Nothing
inst/doc/Howto.R
In cghRA: Array CGH Data Analysis and Visualization
### R code from vignette source 'Howto.Rtex'
###################################################
### code chunk number 1: Howto.Rtex:125-132 (eval = FALSE)
###################################################
## # Parse an Agilent TDT file
## design <- Agilent.design(
## file = "014950_D_DNABack_BCLeft_20111015.txt",
## organism = "Human",
## assembly = "GRCh37",
## chromosomes = c(1:22, "X", "Y")
## )
###################################################
### code chunk number 2: Howto.Rtex:135-137 (eval = FALSE)
###################################################
## # Export as a cghRA-compliant file
## saveRDT(design, file="design.rdt")
###################################################
### code chunk number 3: Howto.Rtex:182-189 (eval = FALSE)
###################################################
## # Parse a manually edited ADF file
## design <- custom.design(
## file = "A-MEXP-1841.adf.csv",
## organism = "Human",
## assembly = "hg18",
## chromosomes = c(1:22, "X", "Y")
## )
###################################################
### code chunk number 4: Howto.Rtex:192-194 (eval = FALSE)
###################################################
## # Export as a cghRA-compliant file
## saveRDT(design, file="design.rdt")
###################################################
### code chunk number 5: Howto.Rtex:205-210 (eval = FALSE)
###################################################
## # Import file
## rawDesign <- read.table(
## file="A-MEXP-1841.adf.txt", sep="\t", skip=18,
## header=TRUE, quote=NULL, stringsAsFactors=FALSE
## )
###################################################
### code chunk number 6: Howto.Rtex:213-218 (eval = FALSE)
###################################################
## # Split coordinates
## coords <- rawDesign$"Reporter.Database.Entry.chromosome_coordinate.unknown."
## rawDesign$chrom <- sub("^chr(.+):([0-9]+)-([0-9]+)$", "\\1", coords)
## rawDesign$start <- sub("^chr(.+):([0-9]+)-([0-9]+)$", "\\2", coords)
## rawDesign$end <- sub("^chr(.+):([0-9]+)-([0-9]+)$", "\\3", coords)
###################################################
### code chunk number 7: Howto.Rtex:221-225 (eval = FALSE)
###################################################
## # Rebuild FeatureNum
## row <- rawDesign$Row
## col <- rawDesign$Column
## rawDesign$FeatureNum <- (row - 1L) * max(col) + col
###################################################
### code chunk number 8: Howto.Rtex:228-243 (eval = FALSE)
###################################################
## # Build design
## design <- cghRA.design(
## name = rawDesign$Reporter.Name,
## chrom = rawDesign$chrom,
## strand = NA,
## start = as.integer(rawDesign$start),
## end = as.integer(rawDesign$end),
## id = rawDesign$FeatureNum,
## row = rawDesign$Row,
## col = rawDesign$Column,
## .name = "Agilent 014950",
## .organism = "Human",
## .assembly = "hg18",
## .chromosomes = c(1:22, "X", "Y")
## )
###################################################
### code chunk number 9: Howto.Rtex:246-248 (eval = FALSE)
###################################################
## # Export as a cghRA-compliant file
## saveRDT(design, file="design.rdt")
###################################################
### code chunk number 10: Howto.Rtex:257-300 (eval = FALSE)
###################################################
## ADF.design <- function(
## file,
## name = "Custom ADF file",
## organism = as.character(NA),
## assembly = as.character(NA),
## chromosomes = NULL,
## ...
## ) {
## # Import file
## rawDesign <- read.table(
## file=file, sep="\t", skip=18,
## header=TRUE, quote=NULL, stringsAsFactors=FALSE
## )
##
## # Split coordinates
## coords <- rawDesign$"Reporter.Database.Entry.chromosome_coordinate.unknown."
## rawDesign$chrom <- sub("^chr(.+):([0-9]+)-([0-9]+)$", "\\1", coords)
## rawDesign$start <- sub("^chr(.+):([0-9]+)-([0-9]+)$", "\\2", coords)
## rawDesign$end <- sub("^chr(.+):([0-9]+)-([0-9]+)$", "\\3", coords)
##
## # Rebuild FeatureNum
## row <- rawDesign$Row
## col <- rawDesign$Column
## rawDesign$FeatureNum <- (row - 1L) * max(col) + col
##
## # Build design
## design <- cghRA.design(
## name = rawDesign$Reporter.Name,
## chrom = rawDesign$chrom,
## strand = NA,
## start = as.integer(rawDesign$start),
## end = as.integer(rawDesign$end),
## id = rawDesign$FeatureNum,
## row = rawDesign$Row,
## col = rawDesign$Column,
## .name = name,
## .organism = organism,
## .assembly = assembly,
## .chromosomes = chromosomes
## )
##
## return(design)
## }
###################################################
### code chunk number 11: Howto.Rtex:309-316 (eval = FALSE)
###################################################
## design <- ADF.design(
## file = "A-MEXP-1841.adf.txt",
## name = "Agilent 014950",
## organism = "Human",
## assembly = "hg18",
## chromosomes = c(1:22, "X", "Y")
## )
###################################################
### code chunk number 12: Howto.Rtex:332-334 (eval = FALSE)
###################################################
## # On Windows
## blatInstall(blat="blat.exe", cygwin="cygwin1.dll")
###################################################
### code chunk number 13: Howto.Rtex:337-339 (eval = FALSE)
###################################################
## # On Linux or MacOS
## blatInstall(blat="blat")
###################################################
### code chunk number 14: Howto.Rtex:362-364 (eval = FALSE)
###################################################
## # Import the design we previously built
## design <- readRDT(file="design.rdt")
###################################################
### code chunk number 15: Howto.Rtex:367-372 (eval = FALSE)
###################################################
## # Apply remapping
## design$remap(
## probeFile = "014950_D_Fasta_20111015.txt",
## chromFiles = dir("hg38", full.names=TRUE)
## )
###################################################
### code chunk number 16: Howto.Rtex:375-377 (eval = FALSE)
###################################################
## # Update assembly name
## design$assembly <- "GRCh38"
###################################################
### code chunk number 17: Howto.Rtex:380-382 (eval = FALSE)
###################################################
