vignettes/comment-utiliser-mon-package.md
In AnthonyDEBUR/tools4DCE: Tools for rivers water quality monitoring
title: "comment-utiliser-tools4DCE"
output: rmarkdown::html_vignette
vignette: >
%\VignetteIndexEntry{comment-utiliser-tools4DCE}
%\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
%\VignetteEncoding{UTF-8}
library(tools4DCE)
## Loading required package: plyr
## ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
## You have loaded plyr after dplyr - this is likely to cause problems.
## If you need functions from both plyr and dplyr, please load plyr first, then dplyr:
## library(plyr); library(dplyr)
## ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
##
## Attaching package: 'plyr'
## The following objects are masked from 'package:dplyr':
##
## arrange, count, desc, failwith, id, mutate, rename, summarise, summarize
## The following object is masked from 'package:purrr':
##
## compact
## The following objects are masked from 'package:Hmisc':
##
## is.discrete, summarize
## The following object is masked from 'package:gWidgetsRGtk2':
##
## id
## The following object is masked from 'package:gWidgets':
##
## id
## Loading required package: scales
## Warning: package 'scales' was built under R version 4.0.3
##
## Attaching package: 'scales'
## The following object is masked from 'package:purrr':
##
## discard
## The following object is masked from 'package:readr':
##
## col_factor
## Loading required package: cowplot
## Warning: package 'cowplot' was built under R version 4.0.3
##
## Attaching package: 'cowplot'
## The following object is masked from 'package:ggmap':
##
## theme_nothing
## Loading required package: httr
## Warning: package 'httr' was built under R version 4.0.3
##
## Attaching package: 'httr'
## The following object is masked _by_ '.GlobalEnv':
##
## progress
## The following object is masked from 'package:svMisc':
##
## progress
## The following object is masked from 'package:tcltk2':
##
## config
## Loading required package: ows4R
## Warning: package 'ows4R' was built under R version 4.0.3
## Loading required package: geometa
## Warning: package 'geometa' was built under R version 4.0.3
## Loading ISO 19139 XML schemas...
## Loading ISO 19115 codelists...
Réalisation de graphiques
Pour rendre les graphiques lisibles lorsqu'une longue chronique comporte quelques données très éloignées du reste de la gamme de mesure, on remplace ces données par une étiquette localisée au sommet ou à la base du graphique selon que la valeur non affichée est inférieure ou supérieure au reste de la gamme de valeurs.
Pour écrêter les valeurs on fait appel à la fonction filtre_donnees_extremes.
la fonction filtre_donnees_extremes sert à écrêter les données que l'on ne souhaite pas afficher à l'écran.
Par exemple si on veut remplacer toutes les données inférieures à 3 par 3 et toutes celles supérieures à 9 par 9 :
filtre_donnees_extremes(seq(1:10), ymin=3, ymax=9)
## [1] 3 3 3 4 5 6 7 8 9 9
la fonction compte_decimales sert à déterminer combien de chiffres significatifs comporte un nombre.
Elle sert à déterminer combien de chiffres significatifs il faut conserver sur l'axe des ordonnées dans le graphique final.
compte_decimales(3.234)
## [1] 3
Couleurs et échelle des fonds graphiques
Les couleurs et les valeurs des seuils pour les différents paramètres sont listés dans le jeu de données base_seuils
head(base_seuils)
## # A tibble: 6 x 12
## NOM SUPPORT FRACTION PARAMETRE UNITE SEUILMIN SEUILMAX CLASSE NOM_SEUIL TYPE TYPE_BORNE SPECIFICITE
## <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <dbl> <dbl> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr>
## 1 TEMPERATURE 3 <NA> 1301 27 -Inf 20 TRES BON AM. 25/01/2010 DCE BORNE_INF_INCLUE SALMONICOLE
## 2 TEMPERATURE 3 <NA> 1301 27 20 21.5 BON AM. 25/01/2010 DCE BORNE_INF_INCLUE SALMONICOLE
## 3 TEMPERATURE 3 <NA> 1301 27 21.5 25 MOYEN AM. 25/01/2010 DCE BORNE_INF_INCLUE SALMONICOLE
## 4 TEMPERATURE 3 <NA> 1301 27 25 28 MEDIOCRE AM. 25/01/2010 DCE BORNE_INF_INCLUE SALMONICOLE
## 5 TEMPERATURE 3 <NA> 1301 27 28 Inf MAUVAIS AM. 25/01/2010 DCE BORNE_INF_INCLUE SALMONICOLE
## 6 TEMPERATURE 3 <NA> 1301 27 -Inf 24 TRES BON AM. 25/01/2010 DCE BORNE_INF_INCLUE CYPRINICOLE
pour avoir la couleur on croise sur les colonnes TYPE et CLASSE avec la table couleurs_classes
head(couleurs_classes)
## TYPE CLASSE NOM_COULEUR
## 1 DCE TRES BON dodgerblue
## 2 DCE BON green1
## 3 DCE MOYEN yellow
## 4 DCE MEDIOCRE orange
## 5 DCE MAUVAIS red
## 6 DCE INCONNU grey
pour classer les levels on utilise la colonne CLASSE de la data.frame ordre_facteurs_qualite
head(ordre_facteurs_qualite)
## CLASSE
## 1 TRES BON
## 2 BON
## 3 MOYEN
## 4 MEDIOCRE
## 5 MAUVAIS
## 6 INCONNU
Génération d'un objet de classe seuil
Un objet de classe seuil sert à paramétrer les fonds colorer des graphiques.
Il précise l'intervalle entre lequel il faut appliquer une classe de qualité et la couleur de la représentation graphique correspondante.
