### R code from vignette source 'plotting.Rnw'
### Encoding: UTF-8
###################################################
### code chunk number 1: startup
###################################################
#system ("mkdir fig")
options(SweaveHooks=list(fig=function() {
par(mar = c (4.1, 4.1, 1, .6))
trellis.pars <- trellis.par.get ("layout.heights")
trellis.pars [grep ("padding", names (trellis.pars))] <- 0
trellis.par.set(layout.heights = trellis.pars)
trellis.pars <- trellis.par.get ("layout.widths")
trellis.pars [grep ("padding", names (trellis.pars))] <- 0
trellis.par.set(layout.widths = trellis.pars)
}))
options ("width" = 100, "digits" = 5)
library (hyperSpec)
# redefine lattice functions so that the result is printed without external print command
setMethod ("plot",
signature (x = "hyperSpec", y = "character"),
function (x, y, ...){
tmp <- hyperSpec:::.plot (x, y, ...)
if (is (tmp, "trellis"))
print (tmp)
invisible (tmp)
})
plotmap <- function (...) print (hyperSpec:::plotmap (...))
setMethod ("levelplot", signature (x = "hyperSpec", data = "missing"),
function (x, data, ...) {
l <- hyperSpec:::.levelplot (x = formula (spc ~ x * y), data = x, ...)
print (l)
}
)
setMethod ("levelplot", signature (x = "formula", data = "hyperSpec"),
function (x, data, ...) print (hyperSpec:::.levelplot (x, data, ...))
)
plotc <- function (...){
call <- match.call ()
call [[1]] <- hyperSpec:::plotc
print (eval (call))
}
ploterrormsg <- function (fn, pkg) {
plot (0, 0, type = "n", axes = FALSE, bty = "n", xlab = "", ylab = "")
text (0, 0, paste ("Function", fn, "not available:\npackage", pkg, "needed."))
}
griderrormsg <- function (fn, pkg) {
require (grid)
grid.text (label = paste ("Function", fn, "not available:\npackage", pkg, "needed."))
NA
}
texterrormsg <- function (fn, pkg) {
cat ("Function", fn, "not available:\npackage", pkg, "needed.\n")
}
nice.paste <- function (...){
fnames <- c (...)
if (length (fnames) == 2L)
fnames <- paste (fnames, collapse = " and ")
if (length (fnames) > 1L){
fnames [length (fnames)] <- paste ("and", tail (fnames, 1))
fnames <- paste (fnames, collapse = ", ")
}
fnames
}
check.req.pkg <- function (pkg = stop ("pkg needed"),
texterrors = NULL, ploterrors = NULL, griderrors = NULL,
hynstext = NULL, hynsplot = NULL, hynsgrid = NULL,
donothing = NULL, special = NULL, v = TRUE){
if (v) cat ("\\item[\\Rpackage{", pkg, "}:] ", sep = "")
dummies <- list ()
if (pkg.exists (pkg)){
if (v) cat ("available\n")
} else {
for (fn in as.character (texterrors))
dummies <- c (dummies, bquote (.(fn) <- function (...) texterrormsg (.(fn), .(pkg))))
for (fn in as.character (ploterrors))
dummies <- c (dummies, bquote (.(fn) <- function (...) ploterrormsg (.(fn), .(pkg))))
for (fn in as.character (griderrors))
dummies <- c (dummies, bquote (.(fn) <- function (...) griderrormsg (.(fn), .(pkg))))
for (fn in as.character (hynstext))
assignInNamespace (x = fn,
value = eval (bquote (function (...) texterrormsg (.(fn), .(pkg)))),
ns = "hyperSpec")
for (fn in as.character (hynsplot))
assignInNamespace (x = fn,
value = eval (bquote (function (...) ploterrormsg (.(fn), .(pkg)))),
ns = "hyperSpec")
for (fn in as.character (hynsgrid))
assignInNamespace (x = fn,
value = eval (bquote (function (...) griderrormsg (.(fn), .(pkg)))),
ns = "hyperSpec")
fnames <- nice.paste (texterrors, ploterrors, griderrors, hynstext, hynsplot, hynsgrid, names (special))
if (v && length (fnames) > 0L) cat (fnames, "replaced.")
for (fn in as.character (donothing))
dummies <- c (dummies, bquote (.(fn) <- function (...) invisible (NULL)))
fnames <- nice.paste (donothing)
if (v && length (fnames) > 0L) cat (fnames, "missing.")
if (v) cat ("\n")
}
invisible (dummies)
}
plotvoronoi <- function (...) print (hyperSpec:::plotvoronoi (...))
