R/MuskelPrepVar.R
In Rapporteket/muskel: Resultatrapporter for Muskelregisteret
Defines functions
MuskelPrepVar
Documented in
MuskelPrepVar
#' Preparer variabler for plotting
#'
#' Denne funksjonen grupperer og klargjør variabler for andelsplot
#'
#' Her kan detaljer skrives
#'
#' @inheritParams MuskelFigAndeler
#'
#' @return PrepData En liste med plotrelevante størrelser
#'
#' @export
#'
MuskelPrepVar <- function(RegData, valgtVar, inkl_tittel=T)
{
retn= 'V'; tittel <- ''; AntVar <- NA; NVar <- NA; stabel <- 1; flerevar <- 0
cexgr <- 1.0; grtxt <- ''; grtxt2 <- ''; subtxt <- ''; incl_N=F; N_colwise=F;
Klokebok <- read.table(system.file('extdata', 'Muskelregisteret_klokeboken.csv_28.02.2018.csv', package = 'muskel'),
header=TRUE, sep=';', stringsAsFactors = F, fileEncoding = 'UTF-8-BOM')
if (valgtVar == 'OppfAar') {
tittel <- 'Oppf\u00F8lginger etter \u00E5r'
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
gr <- sort(unique(RegData$Aar))
grtxt <- as.character(gr)
RegData$Variabel <- RegData[, 'Aar']
RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% gr), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
# RegData$Gr <- factor(RegData$Diagnosegr_label)
}
if (valgtVar=='PeriodiskeParalyser') {
tittel <- 'Myotonier/Periodiske paralyser'
RegData$Variabel <- RegData$Undergruppe
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ] # Tar ut nyeste registrering
gr <- c(22, 23, 24, 25, 60, 61, 1060, 2060)
RegData <- RegData[RegData$Variabel %in% gr, ]
grtxt <- RegData$Undergruppe_label[match(gr, RegData$Undergruppe)]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
retn= 'H'
incl_N=T
}
if (valgtVar=='Alder') {
RegData$Variabel <- RegData$AlderVreg
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ] # Tar ut nyeste registrering
tittel <- 'Alder ved f\u00F8rstegangsregistrering'
#bør ha med at alder per rapportdata sys.date...
gr <- c(0, seq(10, 80, 10), 120) #c(0,16,31,46,61,76,200)
RegData$VariabelGr <- cut(RegData$Variabel, breaks=gr, include.lowest=TRUE, right=FALSE)
grtxt <- c(levels(RegData$VariabelGr)[1:(length(gr)-2)], '80+')
subtxt <- 'Aldersgrupper'
}
if (valgtVar=='AlderDagens') {
RegData$Variabel <- RegData$Alder
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ] # Tar ut nyeste registrering
tittel <- 'Dagens alder'
#bør ha med at alder per rapportdata sys.date...
gr <- c(0, seq(10, 80, 10), 120) #c(0,16,31,46,61,76,200)
RegData$VariabelGr <- cut(RegData$Variabel, breaks=gr, include.lowest=TRUE, right=FALSE)
grtxt <- c(levels(RegData$VariabelGr)[1:(length(gr)-2)], '80+')
subtxt <- 'Aldersgrupper'
}
if (valgtVar=='AlderDagensUnge') {
RegData$Variabel <- RegData$Alder
RegData <- RegData[RegData$ForlopsType1Num == 1, ]
RegData <- RegData[which(RegData$Alder <= 17), ]
tittel <- 'Aldersfordeling blant mindre\u00E5rige pasienter'
gr <- c(0, seq(3, 15, 3), 17) #c(0,16,31,46,61,76,200)
RegData$VariabelGr <- cut(RegData$Variabel, breaks=gr, include.lowest=TRUE, right=FALSE)
grtxt <- levels(RegData$VariabelGr)
subtxt <- 'Aldersgrupper'
}
if (valgtVar=='DebutAlder') {
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ] # Tar ut nyeste registrering
# RegData <- RegData[RegData$ForlopsType1Num == 1, ]
tittel <- 'Alder ved debut'
#bør ha med at alder per rapportdata sys.date...
gr <- c(0, seq(10, 80, 10), 120) #c(0,16,31,46,61,76,200)
RegData$VariabelGr <- cut(RegData$Variabel, breaks=gr, include.lowest=TRUE, right=FALSE)
grtxt <- c(levels(RegData$VariabelGr)[1:(length(gr)-2)], '80+')
subtxt <- 'Aldersgrupper'
}
if (valgtVar=='DiagnoseAlder') {
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ] # Tar ut nyeste registrering
# RegData <- RegData[RegData$ForlopsType1Num == 1, ]
tittel <- 'Alder ved diagnose'
#bør ha med at alder per rapportdata sys.date...
gr <- c(0, seq(10, 80, 10), 120) #c(0,16,31,46,61,76,200)
RegData$VariabelGr <- cut(RegData$Variabel, breaks=gr, include.lowest=TRUE, right=FALSE)
grtxt <- c(levels(RegData$VariabelGr)[1:(length(gr)-2)], '80+')
subtxt <- 'Aldersgrupper'
}
if (valgtVar == 'Fysioterapi') {
tittel <- 'Andel som f\u00E5r fysioterapi'
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
# grtxt <- c('Nei, men behov', 'Ja', 'Ikke behov', 'Ukjent')
aux <- Klokebok[Klokebok$navn_i_rapporteket == valgtVar, c("listeverdier", "listetekst")]
aux <- aux[order(as.numeric(aux$listeverdier)), ]
gr <- as.numeric(aux$listeverdier)
grtxt <- aux$listetekst
# gr <- c(0:2, 9)
# gr <- sort(as.numeric(Klokebok$listeverdier[Klokebok$navn_i_rapporteket == valgtVar]))
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% gr), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
RegData$Gr <- factor(RegData$Diagnosegr_label)
}
if (valgtVar == 'Fysioterapi_nord') {
tittel <- 'Andel som f\u00E5r fysioterapi'
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData=RegData[which(RegData$Fylke %in% c('TROMS', 'FINNMARK', 'NORDLAND')), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
# grtxt <- c('Nei, men behov', 'Ja', 'Ikke behov', 'Ukjent')
aux <- Klokebok[Klokebok$navn_i_rapporteket == 'Fysioterapi', c("listeverdier", "listetekst")]
aux <- aux[order(as.numeric(aux$listeverdier)), ]
gr <- as.numeric(aux$listeverdier)
grtxt <- aux$listetekst
# gr <- c(0:2, 9)
# gr <- sort(as.numeric(Klokebok$listeverdier[Klokebok$navn_i_rapporteket == valgtVar]))
RegData$Variabel <- RegData[, 'Fysioterapi']
RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% gr), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
RegData$Gr <- as.factor(as.character(RegData$Fylke))
stabel <- 0
}
if (valgtVar == 'Fysioterapi_sor') {
tittel <- 'Andel som f\u00E5r fysioterapi'
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData=RegData[which(RegData$Fylke %in% c('OSLO', 'AKERSHUS')), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
# grtxt <- c('Nei, men behov', 'Ja', 'Ikke behov', 'Ukjent')
aux <- Klokebok[Klokebok$navn_i_rapporteket == 'Fysioterapi', c("listeverdier", "listetekst")]
aux <- aux[order(as.numeric(aux$listeverdier)), ]
gr <- as.numeric(aux$listeverdier)
grtxt <- aux$listetekst
# gr <- c(0:2, 9)
# gr <- sort(as.numeric(Klokebok$listeverdier[Klokebok$navn_i_rapporteket == valgtVar]))
RegData$Variabel <- RegData[, 'Fysioterapi']
RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% gr), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
RegData$Gr <- as.factor(as.character(RegData$Fylke))
stabel <- 0
}
if (valgtVar == 'AndelSteroider') { #### Hvilken alder?!!!!!!
tittel <- c('Andel pr. aldersgruppe med steroidbehandling')
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Steroider), ]
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
gr <- c(0,4,6,9,13,18,25,31,120) #c(0,16,31,46,61,76,200)
RegData$aldersgr <- cut(RegData$Alder, breaks=gr, include.lowest=TRUE, right=FALSE)
AntVar <- tapply(RegData$Steroider, RegData$aldersgr, sum)
NVar <- tapply(RegData$Steroider, RegData$aldersgr, length)
# grtxt <- names(AntVar)
grtxt <- c('<4', '4-5', '6-8', '9-12', '13-17', '18-24', '25-30', '>30')
retn='H'
incl_N <- F
N_colwise <- T
}
if (valgtVar == 'DiagBiopsi') {
grtxt <- c('Muskelsykdommer', 'Spinal muskelatrofi', 'Polynevropati')
RegData <- RegData[which(RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3)), ]
SamletPrPID <- aggregate(RegData[, valgtVar],
by=list(RegData$PasientID), max, na.rm = TRUE)
names(SamletPrPID)[names(SamletPrPID)=='x'] <- 'VariabelGr'
RegData <- merge(RegData, SamletPrPID, by.x = 'PasientID', by.y = 'Group.1')
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$VariabelGr, levels = c(1,0), labels = c('Ja', 'Nei'))
RegData$Gr <- RegData$Diagnosegr
RegData$Gr <- factor(RegData$Gr, levels = 1:3, labels = grtxt)
tittel <- c('Andel pasienter som har f\u00E5tt muskelbiopsi')
}
if (valgtVar == 'DiagDNA') {
grtxt <- c('Muskelsykdommer', 'Spinal muskelatrofi', 'Polynevropati')
RegData <- RegData[which(RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3)), ]
SamletPrPID <- aggregate(RegData[, valgtVar],
by=list(RegData$PasientID), max, na.rm = TRUE)
names(SamletPrPID)[names(SamletPrPID)=='x'] <- 'VariabelGr'
RegData <- merge(RegData, SamletPrPID, by.x = 'PasientID', by.y = 'Group.1')
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$VariabelGr, levels = c(1,0), labels = c('Ja', 'Nei'))
RegData$Gr <- RegData$Diagnosegr
RegData$Gr <- factor(RegData$Gr, levels = 1:3, labels = grtxt)
tittel <- c('Andel pasienter som har f\u00E5tt DNA-unders\u00F8kelse')
}
if (valgtVar == 'Utdanning') {
# RegData <- RegData[which(RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3)), ]
grtxt <- c('Grunnskole', 'Videreg\u00E5ende skole, \n studieforberedende program','Videreg\u00E5ende skole, \n yrkesfaglig program',
'H\u00F8yskole eller \n universitetet', 'Ukjent', 'Ikke registrert')
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData$Variabel[is.na(RegData$Variabel)] <- 99
SamletPrPID <- aggregate(RegData$Variabel,
by=list(RegData$PasientID), function(x){if (max(x %in% 1:4)==1){y <- max(x)} else {y <- min(x)}})
names(SamletPrPID)[names(SamletPrPID)=='x'] <- 'VariabelGr'
RegData <- merge(RegData, SamletPrPID, by.x = 'PasientID', by.y = 'Group.1')
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$VariabelGr, levels = c(1:4, 9, 99), labels = grtxt)
# RegData$Gr <- RegData$Diagnosegr
# RegData$Gr <- factor(RegData$Gr, levels = 1:3, labels = c('Muskelsykdommer', 'Spinal muskelatrofi', 'Polynevropati'))
tittel <- c('Utdanningsniv\u00E5')
retn= 'H'
}
if (valgtVar == 'HoyesteUtdanning') {
tittel <- c('H\u00F8yest oppn\u00E5dde utdanningsniv\u00E5')
# RegData <- RegData[which(RegData$PasientAlder>25), ]
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$Variabel <- RegData[, "Utdanning"]
RegData$Variabel[RegData$Variabel==3] <- 2
gr <- c(1,2,4,9)
grtxt <- c('Grunnskole', 'Videreg\u00E5ende skole', 'H\u00F8yskole eller universitetet', 'Ukjent')
RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% gr), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
RegData$Gr <- NA
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe == 20)] <- 1
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe == 4)] <- 2
RegData$Gr[which(RegData$DiagICD10 == 'G60.0')] <- 3
RegData <- RegData[which(RegData$Gr %in% 1:3), ]
RegData$Gr <- factor(RegData$Gr, levels = 1:3, labels = c('Dystrophia myotonica 1', 'Limb-girdle muskeldystrofi', 'Charcot Marie Tooth'))
stabel <- 0
}
if (valgtVar == 'Arvegang') {
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData$Arvegang_label <- as.character(RegData$Arvegang_label)
RegData$Arvegang_label[is.na(RegData$Variabel)] <- 'Ikke registrert'
RegData$Variabel[is.na(RegData$Variabel)] <- 99
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
gr <- sort(unique(RegData$Variabel))
grtxt <- RegData$Arvegang_label[match(gr, RegData$Variabel)]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- c('Arvegang')
retn= 'H'
}
if (valgtVar == 'Gangfunksjon') {
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData$Gangfunksjon_label <- as.character(RegData$Gangfunksjon_label)
RegData$Gangfunksjon_label[is.na(RegData$Variabel)] <- 'Ikke registrert'
RegData$Gangfunksjon_label <- iconv(RegData$Gangfunksjon_label, from = 'UTF-8', to = '')
RegData$Variabel[is.na(RegData$Variabel)] <- 99
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
gr <- sort(unique(RegData$Variabel))
grtxt <- RegData$Gangfunksjon_label[match(gr, RegData$Variabel)]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- c('Gangfunksjon')
RegData$Gr <- factor(RegData$Diagnosegr_label)
retn= 'H'
}
if (valgtVar == 'Gangfunksjon_LGMD_DM1') {
RegData <- RegData[which(RegData$Undergruppe == 20 | RegData$Undergruppe == 4), ]
RegData$Variabel <- RegData[, 'Gangfunksjon']
RegData$Gangfunksjon_label <- as.character(RegData$Gangfunksjon_label)
RegData$Gangfunksjon_label[is.na(RegData$Variabel)] <- 'Ikke registrert'
RegData$Variabel[is.na(RegData$Variabel)] <- 99
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
gr <- sort(unique(RegData$Variabel))
grtxt <- RegData$Gangfunksjon_label[match(gr, RegData$Variabel)]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- c('Gangfunksjon')
RegData$Gr <- factor(RegData$Undergruppe, levels = c(4,20), labels=c('Limb-girdle muskeldystrofi', 'Dystrophia myotonica 1'))
}
if (valgtVar == 'Smertestillende_LGMD_DM1') {
RegData <- RegData[which(RegData$Undergruppe == 20 | RegData$Undergruppe == 4), ]
RegData$Variabel <- RegData[, "Smertestillende"]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
gr <- 0:1