Pour créer un objet de classe seuil on utilise la fonction setSeuils
setSeuils(nom_parametre="parametre test",nom_seuil="AM 25 janv 2010",type_seuil="DCE", code_parametre="1301", synonymes_parametre = "1301",support="3",code_unite="27", seuils=tools4DCE::base_seuils%>%subset(NOM=="TEMPERATURE" & SPECIFICITE=="CYPRINICOLE")%>%left_join(couleurs_classes, by=c("CLASSE", "TYPE"))%>%select(SEUILMIN, SEUILMAX, CLASSE, NOM_COULEUR)%>%mutate_at("CLASSE", factor),bornesinfinclue=T)
## An object of class "seuil"
## Slot "nom_parametre":
## [1] "parametre test"
##
## Slot "nom_seuil":
## [1] "AM 25 janv 2010"
##
## Slot "type_seuil":
## [1] "DCE"
##
## Slot "code_parametre":
## [1] "1301"
##
## Slot "synonymes_parametre":
## [1] "1301"
##
## Slot "support":
## [1] "3"
##
## Slot "fraction":
## [1] ""
##
## Slot "code_unite":
## [1] "27"
##
## Slot "seuils":
## # A tibble: 5 x 4
## SEUILMIN SEUILMAX CLASSE NOM_COULEUR
## <dbl> <dbl> <fct> <chr>
## 1 -Inf 24 TRES BON dodgerblue
## 2 24 25.5 BON green1
## 3 25.5 27 MOYEN yellow
## 4 27 28 MEDIOCRE orange
## 5 28 Inf MAUVAIS red
##
## Slot "bornesinfinclue":
## [1] TRUE
##
## Slot "specificites":
## [1] ""
Pour créer une liste de seuils prédéfinis à partir des fichiers de données il suffit de taper la commande makeSeuils().
A ce jour 377 seuils différents sont ainsi définis.
On peut se limiter à créer la liste pour un ensemble de codes paramètres en renseignant l'argument CdParametre.
Idem pour les codes support, fraction, pour les types de seuils (DCE ou NON_DCE), pour les spécificités (ex. SALMONICOLE ou CYPRINICOLE).
tmp<-makeSeuils()
tmp[100]
## [[1]]
## An object of class "seuil"
## Slot "nom_parametre":
## [1] "Aclonifène"
##
## Slot "nom_seuil":
## [1] "AM.11/01/2007"
##
## Slot "type_seuil":
## [1] "AEP"
##
## Slot "code_parametre":
## [1] "1688"
##
## Slot "synonymes_parametre":
## [1] "1688"
##
## Slot "support":
## [1] "3"
##
## Slot "fraction":
## [1] "23"
##
## Slot "code_unite":
## [1] "133"
##
## Slot "seuils":
## # A tibble: 3 x 4
## SEUILMIN SEUILMAX CLASSE NOM_COULEUR
## <dbl> <dbl> <fct> <chr>
## 1 -Inf 0.1 [0;seuil distribution] darkturquoise
## 2 0.1 2 ]seuil distribution; seuil potabilisation] darkorange
## 3 2 Inf >seuil potabilisation darkmagenta
##
## Slot "bornesinfinclue":
## [1] FALSE
##
## Slot "specificites":
## [1] "ARS56|ARS56PEST|ARS56DCE"
test<-makeSeuils(CdParametre=c("1340", "1301"), specificites=c(NA, "CYPRINICOLE"), type_seuil = "DCE")
return(test)
## [[1]]
## An object of class "seuil"
## Slot "nom_parametre":
## [1] "TEMPERATURE"
##
## Slot "nom_seuil":
## [1] "AM. 25/01/2010"
##
## Slot "type_seuil":
## [1] "DCE"
##
## Slot "code_parametre":
## [1] "1301"
##
## Slot "synonymes_parametre":
## [1] "1301"
##
## Slot "support":
## [1] "3"
##
## Slot "fraction":
## [1] NA
##
## Slot "code_unite":
## [1] "27"
##
## Slot "seuils":
## # A tibble: 5 x 4
## SEUILMIN SEUILMAX CLASSE NOM_COULEUR
## <dbl> <dbl> <fct> <chr>
## 1 -Inf 24 TRES BON dodgerblue
## 2 24 25.5 BON green1
## 3 25.5 27 MOYEN yellow
## 4 27 28 MEDIOCRE orange
## 5 28 Inf MAUVAIS red
##
## Slot "bornesinfinclue":
## [1] TRUE
##
## Slot "specificites":
## [1] "CYPRINICOLE"
##
##
## [[2]]
## An object of class "seuil"
## Slot "nom_parametre":
## [1] "NO3"
##
## Slot "nom_seuil":
## [1] "AM. 25/01/2010"
##
## Slot "type_seuil":
## [1] "DCE"
##
## Slot "code_parametre":
## [1] "1340"
##
## Slot "synonymes_parametre":
## [1] "1340"
##
## Slot "support":
## [1] "3"
##
## Slot "fraction":
## [1] NA
##
## Slot "code_unite":
## [1] "162"
##
## Slot "seuils":
## # A tibble: 3 x 4
## SEUILMIN SEUILMAX CLASSE NOM_COULEUR
## <dbl> <dbl> <fct> <chr>
## 1 -Inf 10 TRES BON dodgerblue
## 2 10 50 BON green1
## 3 50 Inf MOYEN yellow
##
## Slot "bornesinfinclue":
## [1] TRUE
##
## Slot "specificites":
## [1] NA
La liste des paramètres concernés est la suivante :
lapply(tmp, function(x) `@`( x , nom_parametre)[[1]])%>%unlist%>%sort%>%unique
## [1] "1-(3,4-dichlorophenyl)-3-methyl-uree" "1,2-dichloroéthane" "2-hydroxy atrazine"
## [4] "2,4-D" "2,4-DB" "2,4-MCPA"
## [7] "2,4-MCPB" "3,4-dichlorophenyluree" "Acetamiprid"
## [10] "Acétochlore" "Aclonifène" "Alachlor OXA"
## [13] "Alachlore" "Aldrine" "Aluminium dissous"
## [16] "Amétryne" "Amidosulfuron" "Aminotriazole"
## [19] "AMPA" "Anthracène" "Arsenic"
## [22] "Arsenic dissous" "ASPT (I2M2)" "Atrazine"
## [25] "Atrazine déisopropyl" "Atrazine déséthyl" "Azoxystrobine"
## [28] "AZOXYSTROBINE" "Beflubutamide" "Bentazone"
## [31] "Benzène" "Benzo(a)pyrène" "Benzo(b)fluoranthène"
## [34] "Benzo(g,h,i)pérylène" "Benzo(k)fluoranthène" "Bifénox"
## [37] "Biphényle" "Bixafen" "Boscalid"
## [40] "Boscalide" "Bromacil" "Bromoxynil"
## [43] "C. organique dissous" "Cadmium" "Cadmium dissous"
## [46] "Carbaryl" "Carbendazime" "Carbétamide"
## [49] "Carbofuran" "Carboxine" "Chlorantraniliprole"
## [52] "Chlorfenvin-phos" "Chlorfenvinphos" "Chloridazone"
## [55] "Chloroalcanes C10-13" "Chloroméquat chlorure" "Chlorophylle A + Phéopigments"