# set standardized color palettes
seq.palette <- colorRampPalette (c ("white", "dark green"), space = "Lab")
YG.palette <- function (n = 20) rgb (colorRamp (c("#F7FCF5", "#E5F5E0", "#C7E9C0", "#A1D99B", "#74C476",
"#41AB5D", "#238B45", "#006D2C", "#00441B"), space = "Lab")
# was: brewer.pal (9, "Greens")
(seq (1/3, 1, length.out = n)^2), maxColorValue = 255)
div.palette <- colorRampPalette (c("#00008B", "#351C96", "#5235A2", "#6A4CAE", "#8164BA", "#967CC5",
"#AC95D1", "#C1AFDC", "#D5C9E8", "#E0E3E3", "#F8F8B0", "#F7E6C2",
"#EFCFC6", "#E6B7AB", "#DCA091", "#D08977", "#C4725E", "#B75B46",
"#A9432F", "#9A2919", "#8B0000"), space = "Lab")
pkgSuggests <- function (...)
strsplit (packageDescription (..., fields="Suggests"), ",\\s*")[[1]]
pkg.exists <- function (pkg = stop ("package name needed"), lib.loc = NULL){
dir <- sapply (pkg, function (p) system.file (package = p, lib.loc = lib.loc))
nzchar (dir) > 0L
}
is.basepkg <- function (pkg){
pkg.exists (pkg) && grepl ("^base$", packageDescription (pkg, fields = "Priority"))
}
pkg.or.base <- function (pkg){
pkg [sapply (pkg, is.basepkg)] <- "base"
pkg
}
citation.or.file <- function (pkg, svd.cit = sprintf ("%s.CITATION", pkg)){
if (pkg.exists (pkg))
citation (pkg)
else if (file.exists (svd.cit))
readCitationFile (file = svd.cit)
else
NULL
}
make.cite.keys <- function (pkg, entries){
pkg <- pkg.or.base (pkg)
if (! pkg.exists (pkg))
return (pkg)
if (missing (entries))
entries <- citation.or.file (pkg)
keys <- sapply (unclass (entries), attr, "key")
noname <- which (sapply (keys, is.null))
if (length (keys) == 1L && noname == 1L) {
keys <- pkg
} else {
for (i in noname)
keys [[i]] <- paste (pkg, i, sep = ".")
}
keys <- make.unique (unlist (keys))
keys
}
citation.with.key <- function (pkg = "base"){
pkg <- pkg.or.base (pkg)
tmp <- citation.or.file (pkg)
keys <- make.cite.keys (pkg, tmp)
for (entry in seq_along (tmp))
tmp [entry]$"key" <- keys [[entry]]
tmp
}
cite.pkg <- function (p, entries, citefun = "cite"){
paste ("\\\\", citefun, "{", paste (make.cite.keys (p, entries), collapse = ", "), "}", sep = "")
}
make.bib <- function (..., file = NULL) {
pkg <- c (...)
if (length (pkg) == 0L) {
pkg <- loadedNamespaces()
pkg <- unique (pkg.or.base (pkg))
}
l <- lapply (pkg, citation.with.key)
l <- do.call ("c", l [! sapply (l, is.null)])
if (!is.null (file))
if (is.null (l))
cat (NULL, file = file) # touches file
else
cat (toBibtex (l), file = file, sep = "\n")
invisible (l)
}
###################################################
### code chunk number 2: mailme
###################################################
cat ("\\newcommand{\\mailme}{\\href{mailto:",
packageDescription ("hyperSpec")$Maintainer,
"}{\\texttt{",
packageDescription ("hyperSpec")$Maintainer,
"}}}\n",
sep = "")
###################################################
### code chunk number 3: listfunctions
###################################################
texListFun <- function (pattern){
funs <- ls (envir = getNamespace ("hyperSpec"), pattern = pattern)
funs <- paste ("\\\\Rfunction{", funs, "}", sep ="")
nice.paste (funs)
}
###################################################
### code chunk number 4: cleanup (eval = FALSE)
###################################################
## sessionInfo ()
## rm (list = ls ())
## library (tools)
###################################################
### code chunk number 5: check-required
###################################################
msg <- function (...) system (sprintf ("echo '%s'", paste (...)))
