get.recomb.R
PopGenome/R/slidingWindow.R
PopGenome/R/locstatsClass.R
PopGenome/vignettes
PopGenome/vignettes/XYZ.pdf
PopGenome/vignettes/nucFSTvsAll.pdf
PopGenome/vignettes/XXX.pdf
PopGenome/vignettes/PopGenomeClasses.pdf
PopGenome/vignettes/SFS.pdf
PopGenome/vignettes/GenesTaj.pdf
PopGenome/vignettes/Integration_of_new_Methods.Rnw
PopGenome/vignettes/Whole_genome_analyses_using_VCF_files.Rnw
PopGenome/vignettes/An_introduction_to_the_PopGenome_package.Rnw
PopGenome/vignettes/nucFST.pdf
PopGenome/vignettes/2Lslide.pdf
PopGenome/MD5
PopGenome/build
PopGenome/build/vignette.rds
PopGenome/DESCRIPTION
PopGenome/man
PopGenome/man/calc.R2-methods.Rd
PopGenome/man/detail.stats-methods.Rd
PopGenome/man/set.ref.positions.Rd
PopGenome/man/recomb.stats-methods.Rd
PopGenome/man/show.slots-methods.Rd
PopGenome/man/concatenate.regions.Rd
PopGenome/man/get_gff_info.Rd
PopGenome/man/readHapMap.Rd
PopGenome/man/test.params-class.Rd
PopGenome/man/region.as.fasta.Rd
PopGenome/man/split_data_into_GFF_attributes.Rd
PopGenome/man/PopGenome.Rd
PopGenome/man/getBayes-methods.Rd
PopGenome/man/GENOME-class.Rd
PopGenome/man/load.session.Rd
PopGenome/man/Whop_readVCF.Rd
PopGenome/man/get.codons-methods.Rd
PopGenome/man/read.big.fasta.Rd
PopGenome/man/get.individuals-methods.Rd
PopGenome/man/mult.linkage.stats.Rd
PopGenome/man/VCF_split_into_scaffolds.Rd
PopGenome/man/fasta_file.Rd
PopGenome/man/readData.Rd
PopGenome/man/set.synnonsyn-methods.Rd
PopGenome/man/GFF_split_into_scaffolds.Rd
PopGenome/man/F_ST.stats-methods.Rd
PopGenome/man/set.populations-methods.Rd
PopGenome/man/sliding.window.transform-methods.Rd
PopGenome/man/diversity.stats-methods.Rd
PopGenome/man/create.PopGenome.method.Rd
PopGenome/man/F_ST.stats.2-methods.Rd
PopGenome/man/jack.knife.transform-methods.Rd
PopGenome/man/get.biallelic.matrix-methods.Rd
PopGenome/man/get.status-methods.Rd
PopGenome/man/count.unknowns-methods.Rd
PopGenome/man/sweeps.stats-methods.Rd
PopGenome/man/concatenate.classes.Rd
PopGenome/man/MS.Rd
PopGenome/man/gff_file.Rd
PopGenome/man/save.session.Rd
PopGenome/man/Achaz.stats.Rd
PopGenome/man/readVCF.Rd
PopGenome/man/introgression.stats.Rd
PopGenome/man/MS_getStats.Rd
PopGenome/man/set.outgroup-methods.Rd
PopGenome/man/readMS.Rd
PopGenome/man/codontable.Rd
PopGenome/man/PopGplot.Rd
PopGenome/man/MKT-methods.Rd
PopGenome/man/BayeScanR.Rd
PopGenome/man/linkage.stats-methods.Rd
PopGenome/man/PG_plot.biallelic.matrix.Rd
PopGenome/man/vcf_file.Rd
PopGenome/man/readSNP.Rd
PopGenome/man/neutrality.stats-methods.Rd
PopGenome/man/snp_file.Rd
PopGenome/man/get.feature.names.Rd
PopGenome/man/splitting.data-methods.Rd