Description Usage Format Source References Examples
Internal Fasta format example
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Class 'fasta' with elements containing ">"indicating sequence names and the DNA sequences in subsequent elements.
From Qiong Ding
None.
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[1] ">AF145739[Glomus_coronatum]"
[2] "aaaagaaaataacaatgattccctcagtaacggcgagcgaagagggataagctcaaattttaaatctgctgggtttcacctaacagagttgtattttgaagaaacgttttctgcgtcccgggttagcctaagtcctttgggataaggtatcatggagggtgagaatcccgttcatggttaatcttaaggatgctctacgatacgttttccaagagtcgagttgtttgggattgcagctcaaaatgggaggtaaatttctcctaaggctaaatattggcgagagaccgatagcgaacaagtaccgtgagggaaagatgaaaagaactttgaaaagagagttaaacagtacgtgaaattgttgaaagggaaacgattgaagtcagtcataccaacgggaaatcaaccttttgagctttgtctcgtgggttcgaagagtttaaacgccttcgggttcgcgagattgggatcttctggtgtactttctcgtacggttagtcaacatcggttttgaatgtcataaaatgactggaggaatgtagcttcgatctcgtatcgaagtgttatagcctttggtagatgtgatgtttgagaccgaggattgcaacggataccctttagggctattcgtctgatctctgatacgttgccttgacgttgaaagcttgcttatgatgttagggtattacggtcaaaaggttagaacggattaaattcgttaaggatgttgacgtaatgactttaaacgacccgtcttgaaacacggaccaaggagtctaacatatatgcgagtgtttgggtggttaaacccttgcgcgtaatgaaagtgattttggtgagatccgggaaaaatttttcggagcatcatcgaccgatcaggatattttttgatagatttgagtgagagcatatctgctaggac"
[3] ">AF145747[Glomus_fragilistratum]"
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[5] ">AF235009[Glomus_claroideum]"
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[7] ">AF235008[Glomus_claroideum]"
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[9] ">AF145748[Glomus_claroideum]"
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[11] ">AF235007[Glomus_claroideum]"
[12] "aaaagaaactaacaaggattcccctagtaacggcgagtgaagagggaagagctcaaattttaaatctgccttgtttcaaggtcgagttgtaatttgaagaagcgttttcttgggctcgcggccggtagaagttctttggaacaggacatcatagagggtgacaatcccgtctgcgaccggtcgtgcgttcatctacgatacgctttcaaagagtcgagttgtttgggattgcagctccaaatgggtggtaaacatcacctaaggctaaatattggcgagagaccgatcgcgaacaagtaccgtgagggaaagatgaaaagaactttgaaaagagagttaaacagtacgtgaaattgttgaaagggaaacgattgaagtcagtcgtgctggcgcgaaatcaaccctctcgtcgagaggtcacatggcgtggcgagcctcaaaaccgtcacgaagcgtgaactcttggcgarrrggagcactttcgtgtccgctggttaacatcaatttcgaacgtcataaaaaggctggagggatgtggctccttcgggagtgttataacctttancggaatgtggtggtcgggattgaggattgcaactaatacctttagggctgttccacctggcttctctttggtatcctggtgaagacagcttgctgactttgttaggattcgcctttgaacaggctacagtgtgagcaaattcgttaaggatgttaacgtaatggctttaaacgacccgtcttgaaacacggaccaaggagtctagcatatatgcgagtgtttgagtgttgaaactcgagcgcgaaatgaaagtgatattggtaagatcctcttcccctcgggggagcggagcattatcgaccgatctggatattctttgatagatttgagtaagagcatatctgttaggacccgaaagatggtgaactatg"
[13] ">Y07656[Glomus_mosseae]"
[14] "aaagaaaataacaatgattcccccagtaacggcgagcgaagagggataagctcaaattttagatctgttgggttccacttaacagagttgtattttgaagaaacgttttctgcatccaggaatagcctaaatcctttgggataaggtatcatggagggtgagaatcccgttcatggttaatcttaaggaagctctacgatacgttttccaagagtcgagttgtttgggattgcagctcaaaatgggaggtaaatttctcctaaggctaaatattgacgagagaccgatagcaacaagtaccgtgagggaaagatgaaaagaactttgaaaagagagttaaacagtacgtgaaattgttgaaagggaaacgatcgaagtcagtcataccaacgggaaatcaaccttttgagctcggtctcgtgggttttgaagagtttcaaagcccttcggattcgcggattgggatctcttggtgtactttttcgtacggttagtcaacatcggttttggatgtcataaaatgactggaggaatgtagcttcgatctcgtactgaagtgttatagcctttggtagatgtgatgtttgagaccgaggattgcaacggatacccttcagggctattcgtctgatctctgatacgttgccttgatgttgaaagcttgcttatgatgttagggtattacggtcaaaaggttggaacggattagattcgttaaggatgttgacgtaatgactgtaaacgacc"
