UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram: Cytoband Information for Human Chromosome Ideogram

In RCircos: Circos 2D Track Plot

Cytoband Information for Human Chromosome Ideogram

Description

A data frame containing chromosome name, start and end position, band name, and intensity of Giemsa stains for each cytoband.

Usage

data(UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram)

Format

A data frame with 862 observations on the following 5 variables.

Chromosome

a factor with levels chr1 chr10 chr11 chr12 chr13 chr14 chr15 chr16 chr17 chr18 chr19 chr2 chr20 chr21 chr22 chr3 chr4 chr5 chr6 chr7 chr8 chr9 chrX chrY

ChromStart

a numeric vector

ChromEnd

a numeric vector

Band

a factor with levels p11 p11.1 p11.11 p11.12 p11.2 p11.21 p11.22 p11.23 p11.3 p11.31 p11.32 p11.4 p12 p12.1 p12.2 p12.3 p12.31 p12.32 p12.33 p13 p13.1 p13.11 p13.12 p13.13 p13.2 p13.3 p13.31 p13.32 p13.33 p14 p14.1 p14.2 p14.3 p15 p15.1 p15.2 p15.3 p15.31 p15.32 p15.33 p15.4 p15.5 p16.1 p16.2 p16.3 p21 p21.1 p21.2 p21.3 p21.31 p21.32 p21.33 p22 p22.1 p22.11 p22.12 p22.13 p22.2 p22.3 p22.31 p22.32 p22.33 p23 p23.1 p23.2 p23.3 p24.1 p24.2 p24.3 p25.1 p25.2 p25.3 p26.1 p26.2 p26.3 p31.1 p31.2 p31.3 p32.1 p32.2 p32.3 p33 p34.1 p34.2 p34.3 p35.1 p35.2 p35.3 p36.11 p36.12 p36.13 p36.21 p36.22 p36.23 p36.31 p36.32 p36.33 q11 q11.1 q11.2 q11.21 q11.22 q11.221 q11.222 q11.223 q11.23 q12 q12.1 q12.11 q12.12 q12.13 q12.2 q12.3 q13 q13.1 q13.11 q13.12 q13.13 q13.2 q13.3 q13.31 q13.32 q13.33 q13.4 q13.41 q13.42 q13.43 q13.5 q14 q14.1 q14.11 q14.12 q14.13 q14.2 q14.3 q15 q15.1 q15.2 q15.3 q16.1 q16.2 q16.3 q21 q21.1 q21.11 q21.12 q21.13 q21.2 q21.21 q21.22 q21.23 q21.3 q21.31 q21.32 q21.33 q22 q22.1 q22.11 q22.12 q22.13 q22.2 q22.3 q22.31 q22.32 q22.33 q23 q23.1 q23.2 q23.3 q23.31 q23.32 q23.33 q24 q24.1 q24.11 q24.12 q24.13 q24.2 q24.21 q24.22 q24.23 q24.3 q24.31 q24.32 q24.33 q25 q25.1 q25.2 q25.3 q25.31 q25.32 q25.33 q26 q26.1 q26.11 q26.12 q26.13 q26.2 q26.3 q26.31 q26.32 q26.33 q27 q27.1 q27.2 q27.3 q28 q28.1 q28.2 q28.3 q29 q31.1 q31.2 q31.21 q31.22 q31.23 q31.3 q31.31 q31.32 q31.33 q32 q32.1 q32.11 q32.12 q32.13 q32.2 q32.3 q32.31 q32.32 q32.33 q33 q33.1 q33.2 q33.3 q34 q34.1 q34.11 q34.12 q34.13 q34.2 q34.3 q35 q35.1 q35.2 q35.3 q36.1 q36.2 q36.3 q37.1 q37.2 q37.3 q41 q42.11 q42.12 q42.13 q42.2 q42.3 q43 q44

Stain

a factor with levels acen gneg gpos100 gpos25 gpos50 gpos75 gvar stalk

Source

http://genome.ucsc.edu

RCircos documentation built on March 18, 2022, 7:59 p.m.