required.pkgs <- c("latticeExtra", "deldir", "rgl", "ggplot2")
dummies <- check.req.pkg ("latticeExtra", griderrors = "panel.levelplot.points",
hynsgrid = "plotvoronoi")
for (i in seq_along (dummies))
eval (dummies [[i]])
check.req.pkg ("deldir", hynsgrid = "plotvoronoi")
for (p in required.pkgs [! required.pkgs %in% c("latticeExtra", "deldir")])
check.req.pkg (p, donothing = "")
###################################################
### code chunk number 6: preproc-chondro
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chondro.preproc <- chondro - spc.fit.poly.below (chondro)
chondro.preproc <- chondro.preproc / rowMeans (chondro)
chondro.preproc <- chondro.preproc - quantile (chondro, 0.05)
cluster.cols <- c ("dark blue", "orange", "#C02020")
cluster.meansd <- aggregate (chondro.preproc, chondro$clusters, mean_pm_sd)
cluster.means <- aggregate (chondro.preproc, chondro$clusters, mean)
###################################################
### code chunk number 7: plotspc
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plotspc (flu)
###################################################
### code chunk number 8: plotspc
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plotmat (flu)
###################################################
### code chunk number 9: plotflu
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plotc (flu)
###################################################
### code chunk number 10: levelplot
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
levelplot (spc ~ x * y, chondro, aspect = "iso")
###################################################
### code chunk number 11: plotmap
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plotmap (chondro)
###################################################
### code chunk number 12: voronoi
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plotvoronoi (sample (chondro, 300), clusters ~ x * y)
###################################################
### code chunk number 13: plotspcflu
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plot (flu, "spc")
###################################################
### code chunk number 14: plotchomean
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plot (chondro.preproc, "spcmeansd")
###################################################
### code chunk number 15: plotchoprctl
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plot (chondro.preproc, "spcprctile")
###################################################
### code chunk number 16: plotchoprctl5
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plot (chondro.preproc, "spcprctl5")
###################################################
### code chunk number 17: plotflu2
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plot (flu, "c")
###################################################
### code chunk number 18: plotts
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plot (laser [,, 405], "ts")
###################################################
### code chunk number 19: plotdepth
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
depth.profile <- new ("hyperSpec",
spc = as.matrix (rnorm (20) + 1:20),
data = data.frame (z = 1 : 20),
labels = list (spc = "I / a.u.",
z = expression (`/` (z, mu*m)),
.wavelength = expression (lambda)))
plot (depth.profile, "depth")
###################################################
### code chunk number 20: plotmat
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plot (laser, "mat")
###################################################
### code chunk number 21: plotting.Rnw:232-233
###################################################
plotmat (laser)
###################################################
### code chunk number 22: plotting.Rnw:236-237
###################################################
levelplot (spc ~ .wavelength * .row, laser)
###################################################
### code chunk number 23: plotmapcho2
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plot (chondro, "map")
###################################################
### code chunk number 24: plotvoronoi
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plot (sample (chondro, 300), "voronoi")
###################################################
### code chunk number 25: wavelength
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plotspc (paracetamol [,, 700 ~ 1200])
###################################################
### code chunk number 26: wavelength-2
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plotspc (paracetamol,
wl.range = c (300 ~ 1800, 2800 ~ max),
xoffset = 750)
###################################################
### code chunk number 27: abscissa
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plotspc (paracetamol, wl.reverse = TRUE )
###################################################
### code chunk number 28: colours
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plotspc (flu, col = matlab.dark.palette (6))
###################################################
### code chunk number 29: dots
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plotspc (paracetamol [,, 2800 ~ 3200],
lines.args = list (pch = 20, type = "p"))
###################################################
### code chunk number 30: mass
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plot (barbiturates [[1]], lines.args = list (type = "h"))
###################################################
### code chunk number 31: add
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plotspc (chondro [ 30,,])
plotspc (chondro [300,,], add = TRUE, col = "blue")
###################################################
### code chunk number 32: sd
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plotspc (chondro.preproc, func = sd)
###################################################
### code chunk number 33: diffline
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plotspc (paracetamol,
zeroline = list (col = "red"))
###################################################
### code chunk number 34: add-line
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plot (laser, "spcmeansd")
abline (v = c(405.0063, 405.1121, 405.2885, 405.3591),
col = c("black", "blue", "red", "darkgreen"))
###################################################
### code chunk number 35: stacked1
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plotspc (cluster.means,
col = cluster.cols,
stacked = TRUE)
###################################################