## # Export the remapped design
## saveRDT(design, file="design_hg38.rdt")
###################################################
### code chunk number 18: Howto.Rtex:403-405 (eval = FALSE)
###################################################
## # Import the previously remapped design
## design <- readRDT(file="design_hg38.rdt")
###################################################
### code chunk number 19: Howto.Rtex:408-413 (eval = FALSE)
###################################################
## # Apply WACA bias computation
## design$bias(
## chromFiles = dir("hg38", full.names=TRUE),
## fragSites = c(AluI="AG|CT", RsaI="GT|AC")
## )
###################################################
### code chunk number 20: Howto.Rtex:416-418 (eval = FALSE)
###################################################
## # Export the remapped / WACA compliant design
## saveRDT(design, file="design_hg38_WACA.rdt")
###################################################
### code chunk number 21: Howto.Rtex:428-430 (eval = FALSE)
###################################################
## # Import a cytoband file to use for split
## bands <- readRDT(file="GRCh37.UCSC_bands.rdt")
###################################################
### code chunk number 22: Howto.Rtex:433-435 (eval = FALSE)
###################################################
## # Import an annotation file to arm-split
## genes <- readRDT(file="GRCh37.NCBI_genes.rdt")
###################################################
### code chunk number 23: Howto.Rtex:438-440 (eval = FALSE)
###################################################
## # Add arms
## genes$addArms(bands)
###################################################
### code chunk number 24: Howto.Rtex:443-445 (eval = FALSE)
###################################################
## # Save as RDT with a distinct name
## saveRDT(genes, file="GRCh37.arm.NCBI_genes.rdt")
###################################################
### code chunk number 25: Howto.Rtex:457-459 (eval = FALSE)
###################################################
## # Import the previously remapped / WACA compliant design
## design <- readRDT(file="design_hg38_WACA.rdt")
###################################################
### code chunk number 26: Howto.Rtex:462-464 (eval = FALSE)
###################################################
## # Import the cytoband annotation
## bands <- readRDT(file="GRCh38.UCSC_bands.rdt")
###################################################
### code chunk number 27: Howto.Rtex:467-469 (eval = FALSE)
###################################################
## # Add arm information
## design$addArms(bands)
###################################################
### code chunk number 28: Howto.Rtex:472-474 (eval = FALSE)
###################################################
## # Export the remapped / WACA compliant design
## saveRDT(design, file="design_hg38_WACA_arm.rdt")
###################################################
### code chunk number 29: Howto.Rtex:558-563 (eval = FALSE)
###################################################
## # Import file
## rawFile <- read.table(
## file="DLBCL_Feb2016_CHB02048.txt", sep="\t", skip=9,
## header=TRUE, quote=NULL, stringsAsFactors=FALSE
## )
###################################################
### code chunk number 30: Howto.Rtex:566-568 (eval = FALSE)
###################################################
## # Select columns
## rawFile <- rawFile[, c(2, 16, 53, 54, 57:64) ]
###################################################
### code chunk number 31: Howto.Rtex:571-575 (eval = FALSE)
###################################################
## # Rename columns
## colnames(rawFile)[ colnames(rawFile) == "FeatureNum" ] <- "id"
## colnames(rawFile)[ colnames(rawFile) == "LogRatio" ] <- "logRatio"
## colnames(rawFile)[3:12] <- sprintf("flag_%s", colnames(rawFile)[3:12])
###################################################
### code chunk number 32: Howto.Rtex:578-583 (eval = FALSE)
###################################################
## # Build probes
## probes <- cghRA.probes(
## rawFile,
## .name = "CHB02048"
## )
###################################################
### code chunk number 33: Howto.Rtex:586-588 (eval = FALSE)
###################################################
## # Export as a cghRA-compliant file
## saveRDT(probes, file="DLBCL_Feb2016_CHB02048.probes.rdt")
###################################################
### code chunk number 34: Howto.Rtex:597-630 (eval = FALSE)
###################################################
## example.probes <- function(
## file,
## columns = NULL,
## ...
## ) {
## # Import file
## rawFile <- read.table(
## file=file, sep="\t", skip=9,
## header=TRUE, quote=NULL, stringsAsFactors=FALSE
## )
##
## # Select columns
## rawFile <- rawFile[, c(2, 16, 53, 54, 57:64) ]
##
## # Rename columns
## colnames(rawFile)[ colnames(rawFile) == "FeatureNum" ] <- "id"
## colnames(rawFile)[ colnames(rawFile) == "LogRatio" ] <- "logRatio"
##
## # Rename only flag columns mentioned in the interface
## if(length(columns) > 0L) {
## for(i in 1:length(columns)) {
## colnames(dat)[ colnames(dat) == columns[i] ] <- names(columns)[i]
## }
## }
##
## # Build probes
## probes <- cghRA.probes(
## rawFile,
## .name = basename(file)
## )
##
## return(probes)
## }
###################################################
### code chunk number 35: Howto.Rtex:696-697 (eval = FALSE)
###################################################
## process.default("segmentArgs", "fastest")
###################################################
### code chunk number 36: Howto.Rtex:724-726 (eval = FALSE)
###################################################
## regions <- readRDT(file="DLBCL_Feb2016_CHB02048.regions.rdt")
## regions$model.test()
###################################################
### code chunk number 37: Howto.Rtex:731-733 (eval = FALSE)
###################################################
## regions$model.auto()
## regions$model.auto(minWidth=0.5, maxWidth=0.7)
###################################################
### code chunk number 38: Howto.Rtex:840-843 (eval = FALSE)
###################################################
