Nothing
### R code from vignette source 'openbugs.Rnw'
### Encoding: UTF-8
###################################################
### code chunk number 1: setup
###################################################
library('glmmBUGS')
haveBugs = require('R2OpenBUGS', quietly=TRUE)
print(haveBugs)
###################################################
### code chunk number 2: formatData
###################################################
data('bacteria', package='MASS')
bacterianew <- bacteria
bacterianew$yInt = as.integer(bacterianew$y == "y")
levels(bacterianew$trt) <- c("placebo", "drug", "drugplus")
###################################################
### code chunk number 3: glmmBUGS
###################################################
bacrag <- glmmBUGS(formula = yInt ~ trt + week,
data = bacterianew,
effects = "ID", modelFile = "bacteria.txt",
family = "bernoulli",brugs=TRUE)
source("getInits.R")
startingValues = bacrag$startingValues
###################################################
### code chunk number 4: runbugs
###################################################
bacResult = NULL
if(haveBugs) {
bacResult = try(
R2OpenBUGS::bugs(
bacrag$ragged, inits=getInits,
model.file = "bacteria.txt",
n.chain = 3,
n.iter = 600, n.burnin = 10,
parameters = names(getInits()),
n.thin = 4, OpenBUGS.pgm = obExec),
silent=TRUE)
if(class(bacResult)=='try-error') {
bacResult = NULL
}
}
###################################################
### code chunk number 5: postprocess
###################################################
if(!is.null(bacResult)) {
bacParams = restoreParams(
bacResult, bacrag$ragged)
}
###################################################
### code chunk number 6: results
###################################################
if(!is.null(bacResult)) {
bacsummary = summaryChain(bacParams)
bacsummary$betas[,c('mean', 'sd')]
}
###################################################
### code chunk number 7: checkChain
###################################################
if(!is.null(bacResult)) {
checkChain(bacParams, c("intercept", "SDID"),oneFigure=TRUE)
} else {
plot(1, main='Not run, some packages missing')
}
###################################################
### code chunk number 8: setupBym
###################################################
havePackages = c(
'diseasemapping'=require('diseasemapping', quietly=TRUE),
"spdep"=require('spdep', quietly=TRUE),
'R2OpenBUGS'= haveBugs
)
print(havePackages)
###################################################
### code chunk number 9: kentuckyData
###################################################
if(all(havePackages)){
data('kentucky', package='diseasemapping')
larynxRates = structure(c(0, 0, 0, 0, 1e-06, 6e-06, 2.3e-05, 4.5e-05, 9.9e-05,
0.000163, 0.000243, 0.000299, 0.000343, 0.000308, 0.000291, 0.000217,
0, 0, 0, 1e-06, 1e-06, 3e-06, 8e-06, 1.3e-05, 2.3e-05, 3.5e-05,
5.8e-05, 6.8e-05, 7.5e-05, 5.5e-05, 4.1e-05, 3e-05), .Names = c("M_10",
"M_15", "M_20", "M_25", "M_30", "M_35", "M_40", "M_45", "M_50",
"M_55", "M_60", "M_65", "M_70", "M_75", "M_80", "M_85", "F_10",
"F_15", "F_20", "F_25", "F_30", "F_35", "F_40", "F_45", "F_50",
"F_55", "F_60", "F_65", "F_70", "F_75", "F_80", "F_85"))
kentucky = getSMR(kentucky, larynxRates, larynx,
regionCode="County")
kAdjMat = spdep::poly2nb(kentucky,
row.names=as.character(kentucky$County))
}
###################################################
### code chunk number 10: glmmBUGSkentucky
###################################################
if(all(havePackages)){
forBugs = glmmBUGS(observed + logExpected ~ poverty,
effects="County", family="poisson",
spatial=kAdjMat,
modelFile='bym.txt',
data=kentucky@data
)
startingValues = forBugs$startingValues
source("getInits.R")
# OpenBUGS wont run unless
# all the starting values for RCountySpatial are zero
int2 = function() {
res = getInits()
res$RCountySpatial = rep(0,
length(res$RCountySpatial))
res
}
}
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### code chunk number 11: runBUGSkentucky
###################################################
kResult = NULL
if(all(havePackages)){
kResult = try(
R2OpenBUGS::bugs(forBugs$ragged,
inits=int2,
model.file = "bym.txt",
n.chain = 2,
n.iter = 500, n.burnin = 10,
parameters = names(int2()),
n.thin = 10, OpenBUGS.pgm = obExec
), silent=TRUE)
if(class(bacResult)=='try-error') {
kResult = NULL
}
}
###################################################
### code chunk number 12: postprocessKentucky
###################################################
if(!is.null(kResult)){
kParams = restoreParams(kResult,
forBugs$ragged)
}
###################################################
### code chunk number 13: resultsKentucky
###################################################
if(!is.null(kResult)){
kSummary = summaryChain(kParams)
kSummary$scalars[,c('mean', 'sd')]
}
###################################################
### code chunk number 14: checkChainKentucky
###################################################
if(!is.null(kResult)){
checkChain(kParams, c("intercept", "SDCountySpatial"))
} else {
plot(1, main='Not run, some packages missing')
}
###################################################
### code chunk number 15: kentuckyMap
###################################################
if(!is.null(kResult)){
kentucky = mergeBugsData(kentucky, kSummary)
print(spplot(kentucky, "FittedRateCounty.mean"))
} else {
plot(1, main='Not run, some packages missing')
}
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