### code chunk number 36: stacked2
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plot (cluster.meansd,
stacked = ".aggregate",
fill = ".aggregate",
col = cluster.cols)
###################################################
### code chunk number 37: stacked3
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plotspc (cluster.meansd,
yoffset = rep (0:2, each = 3),
col = rep (cluster.cols, each = 3))
###################################################
### code chunk number 38: stacked4
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
yoffsets <- apply (cluster.means [[]], 2, diff)
yoffsets <- - apply (yoffsets, 1, min)
plot (cluster.means, yoffset = c (0, cumsum (yoffsets)),
col = cluster.cols)
###################################################
### code chunk number 39: stacked5
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
yoffset <- apply (chondro.preproc, 2, quantile, c(0.05, 0.95))
yoffset <- range (yoffset)
plot(chondro.preproc[1],
plot.args = list (ylim = c (0, 2) * yoffset),
lines.args = list( type = "n"))
yoffset <- (0:1) * diff (yoffset)
for (i in 1 : 3){
plot(chondro.preproc, "spcprctl5", yoffset = yoffset [i],
col = "gray", add = TRUE)
plot (chondro.preproc [i], yoffset = yoffset [i],
col = matlab.dark.palette (3) [i], add = TRUE,
lines.args = list (lwd = 2))
}
###################################################
### code chunk number 40: lin-cal-1
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plotc (flu [,, 450])
###################################################
### code chunk number 41: lin-cal-3
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plotc (flu, func = range, groups = .wavelength)
###################################################
### code chunk number 42: plotc2
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plotc (flu [,, c (405, 445)], spc ~ c | .wavelength,
cex = .3, scales = list (alternating = c(1, 1)))
###################################################
### code chunk number 43: plotc3
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plotc (flu [,, c (405, 445)], groups = .wavelength)
###################################################
### code chunk number 44: lin-cal-4
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plotc (flu [,, 450],
ylab = expression (I ["450 nm"] / a.u.),
xlim = range (0, flu$c + .01),
ylim = range (0, flu$spc + 10),
pch = 4)
###################################################
### code chunk number 45: lincal-panel
###################################################
panelcalibration <- function (x, y, ..., clim = range (x), level = .95) {
panel.xyplot (x, y, ...)
lm <- lm (y ~ x)
panel.abline (coef (lm), ...)
cx <- seq (clim [1], clim [2], length.out = 50)
cy <- predict (lm, data.frame (x = cx),
interval = "confidence",
level = level)
panel.lines (cx, cy [,2], col = "gray")
panel.lines (cx, cy [,3], col = "gray")
}
###################################################
### code chunk number 46: lin-cal-5
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plotc (flu [,,405], panel = panelcalibration,
pch = 4, clim = c (0, 0.35), level = .99)
###################################################
### code chunk number 47: plotc4
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plotc (laser [,, c(405.0063, 405.1121, 405.2885, 405.3591)],
spc ~ t,
groups = .wavelength,
type = "b",
col = c ("black", "blue", "red", "darkgreen"))
###################################################
### code chunk number 48: levelplot
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
levelplot (spc ~ x * y, chondro)
###################################################
### code chunk number 49: levelplot-factor
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
levelplot (clusters ~ x * y, chondro)
###################################################
### code chunk number 50: plotting.Rnw:509-510
###################################################
plot (laser, "mat", col = heat.colors (20))
###################################################
### code chunk number 51: plotmat1
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plotmat (laser, col = heat.colors (20))
###################################################
### code chunk number 52: plotmat1a
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plotmat (laser, y = "t")
###################################################
### code chunk number 53: plotting.Rnw:523-524
###################################################
plotmat (laser, y = laser$t, ylab = labels (laser, "t"))
###################################################
### code chunk number 54: plotmat2
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plotmat (flu, col = matlab.dark.palette (20))
plotmat (flu, col = "white",
contour = TRUE, add = TRUE)
###################################################
### code chunk number 55: plotmap-barb
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
require ("latticeExtra")
barb <- do.call (collapse, barbiturates[1:50])
barb <- orderwl (barb)
levelplot (spc ~ .wavelength * z, barb,
panel = panel.levelplot.points,
cex = .33, col.symbol = NA,
col.regions = matlab.palette)
###################################################
### code chunk number 56: plotmap-chondro
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plotmap (chondro)
###################################################
### code chunk number 57: plotmap-yx
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plotmap (chondro, spc ~ y * x)
###################################################
### code chunk number 58: plotmap-clu
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plotmap (chondro, clusters ~ x * y)
###################################################
### code chunk number 59: plotmap-col
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
print (plotmap (chondro, clusters ~ x * y,
col.regions = cluster.cols))
###################################################
### code chunk number 60: plotmap-wave
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plotmap (chondro.preproc [, , c(728, 782, 1098,
1240, 1482, 1577)],
col.regions = matlab.palette)
###################################################
### code chunk number 61: plotmap-pca
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plotmap (chondro,
spc ~ y * x | x > 5,
col.regions = matlab.palette(20))
###################################################
### code chunk number 62: plotmap-pca2
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
pca <- prcomp (~ spc, data = chondro.preproc$.)