grtxt <- c('Nei', 'Ja')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- c('Bruk av smertestillende')
RegData$Gr <- factor(RegData$Undergruppe, levels = c(4,20), labels=c('LGMD', 'Dystrophia myotonica 1'))
stabel <- TRUE
}
if (valgtVar == 'Smertestillende_MD_CMT_SMA') {
RegData <- RegData[which(RegData$DiagICD10 %in% c('G60.0', 'G71.0', 'G12.0', 'G12.1', 'G12.8', 'G12.9')), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$Gr <- NA
RegData$Gr[RegData$DiagICD10 == 'G60.0'] <- 2
RegData$Gr[RegData$DiagICD10 == 'G71.0'] <- 1
RegData$Gr[RegData$DiagICD10 %in% c('G12.0', 'G12.1', 'G12.8', 'G12.9')] <- 3
RegData$Gr <- factor(RegData$Gr, levels = 1:3, labels=c('Muskeldystrofi', 'Charcot Marie Tooth', 'Spinal muskelatrofi'))
RegData$Variabel <- RegData[, "Smertestillende"]
gr <- 0:1
grtxt <- c('Nei', 'Ja')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- c('Bruk av smertestillende')
# RegData$Gr <- factor(RegData$Undergruppe, levels = c(4,20), labels=c('LGMD', 'DM1'))
stabel <- TRUE
}
if (valgtVar == 'UtdanningDM1') {
grtxt <- c('Grunnskole', 'Videreg\u00E5ende skole, \n studieforberedende program','Videreg\u00E5ende skole, \n yrkesfaglig program',
'H\u00F8yskole eller \n universitetet', 'Ukjent', 'Ikke registrert')
RegData <- RegData[which(RegData$Undergruppe %in% c(20)), ]
RegData$Variabel <- RegData[, 'Utdanning']
RegData$Variabel[is.na(RegData$Variabel)] <- 99
SamletPrPID <- aggregate(RegData$Variabel,
by=list(RegData$PasientID), function(x){if (max(x %in% 1:4)==1){y <- max(x)} else {y <- min(x)}})
names(SamletPrPID)[names(SamletPrPID)=='x'] <- 'VariabelGr'
RegData <- merge(RegData, SamletPrPID, by.x = 'PasientID', by.y = 'Group.1')
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$VariabelGr, levels = c(1:4, 9, 99), labels = grtxt)
# RegData$Gr <- RegData$Diagnosegr
# RegData$Gr <- factor(RegData$Gr, levels = 1:3, labels = grtxt)
tittel <- c('Utdanningsniv\u00E5 Dystrophia myotonica 1')
retn= 'H'
}
if (valgtVar == 'UtdanningLGMD') {
grtxt <- c('Grunnskole', 'Videreg\u00E5ende skole, \n studieforberedende program','Videreg\u00E5ende skole, \n yrkesfaglig program',
'H\u00F8yskole eller \n universitetet', 'Ukjent', 'Ikke registrert')
RegData <- RegData[which(RegData$Undergruppe==4), ]
RegData$Variabel <- RegData[, 'Utdanning']
RegData$Variabel[is.na(RegData$Variabel)] <- 99
SamletPrPID <- aggregate(RegData$Variabel,
by=list(RegData$PasientID), function(x){if (max(x %in% 1:4)==1){y <- max(x)} else {y <- min(x)}})
names(SamletPrPID)[names(SamletPrPID)=='x'] <- 'VariabelGr'
RegData <- merge(RegData, SamletPrPID, by.x = 'PasientID', by.y = 'Group.1')
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$VariabelGr, levels = c(1:4, 9, 99), labels = grtxt)
# RegData$Gr <- RegData$Diagnosegr
# RegData$Gr <- factor(RegData$Gr, levels = 1:3, labels = grtxt)
tittel <- c('Utdanningsniv\u00E5 LGMD')
retn= 'H'
}
if (valgtVar == 'FysioManglerAarsak') {
tittel <- '\u00C5rsak til manglende fysioterapi'
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
grtxt <- c('St\u00E5r p\u00E5 venteliste', 'Ikke fysiotilbud\n i kommunen', 'Ingen effekt av\n eksisterende tilbud',
'For lang reisevei', 'For kostbart', 'Annet', 'Ukjent')
gr <- c(1:6, 9)
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% gr), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
# RegData$Gr <- factor(RegData$Diagnosegr_label)
retn= 'H'
}
if (valgtVar == 'Ergoterapi') {
tittel <- 'Andel som f\u00E5r ergoterapi'
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
grtxt <- c('Nei, men behov', 'Ja', 'Ikke behov', 'Ukjent')
gr <- c(0:2, 9)
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% gr), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
RegData$Gr <- factor(RegData$Diagnosegr_label)
}
if (valgtVar=='HjerteAffAlder') {
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
tittel <- 'Alder ved hjerteaffeksjon'
#bør ha med at alder per rapportdata sys.date...
gr <- c(0, seq(10, 80, 10), 120) #c(0,16,31,46,61,76,200)
RegData$VariabelGr <- cut(RegData$Variabel, breaks=gr, include.lowest=TRUE, right=FALSE)
grtxt <- c(levels(RegData$VariabelGr)[1:(length(gr)-2)], '80+')
}
if (valgtVar %in% c('TidDebDiag', 'TidDebUtred', 'TidUtredDiag')) {
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
tittel <- switch(valgtVar,
TidDebDiag = 'Tid fra symptomdebut til diagnose',
TidDebUtred = 'Tid fra symptomdebut til utredningsstart',
TidUtredDiag = 'Tid fra utredningsstart til diagnose')
gr <- switch(valgtVar,
TidDebDiag = c(0,1,2,3,4,5,6,10,20,30,40,50, 120), #c(0,16,31,46,61,76,200)
TidDebUtred = c(0,1,2,3,4,5,6,10,20,30,40,50, 120), #c(0,1,2,10,120),
TidUtredDiag = c(0,1,5,10,20, 120)) #c(0, 6,10,120))
RegData$VariabelGr <- cut(RegData$Variabel, breaks=gr, include.lowest=TRUE, right=FALSE)
grtxt <- switch(valgtVar,
TidDebDiag = c(0,1,2,3,4,5,levels(RegData$VariabelGr)[7:(length(gr)-2)], '50+'),
TidDebUtred = c(0,1,2,3,4,5,levels(RegData$VariabelGr)[7:(length(gr)-2)], '50+'),
TidUtredDiag = c(0,levels(RegData$VariabelGr)[2:(length(gr)-2)], '20+'))
subtxt <- 'Antall \u00E5r'
}
if (valgtVar == 'Diagnosegr') {
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
gr <- c(1:3)
grtxt <- c('Muskelsykdommer', 'Spinal muskelatrofi', 'Polynevropati')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Fordeling av diagnosegrupper'
subtxt <- 'Diagnosegrupper'
retn <- 'H'
N_colwise <- T
# cexgr <- .8
}
if (valgtVar == 'KognitivSvikt') {
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
aux <- Klokebok[Klokebok$navn_i_rapporteket == valgtVar, c("listeverdier", "listetekst")]
aux <- aux[order(as.numeric(aux$listeverdier)), ]
gr <- as.numeric(aux$listeverdier)
grtxt <- aux$listetekst
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Kognitiv svikt'
}
if (valgtVar == 'OppfolgBarnelegeNevrolog') {
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
aux <- Klokebok[Klokebok$navn_i_rapporteket == valgtVar, c("listeverdier", "listetekst")]
aux <- aux[order(as.numeric(aux$listeverdier)), ]
gr <- as.numeric(aux$listeverdier)
grtxt <- aux$listetekst
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Oppf\u00F8lging hos barnelege/nevrolog'
}
if (valgtVar == 'PsykiskHelsetjeneste') {
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
aux <- Klokebok[Klokebok$navn_i_rapporteket == valgtVar, c("listeverdier", "listetekst")]
aux <- aux[order(as.numeric(aux$listeverdier)), ]
gr <- as.numeric(aux$listeverdier)
grtxt <- aux$listetekst
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Psykisk helsetjeneste'
}
if (valgtVar == 'OppholdRehab') {
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
aux <- Klokebok[Klokebok$navn_i_rapporteket == valgtVar, c("listeverdier", "listetekst")]
aux <- aux[order(as.numeric(aux$listeverdier)), ]
gr <- as.numeric(aux$listeverdier)
grtxt <- aux$listetekst
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- c('Hatt/venter opphold p\u00E5', 'rehabiliteringsinstitusjon')
}
if (valgtVar == 'TilbudKostveiledning') {
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
aux <- Klokebok[Klokebok$navn_i_rapporteket == valgtVar, c("listeverdier", "listetekst")]
aux <- aux[order(as.numeric(aux$listeverdier)), ]
gr <- as.numeric(aux$listeverdier)
grtxt <- aux$listetekst
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Tilbud om kostveiledning'
}
if (valgtVar == 'TilbudGenetiskVeiledning') {
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
aux <- Klokebok[Klokebok$navn_i_rapporteket == valgtVar, c("listeverdier", "listetekst")]
aux <- aux[order(as.numeric(aux$listeverdier)), ]
gr <- as.numeric(aux$listeverdier)
grtxt <- aux$listetekst
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Tilbud om genetisk veiledning'
RegData$Gr <- 3
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe==20)] <- 1
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe==1)] <- 2
# RegData <- RegData[which(RegData$Gr %in% 1:3), ]
RegData$Gr <- factor(RegData$Gr, levels = 1:3, labels = c('Dystrophia myotonica 1', 'Duchenne', '\u00D8vrige'))
stabel <- F
}
if (valgtVar == 'AnsvarsgruppeIP') {
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
aux <- Klokebok[Klokebok$navn_i_rapporteket == valgtVar, c("listeverdier", "listetekst")]
aux <- aux[order(as.numeric(aux$listeverdier)), ]
gr <- as.numeric(aux$listeverdier)
grtxt <- aux$listetekst
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Ansvarsgruppe/Individuell plan'
}
if (valgtVar == 'BPA') {
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
aux <- Klokebok[Klokebok$navn_i_rapporteket == valgtVar, c("listeverdier", "listetekst")]
aux <- aux[order(as.numeric(aux$listeverdier)), ]
gr <- as.numeric(aux$listeverdier)
grtxt <- aux$listetekst
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Brukerstyrt personlig assistent (BPA)'
}
if (valgtVar == 'Arbeid') {
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
aux <- Klokebok[Klokebok$navn_i_rapporteket == valgtVar, c("listeverdier", "listetekst")]
aux <- aux[order(as.numeric(aux$listeverdier)), ]
gr <- as.numeric(aux$listeverdier)
grtxt <- aux$listetekst
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'I arbeid/utdanning'
retn <- 'H'
}
if (valgtVar == 'Uforetrygd') {
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
aux <- Klokebok[Klokebok$navn_i_rapporteket == valgtVar, c("listeverdier", "listetekst")]
aux <- aux[order(as.numeric(aux$listeverdier)), ]
gr <- as.numeric(aux$listeverdier)
grtxt <- aux$listetekst
# grtxt <- iconv(aux$listetekst, from = '', to = '') # aux$listetekst
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Uf\u00F8retrygd'
retn <- 'H'
}
if (valgtVar == 'Sivilstatus') {
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
aux <- Klokebok[Klokebok$navn_i_rapporteket == valgtVar, c("listeverdier", "listetekst")]
aux <- aux[order(as.numeric(aux$listeverdier)), ]
gr <- as.numeric(aux$listeverdier)
grtxt <- aux$listetekst
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Sivilstatus'
retn <- 'H'
}
if (valgtVar == 'MedikBehandling') {
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
aux <- Klokebok[Klokebok$navn_i_rapporteket == valgtVar, c("listeverdier", "listetekst")]
aux <- aux[order(as.numeric(aux$listeverdier)), ]
gr <- as.numeric(aux$listeverdier)
grtxt <- aux$listetekst
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Medikamentell behandling'
}
if (valgtVar == 'TypeMedikBehandling') {
tittel <- c('Type medikamentell behandling')
RegData <- RegData[which(RegData$MedikBehandling==1), ] # Kun for de med medikamentell behandling
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ] # Per pasient, velger nyeste registrering
AntVar <- colSums(RegData[, c("Steroider", "Smertestillende", "Antiarytmika", "ACEHemmer", "AnnetHjerteMed", "AnnenMedikBeh")], na.rm = T)
N <- dim(RegData)[1]
NVar<-rep(N, length(AntVar))
grtxt <- c("Steroider", "Smertestillende", "Antiarytmika", "ACE-hemmer", "Andre hjertemed.", "Annet")
retn='H'
}
if (valgtVar == 'Diagnoser_muskel') {
RegData$Variabel <- as.character(RegData$DiagICD10)
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr == 1, ]
aux <- sort(table(RegData$Variabel), decreasing = T)
grtxt <- names(aux)
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=grtxt)
N_colwise <- T
# RegData$VariabelGr <- as.factor(RegData$Variabel)
# grtxt <- levels(RegData$VariabelGr)
tittel <- 'Fordeling av diagnoser blandt muskelsykdommer'
subtxt <- 'Diagnosekoder'
retn <- 'H'
# cexgr <- .8
}
if (valgtVar == 'Diagnoser_atrofier') {
RegData$Variabel <- as.character(RegData$DiagICD10)
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr == 2, ]
RegData$VariabelGr <- as.factor(RegData$Variabel)
grtxt <- levels(RegData$VariabelGr)
tittel <- 'Fordeling av diagnoser blandt spinale muskelatrofier'
subtxt <- 'Diagnosekoder'
# cexgr <- .8
}
if (valgtVar == 'Diagnoser_nevropatier') {
RegData$Variabel <- as.character(RegData$DiagICD10)
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr == 3, ]
RegData$VariabelGr <- as.factor(RegData$Variabel)
grtxt <- levels(RegData$VariabelGr)
tittel <- 'Fordeling av diagnoser blandt polynevropatier'
subtxt <- 'Diagnosekoder'
# cexgr <- .8
}
if (valgtVar == 'DiagICD10') {
# RegData$VariabelGr <- as.character(RegData$DiagICD10)
RegData$VariabelGr <- RegData$DiagICD10
RegData <- RegData[RegData$VariabelGr!='', ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
aux <- sort(table(RegData$VariabelGr[RegData$VariabelGr!='']), decreasing = T)
# RegData$VariabelGr[RegData$VariabelGr==''] <- 'Ikke registrert'
# grtxt <- c(names(aux), 'Ikke registrert')
grtxt <- names(aux)
