inst/rsp-ex/TCGA,MSCN/R/parseRegion.R

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parseRegion <- function(region, ...) {
  src <- region;

  pattern <- "^(.*):Chr([0-9]+)@([.0-9]+)-([.0-9]+)";
  name <- gsub(pattern, "\\1", region);
  chromosome <- as.integer(gsub(pattern, "\\2", region));
  startStr <- gsub(pattern, "\\3", region);
  stopStr <- gsub(pattern, "\\4", region);
  start <- as.double(startStr);
  stop <- as.double(stopStr);
  region <- c(start, stop)*1e6;

  label <- sprintf("%s,chr%02d,%s-%s", name, chromosome, startStr, stopStr);

  list(name=name, chromosome=chromosome, region=region, label=label, src=src);
} # parseRegion()


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# HISTORY:
# 2009-02-23
# o Created.
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HenrikBengtsson/aroma.cn.eval documentation built on Dec. 9, 2019, 12:16 p.m.