## # Import files to process
## bands <- readRDT("GRCh37.UCSC_bands.rdt")
## regions <- readRDT("DLBCL_Feb2016_CHB02048.copies.rdt")
###################################################
### code chunk number 39: Howto.Rtex:846-848 (eval = FALSE)
###################################################
## # Before annotation
## print(regions$extract(1:3))
###################################################
### code chunk number 40: Howto.Rtex:851-857 (eval = FALSE)
###################################################
## # Annotate
## regions$cross(
## annotation = bands,
## colname = "UCSC banding",
## type = "cytoband"
## )
###################################################
### code chunk number 41: Howto.Rtex:860-862 (eval = FALSE)
###################################################
## # After annotation
## print(regions$extract(1:3))
###################################################
### code chunk number 42: Howto.Rtex:889-892 (eval = FALSE)
###################################################
## # Import files to process
## genes <- readRDT("GRCh37.NCBI_genes.rdt")
## regions <- readRDT("DLBCL_Feb2016_CHB02048.copies.rdt")
###################################################
### code chunk number 43: Howto.Rtex:895-897 (eval = FALSE)
###################################################
## # Before annotation
## print(regions$extract(1:3))
###################################################
### code chunk number 44: Howto.Rtex:900-906 (eval = FALSE)
###################################################
## # Annotate using HGNC symbols
## regions$cross(
## annotation = genes,
## colname = "NCBI gene symbols",
## type = "name"
## )
###################################################
### code chunk number 45: Howto.Rtex:909-915 (eval = FALSE)
###################################################
## # Annotate using GeneID
## regions$cross(
## annotation = genes,
## colname = "NCBI gene IDs",
## type = "GeneID"
## )
###################################################
### code chunk number 46: Howto.Rtex:918-920 (eval = FALSE)
###################################################
## # After annotation
## print(regions$extract(1:3))
###################################################
### code chunk number 47: Howto.Rtex:949-953 (eval = FALSE)
###################################################
## # Import files to process
## dgv <- readRDT("GRCh37.DGV_supp.rdt")
## design <- readRDT(file="design.rdt")
## target <- readRDT(file="DLBCL_Feb2016_CHB02048.copies.rdt")
###################################################
### code chunk number 48: Howto.Rtex:956-958 (eval = FALSE)
###################################################
## # Remap the polymorphism bank
## dgvMap <- map2design(dgv, design)
###################################################
### code chunk number 49: Howto.Rtex:961-964 (eval = FALSE)
###################################################
## # Compute cnvScore for a sample
## sampleMap <- map2design(target, design)
## score <- cnvScore(sampleMap, dgvMap)
###################################################
### code chunk number 50: Howto.Rtex:967-970 (eval = FALSE)
###################################################
## # Add cnvScore in sample table
## target$addColumn(content=score, name="cnvScore")
## print(target)
###################################################
### code chunk number 51: Howto.Rtex:973-976 (eval = FALSE)
###################################################
## # Filter using cnvScore
## target$rowOrder(which(target$extract(,"cnvScore") < 1))
## print(target)
###################################################
### code chunk number 52: Howto.Rtex:1001-1004 (eval = FALSE)
###################################################
## object <- readRDT(file="DLBCL_Feb2016_CHB02048.copies.rdt")
## content <- object$extract()
## write.csv(content, file="DLBCL_Feb2016_CHB02048.copies.csv")
###################################################
### code chunk number 53: Howto.Rtex:1048-1051 (eval = FALSE)
###################################################
## # Aggregate sample files as a series object
## files <- dir(pattern=".copies.rdt$")
## series <- cghRA.series(files, .name="cghRA vignette")
###################################################
### code chunk number 54: Howto.Rtex:1054-1057 (eval = FALSE)
###################################################
## # Produce and export a copy-number matrix
## mtx <- series$parallelize(value="copies")
## write.csv(mtx, file="CN_matrix.csv")
###################################################
### code chunk number 55: Howto.Rtex:1060-1066 (eval = FALSE)
###################################################
## # Produce and export a penetrance track (deletion)
## pen <- series$penetrance(
## value = "copies",
## states = list(deletion=c(-Inf, -0.5))
## )
## saveRDT(pen$del, file="Penetrance_del.rdt")
###################################################
### code chunk number 56: Howto.Rtex:1069-1075 (eval = FALSE)
###################################################
## # Produce and export an altered segment pool
## pool <- series$pool(
## value = "copies",
## states = list(deletion=c(-Inf, -0.5), gain=c(0.5, Inf))
## )
## saveRDT(pool, file="Segment_pool.rdt")
###################################################
### code chunk number 57: Howto.Rtex:1106-1109 (eval = FALSE)
###################################################
## # Aggregate sample files as a series object
## files <- dir(pattern=".copies.rdt$")
## series <- cghRA.series(files, .name="cghRA vignette")
###################################################
### code chunk number 58: Howto.Rtex:1112-1118 (eval = FALSE)
###################################################
## # Produce and export STEPS (deletion)
## steps <- series$STEPS(
## value = "copies",
## states = list(deletion=c(-Inf, 0))
## )
## saveRDT(steps$del, file="STEPS_del.rdt")
###################################################
### code chunk number 59: Howto.Rtex:1121-1127 (eval = FALSE)
###################################################
## # Produce and export SRA (deletion)
## sra <- series$SRA(
## value = "copies",
## states = list(deletion=c(-Inf, 0))
## )
## saveRDT(sra$del, file="SRA_del.rdt")
###################################################