scores <- decomposition (chondro, pca$x,
label.wavelength = "PC",
label.spc = "score / a.u.")
plotmap (scores [,,1:2],
spc ~ y * x | as.factor(.wavelength),
func = NULL,
col.regions = matlab.palette(20))
###################################################
### code chunk number 63: plotmap-pca3
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
levelplot (spc ~ y * x | as.factor(.wavelength),
scores [,,1:2],
aspect = "iso",
col.regions = matlab.palette(20))
###################################################
### code chunk number 64: voronoi-2
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plotvoronoi (sample (chondro, 300), clusters ~ x * y,
col.regions = matlab.palette(20))
###################################################
### code chunk number 65: missing
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
mark.missing <- function (x, y, z, ...){
panel.levelplot (x, y, z, ...)
miss <- expand.grid (x = unique (x), y = unique (y))
miss <- merge (miss, data.frame (x, y, TRUE),
all.x = TRUE)
miss <- miss [is.na (miss[, 3]),]
panel.xyplot (miss [, 1], miss [, 2], pch = 4, ...)
}
plotmap (sample (chondro, 865),
col.regions = matlab.palette(20),
col = "black",
panel = mark.missing)
###################################################
### code chunk number 66: uneven-prep
###################################################
uneven <- chondro
uneven$x <- uneven$x + round (rnorm (nrow (uneven), sd = 0.05), digits = 1)
uneven$y <- uneven$y + round (rnorm (nrow (uneven), sd = 0.05), digits = 1)
###################################################
### code chunk number 67: uneven-I
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plotmap (uneven)
###################################################
### code chunk number 68: uneven-II
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plotvoronoi (uneven)
###################################################
### code chunk number 69: uneven-III
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
plotmap (uneven, panel = panel.levelplot.points,
cex = 0.75, col.symbol=NA)
###################################################
### code chunk number 70: uneven-IV
###################################################
getOption("SweaveHooks")[["fig"]]()
rx <- makeraster (uneven$x, start = -11.55, d = 1, tol = 0.3)
uneven$x <- rx$x
ry <- makeraster (uneven$y, start = -4.77, d = 1, tol = 0.3)
uneven$y <- ry$x
plotmap (uneven)
###################################################
### code chunk number 71: rgl-plot (eval = FALSE)
###################################################
## laser <- laser [,,404.8 ~ 405.6] / 10000
## laser$t <- laser$t / 3600
## cols <- rep (matlab.palette (nrow (laser)), nwl (laser))
## surface3d (y = wl (laser), x = laser$t,
## z = laser$spc, col = cols)
## aspect3d (c (1, 1, 0.25))
## axes3d (c ('x+-', 'y--', 'z--'))
## axes3d ('y--', nticks = 25, labels= FALSE)
## mtext3d ("t / h", 'x+-', line = 2.5)
## mtext3d ("lambda / nm", 'y--', line = 2.5)
## mtext3d ("I / a.u.", edge = 'z--', line = 2.5)
###################################################
### code chunk number 72: rgl-do
###################################################
if (require (rgl)){
open3d (windowRect=c(20,20,600, 350)) # this is needed only for automatically
# producing the snapshot
laser <- laser [,,404.8 ~ 405.6] / 10000
laser$t <- laser$t / 3600
cols <- rep (matlab.palette (nrow (laser)), nwl (laser))
surface3d (y = wl (laser), x = laser$t,
z = laser$spc, col = cols)
aspect3d (c (1, 1, 0.25))
axes3d (c ('x+-', 'y--', 'z--'))
axes3d ('y--', nticks = 25, labels= FALSE)
mtext3d ("t / h", 'x+-', line = 2.5)
mtext3d ("lambda / nm", 'y--', line = 2.5)
mtext3d ("I / a.u.", edge = 'z--', line = 2.5)
