sos.R
In sos: Search Contributed R Packages, Sort by Package

### R code from vignette source 'sos.Rnw'

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### code chunk number 1: sos.Rnw:17-18
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options(width = 60, useFancyQuotes = FALSE)


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### code chunk number 2: Petal.Length
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help.search('Petal.Length')


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### code chunk number 3: PL.RSiteSearch
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library(sos)
if(!CRAN()){
  RSiteSearch('Petal.Length')
}


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### code chunk number 4: Petal.Length.sos
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PL <- findFn('Petal.Length')


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### code chunk number 5: Petal.Length.sos.2
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PL <- ???Petal.Length


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### code chunk number 6: summary.PL
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# the following table has been
# manually edited for clarity
summary(PL)


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### code chunk number 7: summary.PL-print
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s <- summary(PL)
blank <- data.frame(Package = "<...>",
      Count = "", MaxScore = "", TotalScore = "",
      Date = "", pkgLink='')
s$PackageSummary[] <- lapply(s$PackageSummary[], as.character)
row.names(s$PackageSummary) <-
  as.character(s$PackageSummary$Package)
s$PackageSummary <- rbind(s$PackageSummary['yaImpute', ],
                          blank,
                          s$PackageSummary['datasets', ],
                          blank)
print(s, row.names = FALSE)


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### code chunk number 8: Petal.Length.sos.3
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PL[PL$Package == 'datasets', 'Function']


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### code chunk number 9: Petal.Length.sos.3-print
###################################################
print(PL[PL$Package == 'datasets', 'Function'], max.levels = 0)


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### code chunk number 10: RSiteSearch-spline
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if(!CRAN()){
  RSiteSearch('spline')
}


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### code chunk number 11: RSiteSearch-spline-numpages
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getRSiteSearchHits <- function(description) {
  today <- format(Sys.time(), "%Y-%m-%d")
  con <- url(description)
  on.exit(close(con))
  lines <- try(readLines(con))
  if(class(lines) == 'try-error'){
    return(list(hits=0, date=today))
  }
  pattern <- "^.*<!-- HIT -->([0-9]+)<!-- HIT -->.*$"
  hits <- sub(pattern, "\\1", lines[grep(pattern, lines)])
  list(hits = hits, date = today)
}
splineHits <- getRSiteSearchHits("http://search.r-project.org/cgi-bin/namazu.cgi?query=spline&max=20&result=normal&sort=score&idxname=Rhelp08&idxname=functions&idxname=views")


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### code chunk number 12: RSiteSearch-spline-fun
###################################################
if(!CRAN()){
  RSiteSearch('spline', 'fun')
}


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### code chunk number 13: RSiteSearch-spline-fun-numpages
###################################################
splineFunHits <- getRSiteSearchHits("http://search.r-project.org/cgi-bin/namazu.cgi?query=spline&max=20&result=normal&sort=score&idxname=functions")


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### code chunk number 14: sos-spline
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splinePacs <- findFn('spline')


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### code chunk number 15: sos-spline-maxPages-999
###################################################
splineAll <- findFn('spline', maxPages = 999)


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### code chunk number 16: sos-spline-subset
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selSpl <- splineAll[, 'Function'] == 'spline'
splineAll[selSpl, ]


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### code chunk number 17: sos-spline-grep
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if(!CRAN()){
  grepFn('spline', splineAll, ignore.case = TRUE)
}


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### code chunk number 18: sos-spline-grep2
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g <- grepFn('spline', splineAll, ignore.case = TRUE)
gFunc6 <- as.character(g[6, "Function"])
gPac6 <- as.character(g[6, "Package"])
gScore6 <- g[6, "Score"]
gCount6 <- g[6, "Count"]


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### code chunk number 19: writeFindFn2xls-options
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op <- options(width = 80)


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### code chunk number 20: writeFindFn2xls
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writeFindFn2xls(splineAll)


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### code chunk number 21: writeFindFn2xls-options2
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options(op)


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### code chunk number 22: install-and-write-options
###################################################
op <- options(width=80)


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### code chunk number 23: install-and-write
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splineAll <- findFn('spline', maxPages = 999)
# Do not include in auto test
#installPackages(splineAll)
writeFindFn2xls(splineAll)


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### code chunk number 24: install-and-write-options-undo
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options(op)


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### code chunk number 25: differntial-equations
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de <- findFn('differential equation')
des <- findFn('differential equations')
de. <- de | des