# gr <- 1:length(grtxt)
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$VariabelGr, levels=grtxt)
N_colwise <- T
# RegData$VariabelGr <- as.factor(RegData$VariabelGr)
# grtxt <- levels(RegData$VariabelGr)
tittel <- 'Fordeling av diagnoser'
subtxt <- 'Diagnosekoder'
retn <- 'H'
# cexgr <- .6
}
if (valgtVar == 'Muskeldystrofier') {
RegData <- RegData[RegData$DiagICD10 == c('G71.0') | RegData$Undergruppe %in% c(20, 21),]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$Undergruppe[is.na(RegData$Undergruppe)] <- 9999
RegData$Undergruppe_label <- as.character(RegData$Undergruppe_label)
RegData$Undergruppe_label[RegData$Undergruppe==9999] <- 'Ikke registrert'
aux <- sort(table(RegData$Undergruppe_label), decreasing = T)
grtxt <- names(aux)
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Undergruppe_label, levels=grtxt)
N_colwise <- T
tittel <- 'Fordeling av undergrupper av muskeldystrofier'
subtxt <- 'Diagnoser'
cexgr <- .8
retn='H'
}
if (valgtVar == 'SMA') {
RegData <- RegData[which(RegData$DiagICD10 %in% c('G12.0', 'G12.1', 'G12.8', 'G12.9')), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
# RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
# RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$Undergruppe_label <- as.character(RegData$Undergruppe_label)
RegData$Undergruppe[which(RegData$Undergruppe == 1090)] <- 1080
RegData$Undergruppe[which(RegData$DiagICD10 == 'G12.9')] <- 10000
RegData$Undergruppe_label[which(RegData$DiagICD10 == 'G12.9')] <- 'Uspesifisert SMA'
RegData$Undergruppe_label[which(RegData$Undergruppe == 2080)] <- 'Usikker undergruppe'
RegData$Undergruppe_label[which(RegData$Undergruppe_label == '')] <- 'Ingen undergruppe'
aux <- sort(table(RegData$Undergruppe_label), decreasing = T)
grtxt <- names(aux)
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Undergruppe_label, levels=grtxt)
N_colwise <- T
# gr <- sort(unique(RegData$Undergruppe))
# grtxt <- RegData$Undergruppe_label[match(gr, RegData$Undergruppe)]
# RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Undergruppe, levels=gr, labels=grtxt)
tittel <- 'Fordeling av spinal muskelatrofi'
subtxt <- 'Diagnoser'
cexgr <- .8
retn='H'
}
if (valgtVar == 'SMA_periodiskepar') {
RegData <- RegData[which(RegData$Undergruppe %in% c(70, 81, 82, 83)), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
gr <- c(70, 81, 82, 83)
grtxt <- RegData$Undergruppe_label[match(gr, RegData$Undergruppe)]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Undergruppe, levels = gr, labels = grtxt)
retn= 'H'
incl_N=T
tittel <- 'Fordeling av spinal muskelatrofi'
subtxt <- 'Diagnoser'
cexgr <- .8
retn='H'
}
if (valgtVar == 'LGMD') {
# RegData <- RegData[RegData$Undergruppe_label == 'Limb-girdle muskeldystrofi',]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData <- RegData[RegData$Undergruppe_label == 'Limb-girdle muskeldystrofi',]
RegData$Undergruppe2[is.na(RegData$Undergruppe2)] <- 9999
RegData$Undergruppe2_label <- as.character(RegData$Undergruppe2_label)
RegData$Undergruppe2_label[RegData$Undergruppe2==9999] <- 'Ikke registrert'
RegData$Undergruppe2_label[RegData$Undergruppe2==7] <- 'LGMD2C (gamma-sarkoglykan)'
## Ad-hoc løsning til årsrapport
aux <- sort(table(RegData$Undergruppe2_label), decreasing = T)
grtxt <- names(aux)
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Undergruppe2_label, levels=grtxt)
N_colwise <- T
tittel <- c('Fordeling av undergrupper av', 'Limb-girdle muskeldystrofi')
subtxt <- 'Diagnoser'
cexgr <- .8
retn='H'
}
if (valgtVar == 'CMT') {
### Må avklare behandling av "Usikker undergruppe"
RegData <- RegData[RegData$Undergruppe %in% c(100:104, 1100, 2100),]
RegData$Undergruppe2[which(RegData$Undergruppe == 1100)] <- 1100
RegData$Undergruppe2[which(RegData$Undergruppe == 2100)] <- 2100
RegData$Undergruppe2[which(RegData$Undergruppe2 %in% 1100:1104)] <- 1100
RegData$Undergruppe2[which(RegData$Undergruppe2 %in% 2100:2104)] <- 2100
RegData$Undergruppe2_label <- as.character(RegData$Undergruppe2_label)
RegData$Undergruppe2_label[which(RegData$Undergruppe == 1100)] <- 'Annen'
RegData$Undergruppe2_label[which(RegData$Undergruppe == 2100)] <- 'Ukjent undergruppe'
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
aux <- sort(table(RegData$Undergruppe2_label), decreasing = T)
grtxt <- names(aux)
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Undergruppe2_label, levels=grtxt)
N_colwise <- T
# gr <- sort(unique(RegData$Undergruppe2))
# grtxt <- RegData$Undergruppe2_label[match(gr, RegData$Undergruppe2)]
# RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Undergruppe2, levels=gr, labels=grtxt)
tittel <- c('Fordeling av undergrupper av', 'Charcot Marie Tooth')
subtxt <- 'Diagnoser'
cexgr <- .8
retn='H'
}
if (valgtVar == 'HjerteAff_DM1') {
# RegData <- RegData[which(RegData$Undergruppe %in% c(20, 21) | (RegData$Undergruppe == 4 & RegData$Undergruppe2 == 13)),]
RegData <- RegData[which(RegData$Undergruppe %in% c(20)), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$Variabel <- RegData$HjerteAff
grtxt <- c('Nei', 'Ja', 'Er henvist kardiolog', 'Ukjent')
gr <- c(0:2, 9)
RegData <- RegData[RegData$Variabel %in% gr, ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Hjerteaffeksjon (%) ved DM 1'
# RegData$Gr <- RegData$Undergruppe
# RegData$Gr <- factor(RegData$Undergruppe, levels = c(20, 21, 4), labels = c('DM1', 'DM2', 'FKRP'))
stabel <- F
}
if (valgtVar == 'HjerteAff_DM2') {
# RegData <- RegData[which(RegData$Undergruppe %in% c(20, 21) | (RegData$Undergruppe == 4 & RegData$Undergruppe2 == 13)),]
RegData <- RegData[which(RegData$Undergruppe %in% c(21)), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$Variabel <- RegData$HjerteAff
grtxt <- c('Nei', 'Ja', 'Er henvist kardiolog', 'Ukjent')
gr <- c(0:2, 9)
RegData <- RegData[RegData$Variabel %in% gr, ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Hjerteaffeksjon (%) ved DM 2'
# RegData$Gr <- RegData$Undergruppe
# RegData$Gr <- factor(RegData$Undergruppe, levels = c(20, 21, 4), labels = c('DM1', 'DM2', 'FKRP'))
stabel <- F
}
if (valgtVar == 'HjerteAff_LGMD2I') {
# RegData <- RegData[which(RegData$Undergruppe %in% c(20, 21) | (RegData$Undergruppe == 4 & RegData$Undergruppe2 == 13)),]
RegData <- RegData[which(RegData$Undergruppe == 4 & RegData$Undergruppe2 == 13), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$Variabel <- RegData$HjerteAff
grtxt <- c('Nei', 'Ja', 'Er henvist kardiolog', 'Ukjent')
gr <- c(0:2, 9)
RegData <- RegData[RegData$Variabel %in% gr, ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Hjerteaffeksjon (%) ved LGMD2I (Fkrp)'
# RegData$Gr <- RegData$Undergruppe
# RegData$Gr <- factor(RegData$Undergruppe, levels = c(20, 21, 4), labels = c('DM1', 'DM2', 'FKRP'))
stabel <- F
}
if (valgtVar == 'HjerteAff_samlet') {
tittel <- c('Hjerteaffeksjon')
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData$Variabel <- RegData[, "HjerteAff"]
gr <- c(0,1,2,9)
grtxt <- c('Nei', 'Ja', 'Henvist kardiolog', 'Ukjent')
RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% gr), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
RegData$Gr <- NA
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe %in% c(20))] <- 1
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe %in% c(21))] <- 2
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe == 4 & RegData$Undergruppe2 == 13)] <- 3
RegData <- RegData[which(RegData$Gr %in% 1:3), ]
RegData$Gr <- factor(RegData$Gr, levels = 1:3, labels = c('Dystrophia myotonica 1', 'Dystrophia myotonica 2', 'LGMD 2I'))
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
stabel <- 0
}
if (valgtVar == 'HyppighetEKG_Holter') {
tittel <- c('Hyppighet EKG/Holter', 'blant de med hjerteoppf\u00F8lging')
RegData <- RegData[which(RegData$Hjerteoppfoelging==1), ]
RegData$HyppighetEKG[is.na(RegData$HyppighetEKG)] <- 4
RegData$HyppighetRytmereg[is.na(RegData$HyppighetRytmereg)] <- 4
RegData$Variabel <- pmin(RegData$HyppighetEKG, RegData$HyppighetRytmereg)
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
gr <- c(1,2,3, 4)
grtxt <- c('\u00C5rlig', 'Annethvert \u00E5r', 'Sjeldnere', 'Ukjent')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar == 'HyppighetEKG') {
tittel <- c('Hyppighet EKG', 'blant de med hjerteoppf\u00F8lging')
RegData$Variabel <- RegData[, "HyppighetEKG"]
RegData <- RegData[which(RegData$Hjerteoppfoelging==1), ]
# RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
RegData$Variabel[is.na(RegData$Variabel)] <- 4
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
gr <- c(1,2,3, 4)
grtxt <- c('\u00C5rlig', 'Annethvert \u00E5r', 'Sjeldnere', 'Ukjent')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar == 'HyppighetUltralyd') {
tittel <- c('Hyppighet ultralyd', 'blant de med hjerteoppf\u00F8lging')
RegData$Variabel <- RegData[, "HyppighetUltralyd"]
RegData <- RegData[which(RegData$Hjerteoppfoelging==1), ]
# RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
RegData$Variabel[is.na(RegData$Variabel)] <- 4
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
gr <- c(1,2,3,4)
grtxt <- c('\u00C5rlig', 'Annethvert \u00E5r', 'Sjeldnere', 'Ukjent')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar == 'HjerteAff_samlet_2') {
tittel <- c('Hjerteaffeksjon')
# RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData$Variabel <- RegData[, "HjerteAff"]
gr <- c(0,1,2,9)
grtxt <- c('Nei', 'Ja', 'Henvist kardiolog', 'Ukjent')
RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% gr), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
RegData$Gr <- NA
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe %in% c(20))] <- 1
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe %in% c(21))] <- 2
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe == 4 & RegData$Undergruppe2 == 13)] <- 3
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe == 1)] <- 4
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe == 2)] <- 5
RegData <- RegData[which(RegData$Gr %in% 1:5), ]
RegData$Gr <- factor(RegData$Gr, levels = 1:5, labels = c('DM1', 'DM2', 'LGMD2I', 'DMD', 'BMD'))
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
stabel <- 1
}
if (valgtVar == 'HjerteAff') {
tittel <- c('Hjerteaffeksjon')
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData$Variabel <- RegData[, "HjerteAff"]
gr <- c(0,1,2,9)
grtxt <- c('Nei', 'Ja', 'Henvist kardiolog', 'Ukjent')
RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% gr), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
stabel <- 0
}
if (valgtVar == 'Hjerteoppf') {
tittel <- c('Hjerteoppf\u00F8lging')
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData$Variabel <- RegData[ , "Hjerteoppfoelging"]
gr <- c(0,1,8,9)
grtxt <- c('Nei', 'Ja', 'Ikke relevant', 'Ukjent')
RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% gr), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
stabel <- 0
}
if (valgtVar == 'Hjerteoppf_samlet') {
tittel <- c('Hjerteoppf\u00F8lging')
# RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData$Variabel <- RegData[, "Hjerteoppfoelging"]
RegData$Variabel[is.na(RegData$Variabel)] <- 9
gr <- c(0,1,8,9)
grtxt <- c('Nei', 'Ja', 'Ikke relevant', 'Ukjent')
RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% gr), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
RegData$Gr <- NA
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe %in% c(20))] <- 1
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe %in% c(21))] <- 2
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe == 4 & RegData$Undergruppe2 == 13)] <- 3
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe == 1)] <- 4
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe == 2)] <- 5
RegData <- RegData[which(RegData$Gr %in% 1:5), ]
RegData$Gr <- factor(RegData$Gr, levels = 1:5, labels = c('DM1', 'DM2', 'LGMD2I', 'DMD', 'BMD'))
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
stabel <- 1
}
if (valgtVar == 'SympFamilie') {
tittel <- c('Tilsvarende sykdom/symptomer i familien')
RegData$Variabel <- RegData[ ,valgtVar]
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ] # Fjerner tomme reg.
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ] # Per pasient, velger nyeste registrering
gr <- c(0,1,9)
grtxt <- c('Nei', 'Ja', 'Ukjent')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
# retn='H'
}
if (valgtVar == 'RespStotte') {
tittel <- c('Respirasjonsst\u00F8tte')
RegData$Variabel <- RegData$RespStotte
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ] # Fjerner tomme reg.