## [58] "Chlorothalonil" "Chlorprophame" "Chlorpyriphos-éthyl"
## [61] "Chlortoluron" "Chrome" "Chrome dissous"
## [64] "Clethodim" "Clomazone" "Clopyralide"
## [67] "Clothianidine" "Composés du tributylétain" "Conductivité"
## [70] "Cuivre" "Cuivre dissous" "Cybutryne"
## [73] "Cycloxydime" "Cyperméthrine" "Cyproconazole"
## [76] "Cyprodinil" "DBO5" "DCO"
## [79] "DDD 24'" "DDD 44'" "DDE 24'"
## [82] "DDE 44'" "DDT 24'" "DDT 44'"
## [85] "DDT total" "DEHP" "DELTAO2 dissous"
## [88] "Densité Indiv. Invertivores (DII)" "Densité Indiv. omnivores (DIO)" "Densité Indiv. Tolérants (DIT)"
## [91] "Densité totale d'individus (DTI)" "Desméthylisoproturon" "Dicamba"
## [94] "Dichlobenil" "Dichlormide" "dichlorométhane"
## [97] "Dichloropropène-1,3" "Dichlorprop" "Dichlorvos"
## [100] "Dicofol" "Didemethylisoproturon" "Dieldrine"
## [103] "Diflufenicanil" "Diflufénicanil" "Dimétachlore"
## [106] "Dimethenamid-P" "Diméthénamide" "Diméthoate"
## [109] "Diméthomorphe" "Diphényléthers bromés" "Diquat"
## [112] "Diuron" "E. coli" "Endosulfan"
## [115] "Entérocoques" "Epoxiconazole" "Ethidimuron"
## [118] "Ethofumésate" "Ethoprophos" "Ethylbenzène"
## [121] "Ethylenethiouree" "Fénamidone" "Fenbuconazole"
## [124] "Fenpropidine" "Fenpropimorphe" "Flonicamid"
## [127] "Florasulam" "Fluoranthène" "Flurochloridone"
## [130] "Fluroxypyr" "Flurtamone" "Flutolanil"
## [133] "Fomesafen" "Foramsulfuron" "Formaldéhyde (Formol)"
## [136] "Fosthiazate" "GFI (IBGN)" "Glufosinate"
## [139] "Glufosinate-ammonium" "Glyphosate" "HBCDD"
## [142] "Heptachlore" "Heptachlore époxyde endo trans" "Heptachlore époxyde exo cis"
## [145] "Heptachlore et époxyde d'heptachlore" "Hexachlorobenzène" "Hexachlorobutadiène"
## [148] "Hexachlorocyclohexane" "Hexachlorocyclohexane alpha" "Hexachlorocyclohexane bêta"
## [151] "Hexachlorocyclohexane delta" "Hexachlorocyclohexane gamma" "I2M2"
## [154] "IBD" "IBGN" "IBMR"
## [157] "Imazaméthabenz" "Imazamox" "Imazaquine"
## [160] "Imidaclopride" "iodosulfuron-methyl-sodium" "Ioxynil"
## [163] "IPR" "Iprodione" "Irgarol"
## [166] "Isoproturon" "Isoxaben" "Isoxaflutole"
## [169] "KRESOXIM-METHYL" "Lénacile" "Linuron"
## [172] "Mancozèbe" "Mécoprop" "Mépiquat chlorure"
## [175] "Mercure" "Mercure dissous" "MES"
## [178] "Mesosulfuron methyle" "Mésotrione" "Métalaxyl"
## [181] "Métaldéhyde" "Métamitrone" "Métazachlore"
## [184] "Metconazole" "Méthabenzthiazuron" "Métobromuron"
## [187] "Metolachlor ESA" "Metolachlor OXA" "Métolachlore total"
## [190] "Métosulame" "Métribuzine" "Metsulfuron méthyle"
## [193] "N-Nitrosomorpholine" "Naphtalène" "Napropamide"
## [196] "NH4" "Nickel" "Nickel dissous"
## [199] "Nicosulfuron" "NKJ" "NO2"
## [202] "NO3" "Nonylphénols" "O2 dissous"
## [205] "Octylphénols" "Oryzalin" "Ovovivip. (I2M2)"
## [208] "Oxadiazon" "Oxadixyl" "P total"
## [211] "Paclobutrazole" "para-para-DDT" "Paraquat"
## [214] "Pencycuron" "Pendiméthaline" "Pentachlorobenzène"
## [217] "Pentachlorophénol" "Perchlorate" "Pesticides cyclodiènes"
## [220] "PFOS" "pH" "Phosphate de tributyle"
## [223] "Piclorame" "Pirimicarbe" "Plomb"
## [226] "Plomb dissous" "PO4" "Polyvoltin. (I2M2)"
## [229] "Prochloraz" "Propachlore" "Propamocarb"
## [232] "Propiconazole" "Propoxycarbazone-sodium" "Propyzamide"
## [235] "prosulfocarbe" "Prosulfocarbe" "Prosulfuron"
## [238] "Prothioconazole" "Pymétrozine" "Pyriméthanil"
## [241] "Pyroxsulam" "Quinmerac" "Quinoxyfen"
## [244] "Quinoxyfène" "Rich. Tax. (I2M2)" "SATUR. O2"
## [247] "Score Nb lithophiles (NEL)" "Score Nb rhéophiles (NER)" "Score Nb Tot Sp. (NTE)"
## [250] "Shannon (I2M2)" "Silthiopham" "Simazine"
## [253] "Somme des Hexachlorocyclohexanes" "Somme des pesticides totaux" "Somme Heptachlore époxyde cis/trans"
## [256] "Spiroxamine" "Sulcotrione" "Sulfosulfuron"
## [259] "Tebuconazole" "Tébuconazole" "Tébutame"
## [262] "TEMPERATURE" "Terbuthylazine" "Terbuthylazine désethyl"
## [265] "Terbutryne" "Tétrachloroéthylène" "Tétrachlorure de carbone"
## [268] "Tetraconazole" "Thiabendazole" "Thiafluamide"
## [271] "Thiamethoxam" "Thifensulfuron méthyl" "Thiophanate-méthyl"
## [274] "Toluène" "Triadiménol" "Triazoxide"
## [277] "Tributylétain cation" "Trichlorobenzène" "Trichloroéthylène"
## [280] "Trichlorométhane" "Triclopyr" "Trifluraline"
## [283] "Triflusulfuron-methyl" "Trinexapac-ethyl" "Triticonazole"
## [286] "Tritosulfuron" "Turbidité" "Var. taxo. (IBGN)"
## [289] "Xylène" "Zinc" "Zinc dissous"
Exemples de graphs en mode points
data0<-data.frame(DatePrel=c("2019-01-01 12:30:00", "2020-05-03 00:00:00","2020-10-25 12:30:00", "2021-07-18 12:30:00")%>%as.POSIXct(tz="Europe/Paris"), RsAna=c(12,35.5,58.3, 42), LqAna=c(3))
graphDCE_points(data0, seuils=makeSeuils(CdParametre = "1340", type_seuil="DCE"), affiche_LQ = T, ymini = 0)
représentation des points hors gamme de mesure
En cas de points hors de l'échelle, la fonction trace remplace ces points par une étiquette colorée qui reprend la valeur du point manquant affiché de la couleur correspondant à sa classe de qualité.
