R/Khi.Square.Per.Cell.R

In DavyLectures/Khi2PerCell: A package to made statistic for sensory

#'  Khi Square Per Cell
#'
#'  It makes Khi Square Per Cell for dataframe with the total number of case per column
#' @param df is a dataframe
#' @param n.Segmentation TRUE if exits in df the total number of case per each column
#' @param decimais the number of decimals for the results
#' @param decimaisPorcentage decimals used for percentage results
#' @param dec.Global.p_Value decimals for the global khi square reult
#' @return Khi Square Per Cell in different presentation options
#' @export


Khi.Square.Per.Cell<- function(df, n.Segmentation,
                               decimais = 3, decimaisPorcentage = 0,
                               dec.Global.p_Value=6){

  if (n.Segmentation == TRUE){
    dadosOriginal<-df
    row.names(df)<-dadosOriginal[,1]
    dadosAux<-df #
    dados<-dadosAux[-1,]
    dados[,1]<-NULL
    dadosAux[,1]<-NULL

    Tabla<-data.frame(matrix(nrow = nrow(dados), ncol = ncol(dados)))
    nombres<-names(dados)
    colnames(Tabla) <- nombres
    row.names(Tabla)<-dadosOriginal[c(2:nrow(dadosOriginal)),1]

    Tabla.Com.Pvalue<-Tabla
    Tabla.Porcentagem<-Tabla
    Tabla.Mas.Porcentagem<-Tabla
    Tabla.Porcentagem.Com.Pvalue<-Tabla
    Tabla.Dados.Porcentagem.Com.Pvalue<-Tabla

    Porcentagem<-Tabla
    for (coluna in 1:ncol(dados)){
      for (linha in 1:nrow(dados)){
        Porcentagem[linha,coluna]<-round(dados[linha,coluna]*100/dadosAux[1,coluna],decimaisPorcentage)
      }
    }

    options (warn=-1)
    chi.global<-stats::chisq.test(dados)
    options (warn=0)

    Tabela.khi<-data.frame(matrix(nrow = 2, ncol = 2))

    for(i in 1:nrow(dados)){
      for(j in 1:ncol(dados)){

        sum.Linha<-sum(dados[i,-j])
        sum.Coluna<-sum(dados[-i,j])
        Sub.Table<-dados[-i,-j]
        Tabela.khi[1,1]<-dados[i,j]
        Tabela.khi[2,1]<-sum.Coluna
        Tabela.khi[1,2]<-sum.Linha
        Tabela.khi[2,2]<-sum(Sub.Table)

        spected.teorical.value<-sum(Tabela.khi[,1])*sum(Tabela.khi[1,])/sum(Tabela.khi)
        sinal<-NULL
        if(dados[i,j]<spected.teorical.value){sinal<-" (-)"
        }else if(dados[i,j]==spected.teorical.value){sinal<-" "
        }else{sinal<-" (+)"}

        options (warn=-1)
        Teste.Chi.Quadrado<-stats::chisq.test(Tabela.khi)
        options (warn=0)
        Valor.de.P<-Teste.Chi.Quadrado$p.value
        Significancia<-NULL
        if(round(Valor.de.P,3)<=0.001){Significancia<-"***"
        }else if(round(Valor.de.P, 2)<=0.01){Significancia<-"**"
        }else if(round(Valor.de.P, 2)<=0.05){Significancia<-"*"
        }else{sinal<-" "}

        # Significancia<-NULL
        # if(Valor.de.P<0.001){Significancia<-"***"
        # }else if(Valor.de.P<0.01){Significancia<-"**"
        # }else if(Valor.de.P<0.05){Significancia<-"*"
        # }else{sinal<-" "}

        Tabla[i,j]<-paste(dados[i,j],sinal,sep="")
        Tabla[i,j]<-paste(Tabla[i,j],Significancia,sep="")
        #---------------------------------------------------------------------------------------
        Tabla.Com.Pvalue[i,j]<-paste(dados[i,j],"(",
                                     if (round(Valor.de.P,decimais) < 0.001){
                                       "<0.001"}
                                     else{
                                       round(Valor.de.P,decimais)
                                     }
                                     ,")",sinal,sep="")
        Tabla.Com.Pvalue[i,j]<-paste(Tabla.Com.Pvalue[i,j],Significancia,sep="")
        #---------------------------------------------------------------------------------------
        Tabla.Porcentagem[i,j]<-paste(Porcentagem[i,j],sinal,sep="")
        Tabla.Porcentagem[i,j]<-paste(Tabla.Porcentagem[i,j],Significancia,sep="")
        #--------------------------------------------------------------------------------------
        Tabla.Porcentagem.Com.Pvalue[i,j]<-paste(Porcentagem[i,j],"(",
                                                 if (round(Valor.de.P,decimais) < 0.001){
                                                   "<0.001"}
                                                 else{
                                                   round(Valor.de.P,decimais)
                                                 }
                                                 ,")",sinal,sep="")
        Tabla.Porcentagem.Com.Pvalue[i,j]<-paste(Tabla.Porcentagem.Com.Pvalue[i,j],Significancia,sep="")
        #----------------------------------------------------------------------------------------