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ] # Per pasient, velger nyeste registrering
gr <- c(0,1,9)
grtxt <- c('Nei', 'Ja', 'Ukjent')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
# retn='H'
}
if (valgtVar == 'TypeHjerteaffeksjon') {
tittel <- c('Type hjerteaffeksjon')
RegData <- RegData[which(RegData$HjerteAff==1), ] # Kun for de med hjerteaffekson
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ] # Per pasient, velger nyeste registrering
AntVar <- colSums(RegData[, c("Kardiomyopati", "Hjertearytmi", "HjerteAffAnnet")])
N <- dim(RegData)[1]
NVar<-rep(N, length(AntVar))
grtxt <- c("Kardiomyopati", "Hjertearytmi", "Annen hjerteaffeksjon")
retn='H'
}
if (valgtVar == 'TypeHjerteaffeksjonSamletDM1_LGMD2I') {
tittel <- c('Type hjerteaffeksjon')
RegData <- RegData[which(RegData$HjerteAff==1), ] # Kun for de med hjerteaffekson
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ] # Per pasient, velger nyeste registrering
RegData$Gr <- NA
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe %in% c(20))] <- 1
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe == 4 & RegData$Undergruppe2 == 13)] <- 2
RegData <- RegData[which(RegData$Gr %in% 1:2), ]
RegData$Gr <- factor(RegData$Gr, levels = 1:2, labels = c('Dystrophia myotonica 1', 'LGMD 2I'))
AntVar <- aggregate(RegData[, c("Kardiomyopati", "Hjertearytmi", "HjerteAffAnnet")], by=list(RegData$Gr), sum)
names(AntVar)[names(AntVar)=="HjerteAffAnnet"]<- "Annen hjerteaffeksjon"
NVar<-tapply(RegData$Gr, RegData$Gr, length)
# N <- dim(RegData)[1]
# NVar<-rep(N, length(AntVar)-1)
# grtxt <- c("Kardiomyopati", "Hjertearytmi", "HjerteAffAnnet")
retn='H'
flerevar <- 1
stabel <- 0
}
if (valgtVar == 'Arbeid_LGMD2I') {
RegData <- RegData[which(RegData$Undergruppe == 4 & RegData$Undergruppe2 == 13), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$Variabel <- RegData$Uforetrygd
RegData$Variabel[RegData$Variabel %in% 2:6] <- 2
gr <- c(0, 1, 2, 7, 9)
grtxt <- c('Arbeidsf\u00F8r', 'Helt uf\u00F8r', 'Delvis uf\u00F8r','Langtidssykemelding/\n arbeidsavklaringspenger', 'Ukjent')
RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% gr), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Arbeidsuf\u00F8rhet: LGMD2I'
stabel <- F
retn='H'
N_colwise <- T
}
if (valgtVar == 'Arbeid_LGMD') {
RegData <- RegData[which(RegData$Undergruppe==4), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$Variabel <- RegData$Uforetrygd
RegData$Variabel[RegData$Variabel %in% 2:6] <- 2
gr <- c(0, 1, 2, 7, 9)
grtxt <- c('Arbeidsf\u00F8r', 'Helt uf\u00F8r', 'Delvis uf\u00F8r','Langtidssykemelding/\n arbeidsavklaringspenger', 'Ukjent')
RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% gr), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Arbeidsuf\u00F8rhet: Limb-girdle muskeldystrofi'
stabel <- F
retn='H'
N_colwise <- T
}
if (valgtVar == 'Arbeid_DM1') {
RegData <- RegData[which(RegData$Undergruppe %in% c(20)), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$Variabel <- RegData$Uforetrygd
RegData$Variabel[RegData$Variabel %in% 2:6] <- 2
gr <- c(0, 1, 2, 7, 9)
grtxt <- c('Arbeidsf\u00F8r', 'Helt uf\u00F8r', 'Delvis uf\u00F8r','Langtidssykemelding/\n arbeidsavklaringspenger', 'Ukjent')
RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% gr), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Arbeidsuf\u00F8rhet: Dystrophia myotonica type 1'
stabel <- F
retn='H'
N_colwise <- T
}
if (valgtVar == 'Arbeid_DM2') {
RegData <- RegData[which(RegData$Undergruppe %in% c(21)), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$Variabel <- RegData$Uforetrygd
RegData$Variabel[RegData$Variabel %in% 2:6] <- 2
gr <- c(0, 1, 2, 7, 9)
grtxt <- c('Arbeidsf\u00F8r', 'Helt uf\u00F8r', 'Delvis uf\u00F8r','Langtidssykemelding/\n arbeidsavklaringspenger', 'Ukjent')
RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% gr), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Arbeidsuf\u00F8rhet: Dystrophia myotonica type2 (PROMM)'
stabel <- F
retn='H'
N_colwise <- T
}
if (valgtVar == 'Arbeid_CMT') {
RegData <- RegData[which(RegData$DiagICD10 == 'G60.0'), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$Variabel <- RegData$Uforetrygd
RegData$Variabel[RegData$Variabel %in% 2:6] <- 2
gr <- c(0, 1, 2, 7, 9)
grtxt <- c('Arbeidsf\u00F8r', 'Helt uf\u00F8r', 'Delvis uf\u00F8r','Langtidssykemelding/\n arbeidsavklaringspenger', 'Ukjent')
RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% gr), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Arbeidsuf\u00F8rhet: Charcot Marie Tooth'
stabel <- F
retn='H'
N_colwise <- T
}
if (valgtVar == 'AndelGenVerifisert') { # per pasient
grtxt <- c('Ja', 'Nei', 'Ukjent', 'Ikke registrert')
RegData <- RegData[which(RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3)), ]
# SamletPrPID <- aggregate(RegData[, c("GenetiskAarsakPaavist")], ####### KOMMENTER INN HVIS DET HOLDER AT GENETISK VERIFISERING
# by=list(RegData$PasientID), function(x){if (1 %in% x) {y <- 1} else ####### NOEN GANG ER REGISTRERT
# {if (0 %in% x) {y <- 0} else {if (9 %in% x) {y <- 9} else {y <- 99}}}})
# names(SamletPrPID)[names(SamletPrPID)=='x'] <- 'VariabelGr'
# RegData <- merge(RegData, SamletPrPID, by.x = 'PasientID', by.y = 'Group.1')
RegData$VariabelGr <- RegData$GenetiskAarsakPaavist
RegData$VariabelGr[is.na(RegData$VariabelGr)] <- 99
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$VariabelGr, levels = c(1,0,9,99), labels = grtxt)
RegData$Gr <- RegData$Diagnosegr
RegData$Gr <- factor(RegData$Gr, levels = 1:3, labels = c('Muskelsykdommer', 'Spinal muskelatrofi', 'Polynevropati'))
tittel <- c('Andel pasienter med genetisk verifisert diagnose')
}
if (valgtVar == 'AndelGenVerifisertSpes') { # per pasient
grtxt <- c('Ja', 'Nei', 'Ukjent', 'Ikke registrert')
RegData <- RegData[which(RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3)), ]
RegData <- RegData[which(!(RegData$DiagICD10 %in% c('G71.9', 'G12.9', 'G60.9'))), ]
SamletPrPID <- aggregate(RegData[, c("GenetiskAarsakPaavist")],
by=list(RegData$PasientID), function(x){if (1 %in% x) {y <- 1} else
{if (0 %in% x) {y <- 0} else {if (9 %in% x) {y <- 9} else {y <- 99}}}})
names(SamletPrPID)[names(SamletPrPID)=='x'] <- 'VariabelGr'
RegData <- merge(RegData, SamletPrPID, by.x = 'PasientID', by.y = 'Group.1')
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$VariabelGr, levels = c(1,0,9,99), labels = grtxt)
RegData$Gr <- RegData$Diagnosegr
RegData$Gr <- factor(RegData$Gr, levels = 1:3, labels = c('Muskelsykdommer', 'Spinal muskelatrofi', 'Polynevropati'))
tittel <- c('Andel pasienter med genetisk verifisert diagnose', 'av de med spesifikk diagnose')
# stabel <- 0
}
if (valgtVar == 'AndelGenVerifisert_subgr') { # per pasient
grtxt <- c('Ja', 'Nei', 'Ukjent', 'Ikke registrert')
RegData$VariabelGr <- RegData$GenetiskAarsakPaavist
RegData$VariabelGr[is.na(RegData$VariabelGr)] <- 99
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$VariabelGr, levels = c(1,0,9,99), labels = grtxt)
RegData$Gr <- NA
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe %in% c(70,81:83))] <- 1
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe == 4)] <- 2
RegData$Gr[which(RegData$DiagICD10 == 'G60.0')] <- 3
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Gr), ]
RegData$Gr <- factor(RegData$Gr, levels = 1:3, labels = c('SMA 1-4', 'LGMD', 'CMT'))
tittel <- c('Andel pasienter med genetisk verifisert diagnose')
}
if (valgtVar == 'AndelGenVerifisertSpesUndergr') { # per pasient
tittel <- c('Andel pasienter med genetisk verifisert diagnose', 'pr. diagnose')
subtxt <- 'Diagnoser'
grtxt <- c('Ja', 'Nei', 'Ukjent', 'Ikke registrert')
RegData <- RegData[which(as.character(RegData$DiagICD10) %in% grtxt), ]
SamletPrPID <- aggregate(RegData[, c("GenetiskAarsakPaavist")],
by=list(RegData$PasientID), function(x){if (1 %in% x) {y <- 1} else
{if (0 %in% x) {y <- 0} else {if (9 %in% x) {y <- 9} else {y <- 99}}}})
names(SamletPrPID)[names(SamletPrPID)=='x'] <- 'VariabelGr'
RegData <- merge(RegData, SamletPrPID, by.x = 'PasientID', by.y = 'Group.1')
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$VariabelGr, levels = c(1,0,9,99), labels = grtxt)
RegData$Gr <- as.factor(as.character(RegData$DiagICD10))
# RegData$Gr <- factor(RegData$Gr, levels = 1:3, labels = sort(c('G71.0', 'G71.1', 'G71.2', 'G71.3', 'G12.0', 'G12.1', 'G60.0')))
}
if (valgtVar == 'PsykiskHelsetjeneste_subgr') { # per pasient
grtxt <- c('Ja', 'Nei', 'Ikke relevant', 'Ukjent')
RegData$VariabelGr <- RegData$PsykiskHelsetjeneste
RegData <- RegData[!is.na(RegData$VariabelGr), ]
# RegData$VariabelGr[is.na(RegData$VariabelGr)] <- 99
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$VariabelGr, levels = c(1,0,8,9), labels = grtxt)
RegData$Gr <- NA
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe == 20)] <- 1
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe == 21)] <- 2
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe == 4)] <- 3
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Gr), ]
RegData$Gr <- factor(RegData$Gr, levels = 1:3, labels = c('DM1', 'DM2', 'LGMD'))
tittel <- c('Psykisk helsetjeneste')
}
if (valgtVar == 'Kostveiledning_subgr') { # per pasient
grtxt <- c('Ja', 'Nei', 'Ikke relevant', 'Ukjent')
RegData <- RegData[which(RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3)), ]
RegData$VariabelGr <- RegData$TilbudKostveiledning
RegData <- RegData[!is.na(RegData$VariabelGr), ]
# RegData$VariabelGr[is.na(RegData$VariabelGr)] <- 99
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$VariabelGr, levels = c(1,0,8,9), labels = grtxt)
RegData$Gr <- factor(RegData$Diagnosegr, levels = 1:3, labels = c('Muskelsykdommer', 'Spinal muskelatrofi', 'Polynevropati'))
tittel <- 'Tilbud om kostveiledning'
}
if (valgtVar == 'DiagByggerPaa') { # per pasient
SamletPrPID <- aggregate(RegData[, c("DiagAnamese", 'DiagEMG', 'DiagCK', 'DiagDNA', 'DiagBiopsi')],
by=list(RegData$PasientID), max, na.rm = TRUE)
N <- dim(SamletPrPID)[1]
AntVar <- colSums(SamletPrPID[,-1], na.rm = T)
NVar<-rep(N, length(AntVar))
grtxt <- c('Anamnese/klinisk\n unders\u00F8kelse', 'EMG/Nevrografi', 'CK', 'DNA-unders\u00F8kelse', 'Muskelbiopsi')
tittel <- c('Diagnose bygger p\u00E5')
retn='H'
}
if (valgtVar == 'DiagByggerPaa_v2') { # Kun for DNA og Biopsi
RegData <- RegData[which(RegData$Undergruppe %in% 1:2), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$Variabel <- 99
RegData$Variabel[RegData$DiagBiopsi == 1] <- 1
RegData$Variabel[RegData$DiagDNA == 1] <- 2
RegData$Variabel[RegData$DiagBiopsi == 1 & RegData$DiagDNA == 1] <- 3
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = c(1,2,3,99), labels = c('Biopsi', 'Gentest', 'Biopsi og gentest',
'Ingen/ukjent'))
grtxt <- c('Biopsi alene', 'Gentest alene', 'Biopsi og gentest', 'Ingen/annen/ukjent')
tittel <- c('DMD/BMD-diagnose bygger p\u00E5')
retn='H'
}
if (valgtVar == 'KonkrUndGrDuchBeck') { # per pasient
RegData <- RegData[which(RegData$Undergruppe %in% 1:2), ]
SamletPrPID <- aggregate(RegData[, c("Delesjon", "PunktMutasjon", "Duplikasjon")], #, 'GenetiskAarsakPaavist'
by=list(RegData$PasientID), max, na.rm = TRUE)
N <- dim(SamletPrPID)[1]
AntVar <- colSums(SamletPrPID[,-1], na.rm = T)
NVar<-rep(N, length(AntVar))
grtxt <- names(AntVar)
tittel <- c('Mutasjonstype ved Duchenne/Becker')
retn='H'
}
if(!inkl_tittel) {tittel <- ''}
PlotParams <- list(RegData=RegData, tittel=tittel, grtxt=grtxt, grtxt2=grtxt2, subtxt=subtxt, flerevar=flerevar,
retn=retn, cexgr=cexgr, AntVar=AntVar, NVar=NVar, stabel=stabel, incl_N=incl_N, N_colwise=N_colwise)
return(invisible(PlotParams))
}
Rapporteket/muskel documentation built on June 9, 2025, 4:49 p.m.
R Package Documentation
Browse R Packages
We want your feedback!
Note that we can't provide technical support on individual packages. You should contact the package authors for that.