### code chunk number 60: Howto.Rtex:1130-1136 (eval = FALSE)
###################################################
## # Produce and export LRA (deletion)
## lra <- series$LRA(
## value = "copies",
## states = list(deletion=c(-Inf, 0))
## )
## saveRDT(lra$del, file="LRA_del.rdt")
###################################################
### code chunk number 61: Howto.Rtex:1178-1181 (eval = FALSE)
###################################################
## # Import some data tracks into R memory
## design <- readRDT(file="design.rdt")
## sample <- readRDT(file="DLBCL_Feb2016_CHB05212.copies.rdt")
###################################################
### code chunk number 62: Howto.Rtex:1184-1186 (eval = FALSE)
###################################################
## # Create an empty drawable list
## dl <- drawable.list()
###################################################
### code chunk number 63: Howto.Rtex:1189-1192 (eval = FALSE)
###################################################
## # Bind tracks from R memory
## dl$add(file=NA, track=design)
## dl$add(file=NA, track=sample)
###################################################
### code chunk number 64: Howto.Rtex:1195-1197 (eval = FALSE)
###################################################
## # Bind tracks from file
## dl$add(file="GRCh37.NCBI_genes.rdt")
###################################################
### code chunk number 65: Howto.Rtex:1200-1203 (eval = FALSE)
###################################################
## # Or use the interactive interface
## dl$fix.files()
## dl <- tk.tracks()
###################################################
### code chunk number 66: Howto.Rtex:1208-1210 (eval = FALSE)
###################################################
## # Visualize a region
## browsePlot(dl, chrom=9, start=19.18e6, end=23.76e6)
###################################################
### code chunk number 67: Howto.Rtex:1215-1219 (eval = FALSE)
###################################################
## # Export into a PNG file
## png("export.png", width=800, height=600, res=100)
## browsePlot(dl, chrom=9, start=19.18e6, end=23.76e6)
## dev.off()
###################################################
### code chunk number 68: Howto.Rtex:1224-1226 (eval = FALSE)
###################################################
## # Visualize the drawable list in Rgb
## tk.browse(dl)
###################################################
### code chunk number 69: Howto.Rtex:1231-1233 (eval = FALSE)
###################################################
## # Select a gene track stored in the list
## genes <- dl$getByClasses("track.genes")[[1]]
###################################################
### code chunk number 70: Howto.Rtex:1236-1244 (eval = FALSE)
###################################################
## # Visualize CDKN2A locus
## locus <- genes$extract(expression(name == "CDKN2A"))
## browsePlot(
## drawables = dl,
## chrom = locus$chrom,
## start = locus$start - 1e5,
## end = locus$end + 1e5
## )
###################################################
### code chunk number 71: Howto.Rtex:1253-1255 (eval = FALSE)
###################################################
## # Update parameters of an existing list using the interface
## dl$fix.param()
###################################################
### code chunk number 72: Howto.Rtex:1258-1261 (eval = FALSE)
###################################################
## # Update parameters of a specific track from the list
## genes <- dl$getByClasses("track.genes")[[1]]
## genes$setParam("colorVal", "#FF8888")
###################################################
### code chunk number 73: Howto.Rtex:1266-1269 (eval = FALSE)
###################################################
## # Import a track and "copy" it
## genes <- readRDT(file="GRCh37.NCBI_genes.rdt")
## copy <- genes
###################################################
### code chunk number 74: Howto.Rtex:1272-1275 (eval = FALSE)
###################################################
## # Add it to a drawable list
## dl <- drawable.list()
## dl$add(file=NA, track=genes)
###################################################
### code chunk number 75: Howto.Rtex:1278-1280 (eval = FALSE)
###################################################
## # Update one of the copies
## genes$setParam("ylab", "Updated gene list name")
###################################################
### code chunk number 76: Howto.Rtex:1283-1287 (eval = FALSE)
###################################################
## # All copies were updated
## print(genes$getParam("ylab"))
## print(copy$getParam("ylab"))
## print(dl$get(1)$getParam("ylab"))
###################################################
### code chunk number 77: Howto.Rtex:1294-1299 (eval = FALSE)
###################################################
## # Create a drawable list
## dl <- drawable.list()
## dl$add("cghRA vignette penetrance (deletion).rdt")
## dl$add("GRCh37.UCSC_bands.rdt")
## dl$add("cghRA vignette penetrance (gain).rdt")
###################################################
### code chunk number 78: Howto.Rtex:1302-1306 (eval = FALSE)
###################################################
## # Tune cytoband track parameters
## bands <- dl$getByClasses("track.bands")[[1]]
## bands$setParam("height", 0.5)
## bands$setParam("label", FALSE)
###################################################
### code chunk number 79: Howto.Rtex:1309-1313 (eval = FALSE)
###################################################
## # Produce penetrance summary plot
## png("Penetrance summary.png", width=1600, height=800, res=100)
## singlePlot(dl)
## dev.off()
###################################################
### code chunk number 80: Howto.Rtex:1320-1323 (eval = FALSE)
###################################################
## # Replace penetrance tracks with the pool track
## dl$remove(c(1, 3))
## dl$add("cghRA vignette pool (copies).rdt")
###################################################
### code chunk number 81: Howto.Rtex:1326-1330 (eval = FALSE)
###################################################
## # Produce altered pool summary plot
## png("Pool summary.png", width=1600, height=800, res=100)
## singlePlot(dl)
## dev.off()
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### R code from vignette source 'Howto.Rtex'