        # #--------------------------------------------------------------------------------------
        Tabla.Dados.Porcentagem.Com.Pvalue[i,j]<-paste(dados[i,j],
                                                       "[",Porcentagem[i,j],"]","(",
                                                       if (round(Valor.de.P,decimais) < 0.001){
                                                         "<0.001"}
                                                       else{
                                                         round(Valor.de.P,decimais)
                                                       }
                                                       ,")",sinal,sep="")
        Tabla.Dados.Porcentagem.Com.Pvalue[i,j]<-paste(Tabla.Dados.Porcentagem.Com.Pvalue[i,j],Significancia,sep="")

        # i=13
        # j=2
        Tabla.Mas.Porcentagem[i,j]<-paste(dados[i,j],"[",Porcentagem[i,j],"]",sinal,sep="")
        Tabla.Mas.Porcentagem[i,j]<-paste(Tabla.Mas.Porcentagem[i,j],Significancia,sep="")
      }
    }

    ###-------------------------------------------------------------------------
    Tabla[(nrow(Tabla)+1),]<-NA
    row.names(Tabla)[nrow(Tabla)]<-c("p_value Global Khi Test")
    Tabla[nrow(Tabla),1]<-round(chi.global$p.value,dec.Global.p_Value)


    Tabla.Com.Pvalue[nrow(Tabla),1]<-round(chi.global$p.value,dec.Global.p_Value)
    row.names(Tabla.Com.Pvalue)[nrow(Tabla)]<-c("p_value Global Khi Test")

    Tabla.Porcentagem[nrow(Tabla),1]<-round(chi.global$p.value,dec.Global.p_Value)
    row.names(Tabla.Porcentagem)[nrow(Tabla)]<-c("p_value Global Khi Test")

    Tabla.Porcentagem.Com.Pvalue[nrow(Tabla),1]<-round(chi.global$p.value,dec.Global.p_Value)
    row.names(Tabla.Porcentagem.Com.Pvalue)[nrow(Tabla)]<-c("p_value Global Khi Test")

    Tabla.Dados.Porcentagem.Com.Pvalue[nrow(Tabla),1]<-round(chi.global$p.value,dec.Global.p_Value)
    row.names(Tabla.Dados.Porcentagem.Com.Pvalue)[nrow(Tabla)]<-c("p_value Global Khi Test")

    Tabla.Mas.Porcentagem[nrow(Tabla),1]<-round(chi.global$p.value,dec.Global.p_Value)
    row.names(Tabla.Mas.Porcentagem)[nrow(Tabla)]<-c("p_value Global Khi Test")
    #----------------------------------------------------------------------------------------

    message("------------------------------------------------------------------------")
    message("                    -----------README-----------                        ")
    message("Results could contain the following partial or total information:")
    message("ex: 25[5](0.022) (+)*,where:")
    message("- 25 express the original frequency,")
    message("- [5] indicate the percentage of each original frequency in fuction of")
    message("      the number of participants categorized in each colunm")
    message("- (0.022) means the individual p_value for Khi Square Per Cell")
    message("(+) or (-): indicates if observed value is higher or lower")
    message("               than the expected theoretical value, and,")
    message("The significance: *** p < 0.001;  ** p < 0.01  and   * p < 0.05")
    message("Please cite this article DOI:..................................")
    message("-------------------------------------------------------------------------")

    return(list(Tabla=Tabla, Tabla.Com.Pvalue=Tabla.Com.Pvalue, Tabla.Porcentagem=Tabla.Porcentagem,
                Tabla.Porcentagem.Com.Pvalue=Tabla.Porcentagem.Com.Pvalue,
                Tabla.Dados.Porcentagem.Com.Pvalue=Tabla.Dados.Porcentagem.Com.Pvalue,
                Tabla.Mas.Porcentagem=Tabla.Mas.Porcentagem))
    #==================================================================================#
  } else if (n.Segmentation == FALSE){
    row.names(df)<-df[,1]
    dadosOriginal<-df
    dados<-df

    Tabla<-data.frame(matrix(nrow = nrow(dados), ncol = ncol(dados)))
    nombres<-names(dados)
    colnames(Tabla) <- nombres
    row.names(Tabla)<-dados[,1]
    dados[,1]<-NULL
    Tabla[,1]<-NULL