Defines functions MuskelPrepVar
Documented in MuskelPrepVar
#' Preparer variabler for plotting
#'
#' Denne funksjonen grupperer og klargjør variabler for andelsplot
#'
#' Her kan detaljer skrives
#'
#' @inheritParams MuskelFigAndeler
#'
#' @return PrepData En liste med plotrelevante størrelser
#'
#' @export
#'
MuskelPrepVar <- function(RegData, valgtVar, inkl_tittel=T)
{
retn= 'V'; tittel <- ''; AntVar <- NA; NVar <- NA; stabel <- 1; flerevar <- 0
cexgr <- 1.0; grtxt <- ''; grtxt2 <- ''; subtxt <- ''; incl_N=F; N_colwise=F;
Klokebok <- read.table(system.file('extdata', 'Muskelregisteret_klokeboken.csv_28.02.2018.csv', package = 'muskel'),
header=TRUE, sep=';', stringsAsFactors = F, fileEncoding = 'UTF-8-BOM')
if (valgtVar == 'OppfAar') {
tittel <- 'Oppf\u00F8lginger etter \u00E5r'
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
gr <- sort(unique(RegData$Aar))
grtxt <- as.character(gr)
RegData$Variabel <- RegData[, 'Aar']
RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% gr), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
# RegData$Gr <- factor(RegData$Diagnosegr_label)
}
if (valgtVar=='PeriodiskeParalyser') {
tittel <- 'Myotonier/Periodiske paralyser'
RegData$Variabel <- RegData$Undergruppe
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ] # Tar ut nyeste registrering
gr <- c(22, 23, 24, 25, 60, 61, 1060, 2060)
RegData <- RegData[RegData$Variabel %in% gr, ]
grtxt <- RegData$Undergruppe_label[match(gr, RegData$Undergruppe)]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
retn= 'H'
incl_N=T
}
if (valgtVar=='Alder') {
RegData$Variabel <- RegData$AlderVreg
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ] # Tar ut nyeste registrering
tittel <- 'Alder ved f\u00F8rstegangsregistrering'
#bør ha med at alder per rapportdata sys.date...
gr <- c(0, seq(10, 80, 10), 120) #c(0,16,31,46,61,76,200)
RegData$VariabelGr <- cut(RegData$Variabel, breaks=gr, include.lowest=TRUE, right=FALSE)
grtxt <- c(levels(RegData$VariabelGr)[1:(length(gr)-2)], '80+')
subtxt <- 'Aldersgrupper'
}
if (valgtVar=='AlderDagens') {
RegData$Variabel <- RegData$Alder
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ] # Tar ut nyeste registrering
tittel <- 'Dagens alder'
#bør ha med at alder per rapportdata sys.date...
gr <- c(0, seq(10, 80, 10), 120) #c(0,16,31,46,61,76,200)
RegData$VariabelGr <- cut(RegData$Variabel, breaks=gr, include.lowest=TRUE, right=FALSE)
grtxt <- c(levels(RegData$VariabelGr)[1:(length(gr)-2)], '80+')
subtxt <- 'Aldersgrupper'
}
if (valgtVar=='AlderDagensUnge') {
RegData$Variabel <- RegData$Alder
RegData <- RegData[RegData$ForlopsType1Num == 1, ]
RegData <- RegData[which(RegData$Alder <= 17), ]
tittel <- 'Aldersfordeling blant mindre\u00E5rige pasienter'
gr <- c(0, seq(3, 15, 3), 17) #c(0,16,31,46,61,76,200)
RegData$VariabelGr <- cut(RegData$Variabel, breaks=gr, include.lowest=TRUE, right=FALSE)
grtxt <- levels(RegData$VariabelGr)
subtxt <- 'Aldersgrupper'
}
if (valgtVar=='DebutAlder') {
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ] # Tar ut nyeste registrering
# RegData <- RegData[RegData$ForlopsType1Num == 1, ]
tittel <- 'Alder ved debut'
#bør ha med at alder per rapportdata sys.date...
gr <- c(0, seq(10, 80, 10), 120) #c(0,16,31,46,61,76,200)
RegData$VariabelGr <- cut(RegData$Variabel, breaks=gr, include.lowest=TRUE, right=FALSE)
grtxt <- c(levels(RegData$VariabelGr)[1:(length(gr)-2)], '80+')
subtxt <- 'Aldersgrupper'
}
if (valgtVar=='DiagnoseAlder') {
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ] # Tar ut nyeste registrering
# RegData <- RegData[RegData$ForlopsType1Num == 1, ]
tittel <- 'Alder ved diagnose'
#bør ha med at alder per rapportdata sys.date...
gr <- c(0, seq(10, 80, 10), 120) #c(0,16,31,46,61,76,200)
RegData$VariabelGr <- cut(RegData$Variabel, breaks=gr, include.lowest=TRUE, right=FALSE)
grtxt <- c(levels(RegData$VariabelGr)[1:(length(gr)-2)], '80+')
subtxt <- 'Aldersgrupper'
}
if (valgtVar == 'Fysioterapi') {
tittel <- 'Andel som f\u00E5r fysioterapi'
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
# grtxt <- c('Nei, men behov', 'Ja', 'Ikke behov', 'Ukjent')
aux <- Klokebok[Klokebok$navn_i_rapporteket == valgtVar, c("listeverdier", "listetekst")]
aux <- aux[order(as.numeric(aux$listeverdier)), ]
gr <- as.numeric(aux$listeverdier)
grtxt <- aux$listetekst
# gr <- c(0:2, 9)
# gr <- sort(as.numeric(Klokebok$listeverdier[Klokebok$navn_i_rapporteket == valgtVar]))
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% gr), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
RegData$Gr <- factor(RegData$Diagnosegr_label)
}
if (valgtVar == 'Fysioterapi_nord') {
tittel <- 'Andel som f\u00E5r fysioterapi'
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData=RegData[which(RegData$Fylke %in% c('TROMS', 'FINNMARK', 'NORDLAND')), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
# grtxt <- c('Nei, men behov', 'Ja', 'Ikke behov', 'Ukjent')
aux <- Klokebok[Klokebok$navn_i_rapporteket == 'Fysioterapi', c("listeverdier", "listetekst")]
aux <- aux[order(as.numeric(aux$listeverdier)), ]
gr <- as.numeric(aux$listeverdier)
grtxt <- aux$listetekst
# gr <- c(0:2, 9)
# gr <- sort(as.numeric(Klokebok$listeverdier[Klokebok$navn_i_rapporteket == valgtVar]))
RegData$Variabel <- RegData[, 'Fysioterapi']
RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% gr), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
RegData$Gr <- as.factor(as.character(RegData$Fylke))
stabel <- 0
}
if (valgtVar == 'Fysioterapi_sor') {
tittel <- 'Andel som f\u00E5r fysioterapi'
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData=RegData[which(RegData$Fylke %in% c('OSLO', 'AKERSHUS')), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
# grtxt <- c('Nei, men behov', 'Ja', 'Ikke behov', 'Ukjent')
aux <- Klokebok[Klokebok$navn_i_rapporteket == 'Fysioterapi', c("listeverdier", "listetekst")]
aux <- aux[order(as.numeric(aux$listeverdier)), ]
gr <- as.numeric(aux$listeverdier)
grtxt <- aux$listetekst
# gr <- c(0:2, 9)
# gr <- sort(as.numeric(Klokebok$listeverdier[Klokebok$navn_i_rapporteket == valgtVar]))
RegData$Variabel <- RegData[, 'Fysioterapi']
RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% gr), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
RegData$Gr <- as.factor(as.character(RegData$Fylke))
stabel <- 0
}
if (valgtVar == 'AndelSteroider') { #### Hvilken alder?!!!!!!
tittel <- c('Andel pr. aldersgruppe med steroidbehandling')
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Steroider), ]
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
gr <- c(0,4,6,9,13,18,25,31,120) #c(0,16,31,46,61,76,200)
RegData$aldersgr <- cut(RegData$Alder, breaks=gr, include.lowest=TRUE, right=FALSE)
AntVar <- tapply(RegData$Steroider, RegData$aldersgr, sum)
NVar <- tapply(RegData$Steroider, RegData$aldersgr, length)
# grtxt <- names(AntVar)
grtxt <- c('<4', '4-5', '6-8', '9-12', '13-17', '18-24', '25-30', '>30')
retn='H'
incl_N <- F
N_colwise <- T
}
if (valgtVar == 'DiagBiopsi') {
grtxt <- c('Muskelsykdommer', 'Spinal muskelatrofi', 'Polynevropati')
RegData <- RegData[which(RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3)), ]
SamletPrPID <- aggregate(RegData[, valgtVar],
by=list(RegData$PasientID), max, na.rm = TRUE)
names(SamletPrPID)[names(SamletPrPID)=='x'] <- 'VariabelGr'
RegData <- merge(RegData, SamletPrPID, by.x = 'PasientID', by.y = 'Group.1')
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$VariabelGr, levels = c(1,0), labels = c('Ja', 'Nei'))
RegData$Gr <- RegData$Diagnosegr
RegData$Gr <- factor(RegData$Gr, levels = 1:3, labels = grtxt)
tittel <- c('Andel pasienter som har f\u00E5tt muskelbiopsi')
}
if (valgtVar == 'DiagDNA') {
grtxt <- c('Muskelsykdommer', 'Spinal muskelatrofi', 'Polynevropati')
RegData <- RegData[which(RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3)), ]
SamletPrPID <- aggregate(RegData[, valgtVar],
by=list(RegData$PasientID), max, na.rm = TRUE)
names(SamletPrPID)[names(SamletPrPID)=='x'] <- 'VariabelGr'
RegData <- merge(RegData, SamletPrPID, by.x = 'PasientID', by.y = 'Group.1')
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$VariabelGr, levels = c(1,0), labels = c('Ja', 'Nei'))
RegData$Gr <- RegData$Diagnosegr
RegData$Gr <- factor(RegData$Gr, levels = 1:3, labels = grtxt)
tittel <- c('Andel pasienter som har f\u00E5tt DNA-unders\u00F8kelse')
}
if (valgtVar == 'Utdanning') {
# RegData <- RegData[which(RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3)), ]
grtxt <- c('Grunnskole', 'Videreg\u00E5ende skole, \n studieforberedende program','Videreg\u00E5ende skole, \n yrkesfaglig program',
'H\u00F8yskole eller \n universitetet', 'Ukjent', 'Ikke registrert')
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData$Variabel[is.na(RegData$Variabel)] <- 99
SamletPrPID <- aggregate(RegData$Variabel,
by=list(RegData$PasientID), function(x){if (max(x %in% 1:4)==1){y <- max(x)} else {y <- min(x)}})
names(SamletPrPID)[names(SamletPrPID)=='x'] <- 'VariabelGr'
RegData <- merge(RegData, SamletPrPID, by.x = 'PasientID', by.y = 'Group.1')
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$VariabelGr, levels = c(1:4, 9, 99), labels = grtxt)
# RegData$Gr <- RegData$Diagnosegr
# RegData$Gr <- factor(RegData$Gr, levels = 1:3, labels = c('Muskelsykdommer', 'Spinal muskelatrofi', 'Polynevropati'))
tittel <- c('Utdanningsniv\u00E5')
retn= 'H'
}
if (valgtVar == 'HoyesteUtdanning') {
tittel <- c('H\u00F8yest oppn\u00E5dde utdanningsniv\u00E5')
# RegData <- RegData[which(RegData$PasientAlder>25), ]
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$Variabel <- RegData[, "Utdanning"]
RegData$Variabel[RegData$Variabel==3] <- 2
gr <- c(1,2,4,9)
grtxt <- c('Grunnskole', 'Videreg\u00E5ende skole', 'H\u00F8yskole eller universitetet', 'Ukjent')
RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% gr), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
RegData$Gr <- NA
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe == 20)] <- 1
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe == 4)] <- 2
RegData$Gr[which(RegData$DiagICD10 == 'G60.0')] <- 3
RegData <- RegData[which(RegData$Gr %in% 1:3), ]
RegData$Gr <- factor(RegData$Gr, levels = 1:3, labels = c('Dystrophia myotonica 1', 'Limb-girdle muskeldystrofi', 'Charcot Marie Tooth'))
stabel <- 0
}
if (valgtVar == 'Arvegang') {
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData$Arvegang_label <- as.character(RegData$Arvegang_label)
RegData$Arvegang_label[is.na(RegData$Variabel)] <- 'Ikke registrert'
RegData$Variabel[is.na(RegData$Variabel)] <- 99
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
gr <- sort(unique(RegData$Variabel))
grtxt <- RegData$Arvegang_label[match(gr, RegData$Variabel)]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- c('Arvegang')
retn= 'H'
}
if (valgtVar == 'Gangfunksjon') {
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData$Gangfunksjon_label <- as.character(RegData$Gangfunksjon_label)
RegData$Gangfunksjon_label[is.na(RegData$Variabel)] <- 'Ikke registrert'
RegData$Gangfunksjon_label <- iconv(RegData$Gangfunksjon_label, from = 'UTF-8', to = '')
RegData$Variabel[is.na(RegData$Variabel)] <- 99
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
gr <- sort(unique(RegData$Variabel))
grtxt <- RegData$Gangfunksjon_label[match(gr, RegData$Variabel)]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- c('Gangfunksjon')
RegData$Gr <- factor(RegData$Diagnosegr_label)
retn= 'H'
}
if (valgtVar == 'Gangfunksjon_LGMD_DM1') {
RegData <- RegData[which(RegData$Undergruppe == 20 | RegData$Undergruppe == 4), ]
RegData$Variabel <- RegData[, 'Gangfunksjon']
RegData$Gangfunksjon_label <- as.character(RegData$Gangfunksjon_label)
RegData$Gangfunksjon_label[is.na(RegData$Variabel)] <- 'Ikke registrert'
RegData$Variabel[is.na(RegData$Variabel)] <- 99
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
gr <- sort(unique(RegData$Variabel))
grtxt <- RegData$Gangfunksjon_label[match(gr, RegData$Variabel)]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- c('Gangfunksjon')
RegData$Gr <- factor(RegData$Undergruppe, levels = c(4,20), labels=c('Limb-girdle muskeldystrofi', 'Dystrophia myotonica 1'))
}
if (valgtVar == 'Smertestillende_LGMD_DM1') {
RegData <- RegData[which(RegData$Undergruppe == 20 | RegData$Undergruppe == 4), ]
RegData$Variabel <- RegData[, "Smertestillende"]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
gr <- 0:1
grtxt <- c('Nei', 'Ja')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- c('Bruk av smertestillende')