###################################################
### code chunk number 1: Howto.Rtex:125-132 (eval = FALSE)
###################################################
## # Parse an Agilent TDT file
## design <- Agilent.design(
## file = "014950_D_DNABack_BCLeft_20111015.txt",
## organism = "Human",
## assembly = "GRCh37",
## chromosomes = c(1:22, "X", "Y")
## )
###################################################
### code chunk number 2: Howto.Rtex:135-137 (eval = FALSE)
###################################################
## # Export as a cghRA-compliant file
## saveRDT(design, file="design.rdt")
###################################################
### code chunk number 3: Howto.Rtex:182-189 (eval = FALSE)
###################################################
## # Parse a manually edited ADF file
## design <- custom.design(
## file = "A-MEXP-1841.adf.csv",
## organism = "Human",
## assembly = "hg18",
## chromosomes = c(1:22, "X", "Y")
## )
###################################################
### code chunk number 4: Howto.Rtex:192-194 (eval = FALSE)
###################################################
## # Export as a cghRA-compliant file
## saveRDT(design, file="design.rdt")
###################################################
### code chunk number 5: Howto.Rtex:205-210 (eval = FALSE)
###################################################
## # Import file
## rawDesign <- read.table(
## file="A-MEXP-1841.adf.txt", sep="\t", skip=18,
## header=TRUE, quote=NULL, stringsAsFactors=FALSE
## )
###################################################
### code chunk number 6: Howto.Rtex:213-218 (eval = FALSE)
###################################################
## # Split coordinates
## coords <- rawDesign$"Reporter.Database.Entry.chromosome_coordinate.unknown."
## rawDesign$chrom <- sub("^chr(.+):([0-9]+)-([0-9]+)$", "\\1", coords)
## rawDesign$start <- sub("^chr(.+):([0-9]+)-([0-9]+)$", "\\2", coords)
## rawDesign$end <- sub("^chr(.+):([0-9]+)-([0-9]+)$", "\\3", coords)
###################################################
### code chunk number 7: Howto.Rtex:221-225 (eval = FALSE)
###################################################
## # Rebuild FeatureNum
## row <- rawDesign$Row
## col <- rawDesign$Column
## rawDesign$FeatureNum <- (row - 1L) * max(col) + col
###################################################
### code chunk number 8: Howto.Rtex:228-243 (eval = FALSE)
###################################################
## # Build design
## design <- cghRA.design(
## name = rawDesign$Reporter.Name,
## chrom = rawDesign$chrom,
## strand = NA,
## start = as.integer(rawDesign$start),
## end = as.integer(rawDesign$end),
## id = rawDesign$FeatureNum,
## row = rawDesign$Row,
## col = rawDesign$Column,
## .name = "Agilent 014950",
## .organism = "Human",
## .assembly = "hg18",
## .chromosomes = c(1:22, "X", "Y")
## )
###################################################
### code chunk number 9: Howto.Rtex:246-248 (eval = FALSE)
###################################################
## # Export as a cghRA-compliant file
## saveRDT(design, file="design.rdt")
###################################################
### code chunk number 10: Howto.Rtex:257-300 (eval = FALSE)
###################################################
## ADF.design <- function(
## file,
## name = "Custom ADF file",
## organism = as.character(NA),
## assembly = as.character(NA),
## chromosomes = NULL,
## ...
## ) {
## # Import file
## rawDesign <- read.table(
## file=file, sep="\t", skip=18,
## header=TRUE, quote=NULL, stringsAsFactors=FALSE
## )
##
## # Split coordinates
## coords <- rawDesign$"Reporter.Database.Entry.chromosome_coordinate.unknown."
## rawDesign$chrom <- sub("^chr(.+):([0-9]+)-([0-9]+)$", "\\1", coords)
## rawDesign$start <- sub("^chr(.+):([0-9]+)-([0-9]+)$", "\\2", coords)
## rawDesign$end <- sub("^chr(.+):([0-9]+)-([0-9]+)$", "\\3", coords)
##
## # Rebuild FeatureNum
## row <- rawDesign$Row
## col <- rawDesign$Column
## rawDesign$FeatureNum <- (row - 1L) * max(col) + col
##
## # Build design
## design <- cghRA.design(
## name = rawDesign$Reporter.Name,
## chrom = rawDesign$chrom,
## strand = NA,
## start = as.integer(rawDesign$start),
## end = as.integer(rawDesign$end),
## id = rawDesign$FeatureNum,
## row = rawDesign$Row,
## col = rawDesign$Column,
## .name = name,
## .organism = organism,
## .assembly = assembly,
## .chromosomes = chromosomes
## )
##
## return(design)
## }
###################################################
### code chunk number 11: Howto.Rtex:309-316 (eval = FALSE)
###################################################
## design <- ADF.design(
## file = "A-MEXP-1841.adf.txt",
## name = "Agilent 014950",
## organism = "Human",
## assembly = "hg18",
## chromosomes = c(1:22, "X", "Y")
## )
###################################################
### code chunk number 12: Howto.Rtex:332-334 (eval = FALSE)
###################################################
## # On Windows
## blatInstall(blat="blat.exe", cygwin="cygwin1.dll")
###################################################
### code chunk number 13: Howto.Rtex:337-339 (eval = FALSE)
###################################################
## # On Linux or MacOS
## blatInstall(blat="blat")
###################################################
### code chunk number 14: Howto.Rtex:362-364 (eval = FALSE)
###################################################
## # Import the design we previously built
## design <- readRDT(file="design.rdt")
###################################################
### code chunk number 15: Howto.Rtex:367-372 (eval = FALSE)
###################################################
## # Apply remapping
## design$remap(
## probeFile = "014950_D_Fasta_20111015.txt",
## chromFiles = dir("hg38", full.names=TRUE)
## )
###################################################
### code chunk number 16: Howto.Rtex:375-377 (eval = FALSE)
###################################################
## # Update assembly name
## design$assembly <- "GRCh38"
###################################################
### code chunk number 17: Howto.Rtex:380-382 (eval = FALSE)
###################################################