graphDCE_points(data0, seuils=makeSeuils(CdParametre = "1340", type_seuil="DCE"), ymaxi=55, titre = "Nitrates", bilan_annuel = T, nom_legende = "Classe \nqualité")
En l'état, la fonction graphDCE_points ne permet pas d'afficher de légende pour l'affichage des LQ.
Ce manque peut être contourné en combinant la fonction legend_LQ() avec la fonction plot_grid du package cowplot.
graph<-graphDCE_points(data0, seuils=makeSeuils(CdParametre = "1340", type_seuil="DCE"), affiche_LQ = T, ymini = 0)
plot_grid(graph, legend_LQ(), rel_heights = c(9,1), ncol=1)
graphs en barre
On peut également réaliser des graphiques en barre, par exemple pour faire des bilans annuels
data<-data.frame(annee=seq(2010,2013), RsAna=c(12,15.5,67,18.3))
graphDCE_bar(data, seuils=makeSeuils(CdParametre = "1340", type_seuil="DCE"),ymaxi=60)
Attribution d'une classe de qualité à des résultats
La fonction affecte une classe permet d'affecter une classe à un résultat
affecte_une_classe(c(10,10.1,50, 50.1), seuil=makeSeuils(CdParametre="1340", type_seuil = "DCE"))
## [1] TRES BON BON BON MOYEN
## Levels: TRES BON BON MOYEN
Bilan sur les taux de quantification
Le package permet de réaliser des graphiques bilans sur les taux de quantification.
donnees<-data.frame(Parametre=rep(letters[1:5], 100), RsAna=sample(0.1:100, 500, replace=TRUE), LqAna=c(0.5,1,2,6))
donnees<-donnees%>%mutate(RsAna=ifelse(RsAna<LqAna, LqAna, RsAna))
donnees<-donnees%>%mutate(CdRqAna=ifelse(RsAna>LqAna, "1", ifelse(sample(1:100,5)>10,"10","1")))
seuils<-makeSeuils(type_seuil="DCE", CdParametre = "1340")
table_distribution(donnees, seuil=seuils)
## # A tibble: 4 x 6
## # Groups: CLASSE [3]
## CLASSE CdRqAna nb CATEGORIE NOM_COULEUR ALPHA
## <fct> <chr> <int> <chr> <chr> <dbl>
## 1 TRES BON 1 37 TRES BON dodgerblue 1
## 2 TRES BON 10 14 <LQ et LQ de classe TRES BON dodgerblue 0.2
## 3 BON 1 203 BON green1 1
## 4 MOYEN 1 246 MOYEN yellow 1
Il permet également de faire le bilan par paramètre
donnees<-data.frame(parametres=rep(c("1301", "1340", "1335"), 100), RsAna=sample(0.1:100, 300, replace=TRUE), LqAna=c(0.5,1,6))
donnees<-donnees%>%mutate(RsAna=ifelse(RsAna<LqAna, LqAna, RsAna))
donnees<-donnees%>%mutate(CdRqAna=ifelse(RsAna>LqAna, "1", ifelse(sample(1:100,5)>10,"10","1")))
seuils<-makeSeuils(CdParametre=donnees$parametres%>%unique, specificites=c("CYPRINICOLE", rep(NA,2)), type_seuil = "DCE")
bilan<-groupe_tableau_distribution(donnees, col_CdParametre="parametres", col_CdSupport=NULL, col_CdFraction=NULL, col_CdUnite=NULL, seuils = seuils)
print(bilan)
## # A tibble: 10 x 11
## # Groups: CLASSE [5]
## CLASSE CdRqAna nb CATEGORIE NOM_COULEUR ALPHA parametre code_parametre code_support code_fraction code_unite
## <fct> <chr> <int> <fct> <chr> <dbl> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr>
## 1 TRES BON 1 10 TRES BON dodgerblue 1 NO3 1340 3 <NA> 162
## 2 BON 1 37 BON green1 1 NO3 1340 3 <NA> 162
## 3 MOYEN 1 53 MOYEN yellow 1 NO3 1340 3 <NA> 162
## 4 MAUVAIS 1 93 MAUVAIS red 1 NH4 1335 3 <NA> 162
## 5 MAUVAIS 10 7 <LQ et LQ de classe MAUVAIS red 0.2 NH4 1335 3 <NA> 162
## 6 TRES BON 1 24 TRES BON dodgerblue 1 TEMPERATURE 1301 3 <NA> 27
## 7 TRES BON 10 1 <LQ et LQ de classe TRES BON dodgerblue 0.2 TEMPERATURE 1301 3 <NA> 27
## 8 BON 1 2 BON green1 1 TEMPERATURE 1301 3 <NA> 27
## 9 MEDIOCRE 1 1 MEDIOCRE orange 1 TEMPERATURE 1301 3 <NA> 27
## 10 MAUVAIS 1 72 MAUVAIS red 1 TEMPERATURE 1301 3 <NA> 27
et de faire une sortie graphique de ce bilan
graphDCE_distribution(bilan, titre="Bilan par paramètre")
Ajout d'informations à partir du référentiel SANDRE
Ajout du nom de paramètre à partir de codes paramètres
La fonction ajoute_nom_param permet d'ajouter à une data frame qui contient des codes paramètres SANDRE les noms correspondants
donnees<-data.frame(code=c("1301", "1302", "1303"))
ajoute_nom_param(donnees, col_parametre="code")
## code NomParametre
## 1 1301 Température de l'Eau
## 2 1302 Potentiel en Hydrogène (pH)
## 3 1303 Conductivité à 25°C
AnthonyDEBUR/tools4DCE documentation built on June 10, 2025, 8:56 a.m.
