In AnthonyDEBUR/tools4DCE: Tools for rivers water quality monitoring

library(tools4DCE)

Ce document explique comment récupérer des listes floristiques ou faunistiques depuis Hubeau (https://hubeau.eaufrance.fr/page/api-hydrobiologie) et de les transmettre à l'API SEEE pour divers calculs d'indicateurs (https://www.seee.eaufrance.fr/).

Chargement puis mise en forme de donnees hydrobiologiques depuis Hubeau

A partir de la plateforme Hubeau, on télécharge les listes faunistiques invertébrés disponibles sur la station 04207400. On se limite aux opérations pour lesquels un indice I2M2 a été calculé (faute de pouvoir rapatrier le protocole de prélèvement depuis hubeau).

Liste des opérations avec I2M2

station_etudiee<-"04207400"

stations_op<-import_hubeau_indices_hbio(liste_stations = station_etudiee, indice="inv")
stations_op<-stations_op%>%subset(CdParametre=="7613")

On importe les listes faunistiques depuis HubEau et on ne retient que les données qui correspondent à une date où l'I2M2 est calculé.

donnee <- import_hubeau_liste_hbio(liste_stations = c(station_etudiee), indice="inv")
donnees <- donnees%>%subset(date_prelevement%in%stations_op$DatePrel)

On met en forme les listes conformément au format d'entrée du script du SEEE Outil diagnostic invertébrés (https://seee.eaufrance.fr/api/indicateurs/ODInvertebres/1.0.2) - format identique à celui du script I2M2 v1.0.6

donnees$CODE_OPERATION <-
  paste0(donnees$code_station_hydrobio, "*", donnees$date_prelevement)
donnees$CODE_STATION <- donnees$code_station_hydrobio
donnees$DATE <- format(donnees$date_prelevement, "%d/%m/%Y")
donnees$TYPO_NATIONALE <- "P12-A"
donnees$CODE_PHASE <- donnees$code_lot
donnees$CODE_TAXON <- donnees$code_appel_taxon
donnees$RESULTAT <- donnees$resultat_taxon
donnees$CODE_REMARQUE <- donnees$code_type_resultat

donnees <-
  donnees %>% select(
    CODE_OPERATION,
    CODE_STATION,
    DATE,
    TYPO_NATIONALE,
    CODE_PHASE,
    CODE_TAXON,
    RESULTAT,
    CODE_REMARQUE
  )

Indice invertébrés I2M2

Appel de l'API sur le SEEE

calcule_SEEE_I2M2(donnees)

Outil diagnostic invertébrés I2M2 (inclus sorties optionnelles)

calcule_SEEE_ODinvertebres(donnees)

IBG-DCE

Script du SEEE pour le calcul de l'IBG-DCE

calcule_SEEE_IBG_DCE(donnees)

IBG Grand cours d'eau

Liste des opérations avec IBG Grand cours d'eau (IBG-GCE)

station_etudiee<-"04216000"

stations_op <- import_hubeau_indices_hbio(liste_stations = station_etudiee, indice="inv")
stations_op <- stations_op%>%subset(CdParametre=="6951")

On importe les listes faunistiques depuis HubEau et on ne retient que les données qui correspondent à une date où l'IBG-GCE est calculé.

donnees <- import_hubeau_liste_hbio(liste_stations = c(station_etudiee), indice="inv")
donnees <- donnees%>%subset(date_prelevement%in%stations_op$DatePrel)

On met en forme les listes conformément au format d'entrée du script du SEEE MGCE.

donnees$CODE_OPERATION <-
  paste0(donnees$code_station_hydrobio, "*", donnees$date_prelevement)
donnees$CODE_STATION <- donnees$code_station_hydrobio
donnees$DATE <- format(donnees$date_prelevement, "%d/%m/%Y")
donnees$TYPO_NATIONALE <- "G12-A"
donnees$CODE_PHASE <- donnees$code_lot
donnees$CODE_TAXON <- donnees$code_appel_taxon
donnees$RESULTAT <- donnees$resultat_taxon
donnees$CODE_REMARQUE <- donnees$code_type_resultat

donnees <-
  donnees %>% select(
    CODE_OPERATION,
    CODE_STATION,
    DATE,
    TYPO_NATIONALE,
    CODE_PHASE,
    CODE_TAXON,
    RESULTAT,
    CODE_REMARQUE
  )

On regroupe les codes lots conformément à la nomenclature 480 du SANDRE qui prévoit que ces codes valent A, B ou C.

donnees$CODE_PHASE<-substr(donnees$CODE_PHASE,1,1)
donnees<-donnees%>%group_by(CODE_OPERATION, CODE_PHASE, CODE_TAXON, CODE_REMARQUE, CODE_STATION, DATE, TYPO_NATIONALE)%>%dplyr::summarise(RESULTAT=sum(RESULTAT, na.rm=T))