## # Export the remapped design
## saveRDT(design, file="design_hg38.rdt")
###################################################
### code chunk number 18: Howto.Rtex:403-405 (eval = FALSE)
###################################################
## # Import the previously remapped design
## design <- readRDT(file="design_hg38.rdt")
###################################################
### code chunk number 19: Howto.Rtex:408-413 (eval = FALSE)
###################################################
## # Apply WACA bias computation
## design$bias(
## chromFiles = dir("hg38", full.names=TRUE),
## fragSites = c(AluI="AG|CT", RsaI="GT|AC")
## )
###################################################
### code chunk number 20: Howto.Rtex:416-418 (eval = FALSE)
###################################################
## # Export the remapped / WACA compliant design
## saveRDT(design, file="design_hg38_WACA.rdt")
###################################################
### code chunk number 21: Howto.Rtex:428-430 (eval = FALSE)
###################################################
## # Import a cytoband file to use for split
## bands <- readRDT(file="GRCh37.UCSC_bands.rdt")
###################################################
### code chunk number 22: Howto.Rtex:433-435 (eval = FALSE)
###################################################
## # Import an annotation file to arm-split
## genes <- readRDT(file="GRCh37.NCBI_genes.rdt")
###################################################
### code chunk number 23: Howto.Rtex:438-440 (eval = FALSE)
###################################################
## # Add arms
## genes$addArms(bands)
###################################################
### code chunk number 24: Howto.Rtex:443-445 (eval = FALSE)
###################################################
## # Save as RDT with a distinct name
## saveRDT(genes, file="GRCh37.arm.NCBI_genes.rdt")
###################################################
### code chunk number 25: Howto.Rtex:457-459 (eval = FALSE)
###################################################
## # Import the previously remapped / WACA compliant design
## design <- readRDT(file="design_hg38_WACA.rdt")
###################################################
### code chunk number 26: Howto.Rtex:462-464 (eval = FALSE)
###################################################
## # Import the cytoband annotation
## bands <- readRDT(file="GRCh38.UCSC_bands.rdt")
###################################################
### code chunk number 27: Howto.Rtex:467-469 (eval = FALSE)
###################################################
## # Add arm information
## design$addArms(bands)
###################################################
### code chunk number 28: Howto.Rtex:472-474 (eval = FALSE)
###################################################
## # Export the remapped / WACA compliant design
## saveRDT(design, file="design_hg38_WACA_arm.rdt")
###################################################
### code chunk number 29: Howto.Rtex:558-563 (eval = FALSE)
###################################################
## # Import file
## rawFile <- read.table(
## file="DLBCL_Feb2016_CHB02048.txt", sep="\t", skip=9,
## header=TRUE, quote=NULL, stringsAsFactors=FALSE
## )
###################################################
### code chunk number 30: Howto.Rtex:566-568 (eval = FALSE)
###################################################
## # Select columns
## rawFile <- rawFile[, c(2, 16, 53, 54, 57:64) ]
###################################################
### code chunk number 31: Howto.Rtex:571-575 (eval = FALSE)
###################################################
## # Rename columns
## colnames(rawFile)[ colnames(rawFile) == "FeatureNum" ] <- "id"
## colnames(rawFile)[ colnames(rawFile) == "LogRatio" ] <- "logRatio"
## colnames(rawFile)[3:12] <- sprintf("flag_%s", colnames(rawFile)[3:12])
###################################################
### code chunk number 32: Howto.Rtex:578-583 (eval = FALSE)
###################################################
## # Build probes
## probes <- cghRA.probes(
## rawFile,
## .name = "CHB02048"
## )
###################################################
### code chunk number 33: Howto.Rtex:586-588 (eval = FALSE)
###################################################
## # Export as a cghRA-compliant file
## saveRDT(probes, file="DLBCL_Feb2016_CHB02048.probes.rdt")
###################################################
### code chunk number 34: Howto.Rtex:597-630 (eval = FALSE)
###################################################
## example.probes <- function(
## file,
## columns = NULL,
## ...
## ) {
## # Import file
## rawFile <- read.table(
## file=file, sep="\t", skip=9,
## header=TRUE, quote=NULL, stringsAsFactors=FALSE
## )
##
## # Select columns
## rawFile <- rawFile[, c(2, 16, 53, 54, 57:64) ]
##
## # Rename columns
## colnames(rawFile)[ colnames(rawFile) == "FeatureNum" ] <- "id"
## colnames(rawFile)[ colnames(rawFile) == "LogRatio" ] <- "logRatio"
##
## # Rename only flag columns mentioned in the interface
## if(length(columns) > 0L) {
## for(i in 1:length(columns)) {
## colnames(dat)[ colnames(dat) == columns[i] ] <- names(columns)[i]
## }
## }
##
## # Build probes
## probes <- cghRA.probes(
## rawFile,
## .name = basename(file)
## )
##
## return(probes)
## }
###################################################
### code chunk number 35: Howto.Rtex:696-697 (eval = FALSE)
###################################################
## process.default("segmentArgs", "fastest")
###################################################
### code chunk number 36: Howto.Rtex:724-726 (eval = FALSE)
###################################################
## regions <- readRDT(file="DLBCL_Feb2016_CHB02048.regions.rdt")
## regions$model.test()
###################################################
### code chunk number 37: Howto.Rtex:731-733 (eval = FALSE)
###################################################
## regions$model.auto()
## regions$model.auto(minWidth=0.5, maxWidth=0.7)
###################################################
### code chunk number 38: Howto.Rtex:840-843 (eval = FALSE)
###################################################
## # Import files to process
## bands <- readRDT("GRCh37.UCSC_bands.rdt")
## regions <- readRDT("DLBCL_Feb2016_CHB02048.copies.rdt")
###################################################