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title: "comment-utiliser-tools4DCE" output: rmarkdown::html_vignette vignette: > %\VignetteIndexEntry{comment-utiliser-tools4DCE} %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown} %\VignetteEncoding{UTF-8}
library(tools4DCE)
## Loading required package: plyr
## ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
## You have loaded plyr after dplyr - this is likely to cause problems.
## If you need functions from both plyr and dplyr, please load plyr first, then dplyr:
## library(plyr); library(dplyr)
## ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
##
## Attaching package: 'plyr'
## The following objects are masked from 'package:dplyr':
##
## arrange, count, desc, failwith, id, mutate, rename, summarise, summarize
## The following object is masked from 'package:purrr':
##
## compact
## The following objects are masked from 'package:Hmisc':
##
## is.discrete, summarize
## The following object is masked from 'package:gWidgetsRGtk2':
##
## id
## The following object is masked from 'package:gWidgets':
##
## id
## Loading required package: scales
## Warning: package 'scales' was built under R version 4.0.3
##
## Attaching package: 'scales'
## The following object is masked from 'package:purrr':
##
## discard
## The following object is masked from 'package:readr':
##
## col_factor
## Loading required package: cowplot
## Warning: package 'cowplot' was built under R version 4.0.3
##
## Attaching package: 'cowplot'
## The following object is masked from 'package:ggmap':
##
## theme_nothing
## Loading required package: httr
## Warning: package 'httr' was built under R version 4.0.3
##
## Attaching package: 'httr'
## The following object is masked _by_ '.GlobalEnv':
##
## progress
## The following object is masked from 'package:svMisc':
##
## progress
## The following object is masked from 'package:tcltk2':
##
## config
## Loading required package: ows4R
## Warning: package 'ows4R' was built under R version 4.0.3
## Loading required package: geometa
## Warning: package 'geometa' was built under R version 4.0.3
## Loading ISO 19139 XML schemas...
## Loading ISO 19115 codelists...
Réalisation de graphiques
Pour rendre les graphiques lisibles lorsqu'une longue chronique comporte quelques données très éloignées du reste de la gamme de mesure, on remplace ces données par une étiquette localisée au sommet ou à la base du graphique selon que la valeur non affichée est inférieure ou supérieure au reste de la gamme de valeurs.
Pour écrêter les valeurs on fait appel à la fonction filtre_donnees_extremes.
la fonction filtre_donnees_extremes sert à écrêter les données que l'on ne souhaite pas afficher à l'écran.
Par exemple si on veut remplacer toutes les données inférieures à 3 par 3 et toutes celles supérieures à 9 par 9 :
filtre_donnees_extremes(seq(1:10), ymin=3, ymax=9)
## [1] 3 3 3 4 5 6 7 8 9 9
la fonction compte_decimales sert à déterminer combien de chiffres significatifs comporte un nombre.
Elle sert à déterminer combien de chiffres significatifs il faut conserver sur l'axe des ordonnées dans le graphique final.
compte_decimales(3.234)
## [1] 3
Couleurs et échelle des fonds graphiques
Les couleurs et les valeurs des seuils pour les différents paramètres sont listés dans le jeu de données base_seuils
head(base_seuils)
## # A tibble: 6 x 12
## NOM SUPPORT FRACTION PARAMETRE UNITE SEUILMIN SEUILMAX CLASSE NOM_SEUIL TYPE TYPE_BORNE SPECIFICITE
## <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <dbl> <dbl> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr>
## 1 TEMPERATURE 3 <NA> 1301 27 -Inf 20 TRES BON AM. 25/01/2010 DCE BORNE_INF_INCLUE SALMONICOLE
## 2 TEMPERATURE 3 <NA> 1301 27 20 21.5 BON AM. 25/01/2010 DCE BORNE_INF_INCLUE SALMONICOLE
## 3 TEMPERATURE 3 <NA> 1301 27 21.5 25 MOYEN AM. 25/01/2010 DCE BORNE_INF_INCLUE SALMONICOLE
## 4 TEMPERATURE 3 <NA> 1301 27 25 28 MEDIOCRE AM. 25/01/2010 DCE BORNE_INF_INCLUE SALMONICOLE
## 5 TEMPERATURE 3 <NA> 1301 27 28 Inf MAUVAIS AM. 25/01/2010 DCE BORNE_INF_INCLUE SALMONICOLE
## 6 TEMPERATURE 3 <NA> 1301 27 -Inf 24 TRES BON AM. 25/01/2010 DCE BORNE_INF_INCLUE CYPRINICOLE
pour avoir la couleur on croise sur les colonnes TYPE et CLASSE avec la table couleurs_classes
head(couleurs_classes)
## TYPE CLASSE NOM_COULEUR
## 1 DCE TRES BON dodgerblue
## 2 DCE BON green1
## 3 DCE MOYEN yellow
## 4 DCE MEDIOCRE orange
## 5 DCE MAUVAIS red
## 6 DCE INCONNU grey
pour classer les levels on utilise la colonne CLASSE de la data.frame ordre_facteurs_qualite
head(ordre_facteurs_qualite)
## CLASSE
## 1 TRES BON
## 2 BON
## 3 MOYEN
## 4 MEDIOCRE
## 5 MAUVAIS
## 6 INCONNU
Génération d'un objet de classe seuil
Un objet de classe seuil sert à paramétrer les fonds colorer des graphiques. Il précise l'intervalle entre lequel il faut appliquer une classe de qualité et la couleur de la représentation graphique correspondante.