    Tabla.Com.Pvalue<-Tabla

    options (warn=-1)
    chi.global<-stats::chisq.test(dados)
    options (warn=0)

    Tabela.khi<-data.frame(matrix(nrow = 2, ncol = 2))

    for(i in 1:nrow(dados)){
      for(j in 1:ncol(dados)){

        sum.Linha<-sum(dados[i,-j])
        sum.Coluna<-sum(dados[-i,j])
        Sub.Table<-dados[-i,-j]
        Tabela.khi[1,1]<-dados[i,j]
        Tabela.khi[2,1]<-sum.Coluna
        Tabela.khi[1,2]<-sum.Linha
        Tabela.khi[2,2]<-sum(Sub.Table)

        spected.teorical.value<-sum(Tabela.khi[,1])*sum(Tabela.khi[1,])/sum(Tabela.khi)
        sinal<-NULL
        if(dados[i,j]<spected.teorical.value){sinal<-" (-)"
        }else if(dados[i,j]==spected.teorical.value){sinal<-" "
        }else{sinal<-" (+)"}


        options (warn=-1)
        Teste.Chi.Quadrado<-stats::chisq.test(Tabela.khi)
        options (warn=0)
        Valor.de.P<-Teste.Chi.Quadrado$p.value
        Significancia<-NULL
        if(round(Valor.de.P,3)<=0.001){Significancia<-"***"
        }else if(round(Valor.de.P, 2)<=0.01){Significancia<-"**"
        }else if(round(Valor.de.P, 2)<=0.05){Significancia<-"*"
        }else{sinal<-" "}

        # if(Valor.de.P<0.001){Significancia<-"***"
        # }else if(Valor.de.P<0.01){Significancia<-"**"
        # }else if(Valor.de.P<0.05){Significancia<-"*"
        # }else{sinal<-" "}


        Tabla[i,j]<-paste(dados[i,j],sinal,sep="")
        Tabla[i,j]<-paste(Tabla[i,j],Significancia,sep="")
        #---------------------------------------------------------------------------------------
        Tabla.Com.Pvalue[i,j]<-paste(dados[i,j],"(",
                                     if (round(Valor.de.P,decimais) < 0.001){
                                       "<0.001"}
                                     else{
                                       round(Valor.de.P,decimais)
                                     }
                                     ,")",sinal,sep="")
        Tabla.Com.Pvalue[i,j]<-paste(Tabla.Com.Pvalue[i,j],Significancia,sep="")
      }
    }

    ###-------------------------------------------------------------------------
    Tabla[(nrow(Tabla)+1),]<-NA #ojo
    row.names(Tabla)[nrow(Tabla)]<-c("p_value Global Khi Test") #ojo
    Tabla[nrow(Tabla),1]<-round(chi.global$p.value,dec.Global.p_Value)


    Tabla.Com.Pvalue[nrow(Tabla),1]<-round(chi.global$p.value,dec.Global.p_Value)
    row.names(Tabla.Com.Pvalue)[nrow(Tabla)]<-c("p_value Global Khi Test") #ojo

    message("------------------------------------------------------------------------")
    message("                    -----------README-----------                        ")
    message("Results could contain the following partial or total information:")
    message("ex: 25[5](0.022) (+)*,where:")
    message("- 25 express the original frequency,")
    message("- [5] indicate the percentage of each original frequency in fuction of")
    message("      the number of participants categorized in each colunm")
    message("- (0.022) means the individual p_value for Khi Square Per Cell")
    message("(+) or (-): indicates if observed value is higher or lower")
    message("               than the expected theoretical value, and,")
    message("The significance: *** p < 0.001;  ** p < 0.01  and   * p < 0.05")
    message("Please cite this article DOI:..................................")
    message("-------------------------------------------------------------------------")

    return(list(Tabla=Tabla, Tabla.Com.Pvalue=Tabla.Com.Pvalue))
  }
}



# res<-Khi.Square.Per.Cell(dados, n.Segmentation = FALSE)
# res$Tabla
# res$Tabla.Com.Pvalue
#
#
#
# dados<-read.table(file="clipboard",head=TRUE,sep="\t",dec=".",check.names = FALSE)
# res<-Khi.Square.Per.Cell(dados, n.Segmentation=TRUE)
#
# res$Tabla
# res$Tabla.Com.Pvalue
# res$Tabla.Porcentagem
# res$Tabla.Porcentagem.Com.Pvalue
# res$Tabla.Dados.Porcentagem.Com.Pvalue
# res$Tabla.Mas.Porcentagem