### code chunk number 39: Howto.Rtex:846-848 (eval = FALSE)
###################################################
## # Before annotation
## print(regions$extract(1:3))
###################################################
### code chunk number 40: Howto.Rtex:851-857 (eval = FALSE)
###################################################
## # Annotate
## regions$cross(
## annotation = bands,
## colname = "UCSC banding",
## type = "cytoband"
## )
###################################################
### code chunk number 41: Howto.Rtex:860-862 (eval = FALSE)
###################################################
## # After annotation
## print(regions$extract(1:3))
###################################################
### code chunk number 42: Howto.Rtex:889-892 (eval = FALSE)
###################################################
## # Import files to process
## genes <- readRDT("GRCh37.NCBI_genes.rdt")
## regions <- readRDT("DLBCL_Feb2016_CHB02048.copies.rdt")
###################################################
### code chunk number 43: Howto.Rtex:895-897 (eval = FALSE)
###################################################
## # Before annotation
## print(regions$extract(1:3))
###################################################
### code chunk number 44: Howto.Rtex:900-906 (eval = FALSE)
###################################################
## # Annotate using HGNC symbols
## regions$cross(
## annotation = genes,
## colname = "NCBI gene symbols",
## type = "name"
## )
###################################################
### code chunk number 45: Howto.Rtex:909-915 (eval = FALSE)
###################################################
## # Annotate using GeneID
## regions$cross(
## annotation = genes,
## colname = "NCBI gene IDs",
## type = "GeneID"
## )
###################################################
### code chunk number 46: Howto.Rtex:918-920 (eval = FALSE)
###################################################
## # After annotation
## print(regions$extract(1:3))
###################################################
### code chunk number 47: Howto.Rtex:949-953 (eval = FALSE)
###################################################
## # Import files to process
## dgv <- readRDT("GRCh37.DGV_supp.rdt")
## design <- readRDT(file="design.rdt")
## target <- readRDT(file="DLBCL_Feb2016_CHB02048.copies.rdt")
###################################################
### code chunk number 48: Howto.Rtex:956-958 (eval = FALSE)
###################################################
## # Remap the polymorphism bank
## dgvMap <- map2design(dgv, design)
###################################################
### code chunk number 49: Howto.Rtex:961-964 (eval = FALSE)
###################################################
## # Compute cnvScore for a sample
## sampleMap <- map2design(target, design)
## score <- cnvScore(sampleMap, dgvMap)
###################################################
### code chunk number 50: Howto.Rtex:967-970 (eval = FALSE)
###################################################
## # Add cnvScore in sample table
## target$addColumn(content=score, name="cnvScore")
## print(target)
###################################################
### code chunk number 51: Howto.Rtex:973-976 (eval = FALSE)
###################################################
## # Filter using cnvScore
## target$rowOrder(which(target$extract(,"cnvScore") < 1))
## print(target)
###################################################
### code chunk number 52: Howto.Rtex:1001-1004 (eval = FALSE)
###################################################
## object <- readRDT(file="DLBCL_Feb2016_CHB02048.copies.rdt")
## content <- object$extract()
## write.csv(content, file="DLBCL_Feb2016_CHB02048.copies.csv")
###################################################
### code chunk number 53: Howto.Rtex:1048-1051 (eval = FALSE)
###################################################
## # Aggregate sample files as a series object
## files <- dir(pattern=".copies.rdt$")
## series <- cghRA.series(files, .name="cghRA vignette")
###################################################
### code chunk number 54: Howto.Rtex:1054-1057 (eval = FALSE)
###################################################
## # Produce and export a copy-number matrix
## mtx <- series$parallelize(value="copies")
## write.csv(mtx, file="CN_matrix.csv")
###################################################
### code chunk number 55: Howto.Rtex:1060-1066 (eval = FALSE)
###################################################
## # Produce and export a penetrance track (deletion)
## pen <- series$penetrance(
## value = "copies",
## states = list(deletion=c(-Inf, -0.5))
## )
## saveRDT(pen$del, file="Penetrance_del.rdt")
###################################################
### code chunk number 56: Howto.Rtex:1069-1075 (eval = FALSE)
###################################################
## # Produce and export an altered segment pool
## pool <- series$pool(
## value = "copies",
## states = list(deletion=c(-Inf, -0.5), gain=c(0.5, Inf))
## )
## saveRDT(pool, file="Segment_pool.rdt")
###################################################
### code chunk number 57: Howto.Rtex:1106-1109 (eval = FALSE)
###################################################
## # Aggregate sample files as a series object
## files <- dir(pattern=".copies.rdt$")
## series <- cghRA.series(files, .name="cghRA vignette")
###################################################
### code chunk number 58: Howto.Rtex:1112-1118 (eval = FALSE)
###################################################
## # Produce and export STEPS (deletion)
## steps <- series$STEPS(
## value = "copies",
## states = list(deletion=c(-Inf, 0))
## )
## saveRDT(steps$del, file="STEPS_del.rdt")
###################################################
### code chunk number 59: Howto.Rtex:1121-1127 (eval = FALSE)
###################################################
## # Produce and export SRA (deletion)
## sra <- series$SRA(
## value = "copies",
## states = list(deletion=c(-Inf, 0))
## )
## saveRDT(sra$del, file="SRA_del.rdt")
###################################################