Pour créer un objet de classe seuil on utilise la fonction setSeuils
setSeuils(nom_parametre="parametre test",nom_seuil="AM 25 janv 2010",type_seuil="DCE", code_parametre="1301", synonymes_parametre = "1301",support="3",code_unite="27", seuils=tools4DCE::base_seuils%>%subset(NOM=="TEMPERATURE" & SPECIFICITE=="CYPRINICOLE")%>%left_join(couleurs_classes, by=c("CLASSE", "TYPE"))%>%select(SEUILMIN, SEUILMAX, CLASSE, NOM_COULEUR)%>%mutate_at("CLASSE", factor),bornesinfinclue=T)
## An object of class "seuil"
## Slot "nom_parametre":
## [1] "parametre test"
##
## Slot "nom_seuil":
## [1] "AM 25 janv 2010"
##
## Slot "type_seuil":
## [1] "DCE"
##
## Slot "code_parametre":
## [1] "1301"
##
## Slot "synonymes_parametre":
## [1] "1301"
##
## Slot "support":
## [1] "3"
##
## Slot "fraction":
## [1] ""
##
## Slot "code_unite":
## [1] "27"
##
## Slot "seuils":
## # A tibble: 5 x 4
## SEUILMIN SEUILMAX CLASSE NOM_COULEUR
## <dbl> <dbl> <fct> <chr>
## 1 -Inf 24 TRES BON dodgerblue
## 2 24 25.5 BON green1
## 3 25.5 27 MOYEN yellow
## 4 27 28 MEDIOCRE orange
## 5 28 Inf MAUVAIS red
##
## Slot "bornesinfinclue":
## [1] TRUE
##
## Slot "specificites":
## [1] ""
Pour créer une liste de seuils prédéfinis à partir des fichiers de données il suffit de taper la commande makeSeuils(). A ce jour 377 seuils différents sont ainsi définis. On peut se limiter à créer la liste pour un ensemble de codes paramètres en renseignant l'argument CdParametre. Idem pour les codes support, fraction, pour les types de seuils (DCE ou NON_DCE), pour les spécificités (ex. SALMONICOLE ou CYPRINICOLE).
tmp<-makeSeuils()
tmp[100]
## [[1]]
## An object of class "seuil"
## Slot "nom_parametre":
## [1] "Aclonifène"
##
## Slot "nom_seuil":
## [1] "AM.11/01/2007"
##
## Slot "type_seuil":
## [1] "AEP"
##
## Slot "code_parametre":
## [1] "1688"
##
## Slot "synonymes_parametre":
## [1] "1688"
##
## Slot "support":
## [1] "3"
##
## Slot "fraction":
## [1] "23"
##
## Slot "code_unite":
## [1] "133"
##
## Slot "seuils":
## # A tibble: 3 x 4
## SEUILMIN SEUILMAX CLASSE NOM_COULEUR
## <dbl> <dbl> <fct> <chr>
## 1 -Inf 0.1 [0;seuil distribution] darkturquoise
## 2 0.1 2 ]seuil distribution; seuil potabilisation] darkorange
## 3 2 Inf >seuil potabilisation darkmagenta
##
## Slot "bornesinfinclue":
## [1] FALSE
##
## Slot "specificites":
## [1] "ARS56|ARS56PEST|ARS56DCE"
test<-makeSeuils(CdParametre=c("1340", "1301"), specificites=c(NA, "CYPRINICOLE"), type_seuil = "DCE")
return(test)
## [[1]]
## An object of class "seuil"
## Slot "nom_parametre":
## [1] "TEMPERATURE"
##
## Slot "nom_seuil":
## [1] "AM. 25/01/2010"
##
## Slot "type_seuil":
## [1] "DCE"
##
## Slot "code_parametre":
## [1] "1301"
##
## Slot "synonymes_parametre":
## [1] "1301"
##
## Slot "support":
## [1] "3"
##
## Slot "fraction":
## [1] NA
##
## Slot "code_unite":
## [1] "27"
##
## Slot "seuils":
## # A tibble: 5 x 4
## SEUILMIN SEUILMAX CLASSE NOM_COULEUR
## <dbl> <dbl> <fct> <chr>
## 1 -Inf 24 TRES BON dodgerblue
## 2 24 25.5 BON green1
## 3 25.5 27 MOYEN yellow
## 4 27 28 MEDIOCRE orange
## 5 28 Inf MAUVAIS red
##
## Slot "bornesinfinclue":
## [1] TRUE
##
## Slot "specificites":
## [1] "CYPRINICOLE"
##
##
## [[2]]
## An object of class "seuil"
## Slot "nom_parametre":
## [1] "NO3"
##
## Slot "nom_seuil":
## [1] "AM. 25/01/2010"
##
## Slot "type_seuil":
## [1] "DCE"
##
## Slot "code_parametre":
## [1] "1340"
##
## Slot "synonymes_parametre":
## [1] "1340"
##
## Slot "support":
## [1] "3"
##
## Slot "fraction":
## [1] NA
##
## Slot "code_unite":
## [1] "162"
##
## Slot "seuils":
## # A tibble: 3 x 4
## SEUILMIN SEUILMAX CLASSE NOM_COULEUR
## <dbl> <dbl> <fct> <chr>
## 1 -Inf 10 TRES BON dodgerblue
## 2 10 50 BON green1
## 3 50 Inf MOYEN yellow
##
## Slot "bornesinfinclue":
## [1] TRUE
##
## Slot "specificites":
## [1] NA
La liste des paramètres concernés est la suivante :
lapply(tmp, function(x) `@`( x , nom_parametre)[[1]])%>%unlist%>%sort%>%unique
## [1] "1-(3,4-dichlorophenyl)-3-methyl-uree" "1,2-dichloroéthane" "2-hydroxy atrazine"
## [4] "2,4-D" "2,4-DB" "2,4-MCPA"
## [7] "2,4-MCPB" "3,4-dichlorophenyluree" "Acetamiprid"
## [10] "Acétochlore" "Aclonifène" "Alachlor OXA"
## [13] "Alachlore" "Aldrine" "Aluminium dissous"
## [16] "Amétryne" "Amidosulfuron" "Aminotriazole"
## [19] "AMPA" "Anthracène" "Arsenic"
## [22] "Arsenic dissous" "ASPT (I2M2)" "Atrazine"
## [25] "Atrazine déisopropyl" "Atrazine déséthyl" "Azoxystrobine"
## [28] "AZOXYSTROBINE" "Beflubutamide" "Bentazone"
## [31] "Benzène" "Benzo(a)pyrène" "Benzo(b)fluoranthène"
## [34] "Benzo(g,h,i)pérylène" "Benzo(k)fluoranthène" "Bifénox"
## [37] "Biphényle" "Bixafen" "Boscalid"
## [40] "Boscalide" "Bromacil" "Bromoxynil"
## [43] "C. organique dissous" "Cadmium" "Cadmium dissous"
## [46] "Carbaryl" "Carbendazime" "Carbétamide"
## [49] "Carbofuran" "Carboxine" "Chlorantraniliprole"
## [52] "Chlorfenvin-phos" "Chlorfenvinphos" "Chloridazone"
## [55] "Chloroalcanes C10-13" "Chloroméquat chlorure" "Chlorophylle A + Phéopigments"