RegData$Gr <- factor(RegData$Undergruppe, levels = c(4,20), labels=c('LGMD', 'Dystrophia myotonica 1'))
stabel <- TRUE
}
if (valgtVar == 'Smertestillende_MD_CMT_SMA') {
RegData <- RegData[which(RegData$DiagICD10 %in% c('G60.0', 'G71.0', 'G12.0', 'G12.1', 'G12.8', 'G12.9')), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$Gr <- NA
RegData$Gr[RegData$DiagICD10 == 'G60.0'] <- 2
RegData$Gr[RegData$DiagICD10 == 'G71.0'] <- 1
RegData$Gr[RegData$DiagICD10 %in% c('G12.0', 'G12.1', 'G12.8', 'G12.9')] <- 3
RegData$Gr <- factor(RegData$Gr, levels = 1:3, labels=c('Muskeldystrofi', 'Charcot Marie Tooth', 'Spinal muskelatrofi'))
RegData$Variabel <- RegData[, "Smertestillende"]
gr <- 0:1
grtxt <- c('Nei', 'Ja')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- c('Bruk av smertestillende')
# RegData$Gr <- factor(RegData$Undergruppe, levels = c(4,20), labels=c('LGMD', 'DM1'))
stabel <- TRUE
}
if (valgtVar == 'UtdanningDM1') {
grtxt <- c('Grunnskole', 'Videreg\u00E5ende skole, \n studieforberedende program','Videreg\u00E5ende skole, \n yrkesfaglig program',
'H\u00F8yskole eller \n universitetet', 'Ukjent', 'Ikke registrert')
RegData <- RegData[which(RegData$Undergruppe %in% c(20)), ]
RegData$Variabel <- RegData[, 'Utdanning']
RegData$Variabel[is.na(RegData$Variabel)] <- 99
SamletPrPID <- aggregate(RegData$Variabel,
by=list(RegData$PasientID), function(x){if (max(x %in% 1:4)==1){y <- max(x)} else {y <- min(x)}})
names(SamletPrPID)[names(SamletPrPID)=='x'] <- 'VariabelGr'
RegData <- merge(RegData, SamletPrPID, by.x = 'PasientID', by.y = 'Group.1')
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$VariabelGr, levels = c(1:4, 9, 99), labels = grtxt)
# RegData$Gr <- RegData$Diagnosegr
# RegData$Gr <- factor(RegData$Gr, levels = 1:3, labels = grtxt)
tittel <- c('Utdanningsniv\u00E5 Dystrophia myotonica 1')
retn= 'H'
}
if (valgtVar == 'UtdanningLGMD') {
grtxt <- c('Grunnskole', 'Videreg\u00E5ende skole, \n studieforberedende program','Videreg\u00E5ende skole, \n yrkesfaglig program',
'H\u00F8yskole eller \n universitetet', 'Ukjent', 'Ikke registrert')
RegData <- RegData[which(RegData$Undergruppe==4), ]
RegData$Variabel <- RegData[, 'Utdanning']
RegData$Variabel[is.na(RegData$Variabel)] <- 99
SamletPrPID <- aggregate(RegData$Variabel,
by=list(RegData$PasientID), function(x){if (max(x %in% 1:4)==1){y <- max(x)} else {y <- min(x)}})
names(SamletPrPID)[names(SamletPrPID)=='x'] <- 'VariabelGr'
RegData <- merge(RegData, SamletPrPID, by.x = 'PasientID', by.y = 'Group.1')
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$VariabelGr, levels = c(1:4, 9, 99), labels = grtxt)
# RegData$Gr <- RegData$Diagnosegr
# RegData$Gr <- factor(RegData$Gr, levels = 1:3, labels = grtxt)
tittel <- c('Utdanningsniv\u00E5 LGMD')
retn= 'H'
}
if (valgtVar == 'FysioManglerAarsak') {
tittel <- '\u00C5rsak til manglende fysioterapi'
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
grtxt <- c('St\u00E5r p\u00E5 venteliste', 'Ikke fysiotilbud\n i kommunen', 'Ingen effekt av\n eksisterende tilbud',
'For lang reisevei', 'For kostbart', 'Annet', 'Ukjent')
gr <- c(1:6, 9)
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% gr), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
# RegData$Gr <- factor(RegData$Diagnosegr_label)
retn= 'H'
}
if (valgtVar == 'Ergoterapi') {
tittel <- 'Andel som f\u00E5r ergoterapi'
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
grtxt <- c('Nei, men behov', 'Ja', 'Ikke behov', 'Ukjent')
gr <- c(0:2, 9)
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% gr), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
RegData$Gr <- factor(RegData$Diagnosegr_label)
}
if (valgtVar=='HjerteAffAlder') {
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
tittel <- 'Alder ved hjerteaffeksjon'
#bør ha med at alder per rapportdata sys.date...
gr <- c(0, seq(10, 80, 10), 120) #c(0,16,31,46,61,76,200)
RegData$VariabelGr <- cut(RegData$Variabel, breaks=gr, include.lowest=TRUE, right=FALSE)
grtxt <- c(levels(RegData$VariabelGr)[1:(length(gr)-2)], '80+')
}
if (valgtVar %in% c('TidDebDiag', 'TidDebUtred', 'TidUtredDiag')) {
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
tittel <- switch(valgtVar,
TidDebDiag = 'Tid fra symptomdebut til diagnose',
TidDebUtred = 'Tid fra symptomdebut til utredningsstart',
TidUtredDiag = 'Tid fra utredningsstart til diagnose')
gr <- switch(valgtVar,
TidDebDiag = c(0,1,2,3,4,5,6,10,20,30,40,50, 120), #c(0,16,31,46,61,76,200)
TidDebUtred = c(0,1,2,3,4,5,6,10,20,30,40,50, 120), #c(0,1,2,10,120),
TidUtredDiag = c(0,1,5,10,20, 120)) #c(0, 6,10,120))
RegData$VariabelGr <- cut(RegData$Variabel, breaks=gr, include.lowest=TRUE, right=FALSE)
grtxt <- switch(valgtVar,
TidDebDiag = c(0,1,2,3,4,5,levels(RegData$VariabelGr)[7:(length(gr)-2)], '50+'),
TidDebUtred = c(0,1,2,3,4,5,levels(RegData$VariabelGr)[7:(length(gr)-2)], '50+'),
TidUtredDiag = c(0,levels(RegData$VariabelGr)[2:(length(gr)-2)], '20+'))
subtxt <- 'Antall \u00E5r'
}
if (valgtVar == 'Diagnosegr') {
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
gr <- c(1:3)
grtxt <- c('Muskelsykdommer', 'Spinal muskelatrofi', 'Polynevropati')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Fordeling av diagnosegrupper'
subtxt <- 'Diagnosegrupper'
retn <- 'H'
N_colwise <- T
# cexgr <- .8
}
if (valgtVar == 'KognitivSvikt') {
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
aux <- Klokebok[Klokebok$navn_i_rapporteket == valgtVar, c("listeverdier", "listetekst")]
aux <- aux[order(as.numeric(aux$listeverdier)), ]
gr <- as.numeric(aux$listeverdier)
grtxt <- aux$listetekst
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Kognitiv svikt'
}
if (valgtVar == 'OppfolgBarnelegeNevrolog') {
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
aux <- Klokebok[Klokebok$navn_i_rapporteket == valgtVar, c("listeverdier", "listetekst")]
aux <- aux[order(as.numeric(aux$listeverdier)), ]
gr <- as.numeric(aux$listeverdier)
grtxt <- aux$listetekst
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Oppf\u00F8lging hos barnelege/nevrolog'
}
if (valgtVar == 'PsykiskHelsetjeneste') {
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
aux <- Klokebok[Klokebok$navn_i_rapporteket == valgtVar, c("listeverdier", "listetekst")]
aux <- aux[order(as.numeric(aux$listeverdier)), ]
gr <- as.numeric(aux$listeverdier)
grtxt <- aux$listetekst
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Psykisk helsetjeneste'
}
if (valgtVar == 'OppholdRehab') {
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
aux <- Klokebok[Klokebok$navn_i_rapporteket == valgtVar, c("listeverdier", "listetekst")]
aux <- aux[order(as.numeric(aux$listeverdier)), ]
gr <- as.numeric(aux$listeverdier)
grtxt <- aux$listetekst
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- c('Hatt/venter opphold p\u00E5', 'rehabiliteringsinstitusjon')
}
if (valgtVar == 'TilbudKostveiledning') {
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
aux <- Klokebok[Klokebok$navn_i_rapporteket == valgtVar, c("listeverdier", "listetekst")]
aux <- aux[order(as.numeric(aux$listeverdier)), ]
gr <- as.numeric(aux$listeverdier)
grtxt <- aux$listetekst
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Tilbud om kostveiledning'
}
if (valgtVar == 'TilbudGenetiskVeiledning') {
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
aux <- Klokebok[Klokebok$navn_i_rapporteket == valgtVar, c("listeverdier", "listetekst")]
aux <- aux[order(as.numeric(aux$listeverdier)), ]
gr <- as.numeric(aux$listeverdier)
grtxt <- aux$listetekst
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Tilbud om genetisk veiledning'
RegData$Gr <- 3
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe==20)] <- 1
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe==1)] <- 2
# RegData <- RegData[which(RegData$Gr %in% 1:3), ]
RegData$Gr <- factor(RegData$Gr, levels = 1:3, labels = c('Dystrophia myotonica 1', 'Duchenne', '\u00D8vrige'))
stabel <- F
}
if (valgtVar == 'AnsvarsgruppeIP') {
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
aux <- Klokebok[Klokebok$navn_i_rapporteket == valgtVar, c("listeverdier", "listetekst")]
aux <- aux[order(as.numeric(aux$listeverdier)), ]
gr <- as.numeric(aux$listeverdier)
grtxt <- aux$listetekst
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Ansvarsgruppe/Individuell plan'
}
if (valgtVar == 'BPA') {
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
aux <- Klokebok[Klokebok$navn_i_rapporteket == valgtVar, c("listeverdier", "listetekst")]
aux <- aux[order(as.numeric(aux$listeverdier)), ]
gr <- as.numeric(aux$listeverdier)
grtxt <- aux$listetekst
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Brukerstyrt personlig assistent (BPA)'
}
if (valgtVar == 'Arbeid') {
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
aux <- Klokebok[Klokebok$navn_i_rapporteket == valgtVar, c("listeverdier", "listetekst")]
aux <- aux[order(as.numeric(aux$listeverdier)), ]
gr <- as.numeric(aux$listeverdier)
grtxt <- aux$listetekst
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'I arbeid/utdanning'
retn <- 'H'
}
if (valgtVar == 'Uforetrygd') {
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
aux <- Klokebok[Klokebok$navn_i_rapporteket == valgtVar, c("listeverdier", "listetekst")]
aux <- aux[order(as.numeric(aux$listeverdier)), ]
gr <- as.numeric(aux$listeverdier)
grtxt <- aux$listetekst
# grtxt <- iconv(aux$listetekst, from = '', to = '') # aux$listetekst
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Uf\u00F8retrygd'
retn <- 'H'
}
if (valgtVar == 'Sivilstatus') {
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
aux <- Klokebok[Klokebok$navn_i_rapporteket == valgtVar, c("listeverdier", "listetekst")]
aux <- aux[order(as.numeric(aux$listeverdier)), ]
gr <- as.numeric(aux$listeverdier)
grtxt <- aux$listetekst
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Sivilstatus'
retn <- 'H'
}
if (valgtVar == 'MedikBehandling') {
RegData$Variabel <- RegData[, valgtVar]
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
aux <- Klokebok[Klokebok$navn_i_rapporteket == valgtVar, c("listeverdier", "listetekst")]
aux <- aux[order(as.numeric(aux$listeverdier)), ]
gr <- as.numeric(aux$listeverdier)
grtxt <- aux$listetekst
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Medikamentell behandling'
}
if (valgtVar == 'TypeMedikBehandling') {
tittel <- c('Type medikamentell behandling')
RegData <- RegData[which(RegData$MedikBehandling==1), ] # Kun for de med medikamentell behandling
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ] # Per pasient, velger nyeste registrering
AntVar <- colSums(RegData[, c("Steroider", "Smertestillende", "Antiarytmika", "ACEHemmer", "AnnetHjerteMed", "AnnenMedikBeh")], na.rm = T)
N <- dim(RegData)[1]
NVar<-rep(N, length(AntVar))
grtxt <- c("Steroider", "Smertestillende", "Antiarytmika", "ACE-hemmer", "Andre hjertemed.", "Annet")
retn='H'
}
if (valgtVar == 'Diagnoser_muskel') {
RegData$Variabel <- as.character(RegData$DiagICD10)
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr == 1, ]
aux <- sort(table(RegData$Variabel), decreasing = T)
grtxt <- names(aux)
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels=grtxt)
N_colwise <- T
# RegData$VariabelGr <- as.factor(RegData$Variabel)
# grtxt <- levels(RegData$VariabelGr)
tittel <- 'Fordeling av diagnoser blandt muskelsykdommer'
subtxt <- 'Diagnosekoder'
retn <- 'H'
# cexgr <- .8
}
if (valgtVar == 'Diagnoser_atrofier') {
RegData$Variabel <- as.character(RegData$DiagICD10)
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr == 2, ]
RegData$VariabelGr <- as.factor(RegData$Variabel)
grtxt <- levels(RegData$VariabelGr)
tittel <- 'Fordeling av diagnoser blandt spinale muskelatrofier'
subtxt <- 'Diagnosekoder'
# cexgr <- .8
}
if (valgtVar == 'Diagnoser_nevropatier') {
RegData$Variabel <- as.character(RegData$DiagICD10)
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr == 3, ]
RegData$VariabelGr <- as.factor(RegData$Variabel)
grtxt <- levels(RegData$VariabelGr)
tittel <- 'Fordeling av diagnoser blandt polynevropatier'
subtxt <- 'Diagnosekoder'
# cexgr <- .8
}
if (valgtVar == 'DiagICD10') {
# RegData$VariabelGr <- as.character(RegData$DiagICD10)
RegData$VariabelGr <- RegData$DiagICD10
RegData <- RegData[RegData$VariabelGr!='', ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
aux <- sort(table(RegData$VariabelGr[RegData$VariabelGr!='']), decreasing = T)
# RegData$VariabelGr[RegData$VariabelGr==''] <- 'Ikke registrert'
# grtxt <- c(names(aux), 'Ikke registrert')
grtxt <- names(aux)