### code chunk number 60: Howto.Rtex:1130-1136 (eval = FALSE)
###################################################
## # Produce and export LRA (deletion)
## lra <- series$LRA(
## value = "copies",
## states = list(deletion=c(-Inf, 0))
## )
## saveRDT(lra$del, file="LRA_del.rdt")
###################################################
### code chunk number 61: Howto.Rtex:1178-1181 (eval = FALSE)
###################################################
## # Import some data tracks into R memory
## design <- readRDT(file="design.rdt")
## sample <- readRDT(file="DLBCL_Feb2016_CHB05212.copies.rdt")
###################################################
### code chunk number 62: Howto.Rtex:1184-1186 (eval = FALSE)
###################################################
## # Create an empty drawable list
## dl <- drawable.list()
###################################################
### code chunk number 63: Howto.Rtex:1189-1192 (eval = FALSE)
###################################################
## # Bind tracks from R memory
## dl$add(file=NA, track=design)
## dl$add(file=NA, track=sample)
###################################################
### code chunk number 64: Howto.Rtex:1195-1197 (eval = FALSE)
###################################################
## # Bind tracks from file
## dl$add(file="GRCh37.NCBI_genes.rdt")
###################################################
### code chunk number 65: Howto.Rtex:1200-1203 (eval = FALSE)
###################################################
## # Or use the interactive interface
## dl$fix.files()
## dl <- tk.tracks()
###################################################
### code chunk number 66: Howto.Rtex:1208-1210 (eval = FALSE)
###################################################
## # Visualize a region
## browsePlot(dl, chrom=9, start=19.18e6, end=23.76e6)
###################################################
### code chunk number 67: Howto.Rtex:1215-1219 (eval = FALSE)
###################################################
## # Export into a PNG file
## png("export.png", width=800, height=600, res=100)
## browsePlot(dl, chrom=9, start=19.18e6, end=23.76e6)
## dev.off()
###################################################
### code chunk number 68: Howto.Rtex:1224-1226 (eval = FALSE)
###################################################
## # Visualize the drawable list in Rgb
## tk.browse(dl)
###################################################
### code chunk number 69: Howto.Rtex:1231-1233 (eval = FALSE)
###################################################
## # Select a gene track stored in the list
## genes <- dl$getByClasses("track.genes")[[1]]
###################################################
### code chunk number 70: Howto.Rtex:1236-1244 (eval = FALSE)
###################################################
## # Visualize CDKN2A locus
## locus <- genes$extract(expression(name == "CDKN2A"))
## browsePlot(
## drawables = dl,
## chrom = locus$chrom,
## start = locus$start - 1e5,
## end = locus$end + 1e5
## )
###################################################
### code chunk number 71: Howto.Rtex:1253-1255 (eval = FALSE)
###################################################
## # Update parameters of an existing list using the interface
## dl$fix.param()
###################################################
### code chunk number 72: Howto.Rtex:1258-1261 (eval = FALSE)
###################################################
## # Update parameters of a specific track from the list
## genes <- dl$getByClasses("track.genes")[[1]]
## genes$setParam("colorVal", "#FF8888")
###################################################
### code chunk number 73: Howto.Rtex:1266-1269 (eval = FALSE)
###################################################
## # Import a track and "copy" it
## genes <- readRDT(file="GRCh37.NCBI_genes.rdt")
## copy <- genes
###################################################
### code chunk number 74: Howto.Rtex:1272-1275 (eval = FALSE)
###################################################
## # Add it to a drawable list
## dl <- drawable.list()
## dl$add(file=NA, track=genes)
###################################################
### code chunk number 75: Howto.Rtex:1278-1280 (eval = FALSE)
###################################################
## # Update one of the copies
## genes$setParam("ylab", "Updated gene list name")
###################################################
### code chunk number 76: Howto.Rtex:1283-1287 (eval = FALSE)
###################################################
## # All copies were updated
## print(genes$getParam("ylab"))
## print(copy$getParam("ylab"))
## print(dl$get(1)$getParam("ylab"))
###################################################
### code chunk number 77: Howto.Rtex:1294-1299 (eval = FALSE)
###################################################
## # Create a drawable list
## dl <- drawable.list()
## dl$add("cghRA vignette penetrance (deletion).rdt")
## dl$add("GRCh37.UCSC_bands.rdt")
## dl$add("cghRA vignette penetrance (gain).rdt")
###################################################
### code chunk number 78: Howto.Rtex:1302-1306 (eval = FALSE)
###################################################
## # Tune cytoband track parameters
## bands <- dl$getByClasses("track.bands")[[1]]
## bands$setParam("height", 0.5)
## bands$setParam("label", FALSE)
###################################################
### code chunk number 79: Howto.Rtex:1309-1313 (eval = FALSE)
###################################################
## # Produce penetrance summary plot
## png("Penetrance summary.png", width=1600, height=800, res=100)
## singlePlot(dl)
## dev.off()
###################################################
### code chunk number 80: Howto.Rtex:1320-1323 (eval = FALSE)
###################################################
## # Replace penetrance tracks with the pool track
## dl$remove(c(1, 3))
## dl$add("cghRA vignette pool (copies).rdt")
###################################################
### code chunk number 81: Howto.Rtex:1326-1330 (eval = FALSE)
###################################################
## # Produce altered pool summary plot
## png("Pool summary.png", width=1600, height=800, res=100)
## singlePlot(dl)
## dev.off()
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