[15] ">AJ628057[Glomus_mosseae]"
[16] "agattccctcagtaacggcgagcgaagagggataagctcaaattttaaatctgttgggtttcacttaacagagttgtattttgaagaaacgttttctgcgtccaggattagcctaaatcctttgggataaggtatcatggagggtgagaatcccgttcatggttaatcttaaggaagctctacgatacgttttccaagagtcgagttgtttgggattgcagctcaaaatgggaggtaaatttctcctaaggctaaatattggcgagagaccgatagcgaacaagtaccgtgagggaaagatgaaaagaactttgaaaagagagttaaacagtacgtgaaattgttgaaagggaaacgattgaagtcagtcataccaacgggaaatcaaccttttgagctcggtctcgtgggttttgaagagtttcaaagccttcggattcgcgggattgggatctctcggtgtactttttcgtacggttagtcaacatcggttttgaatgtcataaaatgactggaggaatgtagcttcgatctcgctattgaagtgttatagcctttggtagatgtgatgtttgagaccgaggattgcaacggatacccttcagggctattcgtctgatctctgatacgttgccttgatgttgaaagcttgcttatgatgttagggtattacggtcaaaaggttagaacgaattacattcgttaaggatgttgacgtaatgactttaaacgacc"
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[19] ">AJ628047[Glomus_mosseae]"
[20] "gcgagcgaagagggataagctcaaattttaaatctgttgggttccactcgacagagttgtattttgaagaaacgttttctgcgtccaggattagcctaaatcctttgggataaggtatcatggagggtgagaatcccgttcatggttaatcttaaggaagctctacgatacgttttccaagagtcgagttgtttgggattgcagctcaaaatgggaggtaaatttctcctaaggctaaatattggcgagagaccgatagcgaacaagtaccgtgagggaaagatgaaaagaactttgaaaagagagttaaacagtacgtgaaattgttgaaagggaaacgattgaagtcagtcataccaacgggaaatcaaccttttgagctcggtctcgtgggttttgaagagtttcaaagccttcggattcgcgggattgggatctcttggtgtactttttcgtacggttagtcaacatcggttttgaatgtcataaaatgactggaggaatgtagcttcgatctcgtattgaagtgttatagcctttggtagatgtgatgtttgagaccgaggattgcaacggatacccttcagggctattcgtctgatctctgatacgttgccttgatgttgaaagcttgcttatgatgttagggt"
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[26] "atagattccctcagtaacggcgagcgaagagggataagctcaaattttaaatctgttgggttccacttaacagagttgtattttgaagaaacgttttctgcgtccaggattagcctaaatcctttgggataaggtatcatggagggtgagaatcccgttcatggttaatcttaaggaagctctacgatacgttttccaagagtcgagttgtttgggattgcagctcaaaatgggaggtaaatttctcctaaggctaaatattggcgagagaccgatagcgaacaagtaccgtgagggaaagatgaaaagaactttgaaaagagagttaaacagtacgtgaaattgttgaaagggaaacgattgaagtcagtcataccaacgggaaatcaaccttttgagctctggtctcgtgggttttgaagagtttcaaagccttcggattcgcgggattgggatctctcggtgtactttttcgtacggttagtcaacatcggttttgaatgtcataaaatgactggaggaatgtagcttcgatctcggtattgaagtgttatagcctttggtagatgtgatgtttgagaccgaggattgcaacggatacccttcagggctattcgtctgatctctgatacgttgccttgatgttgaaagcttgcttatgatgttagggtattacggtcaaaaggttagaacgaattacattcgttaaggatgttgacgtaatgactttaaacgacc"
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[30] "agattccctcagtaacggcgagcgaagagggataagctcaaattttaaatctgttgggttccacttaacagagttgtattttgaagaaacgttttctgcatccaggattagcctaaatcctttgggataaggtatcatggagggtgagaatcccgttcatggttaatcttaaggaagctctacgatacgttttccaagagtcgagttgtttgggattgcagctcaaaatgggaggtaaatttctcctaaggctaaatattggcgagagaccgatagcgaacaagtaccgtgagggaaagatgaaaagaactttgaaaagagagttaaacagtacgtgaaattgttgaaagggaaacgattgaagtcagtcataccaacgggaaatcaaccttttgagcttgatttcgtgggttttgaagagtttcaaagccttcggattcgcgagattgggatctctcggtgtactttctcgtacggttagtcaacatcggttttgaatgtcataaaatgactggaggaatgtagcttcgatctcgtattgaagtgttatagcctttggtagatgtgatgtttgagaccgaggattgcaacggatacccttcagggctattcgtctgatctctgatacgttgccttgatgttgaaagcttgcttatgatgttagggtattacggtcaaaaggttagaacgaattacattcgttaaggatgttgacgtaatgactttaaacgacc"
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attr(,"class")
[1] "fasta"
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