# gr <- 1:length(grtxt)
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$VariabelGr, levels=grtxt)
N_colwise <- T
# RegData$VariabelGr <- as.factor(RegData$VariabelGr)
# grtxt <- levels(RegData$VariabelGr)
tittel <- 'Fordeling av diagnoser'
subtxt <- 'Diagnosekoder'
retn <- 'H'
# cexgr <- .6
}
if (valgtVar == 'Muskeldystrofier') {
RegData <- RegData[RegData$DiagICD10 == c('G71.0') | RegData$Undergruppe %in% c(20, 21),]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$Undergruppe[is.na(RegData$Undergruppe)] <- 9999
RegData$Undergruppe_label <- as.character(RegData$Undergruppe_label)
RegData$Undergruppe_label[RegData$Undergruppe==9999] <- 'Ikke registrert'
aux <- sort(table(RegData$Undergruppe_label), decreasing = T)
grtxt <- names(aux)
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Undergruppe_label, levels=grtxt)
N_colwise <- T
tittel <- 'Fordeling av undergrupper av muskeldystrofier'
subtxt <- 'Diagnoser'
cexgr <- .8
retn='H'
}
if (valgtVar == 'SMA') {
RegData <- RegData[which(RegData$DiagICD10 %in% c('G12.0', 'G12.1', 'G12.8', 'G12.9')), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
# RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
# RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$Undergruppe_label <- as.character(RegData$Undergruppe_label)
RegData$Undergruppe[which(RegData$Undergruppe == 1090)] <- 1080
RegData$Undergruppe[which(RegData$DiagICD10 == 'G12.9')] <- 10000
RegData$Undergruppe_label[which(RegData$DiagICD10 == 'G12.9')] <- 'Uspesifisert SMA'
RegData$Undergruppe_label[which(RegData$Undergruppe == 2080)] <- 'Usikker undergruppe'
RegData$Undergruppe_label[which(RegData$Undergruppe_label == '')] <- 'Ingen undergruppe'
aux <- sort(table(RegData$Undergruppe_label), decreasing = T)
grtxt <- names(aux)
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Undergruppe_label, levels=grtxt)
N_colwise <- T
# gr <- sort(unique(RegData$Undergruppe))
# grtxt <- RegData$Undergruppe_label[match(gr, RegData$Undergruppe)]
# RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Undergruppe, levels=gr, labels=grtxt)
tittel <- 'Fordeling av spinal muskelatrofi'
subtxt <- 'Diagnoser'
cexgr <- .8
retn='H'
}
if (valgtVar == 'SMA_periodiskepar') {
RegData <- RegData[which(RegData$Undergruppe %in% c(70, 81, 82, 83)), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
gr <- c(70, 81, 82, 83)
grtxt <- RegData$Undergruppe_label[match(gr, RegData$Undergruppe)]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Undergruppe, levels = gr, labels = grtxt)
retn= 'H'
incl_N=T
tittel <- 'Fordeling av spinal muskelatrofi'
subtxt <- 'Diagnoser'
cexgr <- .8
retn='H'
}
if (valgtVar == 'LGMD') {
# RegData <- RegData[RegData$Undergruppe_label == 'Limb-girdle muskeldystrofi',]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData <- RegData[RegData$Undergruppe_label == 'Limb-girdle muskeldystrofi',]
RegData$Undergruppe2[is.na(RegData$Undergruppe2)] <- 9999
RegData$Undergruppe2_label <- as.character(RegData$Undergruppe2_label)
RegData$Undergruppe2_label[RegData$Undergruppe2==9999] <- 'Ikke registrert'
RegData$Undergruppe2_label[RegData$Undergruppe2==7] <- 'LGMD2C (gamma-sarkoglykan)'
## Ad-hoc løsning til årsrapport
aux <- sort(table(RegData$Undergruppe2_label), decreasing = T)
grtxt <- names(aux)
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Undergruppe2_label, levels=grtxt)
N_colwise <- T
tittel <- c('Fordeling av undergrupper av', 'Limb-girdle muskeldystrofi')
subtxt <- 'Diagnoser'
cexgr <- .8
retn='H'
}
if (valgtVar == 'CMT') {
### Må avklare behandling av "Usikker undergruppe"
RegData <- RegData[RegData$Undergruppe %in% c(100:104, 1100, 2100),]
RegData$Undergruppe2[which(RegData$Undergruppe == 1100)] <- 1100
RegData$Undergruppe2[which(RegData$Undergruppe == 2100)] <- 2100
RegData$Undergruppe2[which(RegData$Undergruppe2 %in% 1100:1104)] <- 1100
RegData$Undergruppe2[which(RegData$Undergruppe2 %in% 2100:2104)] <- 2100
RegData$Undergruppe2_label <- as.character(RegData$Undergruppe2_label)
RegData$Undergruppe2_label[which(RegData$Undergruppe == 1100)] <- 'Annen'
RegData$Undergruppe2_label[which(RegData$Undergruppe == 2100)] <- 'Ukjent undergruppe'
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
aux <- sort(table(RegData$Undergruppe2_label), decreasing = T)
grtxt <- names(aux)
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Undergruppe2_label, levels=grtxt)
N_colwise <- T
# gr <- sort(unique(RegData$Undergruppe2))
# grtxt <- RegData$Undergruppe2_label[match(gr, RegData$Undergruppe2)]
# RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Undergruppe2, levels=gr, labels=grtxt)
tittel <- c('Fordeling av undergrupper av', 'Charcot Marie Tooth')
subtxt <- 'Diagnoser'
cexgr <- .8
retn='H'
}
if (valgtVar == 'HjerteAff_DM1') {
# RegData <- RegData[which(RegData$Undergruppe %in% c(20, 21) | (RegData$Undergruppe == 4 & RegData$Undergruppe2 == 13)),]
RegData <- RegData[which(RegData$Undergruppe %in% c(20)), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$Variabel <- RegData$HjerteAff
grtxt <- c('Nei', 'Ja', 'Er henvist kardiolog', 'Ukjent')
gr <- c(0:2, 9)
RegData <- RegData[RegData$Variabel %in% gr, ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Hjerteaffeksjon (%) ved DM 1'
# RegData$Gr <- RegData$Undergruppe
# RegData$Gr <- factor(RegData$Undergruppe, levels = c(20, 21, 4), labels = c('DM1', 'DM2', 'FKRP'))
stabel <- F
}
if (valgtVar == 'HjerteAff_DM2') {
# RegData <- RegData[which(RegData$Undergruppe %in% c(20, 21) | (RegData$Undergruppe == 4 & RegData$Undergruppe2 == 13)),]
RegData <- RegData[which(RegData$Undergruppe %in% c(21)), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$Variabel <- RegData$HjerteAff
grtxt <- c('Nei', 'Ja', 'Er henvist kardiolog', 'Ukjent')
gr <- c(0:2, 9)
RegData <- RegData[RegData$Variabel %in% gr, ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Hjerteaffeksjon (%) ved DM 2'
# RegData$Gr <- RegData$Undergruppe
# RegData$Gr <- factor(RegData$Undergruppe, levels = c(20, 21, 4), labels = c('DM1', 'DM2', 'FKRP'))
stabel <- F
}
if (valgtVar == 'HjerteAff_LGMD2I') {
# RegData <- RegData[which(RegData$Undergruppe %in% c(20, 21) | (RegData$Undergruppe == 4 & RegData$Undergruppe2 == 13)),]
RegData <- RegData[which(RegData$Undergruppe == 4 & RegData$Undergruppe2 == 13), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$Variabel <- RegData$HjerteAff
grtxt <- c('Nei', 'Ja', 'Er henvist kardiolog', 'Ukjent')
gr <- c(0:2, 9)
RegData <- RegData[RegData$Variabel %in% gr, ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Hjerteaffeksjon (%) ved LGMD2I (Fkrp)'
# RegData$Gr <- RegData$Undergruppe
# RegData$Gr <- factor(RegData$Undergruppe, levels = c(20, 21, 4), labels = c('DM1', 'DM2', 'FKRP'))
stabel <- F
}
if (valgtVar == 'HjerteAff_samlet') {
tittel <- c('Hjerteaffeksjon')
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData$Variabel <- RegData[, "HjerteAff"]
gr <- c(0,1,2,9)
grtxt <- c('Nei', 'Ja', 'Henvist kardiolog', 'Ukjent')
RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% gr), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
RegData$Gr <- NA
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe %in% c(20))] <- 1
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe %in% c(21))] <- 2
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe == 4 & RegData$Undergruppe2 == 13)] <- 3
RegData <- RegData[which(RegData$Gr %in% 1:3), ]
RegData$Gr <- factor(RegData$Gr, levels = 1:3, labels = c('Dystrophia myotonica 1', 'Dystrophia myotonica 2', 'LGMD 2I'))
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
stabel <- 0
}
if (valgtVar == 'HyppighetEKG_Holter') {
tittel <- c('Hyppighet EKG/Holter', 'blant de med hjerteoppf\u00F8lging')
RegData <- RegData[which(RegData$Hjerteoppfoelging==1), ]
RegData$HyppighetEKG[is.na(RegData$HyppighetEKG)] <- 4
RegData$HyppighetRytmereg[is.na(RegData$HyppighetRytmereg)] <- 4
RegData$Variabel <- pmin(RegData$HyppighetEKG, RegData$HyppighetRytmereg)
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
gr <- c(1,2,3, 4)
grtxt <- c('\u00C5rlig', 'Annethvert \u00E5r', 'Sjeldnere', 'Ukjent')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar == 'HyppighetEKG') {
tittel <- c('Hyppighet EKG', 'blant de med hjerteoppf\u00F8lging')
RegData$Variabel <- RegData[, "HyppighetEKG"]
RegData <- RegData[which(RegData$Hjerteoppfoelging==1), ]
# RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
RegData$Variabel[is.na(RegData$Variabel)] <- 4
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
gr <- c(1,2,3, 4)
grtxt <- c('\u00C5rlig', 'Annethvert \u00E5r', 'Sjeldnere', 'Ukjent')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar == 'HyppighetUltralyd') {
tittel <- c('Hyppighet ultralyd', 'blant de med hjerteoppf\u00F8lging')
RegData$Variabel <- RegData[, "HyppighetUltralyd"]
RegData <- RegData[which(RegData$Hjerteoppfoelging==1), ]
# RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ]
RegData$Variabel[is.na(RegData$Variabel)] <- 4
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
gr <- c(1,2,3,4)
grtxt <- c('\u00C5rlig', 'Annethvert \u00E5r', 'Sjeldnere', 'Ukjent')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
}
if (valgtVar == 'HjerteAff_samlet_2') {
tittel <- c('Hjerteaffeksjon')
# RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData$Variabel <- RegData[, "HjerteAff"]
gr <- c(0,1,2,9)
grtxt <- c('Nei', 'Ja', 'Henvist kardiolog', 'Ukjent')
RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% gr), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
RegData$Gr <- NA
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe %in% c(20))] <- 1
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe %in% c(21))] <- 2
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe == 4 & RegData$Undergruppe2 == 13)] <- 3
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe == 1)] <- 4
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe == 2)] <- 5
RegData <- RegData[which(RegData$Gr %in% 1:5), ]
RegData$Gr <- factor(RegData$Gr, levels = 1:5, labels = c('DM1', 'DM2', 'LGMD2I', 'DMD', 'BMD'))
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
stabel <- 1
}
if (valgtVar == 'HjerteAff') {
tittel <- c('Hjerteaffeksjon')
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData$Variabel <- RegData[, "HjerteAff"]
gr <- c(0,1,2,9)
grtxt <- c('Nei', 'Ja', 'Henvist kardiolog', 'Ukjent')
RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% gr), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
stabel <- 0
}
if (valgtVar == 'Hjerteoppf') {
tittel <- c('Hjerteoppf\u00F8lging')
RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData$Variabel <- RegData[ , "Hjerteoppfoelging"]
gr <- c(0,1,8,9)
grtxt <- c('Nei', 'Ja', 'Ikke relevant', 'Ukjent')
RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% gr), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
stabel <- 0
}
if (valgtVar == 'Hjerteoppf_samlet') {
tittel <- c('Hjerteoppf\u00F8lging')
# RegData <- RegData[RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3), ]
RegData$Variabel <- RegData[, "Hjerteoppfoelging"]
RegData$Variabel[is.na(RegData$Variabel)] <- 9
gr <- c(0,1,8,9)
grtxt <- c('Nei', 'Ja', 'Ikke relevant', 'Ukjent')
RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% gr), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
RegData$Gr <- NA
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe %in% c(20))] <- 1
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe %in% c(21))] <- 2
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe == 4 & RegData$Undergruppe2 == 13)] <- 3
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe == 1)] <- 4
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe == 2)] <- 5
RegData <- RegData[which(RegData$Gr %in% 1:5), ]
RegData$Gr <- factor(RegData$Gr, levels = 1:5, labels = c('DM1', 'DM2', 'LGMD2I', 'DMD', 'BMD'))
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
stabel <- 1
}
if (valgtVar == 'SympFamilie') {
tittel <- c('Tilsvarende sykdom/symptomer i familien')
RegData$Variabel <- RegData[ ,valgtVar]
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ] # Fjerner tomme reg.
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ] # Per pasient, velger nyeste registrering
gr <- c(0,1,9)
grtxt <- c('Nei', 'Ja', 'Ukjent')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
# retn='H'
}
if (valgtVar == 'RespStotte') {
tittel <- c('Respirasjonsst\u00F8tte')
RegData$Variabel <- RegData$RespStotte
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Variabel), ] # Fjerner tomme reg.