par3d (userMatrix = matrix (c (-0.52, 0.4, -0.75, 0,
-0.85, -0.28, 0.44, 0,
-0.04, 0.87, 0.49, 0,
-0.75, 0.75, 0, 1), ncol = 4L),
scale = c (2.75, 5, 0.175),
windowRect = c(20L, 50L, 520L, 330L),
zoom = 0.75)
rgl.snapshot ("fig-3D.png", fmt="png", top=TRUE )
rgl.quit ()
} else {
png ("fig-3D.png")
ploterrormsg ("", "rgl")
dev.off ()
}
###################################################
### code chunk number 73: ggplotspc (eval = FALSE)
###################################################
## qplotspc (flu) + aes (colour = c)
###################################################
### code chunk number 74: ggplotmap (eval = FALSE)
###################################################
## qplotmap (chondro) +
## scale_fill_gradientn ("spc", colours = matlab.palette ())
###################################################
### code chunk number 75: ggplotmeansd (eval = FALSE)
###################################################
## qplotspc (mean (chondro)) +
## geom_ribbon (aes (ymin = mean + sd,
## ymax = mean - sd,
## y = 0, group = NA),
## alpha = 0.25,
## data = as.t.df (mean_sd (chondro)))
###################################################
### code chunk number 76: ggplotspccut (eval = FALSE)
###################################################
## qplotspc (paracetamol / 1e4,
## wl.range = c( min ~ 1800, 2800 ~ max)) +
## scale_x_continuous (breaks = seq (0, 3200, 400))
###################################################
### code chunk number 77: ggplot2-do
###################################################
if (require (ggplot2)){
qplotspc (flu) + aes (colour = c)
ggsave("plotting-fig--ggplotspc.pdf", width = 4, height = 2.6)
qplotmap (chondro) +
scale_fill_gradientn ("spc", colours = matlab.palette ())
ggsave("plotting-fig--ggplotmap.pdf", width = 4, height = 2.6)
qplotspc (mean (chondro)) +
geom_ribbon (aes (ymin = mean + sd,
ymax = mean - sd,
y = 0, group = NA),
alpha = 0.25,
data = as.t.df (mean_sd (chondro)))
ggsave("plotting-fig--ggplotmeansd.pdf", width = 4, height = 2.6)
qplotspc (paracetamol / 1e4,
wl.range = c( min ~ 1800, 2800 ~ max)) +
scale_x_continuous (breaks = seq (0, 3200, 400))
ggsave("plotting-fig--ggplotspccut.pdf", width = 4, height = 2.6)
} else {
for (f in c ("ggplotspc", "ggplotmap", "ggplotmeansd", "ggplotspccut")){
pdf (sprintf ("plotting-fig--%s.pdf", f), width = 4, height = 2.6)
ploterrormsg ("", "ggplot2")
dev.off ()
}
}
###################################################
### code chunk number 78: plotting.Rnw:837-838 (eval = FALSE)
###################################################
## spc.identify (plotspc (paracetamol, wl.range = c (600 ~ 1800, 2800 ~ 3200), xoffset = 800))
###################################################
### code chunk number 79: plotting.Rnw:846-847 (eval = FALSE)
###################################################
## map.identify (chondro)
###################################################
### code chunk number 80: plotting.Rnw:854-855 (eval = FALSE)
###################################################
## map.sel.poly (chondro)
###################################################
### code chunk number 81: plotting.Rnw:868-871 (eval = FALSE)
###################################################
## plot (laser, "mat")
## trellis.focus ()
## grid.locator ()
###################################################
### code chunk number 82: bib
###################################################
make.bib (c("latticeExtra", "rgl", "ggplot2", "playwith", "plotrix", "deldir", "tripack"),
file = "plotting-pkg.bib")
print (as.matrix(Sys.info()))
sessionInfo ()
rm (list = ls ())
library (tools)
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For more information on customizing the embed code, read Embedding Snippets.