## [58] "Chlorothalonil" "Chlorprophame" "Chlorpyriphos-éthyl"
## [61] "Chlortoluron" "Chrome" "Chrome dissous"
## [64] "Clethodim" "Clomazone" "Clopyralide"
## [67] "Clothianidine" "Composés du tributylétain" "Conductivité"
## [70] "Cuivre" "Cuivre dissous" "Cybutryne"
## [73] "Cycloxydime" "Cyperméthrine" "Cyproconazole"
## [76] "Cyprodinil" "DBO5" "DCO"
## [79] "DDD 24'" "DDD 44'" "DDE 24'"
## [82] "DDE 44'" "DDT 24'" "DDT 44'"
## [85] "DDT total" "DEHP" "DELTAO2 dissous"
## [88] "Densité Indiv. Invertivores (DII)" "Densité Indiv. omnivores (DIO)" "Densité Indiv. Tolérants (DIT)"
## [91] "Densité totale d'individus (DTI)" "Desméthylisoproturon" "Dicamba"
## [94] "Dichlobenil" "Dichlormide" "dichlorométhane"
## [97] "Dichloropropène-1,3" "Dichlorprop" "Dichlorvos"
## [100] "Dicofol" "Didemethylisoproturon" "Dieldrine"
## [103] "Diflufenicanil" "Diflufénicanil" "Dimétachlore"
## [106] "Dimethenamid-P" "Diméthénamide" "Diméthoate"
## [109] "Diméthomorphe" "Diphényléthers bromés" "Diquat"
## [112] "Diuron" "E. coli" "Endosulfan"
## [115] "Entérocoques" "Epoxiconazole" "Ethidimuron"
## [118] "Ethofumésate" "Ethoprophos" "Ethylbenzène"
## [121] "Ethylenethiouree" "Fénamidone" "Fenbuconazole"
## [124] "Fenpropidine" "Fenpropimorphe" "Flonicamid"
## [127] "Florasulam" "Fluoranthène" "Flurochloridone"
## [130] "Fluroxypyr" "Flurtamone" "Flutolanil"
## [133] "Fomesafen" "Foramsulfuron" "Formaldéhyde (Formol)"
## [136] "Fosthiazate" "GFI (IBGN)" "Glufosinate"
## [139] "Glufosinate-ammonium" "Glyphosate" "HBCDD"
## [142] "Heptachlore" "Heptachlore époxyde endo trans" "Heptachlore époxyde exo cis"
## [145] "Heptachlore et époxyde d'heptachlore" "Hexachlorobenzène" "Hexachlorobutadiène"
## [148] "Hexachlorocyclohexane" "Hexachlorocyclohexane alpha" "Hexachlorocyclohexane bêta"
## [151] "Hexachlorocyclohexane delta" "Hexachlorocyclohexane gamma" "I2M2"
## [154] "IBD" "IBGN" "IBMR"
## [157] "Imazaméthabenz" "Imazamox" "Imazaquine"
## [160] "Imidaclopride" "iodosulfuron-methyl-sodium" "Ioxynil"
## [163] "IPR" "Iprodione" "Irgarol"
## [166] "Isoproturon" "Isoxaben" "Isoxaflutole"
## [169] "KRESOXIM-METHYL" "Lénacile" "Linuron"
## [172] "Mancozèbe" "Mécoprop" "Mépiquat chlorure"
## [175] "Mercure" "Mercure dissous" "MES"
## [178] "Mesosulfuron methyle" "Mésotrione" "Métalaxyl"
## [181] "Métaldéhyde" "Métamitrone" "Métazachlore"
## [184] "Metconazole" "Méthabenzthiazuron" "Métobromuron"
## [187] "Metolachlor ESA" "Metolachlor OXA" "Métolachlore total"
## [190] "Métosulame" "Métribuzine" "Metsulfuron méthyle"
## [193] "N-Nitrosomorpholine" "Naphtalène" "Napropamide"
## [196] "NH4" "Nickel" "Nickel dissous"
## [199] "Nicosulfuron" "NKJ" "NO2"
## [202] "NO3" "Nonylphénols" "O2 dissous"
## [205] "Octylphénols" "Oryzalin" "Ovovivip. (I2M2)"
## [208] "Oxadiazon" "Oxadixyl" "P total"
## [211] "Paclobutrazole" "para-para-DDT" "Paraquat"
## [214] "Pencycuron" "Pendiméthaline" "Pentachlorobenzène"
## [217] "Pentachlorophénol" "Perchlorate" "Pesticides cyclodiènes"
## [220] "PFOS" "pH" "Phosphate de tributyle"
## [223] "Piclorame" "Pirimicarbe" "Plomb"
## [226] "Plomb dissous" "PO4" "Polyvoltin. (I2M2)"
## [229] "Prochloraz" "Propachlore" "Propamocarb"
## [232] "Propiconazole" "Propoxycarbazone-sodium" "Propyzamide"
## [235] "prosulfocarbe" "Prosulfocarbe" "Prosulfuron"
## [238] "Prothioconazole" "Pymétrozine" "Pyriméthanil"
## [241] "Pyroxsulam" "Quinmerac" "Quinoxyfen"
## [244] "Quinoxyfène" "Rich. Tax. (I2M2)" "SATUR. O2"
## [247] "Score Nb lithophiles (NEL)" "Score Nb rhéophiles (NER)" "Score Nb Tot Sp. (NTE)"
## [250] "Shannon (I2M2)" "Silthiopham" "Simazine"
## [253] "Somme des Hexachlorocyclohexanes" "Somme des pesticides totaux" "Somme Heptachlore époxyde cis/trans"
## [256] "Spiroxamine" "Sulcotrione" "Sulfosulfuron"
## [259] "Tebuconazole" "Tébuconazole" "Tébutame"
## [262] "TEMPERATURE" "Terbuthylazine" "Terbuthylazine désethyl"
## [265] "Terbutryne" "Tétrachloroéthylène" "Tétrachlorure de carbone"
## [268] "Tetraconazole" "Thiabendazole" "Thiafluamide"
## [271] "Thiamethoxam" "Thifensulfuron méthyl" "Thiophanate-méthyl"
## [274] "Toluène" "Triadiménol" "Triazoxide"
## [277] "Tributylétain cation" "Trichlorobenzène" "Trichloroéthylène"
## [280] "Trichlorométhane" "Triclopyr" "Trifluraline"
## [283] "Triflusulfuron-methyl" "Trinexapac-ethyl" "Triticonazole"
## [286] "Tritosulfuron" "Turbidité" "Var. taxo. (IBGN)"
## [289] "Xylène" "Zinc" "Zinc dissous"
Exemples de graphs en mode points
data0<-data.frame(DatePrel=c("2019-01-01 12:30:00", "2020-05-03 00:00:00","2020-10-25 12:30:00", "2021-07-18 12:30:00")%>%as.POSIXct(tz="Europe/Paris"), RsAna=c(12,35.5,58.3, 42), LqAna=c(3))
graphDCE_points(data0, seuils=makeSeuils(CdParametre = "1340", type_seuil="DCE"), affiche_LQ = T, ymini = 0)
représentation des points hors gamme de mesure
En cas de points hors de l'échelle, la fonction trace remplace ces points par une étiquette colorée qui reprend la valeur du point manquant affiché de la couleur correspondant à sa classe de qualité.