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ] # Per pasient, velger nyeste registrering
gr <- c(0,1,9)
grtxt <- c('Nei', 'Ja', 'Ukjent')
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
# retn='H'
}
if (valgtVar == 'TypeHjerteaffeksjon') {
tittel <- c('Type hjerteaffeksjon')
RegData <- RegData[which(RegData$HjerteAff==1), ] # Kun for de med hjerteaffekson
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ] # Per pasient, velger nyeste registrering
AntVar <- colSums(RegData[, c("Kardiomyopati", "Hjertearytmi", "HjerteAffAnnet")])
N <- dim(RegData)[1]
NVar<-rep(N, length(AntVar))
grtxt <- c("Kardiomyopati", "Hjertearytmi", "Annen hjerteaffeksjon")
retn='H'
}
if (valgtVar == 'TypeHjerteaffeksjonSamletDM1_LGMD2I') {
tittel <- c('Type hjerteaffeksjon')
RegData <- RegData[which(RegData$HjerteAff==1), ] # Kun for de med hjerteaffekson
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ] # Per pasient, velger nyeste registrering
RegData$Gr <- NA
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe %in% c(20))] <- 1
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe == 4 & RegData$Undergruppe2 == 13)] <- 2
RegData <- RegData[which(RegData$Gr %in% 1:2), ]
RegData$Gr <- factor(RegData$Gr, levels = 1:2, labels = c('Dystrophia myotonica 1', 'LGMD 2I'))
AntVar <- aggregate(RegData[, c("Kardiomyopati", "Hjertearytmi", "HjerteAffAnnet")], by=list(RegData$Gr), sum)
names(AntVar)[names(AntVar)=="HjerteAffAnnet"]<- "Annen hjerteaffeksjon"
NVar<-tapply(RegData$Gr, RegData$Gr, length)
# N <- dim(RegData)[1]
# NVar<-rep(N, length(AntVar)-1)
# grtxt <- c("Kardiomyopati", "Hjertearytmi", "HjerteAffAnnet")
retn='H'
flerevar <- 1
stabel <- 0
}
if (valgtVar == 'Arbeid_LGMD2I') {
RegData <- RegData[which(RegData$Undergruppe == 4 & RegData$Undergruppe2 == 13), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$Variabel <- RegData$Uforetrygd
RegData$Variabel[RegData$Variabel %in% 2:6] <- 2
gr <- c(0, 1, 2, 7, 9)
grtxt <- c('Arbeidsf\u00F8r', 'Helt uf\u00F8r', 'Delvis uf\u00F8r','Langtidssykemelding/\n arbeidsavklaringspenger', 'Ukjent')
RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% gr), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Arbeidsuf\u00F8rhet: LGMD2I'
stabel <- F
retn='H'
N_colwise <- T
}
if (valgtVar == 'Arbeid_LGMD') {
RegData <- RegData[which(RegData$Undergruppe==4), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$Variabel <- RegData$Uforetrygd
RegData$Variabel[RegData$Variabel %in% 2:6] <- 2
gr <- c(0, 1, 2, 7, 9)
grtxt <- c('Arbeidsf\u00F8r', 'Helt uf\u00F8r', 'Delvis uf\u00F8r','Langtidssykemelding/\n arbeidsavklaringspenger', 'Ukjent')
RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% gr), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Arbeidsuf\u00F8rhet: Limb-girdle muskeldystrofi'
stabel <- F
retn='H'
N_colwise <- T
}
if (valgtVar == 'Arbeid_DM1') {
RegData <- RegData[which(RegData$Undergruppe %in% c(20)), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$Variabel <- RegData$Uforetrygd
RegData$Variabel[RegData$Variabel %in% 2:6] <- 2
gr <- c(0, 1, 2, 7, 9)
grtxt <- c('Arbeidsf\u00F8r', 'Helt uf\u00F8r', 'Delvis uf\u00F8r','Langtidssykemelding/\n arbeidsavklaringspenger', 'Ukjent')
RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% gr), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Arbeidsuf\u00F8rhet: Dystrophia myotonica type 1'
stabel <- F
retn='H'
N_colwise <- T
}
if (valgtVar == 'Arbeid_DM2') {
RegData <- RegData[which(RegData$Undergruppe %in% c(21)), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$Variabel <- RegData$Uforetrygd
RegData$Variabel[RegData$Variabel %in% 2:6] <- 2
gr <- c(0, 1, 2, 7, 9)
grtxt <- c('Arbeidsf\u00F8r', 'Helt uf\u00F8r', 'Delvis uf\u00F8r','Langtidssykemelding/\n arbeidsavklaringspenger', 'Ukjent')
RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% gr), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Arbeidsuf\u00F8rhet: Dystrophia myotonica type2 (PROMM)'
stabel <- F
retn='H'
N_colwise <- T
}
if (valgtVar == 'Arbeid_CMT') {
RegData <- RegData[which(RegData$DiagICD10 == 'G60.0'), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$Variabel <- RegData$Uforetrygd
RegData$Variabel[RegData$Variabel %in% 2:6] <- 2
gr <- c(0, 1, 2, 7, 9)
grtxt <- c('Arbeidsf\u00F8r', 'Helt uf\u00F8r', 'Delvis uf\u00F8r','Langtidssykemelding/\n arbeidsavklaringspenger', 'Ukjent')
RegData <- RegData[which(RegData$Variabel %in% gr), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = gr, labels = grtxt)
tittel <- 'Arbeidsuf\u00F8rhet: Charcot Marie Tooth'
stabel <- F
retn='H'
N_colwise <- T
}
if (valgtVar == 'AndelGenVerifisert') { # per pasient
grtxt <- c('Ja', 'Nei', 'Ukjent', 'Ikke registrert')
RegData <- RegData[which(RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3)), ]
# SamletPrPID <- aggregate(RegData[, c("GenetiskAarsakPaavist")], ####### KOMMENTER INN HVIS DET HOLDER AT GENETISK VERIFISERING
# by=list(RegData$PasientID), function(x){if (1 %in% x) {y <- 1} else ####### NOEN GANG ER REGISTRERT
# {if (0 %in% x) {y <- 0} else {if (9 %in% x) {y <- 9} else {y <- 99}}}})
# names(SamletPrPID)[names(SamletPrPID)=='x'] <- 'VariabelGr'
# RegData <- merge(RegData, SamletPrPID, by.x = 'PasientID', by.y = 'Group.1')
RegData$VariabelGr <- RegData$GenetiskAarsakPaavist
RegData$VariabelGr[is.na(RegData$VariabelGr)] <- 99
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$VariabelGr, levels = c(1,0,9,99), labels = grtxt)
RegData$Gr <- RegData$Diagnosegr
RegData$Gr <- factor(RegData$Gr, levels = 1:3, labels = c('Muskelsykdommer', 'Spinal muskelatrofi', 'Polynevropati'))
tittel <- c('Andel pasienter med genetisk verifisert diagnose')
}
if (valgtVar == 'AndelGenVerifisertSpes') { # per pasient
grtxt <- c('Ja', 'Nei', 'Ukjent', 'Ikke registrert')
RegData <- RegData[which(RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3)), ]
RegData <- RegData[which(!(RegData$DiagICD10 %in% c('G71.9', 'G12.9', 'G60.9'))), ]
SamletPrPID <- aggregate(RegData[, c("GenetiskAarsakPaavist")],
by=list(RegData$PasientID), function(x){if (1 %in% x) {y <- 1} else
{if (0 %in% x) {y <- 0} else {if (9 %in% x) {y <- 9} else {y <- 99}}}})
names(SamletPrPID)[names(SamletPrPID)=='x'] <- 'VariabelGr'
RegData <- merge(RegData, SamletPrPID, by.x = 'PasientID', by.y = 'Group.1')
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$VariabelGr, levels = c(1,0,9,99), labels = grtxt)
RegData$Gr <- RegData$Diagnosegr
RegData$Gr <- factor(RegData$Gr, levels = 1:3, labels = c('Muskelsykdommer', 'Spinal muskelatrofi', 'Polynevropati'))
tittel <- c('Andel pasienter med genetisk verifisert diagnose', 'av de med spesifikk diagnose')
# stabel <- 0
}
if (valgtVar == 'AndelGenVerifisert_subgr') { # per pasient
grtxt <- c('Ja', 'Nei', 'Ukjent', 'Ikke registrert')
RegData$VariabelGr <- RegData$GenetiskAarsakPaavist
RegData$VariabelGr[is.na(RegData$VariabelGr)] <- 99
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$VariabelGr, levels = c(1,0,9,99), labels = grtxt)
RegData$Gr <- NA
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe %in% c(70,81:83))] <- 1
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe == 4)] <- 2
RegData$Gr[which(RegData$DiagICD10 == 'G60.0')] <- 3
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Gr), ]
RegData$Gr <- factor(RegData$Gr, levels = 1:3, labels = c('SMA 1-4', 'LGMD', 'CMT'))
tittel <- c('Andel pasienter med genetisk verifisert diagnose')
}
if (valgtVar == 'AndelGenVerifisertSpesUndergr') { # per pasient
tittel <- c('Andel pasienter med genetisk verifisert diagnose', 'pr. diagnose')
subtxt <- 'Diagnoser'
grtxt <- c('Ja', 'Nei', 'Ukjent', 'Ikke registrert')
RegData <- RegData[which(as.character(RegData$DiagICD10) %in% grtxt), ]
SamletPrPID <- aggregate(RegData[, c("GenetiskAarsakPaavist")],
by=list(RegData$PasientID), function(x){if (1 %in% x) {y <- 1} else
{if (0 %in% x) {y <- 0} else {if (9 %in% x) {y <- 9} else {y <- 99}}}})
names(SamletPrPID)[names(SamletPrPID)=='x'] <- 'VariabelGr'
RegData <- merge(RegData, SamletPrPID, by.x = 'PasientID', by.y = 'Group.1')
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$VariabelGr, levels = c(1,0,9,99), labels = grtxt)
RegData$Gr <- as.factor(as.character(RegData$DiagICD10))
# RegData$Gr <- factor(RegData$Gr, levels = 1:3, labels = sort(c('G71.0', 'G71.1', 'G71.2', 'G71.3', 'G12.0', 'G12.1', 'G60.0')))
}
if (valgtVar == 'PsykiskHelsetjeneste_subgr') { # per pasient
grtxt <- c('Ja', 'Nei', 'Ikke relevant', 'Ukjent')
RegData$VariabelGr <- RegData$PsykiskHelsetjeneste
RegData <- RegData[!is.na(RegData$VariabelGr), ]
# RegData$VariabelGr[is.na(RegData$VariabelGr)] <- 99
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$VariabelGr, levels = c(1,0,8,9), labels = grtxt)
RegData$Gr <- NA
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe == 20)] <- 1
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe == 21)] <- 2
RegData$Gr[which(RegData$Undergruppe == 4)] <- 3
RegData <- RegData[!is.na(RegData$Gr), ]
RegData$Gr <- factor(RegData$Gr, levels = 1:3, labels = c('DM1', 'DM2', 'LGMD'))
tittel <- c('Psykisk helsetjeneste')
}
if (valgtVar == 'Kostveiledning_subgr') { # per pasient
grtxt <- c('Ja', 'Nei', 'Ikke relevant', 'Ukjent')
RegData <- RegData[which(RegData$Diagnosegr %in% c(1,2,3)), ]
RegData$VariabelGr <- RegData$TilbudKostveiledning
RegData <- RegData[!is.na(RegData$VariabelGr), ]
# RegData$VariabelGr[is.na(RegData$VariabelGr)] <- 99
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$VariabelGr, levels = c(1,0,8,9), labels = grtxt)
RegData$Gr <- factor(RegData$Diagnosegr, levels = 1:3, labels = c('Muskelsykdommer', 'Spinal muskelatrofi', 'Polynevropati'))
tittel <- 'Tilbud om kostveiledning'
}
if (valgtVar == 'DiagByggerPaa') { # per pasient
SamletPrPID <- aggregate(RegData[, c("DiagAnamese", 'DiagEMG', 'DiagCK', 'DiagDNA', 'DiagBiopsi')],
by=list(RegData$PasientID), max, na.rm = TRUE)
N <- dim(SamletPrPID)[1]
AntVar <- colSums(SamletPrPID[,-1], na.rm = T)
NVar<-rep(N, length(AntVar))
grtxt <- c('Anamnese/klinisk\n unders\u00F8kelse', 'EMG/Nevrografi', 'CK', 'DNA-unders\u00F8kelse', 'Muskelbiopsi')
tittel <- c('Diagnose bygger p\u00E5')
retn='H'
}
if (valgtVar == 'DiagByggerPaa_v2') { # Kun for DNA og Biopsi
RegData <- RegData[which(RegData$Undergruppe %in% 1:2), ]
RegData <- RegData[order(RegData$HovedDato, decreasing = TRUE), ]
RegData <- RegData[match(unique(RegData$PasientID), RegData$PasientID), ]
RegData$Variabel <- 99
RegData$Variabel[RegData$DiagBiopsi == 1] <- 1
RegData$Variabel[RegData$DiagDNA == 1] <- 2
RegData$Variabel[RegData$DiagBiopsi == 1 & RegData$DiagDNA == 1] <- 3
RegData$VariabelGr <- factor(RegData$Variabel, levels = c(1,2,3,99), labels = c('Biopsi', 'Gentest', 'Biopsi og gentest',
'Ingen/ukjent'))
grtxt <- c('Biopsi alene', 'Gentest alene', 'Biopsi og gentest', 'Ingen/annen/ukjent')
tittel <- c('DMD/BMD-diagnose bygger p\u00E5')
retn='H'
}
if (valgtVar == 'KonkrUndGrDuchBeck') { # per pasient
RegData <- RegData[which(RegData$Undergruppe %in% 1:2), ]
SamletPrPID <- aggregate(RegData[, c("Delesjon", "PunktMutasjon", "Duplikasjon")], #, 'GenetiskAarsakPaavist'
by=list(RegData$PasientID), max, na.rm = TRUE)
N <- dim(SamletPrPID)[1]
AntVar <- colSums(SamletPrPID[,-1], na.rm = T)
NVar<-rep(N, length(AntVar))
grtxt <- names(AntVar)
tittel <- c('Mutasjonstype ved Duchenne/Becker')
retn='H'
}
if(!inkl_tittel) {tittel <- ''}
PlotParams <- list(RegData=RegData, tittel=tittel, grtxt=grtxt, grtxt2=grtxt2, subtxt=subtxt, flerevar=flerevar,
retn=retn, cexgr=cexgr, AntVar=AntVar, NVar=NVar, stabel=stabel, incl_N=incl_N, N_colwise=N_colwise)
return(invisible(PlotParams))
}
R Package Documentation
Browse R Packages
We want your feedback!
Note that we can't provide technical support on individual packages. You should contact the package authors for that.
Embedding an R snippet on your website
Add the following code to your website.
For more information on customizing the embed code, read Embedding Snippets.