#' Henter global dataramme for NGER
#'
#' Henter NGER-data fra staging.
#' Klargjort (delvis) for å kunne sende inn en vektor med hvilke variable det skal spørres etter.
#'
#' @inheritParams NGERFigAndeler
#' @param medPROM: koble på RAND og TSS2-variabler
#'
#' @return RegData data frame
#' @export
#'
NGERRegDataSQL <- function(datoFra = '2014-01-01', datoTil = Sys.Date(), medPROM=1, ...) {
if ("session" %in% names(list(...))) {
rapbase::repLogger(session = list(...)[["session"]], msg = paste0('Hentet rådata'))
}
#Flyttet til PROM-tabell? R1BesvarteProm, -- ny jan.-2022
# Hvor har denne blitt av?? Tss2BesvarteProm -- ny jan.-2022
query <- paste0('SELECT
-- HysBlodning, erstattet nov23
-- HysFluidOverload, erstattet nov23
HysGjforingsGrad,
-- HysPerforasjon, erstattet nov23
HysDiagnose1,
HysDiagnose2,
HysDiagnose3,
HysKomplikasjoner,
HysKonvertert,
HysProsedyre1,
HysProsedyre2,
HysProsedyre3,
HysStatus,
-- HysTeknisk,
-- HysTilgang, fjernet nov23
OpBehNivaa, #Ny nov 23
HysUfullSmerte, #Ny nov 23
HysUfullMisGass, #Ny nov 23
HysUfullKompl, #Ny nov 23
HysUfullHoyVaeske, #Ny nov 23
HysKomplViaFalsa, #Ny nov 23
HysKomplVaeske, #Ny nov 23
HysKomplPerf, #Ny nov 23
HysKomplGass, #Ny nov 23
HysKomplBlodn, #Ny nov 23
HysKomplAnnet, #Ny nov 23
HysSkadeaarsakStenose, #Ny nov 23
HysSkadeaarsakAd, #Ny nov 23
HysSkadeaarsakTeknUtst, #Ny nov 23
HysSkadeaarsakAnatomi, #Ny nov 23
HysSkadeaarsakAnnet, #Ny nov 23
HysKomplTiltakTamp, #Ny nov 23
HysKomplTiltakAvbr, #Ny nov 23
HysKomplTiltakAnnet, #Ny nov 23
HysKomplTiltakIngen, #Ny nov 23
Konverteringsstatus,
LapAdherProfylakse,
LapBipolarDiatermi,
LapBlare,
LapClips,
-- LapHarmonicS, fjernet nov 23
LapHjelpeinnstikk,
-- LapIntKoagOgKlipp, fjernet nov 23
-- LapIntKombo, fjernet nov 23
-- LapIntraabdominell, fjernet nov23
LapKarBlodning,
LapKomplikasjoner,
LapKompTilgang,
LapKonvertert,
-- LapMorcellator ERSTATTET når?
-- LapMorcellatorMedPose, fjeret nov 23
LapMorcellatorUtenPose,
LapNerv,
LapNett,
LapNumHjelpeinnstikk,
LapDiagnose1,
LapDiagnose2,
LapDiagnose3,
LapKomplKar, #Ny nov 23
LapKomplTarm, #Ny nov 23
LapKomplBlaere, #Ny nov 23
LapKomplUreter, #Ny nov 23
LapKomplAnnet, #Ny nov 23
LapSkadeTilgang, #Ny nov 23
LapSkadeUthent, #Ny nov 23
LapSkadeDissek, #Ny nov 23
LapSkadeForsegl, #Ny nov 23
LapSkadeAnnet, #Ny nov 23
LapSkadeaarsakTeknUtst, #Ny nov 23
LapSkadeaarsakAdher, #Ny nov 23
LapSkadeaarsakTidlKir, #Ny nov 23
LapSkadeaarsakAnnet, #Ny nov 23
-- LapPlasmajet, Fjernet 2022
LapProsedyre1,
LapProsedyre2,
LapProsedyre3,
-- LapPostoperativ, # Fjernet nov 23
LapPreparatopose,
LapRobotKirurgi,
LapSingelPort,
LapStaplerEndogia,
LapStatus,
LapSutur,
LapTarm,
LapTekniskUtstyr,
LapTilgang,
LapTilgangsMetode,
LapUnipolarDiatermi,
LapUreter,
-- LapUterusmanipulator, # Fjernet nov 23
LapVevforsegl, # = LapHarmonicS+LapIntKombo+LapIntKoagOgKlipp, Ny nov23
LapAndre, #Ny nov 23
LapHemastase, #Ny nov 23
LapOptTro, #Ny nov 23
LapPrepOppdel, #Ny nov 23
LapUterusman, #Ny nov 23
Leveringsdato,
-- Blodfortynnende, fjernet nov 23
-- OpAnestesi, fjernet nov 23
OpAnestesiIngen, #ny nov23
OpAnestesiLok, #ny nov23
OpAnestesiGen, #ny nov23
OpAnestesiSpinEDA, #ny nov23
OpAnestesiSed, #ny nov23
OpAntibProfylakse,
OpASA,
OpBMI,
-- OpBMIKategori, ikke i bruk
-- OpDagkirurgi,
OpDato,
OpForstLukket,
Opf0BesvarteProm, -- ny jan.-2022
Opf0metode,
OpIVaktTid,
-- OpGraviditeter,
OpKategori,
OpMetode,
OpPariteter,
OpStatus,
OpTid,
OpTidlLaparotomi,
OpTidlLapsko,
OpTidlVagInngrep,
OpType,
Tss2Behandling,
Tss2Behandlere,
-- Tss2BesvarteProm, -- ny jan.-2022