graphDCE_points(data0, seuils=makeSeuils(CdParametre = "1340", type_seuil="DCE"), ymaxi=55, titre = "Nitrates", bilan_annuel = T, nom_legende = "Classe \nqualité")
En l'état, la fonction graphDCE_points ne permet pas d'afficher de légende pour l'affichage des LQ.
Ce manque peut être contourné en combinant la fonction legend_LQ() avec la fonction plot_grid du package cowplot.
graph<-graphDCE_points(data0, seuils=makeSeuils(CdParametre = "1340", type_seuil="DCE"), affiche_LQ = T, ymini = 0)
plot_grid(graph, legend_LQ(), rel_heights = c(9,1), ncol=1)
graphs en barre
On peut également réaliser des graphiques en barre, par exemple pour faire des bilans annuels
data<-data.frame(annee=seq(2010,2013), RsAna=c(12,15.5,67,18.3))
graphDCE_bar(data, seuils=makeSeuils(CdParametre = "1340", type_seuil="DCE"),ymaxi=60)
Attribution d'une classe de qualité à des résultats
La fonction affecte une classe permet d'affecter une classe à un résultat
affecte_une_classe(c(10,10.1,50, 50.1), seuil=makeSeuils(CdParametre="1340", type_seuil = "DCE"))
## [1] TRES BON BON BON MOYEN
## Levels: TRES BON BON MOYEN
Bilan sur les taux de quantification
Le package permet de réaliser des graphiques bilans sur les taux de quantification.
donnees<-data.frame(Parametre=rep(letters[1:5], 100), RsAna=sample(0.1:100, 500, replace=TRUE), LqAna=c(0.5,1,2,6))
donnees<-donnees%>%mutate(RsAna=ifelse(RsAna<LqAna, LqAna, RsAna))
donnees<-donnees%>%mutate(CdRqAna=ifelse(RsAna>LqAna, "1", ifelse(sample(1:100,5)>10,"10","1")))
seuils<-makeSeuils(type_seuil="DCE", CdParametre = "1340")
table_distribution(donnees, seuil=seuils)
## # A tibble: 4 x 6
## # Groups: CLASSE [3]
## CLASSE CdRqAna nb CATEGORIE NOM_COULEUR ALPHA
## <fct> <chr> <int> <chr> <chr> <dbl>
## 1 TRES BON 1 37 TRES BON dodgerblue 1
## 2 TRES BON 10 14 <LQ et LQ de classe TRES BON dodgerblue 0.2
## 3 BON 1 203 BON green1 1
## 4 MOYEN 1 246 MOYEN yellow 1
Il permet également de faire le bilan par paramètre
donnees<-data.frame(parametres=rep(c("1301", "1340", "1335"), 100), RsAna=sample(0.1:100, 300, replace=TRUE), LqAna=c(0.5,1,6))
donnees<-donnees%>%mutate(RsAna=ifelse(RsAna<LqAna, LqAna, RsAna))
donnees<-donnees%>%mutate(CdRqAna=ifelse(RsAna>LqAna, "1", ifelse(sample(1:100,5)>10,"10","1")))
seuils<-makeSeuils(CdParametre=donnees$parametres%>%unique, specificites=c("CYPRINICOLE", rep(NA,2)), type_seuil = "DCE")
bilan<-groupe_tableau_distribution(donnees, col_CdParametre="parametres", col_CdSupport=NULL, col_CdFraction=NULL, col_CdUnite=NULL, seuils = seuils)
print(bilan)
## # A tibble: 10 x 11
## # Groups: CLASSE [5]
## CLASSE CdRqAna nb CATEGORIE NOM_COULEUR ALPHA parametre code_parametre code_support code_fraction code_unite
## <fct> <chr> <int> <fct> <chr> <dbl> <chr> <chr> <chr> <chr> <chr>
## 1 TRES BON 1 10 TRES BON dodgerblue 1 NO3 1340 3 <NA> 162
## 2 BON 1 37 BON green1 1 NO3 1340 3 <NA> 162
## 3 MOYEN 1 53 MOYEN yellow 1 NO3 1340 3 <NA> 162
## 4 MAUVAIS 1 93 MAUVAIS red 1 NH4 1335 3 <NA> 162
## 5 MAUVAIS 10 7 <LQ et LQ de classe MAUVAIS red 0.2 NH4 1335 3 <NA> 162
## 6 TRES BON 1 24 TRES BON dodgerblue 1 TEMPERATURE 1301 3 <NA> 27
## 7 TRES BON 10 1 <LQ et LQ de classe TRES BON dodgerblue 0.2 TEMPERATURE 1301 3 <NA> 27
## 8 BON 1 2 BON green1 1 TEMPERATURE 1301 3 <NA> 27
## 9 MEDIOCRE 1 1 MEDIOCRE orange 1 TEMPERATURE 1301 3 <NA> 27
## 10 MAUVAIS 1 72 MAUVAIS red 1 TEMPERATURE 1301 3 <NA> 27
et de faire une sortie graphique de ce bilan
graphDCE_distribution(bilan, titre="Bilan par paramètre")
Ajout d'informations à partir du référentiel SANDRE
Ajout du nom de paramètre à partir de codes paramètres
La fonction ajoute_nom_param permet d'ajouter à une data frame qui contient des codes paramètres SANDRE les noms correspondants
donnees<-data.frame(code=c("1301", "1302", "1303"))
ajoute_nom_param(donnees, col_parametre="code")
## code NomParametre
## 1 1301 Température de l'Eau
## 2 1302 Potentiel en Hydrogène (pH)
## 3 1303 Conductivité à 25°C
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