Tss2Enighet,
Tss2Generelt,
Tss2Lytte,
Tss2Mott,
Tss2Score,
Tss2Status,
Tss2Type,
AlleVarNum.SivilStatus,
Utdanning,
Opf0AlvorlighetsGrad,
Opf0KomplBlodning,
Opf0BlodningAbdom,
Opf0BlodningIntraabdominal,
Opf0BlodningVaginal,
Opf0Komplikasjoner,
Opf0KomplInfeksjon,
Opf0KomplOrgan,
-- Opf0KomplUtstyr,
-- Opf0UtstyrInstrumenter,
-- Opf0UtstyrNett,
Opf0InfUVI,
Opf0InfOpSaar ,
Opf0InfIntraabdominal,
Opf0InfEndometritt,
Opf0InfAnnen,
Opf0OrganBlare,
Opf0OrganTarm,
Opf0OrganUreter,
Opf0OrganKar,
Opf0OrganAnnen,
Opf0Reoperasjon,
Opf0ReopLaparoskopi,
Opf0ReopLaparotomi,
Opf0Status,
-- Opf0UtstyrSutur,
AlleVarNum.AvdRESH,
AlleVarNum.Norsktalende,
AlleVarNum.PasientID,
AlleVarNum.ForlopsID
,ForlopsOversikt.BasisRegStatus
,ForlopsOversikt.FodselsDato AS Fodselsdato
,ForlopsOversikt.HovedDato
,ForlopsOversikt.OppflgRegStatus
,ForlopsOversikt.OppflgStatus
,ForlopsOversikt.PasientAlder
,ForlopsOversikt.SykehusNavn
FROM AlleVarNum
INNER JOIN ForlopsOversikt
ON AlleVarNum.ForlopsID = ForlopsOversikt.ForlopsID
WHERE HovedDato >= \'', datoFra, '\' AND HovedDato <= \'', datoTil, '\'')
#FROM alleVarNum INNER JOIN ForlopsOversikt ON alleVarNum.MCEID = ForlopsOversikt.ForlopsID
# query <- 'select * FROM AlleVarNum
# INNER JOIN ForlopsOversikt
# ON AlleVarNum.ForlopsID = ForlopsOversikt.ForlopsID'
#Data_AWN <- rapbase::loadRegData(registryName = "nger", query='select * FROM AlleVarNum', dbType = "mysql")
#Data_Forl <- rapbase::loadRegData(registryName = "nger", query='select * FROM ForlopsOversikt', dbType = "mysql")
RegData <- rapbase::loadRegData(registryName = "nger", query=query, dbType = "mysql")
if (medPROM==1) {
#Sjekk ved å sammenligne R0 og R1-variabler fra AllevARnUM OG rand36-TABELL
#UTGÅR siden RAND-variabler nå er fjernet fra AlleVarNum
# R0var <- grep(pattern='R0', x=sort(names(RegData)), value = TRUE, fixed = TRUE)
# R1var <- grep(pattern='R1', x=sort(names(RegData)), value = TRUE, fixed = TRUE)
# if (length(c(R0var, R1var)) >0) {
# RegDataUrand <- RegData[, -which(names(RegData) %in% c(R0var, R1var))]
# }
queryRAND36 <- 'select * FROM Rand36Report'
RAND36 <- rapbase::loadRegData(registryName = "nger", queryRAND36, dbType = "mysql")
Rvar <- grep(pattern='R', x=names(RAND36), value = TRUE, fixed = TRUE)
#Navneendring; fjerne R..
Rvar_uR <- substring(Rvar, 2)
names(RAND36)[which(names(RAND36) %in% Rvar)] <- Rvar_uR
RAND36w <- RAND36 %>%
tidyr::pivot_wider(
id_cols = 'ForlopsID',
id_expand = FALSE,
names_from ='Aar', #c('Aar', Rvar),
#names_prefix = "A",
names_sep = "",
names_glue = "{'R'}{Aar}{.value}",
names_sort = FALSE,
names_vary = "fastest",
names_repair = "check_unique",
values_from = all_of(c('Metode', Rvar_uR))
)
RegData <- dplyr::left_join(RegData, RAND36w, by="ForlopsID")
}
#Testing
# Rvar <- grep(pattern='R', x=sort(names(RegDataR)), value = TRUE, fixed = TRUE)
# RegDataR <- RegDataR[,c("ForlopsID", Rvar)]
# summary(RegDataR)
# Flyttet fra AlleVarNum til Rand36Report i mai23
#
# -- R0Metode,
# -- R0ScorePhys,
# -- R0ScoreRoleLmtPhy,
# -- R0ScorePain,
# -- R0ScoreGeneral,
# -- R0ScoreEnergy,
# -- R0ScoreSosial,
# -- R0ScoreRoleLmtEmo,
# -- R0ScoreEmo,
# -- R0Spm2,
# -- R0Status,
# -- RY1metode,
# -- R1ScorePhys,
# -- R1ScoreRoleLmtPhy,
# -- R1ScorePain,
# -- R1ScoreGeneral,
# -- R1ScoreEnergy,
# -- R1ScoreSosial,
# -- R1ScoreRoleLmtEmo,
# -- R1ScoreEmo,
# -- R1Spm2,
# -- RY1Status,
return(invisible(RegData))
}
Add the following code to your website.
For more information on customizing the embed code, read Embedding Snippets.